<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU570871.2	99164	CTCGAGCCATCCAGTCAGACTTGTGTAGATTGAATAGTCTGTGCACCTCA	99115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162165	CTCGAGCCATCCAGTCAGACTTGTGTAGATTGAATAGTCTGTGCACCTCA	162214

C  CU570871.2	99114	GGGACTGTGTGTAAACCCTCTGTGAGGACTCGTAGCTCCATTGTAGCCAA	99065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162215	GGGACTGTGTGTAAACCCTCTGTGAGGACTCGTAGCTCCATTGTAGCCAA	162264

C  CU570871.2	99064	CCTAGTCATCACCCTTTTTTATTTAACATTTTCACATCCCTCTACACTTG	99015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162265	CCTAGTCATCACCCTTTTTTATTTAACATTTTCACATCCCTCTACACTTG	162314

C  CU570871.2	99014	ATATTGACCCTCGATGCACCAGCGGTTCGGTTCATCAGCAGCACGCGCGG	98965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162315	ATATTGACCCTCGATGCACCAGCGGTTCGGTTCATCAGCAGCACGCGCGG	162364

C  CU570871.2	98964	GGTCATCTACTTGAGGTGCGGATGCAGACTCTGAACTGGTAGAGTCATTG	98915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162365	GGTCATCTACTTGAGGTGCGGATGCAGACTCTGAACTGGTAGAGTCATTG	162414

C  CU570871.2	98914	GTGGTCTTGGCCCTATGCTCTATTGGCTCCCTGAGAGGTGGTACCAGAAG	98865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162415	GTGGTCTTGGCCCTATGCTCTATTGGCTCCCTGAGAGGTGGTACCAGAAG	162464

C  CU570871.2	98864	CAGTGTCTGCTTTTTACCAAGAAGATTGGGCCGACCCTTAAGCGGAGGCA	98815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162465	CAGTGTCTGCTTTTTACCAAGAAGATTGGGCCGACCCTTAAGCGGAGGCA	162514

C  CU570871.2	98814	GACTCCAACCTGGATGCTGAACCCCCTTCAGAACTAGAGGCAGCCCCGGA	98765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162515	GACTCCAACCTGGATGCTGAACCCCCTTCAGAACTAGAGGCAGCCCCGGA	162564

C  CU570871.2	98764	TGGTGGATCGGTCAATGTGCACTTCTTGTCAAACTGGGAGGCAGTGACTA	98715
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162565	TGGTGGATCGGTCAATGTGCACTTCTTGTCAAACTGGGAGGCAGTGACTA	162614

C  CU570871.2	98714	CGGTGGGAGTAACACTTCGAGGGGTTCCCTAGTAACCCGTACTTCTACAG	98665
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162615	CGGTGGGAGTAACACTTCGAGGGGTTCCCTAGTAACCCGTACTTCTACAG	162664

C  CU570871.2	98664	CCGATGTTGTGGAACCTTGAGGGACATAGGCTGGGTTTGGCTCATTATTG	98615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162665	CCGATGTTGTGGAACCTTGAGGGACATAGGCTGGGTTTGGCTCATTATTG	162714

C  CU570871.2	98614	GAGTCTTCTTTGATCATCTGACGAGACGGGGAAACCGATTTGGATTTGCC	98565
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162715	GAGTCTTCTTTGATCATCTGACGAGACGGGGAAACCGATTTGGATTTGCC	162764

C  CU570871.2	98564	TCTCTTGGCATAGACAACATCCTTATTAGGAGCCATCGGTACCTGTAAAG	98515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162765	TCTCTTGGCATAGACAACATCCTTATTAGGAGCCATCGGTACCTGTAAAG	162814

C  CU570871.2	98514	TATGTGTTAGTCTCAACTCAGCATAGCTACACACTCGAAACCAATGGAAA	98465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162815	TATGTGTTAGTCTCAACTCAGCATAGCTACACACTCGAAACCAATGGAAA	162864

C  CU570871.2	98464	GAAGAAAACATGAAAAATAAAAACACAGTTCTTTTATGCAGATTCACATT	98415
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162865	GAAGAAAACATGAAAAATAAAAACACAGTTCTTTTATGCAGATTCACATT	162914

C  CU570871.2	98414	GATGGGACACATTAATGGTCCGTAGGTTGATCAAAAAATCGGCCGGAAAT	98365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162915	GATGGGACACATTAATGGTCCGTAGGTTGATCAAAAAATCGGCCGGAAAT	162964

C  CU570871.2	98364	ATGATTGACTCCCCTTTCACAAGAACATCAAAGAGTATACCAACAGGCCT	98315
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	162965	ATGATTGACTCCCCTTTCACAAGAACATCAAAGAGTATACCAACAGGCCT	163014

C  CU570871.2	98314	CTTCACAGTTTGATTGGCCATCAGTAATTGCATTGTATTAGGCTTTGGGT	98265
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163015	CTTCACAGTTTGATTGGCCATCAGTAATTGCATTGTATTAGGCTTTGGGT	163064

C  CU570871.2	98264	CTTCCAAGCCTAACTTCTTATAAATGGACAGAGGCATGAGATTTATGCTT	98215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163065	CTTCCAAGCCTAACTTCTTATAAATGGACAGAGGCATGAGATTTATGCTT	163114

C  CU570871.2	98214	GCACCTAGATCACATAGTGCCTTTGCAAAATGTAGCAACCCTATAGTACA	98165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163115	GCACCTAGATCACATAGTGCCTTTGCAAAATGTAGCAACCCTATAGTACA	163164

C  CU570871.2	98164	TGTAATAGTGAAGGAGCCCAGATCTTCTTTCTTCTGCACAAGAGACTTTG	98115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163165	TGTAATAGTGAAGGAGCCCAGATCTTCTTTCTTCTGCACAAGAGACTTTG	163214

C  CU570871.2	98114	TAGCAATAAAACTACAATGATGCATTCCGTCATCATCTTCAAAAATAACC	98065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163215	TAGCAATAAAACTACAATGATGCATTCCGTCATCATCTTCAAAAATAACC	163264

C  CU570871.2	98064	GATCTCTTCTTTGTCGTCATGTCCTTCATAAACTTAGCATAACCAGGCAT	98015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163265	GATCTCTTCTTTGTCGTCATGTCCTTCATAAACTTAGCATAACCAGGCAT	163314

C  CU570871.2	98014	TTGTTCCAAGCTTTCTATCAAAGGTAAATTGATGGAAAATTGTTTCAAAG	97965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163315	TTGTTCCAAGCTTTCTATCAAAGGTAAATTGATGGAAAATTGTTTCAAAG	163364

C  CU570871.2	97964	TAGTGATAAATCGCAGATATTAACCATAGTCAGTCTTCTTCACTAATCTC	97915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163365	TAGTGATAAATCGCAGATATTAACCATAGTCAGTCTTCTTCACTAATCTC	163414

C  CU570871.2	97914	TGAGGGAATGGTGGTGGAGGTTTAGAAATTGTAACACTCTGAAAGTCCAT	97865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163415	TGAGGGAATGGTGGTGGAGGTTTAGAAATTGTAACACTCTGAAAGTCCAT	163464

C  CU570871.2	97864	GACCTAAGCTAGAGCCTCACATGATGAACTAAACTTTAAAACACTGTTTA	97815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163465	GACCTAAGCTAGAGCCTCACATGATGAACTAAACTTTAAAACACTGTTTA	163514

C  CU570871.2	97814	TATGACTAAAATAATTTTTATAAACCATTTAGAAAGTTTTAGAGTCAAAG	97765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163515	TATGACTAAAATAATTTTTATAAACCATTTAGAAAGTTTTAGAGTCAAAG	163564

C  CU570871.2	97764	CGACAAGAAACGCCCATGACGTTAAGAAACTAGCAAAATCGAACTAATAG	97715
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163565	CGACAAGAAACGCCCATGACGTTAAGAAACTAGCAAAATCGAACTAATAG	163614

C  CU570871.2	97714	ACGCACCTATGTTGTGTGAATGTTTGGGAGTATCATCTGAAGTCTAAACC	97665
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163615	ACGCACCTATGTTGTGTGAATGTTTGGGAGTATCATCTGAAGTCTAAACC	163664

C  CU570871.2	97664	TAGTAAAAAGACTTTAAATAGGTATAATATAGTATATAGGGTCTAAACGT	97615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163665	TAGTAAAAAGACTTTAAATAGGTATAATATAGTATATAGGGTCTAAACGT	163714

C  CU570871.2	97614	CTAGTAACGACTCCCCAAGCACAACGCGAAGGTTCCTTGAGGAGGACCCG	97565
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163715	CTAGTAACGACTCCCCAAGCACAACGCGAAGGTTCCTTGAGGAGGACCCG	163764

C  CU570871.2	97564	AATGTGGGAAAGCAGGCTGCTCACAGTGAGGAAATGATATGATGTTACGC	97515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163765	AATGTGGGAAAGCAGGCTGCTCACAGTGAGGAAATGATATGATGTTACGC	163814

C  CU570871.2	97514	ATCGGGCGCAGCCAACACGAGGAGGAAGAAAATATTTCTTGTCACGCGGG	97465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163815	ATCGGGCGCAGCCAACACGAGGAGGAAGAAAATATTTCTTGTCACGCGGG	163864

C  CU570871.2	97464	GTCTACACAAGGATTATTTCCTTAACTCGTATATCAAAAATAAAATGTGA	97415
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163865	GTCTACACAAGGATTATTTCCTTAACTCGTATATCAAAAATAAAATGTGA	163914

C  CU570871.2	97414	AATTGACCCCGTGATGCGCAACCACTTCCCTGATTCGTTCGTGTCGTATT	97365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163915	AATTGACCCCGTGATGCGCAACCACTTCCCTGATTCGTTCGTGTCGTATT	163964

C  CU570871.2	97364	TTAAACATTTTGACTTTACAAAAAGACCCACTTAAGTGAAGGGTGTTTTG	97315
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	163965	TTAAACATTTTGACTTTACAAAAAGACCCACTTAAGTGAAGGGTGTTTTG	164014

C  CU570871.2	97314	GGTAATTTAGAGGGTGATTATATGTTGACAAAGGTTCAATTTTACATCAT	97265
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	164015	GGTAATTTAGAGGGTGATTATATGTTGACAAAGGTTCAATTTTACATCAT	164064

C  CU570871.2	97264	TTTCACTCACCTAAATCAAATCTTGAAAACAAAACCCAAAAGCTCTCATC	97215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	164065	TTTCACTCACCTAAATCAAATCTTGAAAACAAAACCCAAAAGCTCTCATC	164114

C  CU570871.2	97214	TCTCTCGACAATCTCTCCCAAAATCCTCCATTGAAGAAGCAAGAAAGCTT	97165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485992.1	164115	TCTCTCGACAATCTCTCCCAAAATCCTCCATTGAAGAAGCAAGAAAGCTT	164164

Overview

Query
CU570871.2 - 99164 bps
Hit
CT485992.1 - 164164 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198120009716599164-11621651641641
Short-link