<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956363.11	1	GATCCTTAACCCACTGAGCAAGGCCAGGGATTGAACCTGCGTTCCCATGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	103914	GATCCTTAACCCACTGAGCAAGGCCAGGGATTGAACCTGCGTTCCCATGG	103963

CR956363.11	51	ATCCTAGTTGGGTTCATTAACTGCTAAGCCATGATGGGAACTCCTCATGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	103964	ATCCTAGTTGGGTTCATTAACTGCTAAGCCATGATGGGAACTCCTCATGG	104013

CR956363.11	101	TGTAAACTTTTAATTTATATTCCTGGTGCTTGTGCTGAGTGCTTGCTTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104014	TGTAAACTTTTAATTTATATTCCTGGTGCTTGTGCTGAGTGCTTGCTTTA	104063

CR956363.11	151	TCTCATTTAATCGATAAAACATCCTTATAAGGGACATGGTATTATAGCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104064	TCTCATTTAATCGATAAAACATCCTTATAAGGGACATGGTATTATAGCTT	104113

CR956363.11	201	GGGTTCTAGGACACGGGGCTCCCAGGTTCTCAGAGCCGTGAAGGGAGTGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104114	GGGTTCTAGGACACGGGGCTCCCAGGTTCTCAGAGCCGTGAAGGGAGTGG	104163

CR956363.11	251	CTCTTGGCCTTGCAGGTTCAATGAGTGGTGAGGTGGAATTCACCCAGGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104164	CTCTTGGCCTTGCAGGTTCAATGAGTGGTGAGGTGGAATTCACCCAGGAA	104213

CR956363.11	301	GACCAGTATCCCAGCTTTGGCTCTGTACCACCTCGACATGAACCGTAAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104214	GACCAGTATCCCAGCTTTGGCTCTGTACCACCTCGACATGAACCGTAAAT	104263

CR956363.11	351	CATGGATCTGCCCCTTTAGTCGGAGAGCTTCAGAGAAGATGACTTAGGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104264	CATGGATCTGCCCCTTTAGTCGGAGAGCTTCAGAGAAGATGACTTAGGTG	104313

CR956363.11	401	ACACAGAGAATTTTGTTGCAAGCGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104314	ACACAGAGAATTTTGTTGCAAGCGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGT	104363

CR956363.11	451	TTTGTTTTGTTTTACATCTAAAGAAATCCCTGCAAAAATTCAAGACACCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104364	TTTGTTTTGTTTTACATCTAAAGAAATCCCTGCAAAAATTCAAGACACCC	104413

CR956363.11	501	AAATCTCTTAAAAAGCTCCTGGAATTGATGTGCATCTGATTCGTGTTCCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104414	AAATCTCTTAAAAAGCTCCTGGAATTGATGTGCATCTGATTCGTGTTCCT	104463

CR956363.11	551	TCAACTTAGCGGTAGACAGAGTCGCCCTGCTTGGCAGTGGCCTCACGTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104464	TCAACTTAGCGGTAGACAGAGTCGCCCTGCTTGGCAGTGGCCTCACGTTC	104513

CR956363.11	601	TGGAGTGGCTTTCCCAGGAGGAGCCTTCATGGGGCTTGGGGAGAGGTCCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104514	TGGAGTGGCTTTCCCAGGAGGAGCCTTCATGGGGCTTGGGGAGAGGTCCC	104563

CR956363.11	651	AGGTGAAGTTACCTGGGTTGGCAGTGTCCTCATGCGTTCTTAGAAGCTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104564	AGGTGAAGTTACCTGGGTTGGCAGTGTCCTCATGCGTTCTTAGAAGCTGG	104613

CR956363.11	701	GGCCGGGGCCCCTTACAAGTTACTGTGCAAACCTATCTTCCCTTTTCTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104614	GGCCGGGGCCCCTTACAAGTTACTGTGCAAACCTATCTTCCCTTTTCTGT	104663

CR956363.11	751	CTTTGGTCCCGAGACCTTCTTACTTGGAAGATTTGAGATGATGTCCCCAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104664	CTTTGGTCCCGAGACCTTCTTACTTGGAAGATTTGAGATGATGTCCCCAA	104713

CR956363.11	801	GGCCGGGGGAGCAGGCAGTCGTGTCAGCGGGCGGGGTGTTCGCTCTCTCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104714	GGCCGGGGGAGCAGGCAGTCGTGTCAGCGGGCGGGGTGTTCGCTCTCTCC	104763

CR956363.11	851	TACTCGTTGAAAGATGTCCCAGGCCACCTGGTTCCTCTCCCAGTCGCTGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104764	TACTCGTTGAAAGATGTCCCAGGCCACCTGGTTCCTCTCCCAGTCGCTGC	104813

CR956363.11	901	GTGGCTGTGGCTGACCTTGGACCGAAATGCCCCTTACTGCCCAGAATTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104814	GTGGCTGTGGCTGACCTTGGACCGAAATGCCCCTTACTGCCCAGAATTTC	104863

CR956363.11	951	CATCCGGTCCCATCAGGAGGGGAAATGTGGATGCTGCGTTTGTGTCTGAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104864	CATCCGGTCCCATCAGGAGGGGAAATGTGGATGCTGCGTTTGTGTCTGAG	104913

CR956363.11	1001	CTTCAGCGGGACCCCAGCCCCAGAATCAGTGGTTCCACCTGCCTGGACCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104914	CTTCAGCGGGACCCCAGCCCCAGAATCAGTGGTTCCACCTGCCTGGACCA	104963

CR956363.11	1051	TCAGCGGGGACGTCTCCTCGTGTGCACCTGTGCCTGAGAGGTGACGAGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	104964	TCAGCGGGGACGTCTCCTCGTGTGCACCTGTGCCTGAGAGGTGACGAGAA	105013

CR956363.11	1101	GGGCAGCAGGTTCCAGCGTGAGGAAAGGGGCGGGGCTGAAATTTGGGGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105014	GGGCAGCAGGTTCCAGCGTGAGGAAAGGGGCGGGGCTGAAATTTGGGGAT	105063

CR956363.11	1151	GGCACCTATAGATCACGGAAGGGCACTCTTCCCCAGGCAATGCCAATCGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105064	GGCACCTATAGATCACGGAAGGGCACTCTTCCCCAGGCAATGCCAATCGT	105113

CR956363.11	1201	GGTCCGTCTTCGTTCATTTCGTTCCAGAAGGAGATCTAATTTTAATTTCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105114	GGTCCGTCTTCGTTCATTTCGTTCCAGAAGGAGATCTAATTTTAATTTCT	105163

CR956363.11	1251	ATTAGGTCGATCGGTACGAAATTCCCACTTTTGTAGTTTCGTGACAGCCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105164	ATTAGGTCGATCGGTACGAAATTCCCACTTTTGTAGTTTCGTGACAGCCA	105213

CR956363.11	1301	AACTTTGGCAAATTCGAATGGCTCCATTTAGCACAACAAAATAATTTAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105214	AACTTTGGCAAATTCGAATGGCTCCATTTAGCACAACAAAATAATTTAAA	105263

CR956363.11	1351	TCTGAGGAAGAGGCCGGTCAGCCCTTTGCGTGGCTCAGTGTTTTCAAAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105264	TCTGAGGAAGAGGCCGGTCAGCCCTTTGCGTGGCTCAGTGTTTTCAAAAG	105313

CR956363.11	1401	GATGTTGACACGGTTCAGCCGTACGTCTCTTGTGTGTGGCGAGCAGCTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105314	GATGTTGACACGGTTCAGCCGTACGTCTCTTGTGTGTGGCGAGCAGCTGT	105363

CR956363.11	1451	TAATGGTTAAGGCGTTGTGGCTGCCCTACGCGTGGCCTCTTGTCACCAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105364	TAATGGTTAAGGCGTTGTGGCTGCCCTACGCGTGGCCTCTTGTCACCAAG	105413

CR956363.11	1501	AGTCTCCTGCCTCTCCAAGTGGCAGGAATCTCATTGCGAGGGCCATTCCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105414	AGTCTCCTGCCTCTCCAAGTGGCAGGAATCTCATTGCGAGGGCCATTCCT	105463

CR956363.11	1551	GATCTAGATAAGAACCCATCAGATCTCATGAAAATTTAATGTGTCAAAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105464	GATCTAGATAAGAACCCATCAGATCTCATGAAAATTTAATGTGTCAAAGT	105513

CR956363.11	1601	GTATAGTTGCATGAGTTTTTTTTTTAATAAACTATTTCATAGCCCTTGGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105514	GTATAGTTGCATGAGTTTTTTTTTTAATAAACTATTTCATAGCCCTTGGT	105563

CR956363.11	1651	AACGCCAGATAAATACATTGATAATAAGCCTCCTCCAGGGGCTGTGGGGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105564	AACGCCAGATAAATACATTGATAATAAGCCTCCTCCAGGGGCTGTGGGGT	105613

CR956363.11	1701	TGCCAGGTGGCCCACTAGGATGACCTCTGCTCTCTCTCTTATTTGTGGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105614	TGCCAGGTGGCCCACTAGGATGACCTCTGCTCTCTCTCTTATTTGTGGCT	105663

CR956363.11	1751	TTTCCTTAAAGGAATTCCTGCCTTTTGTTTTTCTTCCTCAAGTAGATTTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105664	TTTCCTTAAAGGAATTCCTGCCTTTTGTTTTTCTTCCTCAAGTAGATTTC	105713

CR956363.11	1801	AAGTTTGACAGATTCTGGGGGTTTTAACTGGATTTTGTGCTTTTTGCCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105714	AAGTTTGACAGATTCTGGGGGTTTTAACTGGATTTTGTGCTTTTTGCCTG	105763

CR956363.11	1851	AAGGATGGAGTGACAGCCCTGTGTGCACCTTCCCCTGGGGCCACGGTTGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105764	AAGGATGGAGTGACAGCCCTGTGTGCACCTTCCCCTGGGGCCACGGTTGA	105813

CR956363.11	1901	CCCACGGTCCCCAGCTGAGCCTCAGTTTGGGGGTCTTTAAACTGGCTTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105814	CCCACGGTCCCCAGCTGAGCCTCAGTTTGGGGGTCTTTAAACTGGCTTTG	105863

CR956363.11	1951	GGGGACTCGTCAGGCTTGCCCAAATTTGGGTCTTAGTGATTGGTTCCTCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573045.6	105864	GGGGACTCGTCAGGCTTGCCCAAATTTGGGTCTTAGTGATTGGTTCCTCT	105913

Overview

Query
CR956363.11 - 208621 bps
Hit
CT573045.6 - 105913 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198920001200011039141059131
293.3664892182284183175-132123330021
386.67150255116631116885147871481251
491.91832478392184167147885481311
59220327399801100073-147887481611
688.81702702398624255147891481581
791.49170235146764146998147891481251
893.6211265154416154680147891481561
987.54168274171478171751147891481631
1088.94152235175855176089147891481251
1194.34243300179114179413147891481901
1293.49237303195634195936147891481971
1393.891802293582136049-147891481191
1491.711762427445474695-147891481311
1592.31174235208323208557-147891481241
1690.48206296127614127909-147893481861
1794.44207252157395157646-147897481481
1887.4145239146761146999-163143633801
1979.05156484182506182989178535790161
2096.2714691739181424183162-185640873791
2185.71103320395837960417188556906061
Short-link