<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2002 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT033759.32	1	GATCATTGTCATTGTTTGTTCCCTTCCCTGCTTGTTTCTCATTTCTCTTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161244	GATCATTGTCATTGTTTGTTCCCTTCCCTGCTTGTTTCTCATTTCTCTTA	161293

CT033759.32	51	CCCTTGATTGCCATGTCCCCGAGTCCTGGCTCTGTCTCCTTCATTTCCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161294	CCCTTGATTGCCATGTCCCCGAGTCCTGGCTCTGTCTCCTTCATTTCCTC	161343

CT033759.32	101	ACAGCTCTCTGATGGTTTTTCCACCTTTCCTGGTAGCTCCTATTTGGCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161344	ACAGCTCTCTGATGGTTTTTCCACCTTTCCTGGTAGCTCCTATTTGGCTC	161393

CT033759.32	151	CAGAATTAAATCCTTCTTGGTCTCCTCTTTGCTCCCTGAGGTCCTTCTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161394	CAGAATTAAATCCTTCTTGGTCTCCTCTTTGCTCCCTGAGGTCCTTCTCT	161443

CT033759.32	201	GTCCACTGCTAGATCCCCTTCCCTCTGACCTTTCCACATGACTCCTCTGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161444	GTCCACTGCTAGATCCCCTTCCCTCTGACCTTTCCACATGACTCCTCTGT	161493

CT033759.32	251	CACCTTCTCCCATTTTCCCTCTGTTGTCTTTTTTGAAGCTTTCTCCTTAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161494	CACCTTCTCCCATTTTCCCTCTGTTGTCTTTTTTGAAGCTTTCTCCTTAC	161543

CT033759.32	301	CCTAGGGACACAACTCCTAAGTCATTCATCAGTTTCCTCCTTAGATGACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161544	CCTAGGGACACAACTCCTAAGTCATTCATCAGTTTCCTCCTTAGATGACT	161593

CT033759.32	351	TCCAAGTTCACACTTCTCTGGAACTTGGGATCAATATTTGGAGAACTTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161594	TCCAAGTTCACACTTCTCTGGAACTTGGGATCAATATTTGGAGAACTTTG	161643

CT033759.32	401	TGATTGTTTGCTGCAATTCTTTGGAAATTCCTGCAGAAAACTGGTCTTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161644	TGATTGTTTGCTGCAATTCTTTGGAAATTCCTGCAGAAAACTGGTCTTGA	161693

CT033759.32	451	TAGGCTGTGGTGAATTAGGGACAAGTGAGAGAATTGGATGGGATGAAATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161694	TAGGCTGTGGTGAATTAGGGACAAGTGAGAGAATTGGATGGGATGAAATT	161743

CT033759.32	501	AACTCTAATTTACACCTAACGGGAGGGGAGGATGGAGGAGTGAGGAAGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161744	AACTCTAATTTACACCTAACGGGAGGGGAGGATGGAGGAGTGAGGAAGGA	161793

CT033759.32	551	AAGGGGGAAGAGGTGAGATAGATGATTTAGCTGTAGAAAAAAATCTCATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161794	AAGGGGGAAGAGGTGAGATAGATGATTTAGCTGTAGAAAAAAATCTCATA	161843

CT033759.32	601	GAGAAAAAGATACATTCAGGAGAAAGGGGAGAGGGAGCGATCAGATGAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161844	GAGAAAAAGATACATTCAGGAGAAAGGGGAGAGGGAGCGATCAGATGAAA	161893

CT033759.32	651	TGGAGAAGAATCAGAATAATGATAAAGAAATACACACACACACACACACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161894	TGGAGAAGAATCAGAATAATGATAAAGAAATACACACACACACACACACA	161943

CT033759.32	701	CCACACACACACACAGACACACAGACACACAGACACACACACACACACAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161944	CCACACACACACACAGACACACAGACACACAGACACACACACACACACAC	161993

CT033759.32	751	ACACACACACACACACACACACACACCACACACACACACACACACACACA	800
			||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161994	ACACACACACACACACACACACAC--CACACACACACACACACACACACA	162041

CT033759.32	801	CACACACACACACACACACACACACCACACTGAGATCTACCACTCTAATC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162042	CACACACACACACACACACACACACCACACTGAGATCTACCACTCTAATC	162091

CT033759.32	851	ACCTTCTTCTGCTGTTAGTTACCTATCACATCTTTCAATGTAATCTACCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162092	ACCTTCTTCTGCTGTTAGTTACCTATCACATCTTTCAATGTAATCTACCT	162141

CT033759.32	901	TTGTTGTCTATCATGTATCTGTCTCTATATATTCTATATATCCCTCAGTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162142	TTGTTGTCTATCATGTATCTGTCTCTATATATTCTATATATCCCTCAGTA	162191

CT033759.32	951	GCCTATCATCCATCTGTCTACCATCCTCCTCTTCCCAATCAATCCCTCTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162192	GCCTATCATCCATCTGTCTACCATCCTCCTCTTCCCAATCAATCCCTCTA	162241

CT033759.32	1001	TCAAGTAGTAAGTCACCTACTTCAGACTCTGGGTGTAAATCTATCTGTCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162242	TCAAGTAGTAAGTCACCTACTTCAGACTCTGGGTGTAAATCTATCTGTCT	162291

CT033759.32	1051	GTCCATCCATCCATCCATCCTTCCGTCCATACATTGATCCTTCACTTATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162292	GTCCATCCATCCATCCATCCTTCCGTCCATACATTGATCCTTCACTTATT	162341

CT033759.32	1101	TATATCTACATCACAAAACAAAGGGATGAGCAGAAGGATGTGTCAGAGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162342	TATATCTACATCACAAAACAAAGGGATGAGCAGAAGGATGTGTCAGAGAG	162391

CT033759.32	1151	GGATGTGGATAGACTCATGTGTCCAGGAAGGGATTCAGTGACTCATCAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162392	GGATGTGGATAGACTCATGTGTCCAGGAAGGGATTCAGTGACTCATCAAG	162441

CT033759.32	1201	AGATTGGAATGAGTCATCCAAGCAGGATGAGCATGTTGGGCAGAAAACAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162442	AGATTGGAATGAGTCATCCAAGCAGGATGAGCATGTTGGGCAGAAAACAG	162491

CT033759.32	1251	GAGCACCTATGACACCATGCATGTACTGGCCTCAACCTTCTCCATCTCCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162492	GAGCACCTATGACACCATGCATGTACTGGCCTCAACCTTCTCCATCTCCA	162541

CT033759.32	1301	GATCCAGAGCAATGAGGAAGGCATGCAGCTGGTTACCGAAATGGGCCAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162542	GATCCAGAGCAATGAGGAAGGCATGCAGCTGGTTACCGAAATGGGCCAGA	162591

CT033759.32	1351	CTTTCCAAGATGTCCATCTCTTTTGGCTGGGACCAGTGATCCCTGTGCTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162592	CTTTCCAAGATGTCCATCTCTTTTGGCTGGGACCAGTGATCCCTGTGCTG	162641

CT033759.32	1401	AGGATTGTTGACCCTGCATTTGTTGCCCCCCTGCTCCAGGCCCCAGGTAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162642	AGGATTGTTGACCCTGCATTTGTTGCCCCCCTGCTCCAGGCCCCAGGTAT	162691

CT033759.32	1451	CCATTCTAGGATCCCAACCATTGGCTTCTTCTCTGTCCCTTATCTCAGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162692	CCATTCTAGGATCCCAACCATTGGCTTCTTCTCTGTCCCTTATCTCAGCT	162741

CT033759.32	1501	CACTCTATCCCCGGATTGACCAGGCTGAGCAGCAGATGGGGCTGAATCTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162742	CACTCTATCCCCGGATTGACCAGGCTGAGCAGCAGATGGGGCTGAATCTG	162791

CT033759.32	1551	ACAGTGGCCATGTCTCTGTGGCTAACCTGTTGAGTGACTTTGGATAAGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162792	ACAGTGGCCATGTCTCTGTGGCTAACCTGTTGAGTGACTTTGGATAAGGT	162841

CT033759.32	1601	CCTGAGTCTCTCTTGCTGCTACAATCTGAGCTGTGAGTGATAGAAACTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162842	CCTGAGTCTCTCTTGCTGCTACAATCTGAGCTGTGAGTGATAGAAACTTA	162891

CT033759.32	1651	ACCCAGTCTGATCTAAGGCAGGGAAGAAATGTATTGGATGGGATCTACTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162892	ACCCAGTCTGATCTAAGGCAGGGAAGAAATGTATTGGATGGGATCTACTT	162941

CT033759.32	1701	TGTGGTAGAACACTTGCCTACCATGAACAAAGTACCAGGTTCCATTTGAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162942	TGTGGTAGAACACTTGCCTACCATGAACAAAGTACCAGGTTCCATTTGAG	162991

CT033759.32	1751	AACTGGGAATAATAACCTATGTCTTAGATGAAACGTACATGTGTATGCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	162992	AACTGGGAATAATAACCTATGTCTTAGATGAAACGTACATGTGTATGCTT	163041

CT033759.32	1801	ATGGCTGTGGTTGCATGTGTGTTGGTCCATATTCATGTGTGTGTGCATAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	163042	ATGGCTGTGGTTGCATGTGTGTTGGTCCATATTCATGTGTGTGTGCATAC	163091

CT033759.32	1851	ATGTGGAGGATAGTAGACAACATGAGTTGCTATCCTTGGAACTCTTATCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	163092	ATGTGGAGGATAGTAGACAACATGAGTTGCTATCCTTGGAACTCTTATCT	163141

CT033759.32	1901	TTTTTGATACCAGACCTCTCTCTTCTCTGGAGCTCACCCATCCATCTGGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	163142	TTTTTGATACCAGACCTCTCTCTTCTCTGGAGCTCACCCATCCATCTGGT	163191

CT033759.32	1951	CTGTCTGGCCAGTAAGCCCCAGGGATTCTCCTATCTCTACCTTCCCACCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	163192	CTGTCTGGCCAGTAAGCCCCAGGGATTCTCCTATCTCTACCTTCCCACCA	163241

CT033759.32	2001	GT	2002
			||
CT485616.11	163242	GT	163243

Compact alignment

skip 750 bps 100% identity alignment

CT033759.32	751	ACACACACACACACACACACACACACCACACACACACACACACACACACA	800
			||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
CT485616.11	161994	ACACACACACACACACACACACAC--CACACACACACACACACACACACA	162041

skip 1202 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT033759.32 - 162261 bps
Hit
CT485616.11 - 163243 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2002 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link