<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT963079.4	1	AGCCCTTTCTGTTCATACAGAAGCGGTGCCACCCCCTTCCTTTTCTTTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114351	AGCCCTTTCTGTTCATACAGAAGCGGTGCCACCCCCTTCCTTTTCTTTTT	114400

CT963079.4	51	CCGATACATGCAACATGGATTGAAATCGATTCTGTAGGATTTTATTTAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114401	CCGATACATGCAACATGGATTGAAATCGATTCTGTAGGATTTTATTTAGG	114450

CT963079.4	101	GATGTTTCTCCCTTTTTGGTACTTTTCTCTCTTCAGGACCAACATATTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114451	GATGTTTCTCCCTTTTTGGTACTTTTCTCTCTTCAGGACCAACATATTTT	114500

CT963079.4	151	TCTGTTAAATAAGGATTGCCGTGAAAGAGTCTGTTGCAGTTGCCAAGTAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114501	TCTGTTAAATAAGGATTGCCGTGAAAGAGTCTGTTGCAGTTGCCAAGTAT	114550

CT963079.4	201	CATCATTCTATCGAAAGGAAACCTAGAACAAGGCCCGATTATAGTGCACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114551	CATCATTCTATCGAAAGGAAACCTAGAACAAGGCCCGATTATAGTGCACA	114600

CT963079.4	251	ACCCACCAAGAAGAAGAAACCCATTACAGAAAGAGATTATGATACTAGCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114601	ACCCACCAAGAAGAAGAAACCCATTACAGAAAGAGATTATGATACTAGCA	114650

CT963079.4	301	TTAAAAGTGCCTCGAAAATTGTTTAGCCAATCTAGGTGAGAAAGAAAATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114651	TTAAAAGTGCCTCGAAAATTGTTTAGCCAATCTAGGTGAGAAAGAAAATC	114700

CT963079.4	351	CTTTGCTTATAAGGATCCCTTGGTGAATTCCAAGCTTGAGATGATAAAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114701	CTTTGCTTATAAGGATCCCTTGGTGAATTCCAAGCTTGAGATGATAAAGA	114750

CT963079.4	401	AGGAGCATGCACCAGCAGACAACAAACGCGCGTGTGCTTTTTCCAACCTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114751	AGGAGCATGCACCAGCAGACAACAAACGCGCGTGTGCTTTTTCCAACCTT	114800

CT963079.4	451	TTTAATCCCAGCCCTTGATTTTCTATTTTGCCACATGTCACACATCCATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114801	TTTAATCCCAGCCCTTGATTTTCTATTTTGCCACATGTCACACATCCATG	114850

CT963079.4	501	ATGATAAATGGGGTAAATTGAGCAAACCTAAATGGAGTAAAGATGAACTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114851	ATGATAAATGGGGTAAATTGAGCAAACCTAAATGGAGTAAAGATGAACTC	114900

CT963079.4	551	CACGTTCTTATGGGATGAGTCAACTTTGTATCAACCGGACCAACCTAGAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114901	CACGTTCTTATGGGATGAGTCAACTTTGTATCAACCGGACCAACCTAGAT	114950

CT963079.4	601	TGGCTAGGTGTTTAAATATTGTTCTGACAATGGCAAGGAATGAGAAAGGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	114951	TGGCTAGGTGTTTAAATATTGTTCTGACAATGGCAAGGAATGAGAAAGGA	115000

CT963079.4	651	GAGCAAGAGTCACAAGAGATTTTTTGAAAGACAAATTAGTTTAGTTTAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115001	GAGCAAGAGTCACAAGAGATTTTTTGAAAGACAAATTAGTTTAGTTTAAT	115050

CT963079.4	701	ATAGTAATCTGGGGAACTGGGAAATAGAATACTAGCAAAGATAATCAAGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115051	ATAGTAATCTGGGGAACTGGGAAATAGAATACTAGCAAAGATAATCAAGT	115100

CT963079.4	751	ATTTATTAAACCATTATTTAAATAAAATAACAAATATTGTGGTGACCGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115101	ATTTATTAAACCATTATTTAAATAAAATAACAAATATTGTGGTGACCGGA	115150

CT963079.4	801	TATCAAAAGCATAATTTTTAACATATGCATCGACAACTTTGTCAAAAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115151	TATCAAAAGCATAATTTTTAACATATGCATCGACAACTTTGTCAAAAAAA	115200

CT963079.4	851	AAAAAAAAAACATATGCATCGACAATTATTCCGAATCACATTTATATTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115201	AAAAAAAAAACATATGCATCGACAATTATTCCGAATCACATTTATATTTC	115250

CT963079.4	901	AAATGAGGTTGCATGTGATAAAAAACTGGCAACCAAACATGCCATTAAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115251	AAATGAGGTTGCATGTGATAAAAAACTGGCAACCAAACATGCCATTAAGT	115300

CT963079.4	951	TTCCATGTTAGAAAGTTAAATAAAGCTTATATTCTGCCATCCATTTTTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115301	TTCCATGTTAGAAAGTTAAATAAAGCTTATATTCTGCCATCCATTTTTCA	115350

CT963079.4	1001	TGTTATTTGTTTTTAATGAAAAAATAATAGTAAAAAACAACTGCAGTCAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115351	TGTTATTTGTTTTTAATGAAAAAATAATAGTAAAAAACAACTGCAGTCAC	115400

CT963079.4	1051	GAACTCACTATCCAAAGCTAAAGAGCAAGCAATATCATAAGATACTACTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115401	GAACTCACTATCCAAAGCTAAAGAGCAAGCAATATCATAAGATACTACTT	115450

CT963079.4	1101	ATCAGAATTATTTTTCAATACCATTTCCCAGACAAACTAATTGTATCCAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115451	ATCAGAATTATTTTTCAATACCATTTCCCAGACAAACTAATTGTATCCAG	115500

CT963079.4	1151	ACCTAACCCAAAAAAGACCCGAACAGAACATTTTGTTTGGAAGTAAGCCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115501	ACCTAACCCAAAAAAGACCCGAACAGAACATTTTGTTTGGAAGTAAGCCA	115550

CT963079.4	1201	ACTAAAAGTTGATGGCCAATTGCATGCCGGTTCCCATTCAAAATACGCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115551	ACTAAAAGTTGATGGCCAATTGCATGCCGGTTCCCATTCAAAATACGCAT	115600

CT963079.4	1251	ATAAAAAACGAAAAAATGAGAAGTATCCTATTTGAGGTTCAAAACATAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115601	ATAAAAAACGAAAAAATGAGAAGTATCCTATTTGAGGTTCAAAACATAAT	115650

CT963079.4	1301	CAAATGACAGCCAGTTTCACCAGATGGGAACTCTAATTCGAATCACTTCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115651	CAAATGACAGCCAGTTTCACCAGATGGGAACTCTAATTCGAATCACTTCT	115700

CT963079.4	1351	GCAGAGGCTAGCTGACTCTTGGTAAATGTAGATCTATTGAGACACAGAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115701	GCAGAGGCTAGCTGACTCTTGGTAAATGTAGATCTATTGAGACACAGAAG	115750

CT963079.4	1401	CACGCTATTGAGTACGATCAGATCCATATGCGGGCAATGTGGATGTCGGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115751	CACGCTATTGAGTACGATCAGATCCATATGCGGGCAATGTGGATGTCGGT	115800

CT963079.4	1451	TGTAGCATGTCATGATTTGGGAAATGCATTCCTGGTGGCATGTTTCCAGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115801	TGTAGCATGTCATGATTTGGGAAATGCATTCCTGGTGGCATGTTTCCAGG	115850

CT963079.4	1501	TGGCATTTGCATTGGCCTTTGTAGTGGCATGCTCCCAGGTGGCATTTGCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115851	TGGCATTTGCATTGGCCTTTGTAGTGGCATGCTCCCAGGTGGCATTTGCA	115900

CT963079.4	1551	TTGGCACATTTCCAGGTGGCATTTGTAGTGGCCTTTGTAGTGGAATGCTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115901	TTGGCACATTTCCAGGTGGCATTTGTAGTGGCCTTTGTAGTGGAATGCTC	115950

CT963079.4	1601	CCAGGTGGCATGTTTCCAGGTGGCATTTGCATTGGCCCATTTCCAGGTTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	115951	CCAGGTGGCATGTTTCCAGGTGGCATTTGCATTGGCCCATTTCCAGGTTG	116000

CT963079.4	1651	CATTTGCATTGGCCCATTTCCAGGTGGCATGTTTCCAGCTGGCATGTAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	116001	CATTTGCATTGGCCCATTTCCAGGTGGCATGTTTCCAGCTGGCATGTAAA	116050

CT963079.4	1701	TGTTATTGTGCATCTGCAATGGCATAGATTGAGCAACTGTTGGTAGAGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	116051	TGTTATTGTGCATCTGCAATGGCATAGATTGAGCAACTGTTGGTAGAGTT	116100

CT963079.4	1751	GTTCCCCATCCTGCCTGAGATTGGGGTATCATAGCCGGGTCAGAAATTGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	116101	GTTCCCCATCCTGCCTGAGATTGGGGTATCATAGCCGGGTCAGAAATTGG	116150

CT963079.4	1801	AGTATATTGAGAACCATTATACTGCTGAGCAGGAGGAACCGTCATGGGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	116151	AGTATATTGAGAACCATTATACTGCTGAGCAGGAGGAACCGTCATGGGAA	116200

CT963079.4	1851	CAGGTTGCCCTAAAATTGAGGGCTGAGTGTTCACAACTGGTATCATAGGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	116201	CAGGTTGCCCTAAAATTGAGGGCTGAGTGTTCACAACTGGTATCATAGGA	116250

CT963079.4	1901	ATGGTATAGTCTCTACTCCTATCATTATTGACCTGTAATTACAAAAATCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	116251	ATGGTATAGTCTCTACTCCTATCATTATTGACCTGTAATTACAAAAATCA	116300

CT963079.4	1951	TCGTTGAAATTAAACCGAATCTGTGAATTCATATTACATGCAGCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573028.11	116301	TCGTTGAAATTAAACCGAATCTGTGAATTCATATTACATGCAGCAAGCTT	116350

Overview

Query
CT963079.4 - 92896 bps
Hit
CT573028.11 - 116350 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195920001200011143511163501
277.331075792586026438-116079166471
310033341604163711158341158671
494.7432381643168011158851159221
510033341484151711159541159871
694.7432381535157211159931160301
Short-link