<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT010589.1	1	AAGCTTTCATTGATTGCAGTCATCTGATCCAGAAAAGAGTCTTATTGTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	140636	AAGCTTTCATTGATTGCAGTCATCTGATCCAGAAAAGAGTCTTATTGTTT	140685

CT010589.1	51	CTCCACCTGGTCTGAGCTATGTCAGCTTCTTACTTGTTTTTGTCTGAACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	140686	CTCCACCTGGTCTGAGCTATGTCAGCTTCTTACTTGTTTTTGTCTGAACA	140735

CT010589.1	101	AGAATAGAATACAGCTGGACTCAGACCCTATTAGCCAACTACAGAGCTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	140736	AGAATAGAATACAGCTGGACTCAGACCCTATTAGCCAACTACAGAGCTCA	140785

CT010589.1	151	TTGATCCAGAGTAACAGAACTGTAGGCAGCTCTCTGGTTAGAGATTCCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	140786	TTGATCCAGAGTAACAGAACTGTAGGCAGCTCTCTGGTTAGAGATTCCTG	140835

CT010589.1	201	CCCTGATTAATACTCTTCAGCCTGGACTAGATATTGGACGGAGACCCTGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	140836	CCCTGATTAATACTCTTCAGCCTGGACTAGATATTGGACGGAGACCCTGC	140885

CT010589.1	251	TCTGCCCATGGGATAAGAGATCCCAGTGTTTCTGACTTAGGAACTTTCTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	140886	TCTGCCCATGGGATAAGAGATCCCAGTGTTTCTGACTTAGGAACTTTCTC	140935

CT010589.1	301	TTTTATGAGGGCCTCAATGCCCTGAAATACCACCCATACAAAAGGCCTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	140936	TTTTATGAGGGCCTCAATGCCCTGAAATACCACCCATACAAAAGGCCTGT	140985

CT010589.1	351	TATAAACCTGCCTTGGATCTGTGACCCAGAACTGAATAATGGGCAAAGAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	140986	TATAAACCTGCCTTGGATCTGTGACCCAGAACTGAATAATGGGCAAAGAA	141035

CT010589.1	401	ACTGCCGGTTAGTATCTGTACCCACTGGGGTGGCCCTGTATAGGTTTCAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141036	ACTGCCGGTTAGTATCTGTACCCACTGGGGTGGCCCTGTATAGGTTTCAT	141085

CT010589.1	451	GGTGTCCTGGCATGGATCACCATTCTCTTACCTTGGTGCACAGGCTCCCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141086	GGTGTCCTGGCATGGATCACCATTCTCTTACCTTGGTGCACAGGCTCCCT	141135

CT010589.1	501	GAGGGTTGGAGTACTTCATGGAACCATGTTCTCTGTTTCTTTTTTTATGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141136	GAGGGTTGGAGTACTTCATGGAACCATGTTCTCTGTTTCTTTTTTTATGA	141185

CT010589.1	551	CCTAGGCTGAACAAAAGACTCATTGTGACTTTTTGTGTATTTTCCCATCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141186	CCTAGGCTGAACAAAAGACTCATTGTGACTTTTTGTGTATTTTCCCATCA	141235

CT010589.1	601	GAAATCAGCCTGGTGCATTGCCTAGACCTGTTTTGAGAAGGTTTGTGGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141236	GAAATCAGCCTGGTGCATTGCCTAGACCTGTTTTGAGAAGGTTTGTGGAG	141285

CT010589.1	651	AGGTATTCAACTATACTTCTTCCTACTATATTACTATCTTGGCTCTGCCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141286	AGGTATTCAACTATACTTCTTCCTACTATATTACTATCTTGGCTCTGCCT	141335

CT010589.1	701	CAACAGATAGTTCTTTTTAAAAAAAGTAGAAAGTTATCAACAACCATATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141336	CAACAGATAGTTCTTTTTAAAAAAAGTAGAAAGTTATCAACAACCATATG	141385

CT010589.1	751	AAAAAGTAATTTTCTTTAAGCATAGGTCTGACCACATCATTCCCCCTACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141386	AAAAAGTAATTTTCTTTAAGCATAGGTCTGACCACATCATTCCCCCTACC	141435

CT010589.1	801	CAATACACTTCAGGGGCTGCCCATTACCTCAAGAATCAAAAAATCCTCTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141436	CAATACACTTCAGGGGCTGCCCATTACCTCAAGAATCAAAAAATCCTCTA	141485

CT010589.1	851	CTTGATCTTCTAAGCCCATCATAACCTAACCCCCCCATGAATTCCTCCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141486	CTTGATCTTCTAAGCCCATCATAACCTAACCCCCCCATGAATTCCTCCTC	141535

CT010589.1	901	CTCACAAGTTTTCTTAAACCTTACTTTCTTCTGGTGACATTGGCCTTGCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141536	CTCACAAGTTTTCTTAAACCTTACTTTCTTCTGGTGACATTGGCCTTGCT	141585

CT010589.1	951	GTTCCACTAACAAAATGCTCCATCTCTCAGCTCCAGACATTTTCTCTGGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141586	GTTCCACTAACAAAATGCTCCATCTCTCAGCTCCAGACATTTTCTCTGGC	141635

CT010589.1	1001	TAGTCTCCATGCTTGGAATGCTCTCCCTTATTCCCTTATAGCATTTTCAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141636	TAGTCTCCATGCTTGGAATGCTCTCCCTTATTCCCTTATAGCATTTTCAT	141685

CT010589.1	1051	GAAGATCAGATGAGAAGATATTTGTGTATGTATGTATGTATGTATATCAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141686	GAAGATCAGATGAGAAGATATTTGTGTATGTATGTATGTATGTATATCAT	141735

CT010589.1	1101	ATGTTTATATACATACACACACATATATTTGCAAATATTAAAATTGCTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141736	ATGTTTATATACATACACACACATATATTTGCAAATATTAAAATTGCTAG	141785

CT010589.1	1151	TATAATTATCATTATTATTGCAATGACCAAACCAGAAAACTGAAGATTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141786	TATAATTATCATTATTATTGCAATGACCAAACCAGAAAACTGAAGATTAA	141835

CT010589.1	1201	TCATGCTTCCCAAATATTACCAGAGAAGTGATGAACTAAAAGTGCAGAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141836	TCATGCTTCCCAAATATTACCAGAGAAGTGATGAACTAAAAGTGCAGAAT	141885

CT010589.1	1251	GAGATGTATATGTTCAGTTGTAGGCAATGTGTGGATTTGTTGGATTTGAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141886	GAGATGTATATGTTCAGTTGTAGGCAATGTGTGGATTTGTTGGATTTGAC	141935

CT010589.1	1301	AAGGTAATTTTATTATTCTTGCAAAGCATCTAATCCTCATTTTCATTCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141936	AAGGTAATTTTATTATTCTTGCAAAGCATCTAATCCTCATTTTCATTCAG	141985

CT010589.1	1351	TTTTTAGTTTCAGATCCTCTTTTTCTTCCACCCATTGAGAAGGCAATAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	141986	TTTTTAGTTTCAGATCCTCTTTTTCTTCCACCCATTGAGAAGGCAATAAA	142035

CT010589.1	1401	TTTAAGAATCTATTATAAATATTAAGTCATACAATCAAATTTTTGCATTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142036	TTTAAGAATCTATTATAAATATTAAGTCATACAATCAAATTTTTGCATTC	142085

CT010589.1	1451	ATTAGCCATGTTCCGACAAAAAAACAAGAAAAAGAATTAAAGAGAAAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142086	ATTAGCCATGTTCCGACAAAAAAACAAGAAAAAGAATTAAAGAGAAAAAA	142135

CT010589.1	1501	GTATGTTTCAATCTTCACTCTGCATCCATTAGGTCTCTTTCTGGAGGGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142136	GTATGTTTCAATCTTCACTCTGCATCCATTAGGTCTCTTTCTGGAGGGTG	142185

CT010589.1	1551	ATACTCTTTTTCATCATGGGTCCTTTGAACTGTGTAGCTCTTGTGTTGAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142186	ATACTCTTTTTCATCATGGGTCCTTTGAACTGTGTAGCTCTTGTGTTGAT	142235

CT010589.1	1601	CAGAGTTACTAAGTGTTTCACAATTGATTATCTCTACAGTATTGCTTGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142236	CAGAGTTACTAAGTGTTTCACAATTGATTATCTCTACAGTATTGCTTGTT	142285

CT010589.1	1651	ACTATGTAAATTGTCATCCTGGTTCTTTTCACTTCACTTTACAACAATTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142286	ACTATGTAAATTGTCATCCTGGTTCTTTTCACTTCACTTTACAACAATTC	142335

CT010589.1	1701	AAATAAGTCTTCCCAGGTTTCTATGAAACCCTCTTTATCATTTTTATAAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142336	AAATAAGTCTTCCCAGGTTTCTATGAAACCCTCTTTATCATTTTTATAAC	142385

CT010589.1	1751	ACAATACTATTCTATCACATTCATATATGATAACTTGTTCATTCATTTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142386	ACAATACTATTCTATCACATTCATATATGATAACTTGTTCATTCATTTCT	142435

CT010589.1	1801	TAGGAGAACATATCCTCAGTTTTCAATTCTTTGTCACCACAAAAAGAACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142436	TAGGAGAACATATCCTCAGTTTTCAATTCTTTGTCACCACAAAAAGAACA	142485

CT010589.1	1851	TATGGATCCTTCCCTTTTTCTTTTATTTGTTTGGGATATAGACCATGTAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142486	TATGGATCCTTCCCTTTTTCTTTTATTTGTTTGGGATATAGACCATGTAT	142535

CT010589.1	1901	TGGTATTTATGGATCAAAAGGTATGCAAAGTTTAATATTTTGAGGGGAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142536	TGGTATTTATGGATCAAAAGGTATGCAAAGTTTAATATTTTGAGGGGAAT	142585

CT010589.1	1951	AGTTCCAAATAGCTTTTCAGAATGACTGAACCATTCACATATTGATCAAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573038.4	142586	AGTTCCAAATAGCTTTTCAGAATGACTGAACCATTCACATATTGATCAAT	142635

Overview

Query
CT010589.1 - 148589 bps
Hit
CT573038.4 - 142635 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194220001200011406361426351
286.431532781291513192-131941322201
384.3426157448695442-137842384221
482.493018196412664944138539393661
586.012394316054260972-153240536681
684.952715156021060724-171228717321
778.792058249431595138187312881411
882.1240510849424195324-193222943171
987.412534271276513191-11275631279911
1080.08475158014633114791011306531322481
1180.785981835253002713411306711325011
1282.0461816739351495186-11306861323721
1383.2428475588109564-11376171383801
1489.4212922122933869550711376171397451
1586.92113421602497427133-11376191397451
1691.0918962777145377148153-11376211403811
1786.7111012102130938133039-11376231397511
1887.3227249581488642-11384421389461
1983.36400951141301508011384741394221
2092.3454778172778057-11389591397421
Short-link