<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CR955038.1	1	AAGCTTTGGGGCTTGGATAGCTTCCCTGGGACACACAGTCCTAAGACACC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	74602	AAGCTTTGGGGCTTGGATAGCTTCCCTGGGACACACAGTCCTAAGACACC	74651

CR955038.1	51	TAAACTTTGCAAACATCTCAGGTTTCTGACATAAAACATTCTGACCCCGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	74652	TAAACTTTGCAAACATCTCAGGTTTCTGACATAAAACATTCTGACCCCGA	74701

CR955038.1	101	ACAGAAGGGGGATGCAATGTAATTCCTAGGTCTTTGGGCTAGCCATATTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	74702	ACAGAAGGGGGATGCAATGTAATTCCTAGGTCTTTGGGCTAGCCATATTT	74751

CR955038.1	151	GATATCTATAGCTTAGTATCCTGCGTTACTATCTGAAGGAACCAGGTTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	74752	GATATCTATAGCTTAGTATCCTGCGTTACTATCTGAAGGAACCAGGTTTA	74801

CR955038.1	201	GGGTGTTTTCCAGATAGTAGAAGCATATTGTGTGCTGACCACTCCTCTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	74802	GGGTGTTTTCCAGATAGTAGAAGCATATTGTGTGCTGACCACTCCTCTAT	74851

CR955038.1	251	GTAAGAGAACCCCTTCAAGCAAAACAAAAGAAGATAAAGTGTTTTACTCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	74852	GTAAGAGAACCCCTTCAAGCAAAACAAAAGAAGATAAAGTGTTTTACTCA	74901

CR955038.1	301	CAACAGCATAGATTTTACAGACCTCCATTTGATCTCCATTTGATAGATGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	74902	CAACAGCATAGATTTTACAGACCTCCATTTGATCTCCATTTGATAGATGA	74951

CR955038.1	351	GGAAACTGAGGATCCCAGAGGCTAGAAAGAATGTGTGGCCTGGGACTGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	74952	GGAAACTGAGGATCCCAGAGGCTAGAAAGAATGTGTGGCCTGGGACTGTA	75001

CR955038.1	401	GTTTAGATTTCCAGGTTCCCTGACCTGCTATGGTTGCACAGCTAAATCAT	450
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75002	GTT-AGATTTCCAGGTTCCCTGACCTGCTATGGTTGCACAGCTAAATCAT	75050

CR955038.1	451	ACCAGGGAGCCCAGCAGACTAAAGTCCATCACTTAGATTATGGATTTTAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75051	ACCAGGGAGCCCAGCAGACTAAAGTCCATCACTTAGATTATGGATTTTAC	75100

CR955038.1	501	AGTGACATAATGACACTTGTAGCACCTTTGGGGGCCAATTGAGAATTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75101	AGTGACATAATGACACTTGTAGCACCTTTGGGGGCCAATTGAGAATTTTT	75150

CR955038.1	551	AAAAGTTAATTAACCTTTTGGTTTTTTTACTAGCTAAAAAAAAGGTTTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75151	AAAAGTTAATTAACCTTTTGGTTTTTTTACTAGCTAAAAAAAAGGTTTTC	75200

CR955038.1	601	TCTGATTCTGTTTGGGGACCATTCGATCTATTTAAGACTCAAAGGTAATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75201	TCTGATTCTGTTTGGGGACCATTCGATCTATTTAAGACTCAAAGGTAATC	75250

CR955038.1	651	TTCCTGCTGCCTTAAGGGATCCTATCAAGATTCCTCCAATAAAAATGCCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75251	TTCCTGCTGCCTTAAGGGATCCTATCAAGATTCCTCCAATAAAAATGCCA	75300

CR955038.1	701	GTTTTTTATTTTTATTTTTTCTGGAGTTCAAGGGTACTTTCTATATTCTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75301	GTTTTTTATTTTTATTTTTTCTGGAGTTCAAGGGTACTTTCTATATTCTA	75350

CR955038.1	751	GGCCTGGAATGTGAGGTGGACTGTCACCCAGACAGAGGAATCTGTGACAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75351	GGCCTGGAATGTGAGGTGGACTGTCACCCAGACAGAGGAATCTGTGACAA	75400

CR955038.1	801	GGACCAGTGTAGGTGAGGAGAAAGGGACTGAGATCGGGGTGGTTTGGGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75401	GGACCAGTGTAGGTGAGGAGAAAGGGACTGAGATCGGGGTGGTTTGGGGG	75450

CR955038.1	851	ACAATATTGGGTGTACTGCTAAGACTGAAATAACACTCAAAGATTTTCTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75451	ACAATATTGGGTGTACTGCTAAGACTGAAATAACACTCAAAGATTTTCTA	75500

CR955038.1	901	GGAGGCTTTCCCTCCCTTTCCCTGCCCTTCCCCTAGGTACCCAACTTCCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75501	GGAGGCTTTCCCTCCCTTTCCCTGCCCTTCCCCTAGGTACCCAACTTCCC	75550

CR955038.1	951	TCACTGAGCAGGGCATGACTCTGGGGCAAGCTGCCCATGTGGCCACCCCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75551	TCACTGAGCAGGGCATGACTCTGGGGCAAGCTGCCCATGTGGCCACCCCA	75600

CR955038.1	1001	TAGAGGCTTGGTGATATATTTTGCATATACTTACATATGTCTATATCGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75601	TAGAGGCTTGGTGATATATTTTGCATATACTTACATATGTCTATATCGTT	75650

CR955038.1	1051	TCTCTTGATAGATAGCATGTTAGGTTCTTGAGGTCAGAGACTATTTTATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75651	TCTCTTGATAGATAGCATGTTAGGTTCTTGAGGTCAGAGACTATTTTATT	75700

CR955038.1	1101	TTTGTCTTTGTATTCCCAGCATTTGGCACAGTGCTTAGCACACAGAAGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75701	TTTGTCTTTGTATTCCCAGCATTTGGCACAGTGCTTAGCACACAGAAGAT	75750

CR955038.1	1151	ACTTAATAAATGCTTGTTGATTGATTGATTAGTGATTGACAGGTGGATTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75751	ACTTAATAAATGCTTGTTGATTGATTGATTAGTGATTGACAGGTGGATTC	75800

CR955038.1	1201	TCCATTGAGAGTCACCCAGCCCACTAATGTGGAGGAGTCCCAAAGCTGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75801	TCCATTGAGAGTCACCCAGCCCACTAATGTGGAGGAGTCCCAAAGCTGCT	75850

CR955038.1	1251	GCTCTGAAACTGCTCCCTGCCCTCTTTCTGGCAACTAGGAATGGCAGTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75851	GCTCTGAAACTGCTCCCTGCCCTCTTTCTGGCAACTAGGAATGGCAGTTT	75900

CR955038.1	1301	AATGATTCCAGGCGTGGGCTCATAGTAGACAAAGAGCTATTAGGTATGCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75901	AATGATTCCAGGCGTGGGCTCATAGTAGACAAAGAGCTATTAGGTATGCA	75950

CR955038.1	1351	CAAGTTCTTCACTTAAAAAAAAAAAAAAGCTTTTCTCTTTTGGCATTTTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75951	CAAGTTCTTCACTTAAAAAAAAAAAAAAGCTTTTCTCTTTTGGCATTTTG	76000

CR955038.1	1401	CCTTGGGTTAGACTGGAGATTTTAAGCTTCTTATGGGTTGAAAGTTCTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76001	CCTTGGGTTAGACTGGAGATTTTAAGCTTCTTATGGGTTGAAAGTTCTTT	76050

CR955038.1	1451	CCCCTGACCTACACCCCCAATACCTCATTTTAGTGTGGATGTGACCCTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76051	CCCCTGACCTACACCCCCAATACCTCATTTTAGTGTGGATGTGACCCTTG	76100

CR955038.1	1501	AATTTTGAAGGCTATGCCTGCAGAATTAAAACTTGGGTTGGTCTTTTTAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76101	AATTTTGAAGGCTATGCCTGCAGAATTAAAACTTGGGTTGGTCTTTTTAA	76150

CR955038.1	1551	GCTGAACAGTAAGGGCTTCTAGTAGAAATGTGCATCTGTCCTCTAAGGAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76151	GCTGAACAGTAAGGGCTTCTAGTAGAAATGTGCATCTGTCCTCTAAGGAC	76200

CR955038.1	1601	CAGCCTAATAGAGAGGCTCATCACCATAAAATTGGGCACCAGGTGATGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76201	CAGCCTAATAGAGAGGCTCATCACCATAAAATTGGGCACCAGGTGATGAA	76250

CR955038.1	1651	TTTTTTAATGGAGCAAACCCATCAAGGGAGTAATGGGATTCTTACCTATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76251	TTTTTTAATGGAGCAAACCCATCAAGGGAGTAATGGGATTCTTACCTATA	76300

CR955038.1	1701	TAGCTGGAGGCAGTGCCTACACTCATTAAAATCACTGCTTCCCGAAGCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76301	TAGCTGGAGGCAGTGCCTACACTCATTAAAATCACTGCTTCCCGAAGCAT	76350

CR955038.1	1751	TTAAGTATTCTGAGAATATGCCTTTTTTCTTTTAAAAGTTTTTCATTAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76351	TTAAGTATTCTGAGAATATGCCTTTTTTCTTTTAAAAGTTTTTCATTAAT	76400

CR955038.1	1801	TTTTTTTGGCCATCTTAATTTATATCCGTCCCCCTCCTTCTAACAATGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76401	TTTTTTTGGCCATCTTAATTTATATCCGTCCCCCTCCTTCTAACAATGGA	76450

CR955038.1	1851	GTGATTCCTTGTAAAAATGATTTAAAAAGAAAAACGTTGAACAAAACTAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76451	GTGATTCCTTGTAAAAATGATTTAAAAAGAAAAACGTTGAACAAAACTAT	76500

CR955038.1	1901	CCAAAATCTCAATCAAATCTGACAATACGTGTGATATTCCATACCTGTAG	1950
			|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76501	CCAATATCTCAATCAAATCTGACAATATGTGTGATATTCCATACCTGTAG	76550

CR955038.1	1951	CTCTCCACCTCTTCAAAGAAGGGAGTGGTGCATTATCCCGCTTTTTCTCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76551	CTCTCCACCTCTTCAAAGAAGGGAGTGGTGCATTATCCCGCTTTTTCTCT	76600

CR955038.1	2001	G	2001
			|
CT573039.4	76601	G	76601

Compact alignment

skip 400 bps 100% identity alignment

CR955038.1	401	GTTTAGATTTCCAGGTTCCCTGACCTGCTATGGTTGCACAGCTAAATCAT	450
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573039.4	75002	GTT-AGATTTCCAGGTTCCCTGACCTGCTATGGTTGCACAGCTAAATCAT	75050

skip 1450 bps 100% identity alignment

CR955038.1	1901	CCAAAATCTCAATCAAATCTGACAATACGTGTGATATTCCATACCTGTAG	1950
			|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CT573039.4	76501	CCAATATCTCAATCAAATCTGACAATATGTGTGATATTCCATACCTGTAG	76550

skip 51 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR955038.1 - 177029 bps
Hit
CT573039.4 - 76601 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.851965200112001174602766011
287.328961647756607730618962106021
384.835181133480474917919252103781
480.833481038682276926419293103251
586.89139425076734869854112639151651
685.6954610847594677029113500145821
783.524361053161153162205-113521145761
884.6157612474806449310113521147551
987.723927246734468067116838175701
1083.894229694805449022-120580215471
1184.864599727594876919-120586215561
1279.1144815496759569143-120597221471
1385.94136726046734469947129179317821
1485.5252510637596777029130054311161
1583.324201031161153162183-130074311101
1684.1554012144808649299130074312781
1789.084186501812118770144506451551
1887.896631161168387169547145742469051
1985.6860612276733168557162382636101
2084.423908514845849308163611644641
Short-link