<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX255889.7	1	GAATTCACTCACTGCTGAAAGCGGCGGATTGGTTTTTATTAAGTGCCATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25015	GAATTCACTCACTGCTGAAAGCGGCGGATTGGTTTTTATTAAGTGCCATT	25064

BX255889.7	51	TTGTGTGCTCGTGAATCATCTTTTGAGTGTAGACGCCATGTAAATAAAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25065	TTGTGTGCTCGTGAATCATCTTTTGAGTGTAGACGCCATGTAAATAAAAG	25114

BX255889.7	101	ATTAATTGTGTAATTTAGAGAGCTTTATAAATTATAACGGATCTTTGTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25115	ATTAATTGTGTAATTTAGAGAGCTTTATAAATTATAACGGATCTTTGTGA	25164

BX255889.7	151	GATCTCTATGAACTAAGATTAGTGACGCTTTTTAGTGTAAATAAGAGGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25165	GATCTCTATGAACTAAGATTAGTGACGCTTTTTAGTGTAAATAAGAGGAG	25214

BX255889.7	201	CGTGCTTTGCACTTTCCAGGCTATAATCCATTCAGAATTTGTATGAAACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25215	CGTGCTTTGCACTTTCCAGGCTATAATCCATTCAGAATTTGTATGAAACT	25264

BX255889.7	251	TTCGTTTTCGGCACATGTACGCTGATATGTTTTGGGAATACATCTGCATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25265	TTCGTTTTCGGCACATGTACGCTGATATGTTTTGGGAATACATCTGCATA	25314

BX255889.7	301	TTTACGCTGGGTTTATTCTCGAAATAACGGTGAAGCAATAGACGGGACAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25315	TTTACGCTGGGTTTATTCTCGAAATAACGGTGAAGCAATAGACGGGACAA	25364

BX255889.7	351	AAATATTTCCCCCTTCTCCTAAACAACTTAGTGTTTCAGCTATGAAATAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25365	AAATATTTCCCCCTTCTCCTAAACAACTTAGTGTTTCAGCTATGAAATAG	25414

BX255889.7	401	TTCAGTTTTGTATGTATCCTAATGGCAAAGTGTTTATATTTTGTTTAGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25415	TTCAGTTTTGTATGTATCCTAATGGCAAAGTGTTTATATTTTGTTTAGTT	25464

BX255889.7	451	TTTTATTATTTAGAAAAACGCTTATTTAGAAAAAGTTTGGAGCATTTTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25465	TTTTATTATTTAGAAAAACGCTTATTTAGAAAAAGTTTGGAGCATTTTTA	25514

BX255889.7	501	TTCGTTAAAAATAGGTTTTTTTAACGAACAGCGCCCAGCGGAAGACCATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25515	TTCGTTAAAAATAGGTTTTTTTAACGAACAGCGCCCAGCGGAAGACCATC	25564

BX255889.7	551	ATTGTCTGTTTGATCAGTTTGCCTTCTCAGATCATCACGACTTGCCTAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25565	ATTGTCTGTTTGATCAGTTTGCCTTCTCAGATCATCACGACTTGCCTAAA	25614

BX255889.7	601	ATAAAAGATATAAAACAGTTCAAGTATAAAACAATGGTAGCTTAAACGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25615	ATAAAAGATATAAAACAGTTCAAGTATAAAACAATGGTAGCTTAAACGTT	25664

BX255889.7	651	AAAGAATGTGTGCTATTAGGCGCATAGTTTGCTTATAAAAAGCTTGCAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25665	AAAGAATGTGTGCTATTAGGCGCATAGTTTGCTTATAAAAAGCTTGCAGG	25714

BX255889.7	701	ACATCGAGGCGCCAGAGCAATCACTTGCATTTTTTCAGTGGGAGCAATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25715	ACATCGAGGCGCCAGAGCAATCACTTGCATTTTTTCAGTGGGAGCAATTT	25764

BX255889.7	751	AAAGTTATCCGTCATTTTTGCTCACAAAGTACGAGTAATACATCAAAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25765	AAAGTTATCCGTCATTTTTGCTCACAAAGTACGAGTAATACATCAAAAAA	25814

BX255889.7	801	CGTTACAGCGTTTTTATAAAATAAAGAAAACCAAAATTATGCGCTTTCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25815	CGTTACAGCGTTTTTATAAAATAAAGAAAACCAAAATTATGCGCTTTCTG	25864

BX255889.7	851	TCGTCTGGTTTTTGAACAGGAGCGCTTAACAAAATGAAGCAATATGCCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25865	TCGTCTGGTTTTTGAACAGGAGCGCTTAACAAAATGAAGCAATATGCCTC	25914

BX255889.7	901	ACAGACATAATAAATATATTTATAGAAAGCTTTAAATTATTACTTAACGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25915	ACAGACATAATAAATATATTTATAGAAAGCTTTAAATTATTACTTAACGA	25964

BX255889.7	951	AATAAAACAAATCGAAAACAAAAAAACTCCTTCATGTAATCCGTAAAGAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	25965	AATAAAACAAATCGAAAACAAAAAAACTCCTTCATGTAATCCGTAAAGAT	26014

BX255889.7	1001	GAATTTCTTTCTAAAGGCGAGTCCAAGAGGAGATTGCCAGTCAGGATCTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26015	GAATTTCTTTCTAAAGGCGAGTCCAAGAGGAGATTGCCAGTCAGGATCTT	26064

BX255889.7	1051	TGCGACACTGACTCAGAATAAGTAAATAATAAATTAAAATAATAAATAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26065	TGCGACACTGACTCAGAATAAGTAAATAATAAATTAAAATAATAAATAAT	26114

BX255889.7	1101	AAAATAAAATAATAAAAAAATAAAATAAAATAATAAATAAATAATCAAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26115	AAAATAAAATAATAAAAAAATAAAATAAAATAATAAATAAATAATCAAGA	26164

BX255889.7	1151	TATGTCCTTACTCTTTCCTTGACACATTCATTGTTATTTATTTTTGCCGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26165	TATGTCCTTACTCTTTCCTTGACACATTCATTGTTATTTATTTTTGCCGG	26214

BX255889.7	1201	TGCTTGGGGCGAGTTTTAGCTTATTGTGTGCGGCTGTGCGCTTGAACGCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26215	TGCTTGGGGCGAGTTTTAGCTTATTGTGTGCGGCTGTGCGCTTGAACGCG	26264

BX255889.7	1251	GATTCACAGTAGCAGTTTTAACATGGAGTGATACGACATCTGACGTACAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26265	GATTCACAGTAGCAGTTTTAACATGGAGTGATACGACATCTGACGTACAG	26314

BX255889.7	1301	ATGACACTGGCACAGTCCGGTTTTCCACTGTCATGTGTCACTTGCTAGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26315	ATGACACTGGCACAGTCCGGTTTTCCACTGTCATGTGTCACTTGCTAGTG	26364

BX255889.7	1351	GCATGTGTAGTGACCTGTGTCACTCAGAGTGTCGCGCTGCATGTCACTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26365	GCATGTGTAGTGACCTGTGTCACTCAGAGTGTCGCGCTGCATGTCACTGC	26414

BX255889.7	1401	AGTGACATCGACACCCGGCGAAGCTTATGACATTAATTAACACGAGCAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26415	AGTGACATCGACACCCGGCGAAGCTTATGACATTAATTAACACGAGCAAA	26464

BX255889.7	1451	ACCATATTTAATCATTACGCGACTTTTAACCTAATTTATCGCGTCGCAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26465	ACCATATTTAATCATTACGCGACTTTTAACCTAATTTATCGCGTCGCAAG	26514

BX255889.7	1501	TTAGTTTATTTGCTGAGCTACTCCACGATGTTTTAATTTAAACGCATTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26515	TTAGTTTATTTGCTGAGCTACTCCACGATGTTTTAATTTAAACGCATTTA	26564

BX255889.7	1551	TTTTATGTATTCGTAGTCATACTTCCGTACGTAATATAGTCATTTGACAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26565	TTTTATGTATTCGTAGTCATACTTCCGTACGTAATATAGTCATTTGACAG	26614

BX255889.7	1601	TACATGTCAGTCAAATTTATTGTGGCATGCTTATGTATGGGAGGGGTTAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26615	TACATGTCAGTCAAATTTATTGTGGCATGCTTATGTATGGGAGGGGTTAC	26664

BX255889.7	1651	ACTTATCTGTTGTACTGTATATTATTGCATCCTGGCAGTTCCTTTGTTCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26665	ACTTATCTGTTGTACTGTATATTATTGCATCCTGGCAGTTCCTTTGTTCC	26714

BX255889.7	1701	CTACAATATGGACTTCTCTATGTTTTTAATTAAATCATTTATTTTATTAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26715	CTACAATATGGACTTCTCTATGTTTTTAATTAAATCATTTATTTTATTAT	26764

BX255889.7	1751	TTAACTTATTTTCATTTTAAGGTATTTTAAATAATATCCTTTAAAAAGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26765	TTAACTTATTTTCATTTTAAGGTATTTTAAATAATATCCTTTAAAAAGTT	26814

BX255889.7	1801	ATATTAAAATGCATGTTGAAAACTCATAACATATATGCATGTAAGATAAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26815	ATATTAAAATGCATGTTGAAAACTCATAACATATATGCATGTAAGATAAC	26864

BX255889.7	1851	AGGTGTCATTTGCCTAATGATTTTTAAATATTAAAGCAAAGAGACTTAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26865	AGGTGTCATTTGCCTAATGATTTTTAAATATTAAAGCAAAGAGACTTAAA	26914

BX255889.7	1901	AGATTAATGTGCTTATAACGTGCTTATACTGACACCTACTGGCACATGTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26915	AGATTAATGTGCTTATAACGTGCTTATACTGACACCTACTGGCACATGTC	26964

BX255889.7	1951	ACAAGATCACTGACACTGGCATGTGTCACTGACATTACTGGCATGTGTCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573049.8	26965	ACAAGATCACTGACACTGGCATGTGTCACTGACATTACTGGCATGTGTCT	27014

Overview

Query
BX255889.7 - 162918 bps
Hit
CT573049.8 - 27014 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001923200012000125015270141
210042795634656424-12333111
310049937004670138-12333251
410043819178391863-12333131
597.8342926863695412333241
61004279563455642312333111
71004075914289150212333071
897.8438948823188324-12343261
91004592700467013712343251
1097.843894882308832312343261
111003980917839186212343131
12100449014820314829212343231
1397.8389168646954-12353251
141003776397393981412353101
151004490148203148292-12363251
1697.363077161732161808-12503251
1710037763973939814-12513261
1810036749142991502-12523251
1978.1331071535561536621561957231
2077.18331438576985911-1584959971
21100306172815728751847085301
2210033673903939105-1848385491
2389.0587147104164104310-111393115381
2491.67811202106521184111398115171
2584.611202794828848566-112325126101
2695.3198128104194104321112386125131
2785.351212802089521174-112388126601
2885.04561301738217511-112612127381
2994.5546556325263306124513245671
Short-link