<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT033772.6	214867	GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAATAGGGTTATTTGTTAT	214818
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	159950	GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAATAGGGTTATTTGTTAT	159999

C  CT033772.6	214817	TAGCCCTCTATCAGATTTAGGAGTGGTAAAGATCTTTTCTCAATCTGTTG	214768
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160000	TAGCCCTCTATCAGATTTAGGAGTGGTAAAGATCTTTTCTCAATCTGTTG	160049

C  CT033772.6	214767	GTTGCCTTTATGTCTTATTGACAGTGTATTTGCCTTACAGAAGCTTTGCA	214718
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160050	GTTGCCTTTATGTCTTATTGACAGTGTATTTGCCTTACAGAAGCTTTGCA	160099

C  CT033772.6	214717	ATTTTATGAGGTCTCTCTTATCGATTCTTGATTTCACAGCACAAGCCATT	214668
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160100	ATTTTATGAGGTCTCTCTTATCGATTCTTGATTTCACAGCACAAGCCATT	160149

C  CT033772.6	214667	GCTGTTCTGTTTAGGAATTTTCCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTCTT	214618
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160150	GCTGTTCTGTTTAGGAATTTTCCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTCTT	160199

C  CT033772.6	214617	CCCCACTTTCTCCTCTATAAGCCTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTT	214568
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160200	CCCCACTTTCTCCTCTATAAGCCTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTT	160249

C  CT033772.6	214567	CCTTGATCCACTTGTACTTGAGCTTTGTACAAGGAGATAAGAATGGATCA	214518
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160250	CCTTGATCCACTTGTACTTGAGCTTTGTACAAGGAGATAAGAATGGATCA	160299

C  CT033772.6	214517	ATTTTCATCCTTCTACAAGTTAACCACTAGTTGAACAGCACTATTTGTTG	214468
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160300	ATTTTCATCCTTCTACAAGTTAACCACTAGTTGAACAGCACTATTTGTTG	160349

C  CT033772.6	214467	AAAATGCTGTCTTTTTTCCATTGGATGGTTTTAGCTCCTTTGTCAAAGAT	214418
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160350	AAAATGCTGTCTTTTTTCCATTGGATGGTTTTAGCTCCTTTGTCAAAGAT	160399

C  CT033772.6	214417	CAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCC	214368
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160400	CAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCC	160449

C  CT033772.6	214367	ATTGATCTACCTGCCTGTCACTTTCCCAATACCATGTAGTTTTTATCACA	214318
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160450	ATTGATCTACCTGCCTGTCACTTTCCCAATACCATGTAGTTTTTATCACA	160499

C  CT033772.6	214317	GTTGCTCTGTAGTACAGCTTGAGGTCAGTGATGGTGATTCCACCAGAAGT	214268
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160500	GTTGCTCTGTAGTACAGCTTGAGGTCAGTGATGGTGATTCCACCAGAAGT	160549

C  CT033772.6	214267	TCCTTTATTGTTGAAAATAGTTTTCACCATCTGAGGTTTTTTGTTATTCC	214218
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160550	TCCTTTATTGTTGAAAATAGTTTTCACCATCTGAGGTTTTTTGTTATTCC	160599

C  CT033772.6	214217	AGATGAATTTTCACATTGTTCTTTATAACTCTATGAAGAACTGAGTTGGA	214168
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160600	AGATGAATTTTCACATTGTTCTTTATAACTCTATGAAGAACTGAGTTGGA	160649

C  CT033772.6	214167	ATTTTGATACGGATTGCATTGAATCTGTAGATTACTTTTAGCAAGATGAC	214118
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160650	ATTTTGATACGGATTGCATTGAATCTGTAGATTACTTTTAGCAAGATGAC	160699

C  CT033772.6	214117	CATTTTTACTGTATTAATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCC	214068
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160700	CATTTTTACTGTATTAATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCC	160749

C  CT033772.6	214067	ATCTTCTGAGATCTTCTTTGATTTCTTTCTTCAGAGACTTTAAGTTCTTA	214018
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160750	ATCTTCTGAGATCTTCTTTGATTTCTTTCTTCAGAGACTTTAAGTTCTTA	160799

C  CT033772.6	214017	TCAAACAGATCTTTCACTTGCTTTACTTTCAACCTAAAATTGTCAAAATA	213968
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160800	TCAAACAGATCTTTCACTTGCTTTACTTTCAACCTAAAATTGTCAAAATA	160849

C  CT033772.6	213967	GATAAGGAGGGACACTTCATACTCATCAAAGGTAAAATTCACCAAGATGA	213918
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160850	GATAAGGAGGGACACTTCATACTCATCAAAGGTAAAATTCACCAAGATGA	160899

C  CT033772.6	213917	ATTCTCAATTCTGAACATTTCTGCTCCAAATGCAAGGGCATTCCACATTC	213868
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160900	ATTCTCAATTCTGAACATTTCTGCTCCAAATGCAAGGGCATTCCACATTC	160949

C  CT033772.6	213867	ATAAAAGAAACCTTACTAAAGCTTAAAGCACACATTGCACCGCACACAAT	213818
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	160950	ATAAAAGAAACCTTACTAAAGCTTAAAGCACACATTGCACCGCACACAAT	160999

C  CT033772.6	213817	AATACTGGGAGACTTCAACAACCCACTCTCAGCAATGGACAAATCGTGGA	213768
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161000	AATACTGGGAGACTTCAACAACCCACTCTCAGCAATGGACAAATCGTGGA	161049

C  CT033772.6	213767	AACAGAAACTAAACAAAGACACAGTGAAACTAACAGAAGTTATGAAACAA	213718
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161050	AACAGAAACTAAACAAAGACACAGTGAAACTAACAGAAGTTATGAAACAA	161099

C  CT033772.6	213717	ATGGATTTAATAGTTATCTATAGAACATTTTATCCTAAAACAAAAGGACA	213668
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161100	ATGGATTTAATAGTTATCTATAGAACATTTTATCCTAAAACAAAAGGACA	161149

C  CT033772.6	213667	TACCTTCTTATCAGCACCTCATGGTATGTTCTCCAAAATTGAACATATAA	213618
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161150	TACCTTCTTATCAGCACCTCATGGTATGTTCTCCAAAATTGAACATATAA	161199

C  CT033772.6	213617	TCCATCACAAAACAGGCCTCAACAGATTCAGGAAGATTGAGATAATCCCA	213568
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161200	TCCATCACAAAACAGGCCTCAACAGATTCAGGAAGATTGAGATAATCCCA	161249

C  CT033772.6	213567	TGCATCCTATCAGATCACCACGAACTAAGACTGATCTTCAATAACAACAT	213518
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161250	TGCATCCTATCAGATCACCACGAACTAAGACTGATCTTCAATAACAACAT	161299

C  CT033772.6	213517	AAGTAATAGAAAGCCCACATATACGTGGAAGCAGAACAACTCTCTACTTA	213468
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161300	AAGTAATAGAAAGCCCACATATACGTGGAAGCAGAACAACTCTCTACTTA	161349

C  CT033772.6	213467	ATGATAACTTGGTCAAGGAAGAAATAAAGAAAGAAGTGAAAGACTTTTTA	213418
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161350	ATGATAACTTGGTCAAGGAAGAAATAAAGAAAGAAGTGAAAGACTTTTTA	161399

C  CT033772.6	213417	GAGTTCAAAGAAAATGAAGCCACAACATACCCAAACTTATGGGACACAAT	213368
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161400	GAGTTCAAAGAAAATGAAGCCACAACATACCCAAACTTATGGGACACAAT	161449

C  CT033772.6	213367	GAAGGAAGGCAGTCATGAGAGGAAAACTCCTAGTTCTGAGTACCCCCAAA	213318
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161450	GAAGGAAGGCAGTCATGAGAGGAAAACTCCTAGTTCTGAGTACCCCCAAA	161499

C  CT033772.6	213317	AAGAAGCTGGAGAGAGCATACACTAGCAGCCTGACAGCACACCTGACAGC	213268
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161500	AAGAAGCTGGAGAGAGCATACACTAGCAGCCTGACAGCACACCTGACAGC	161549

C  CT033772.6	213267	CCTAGAACAAAAAAGAAGCAAATTCACCCAAGAGGAATAGAGGGCAGGAA	213218
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161550	CCTAGAACAAAAAAGAAGCAAATTCACCCAAGAGGAATAGAGGGCAGGAA	161599

C  CT033772.6	213217	ATAATCAATCTCAGGGCTGAAATCAACCAAATGGAAACAAAAAGAATTAT	213168
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161600	ATAATCAATCTCAGGGCTGAAATCAACCAAATGGAAACAAAAAGAATTAT	161649

C  CT033772.6	213167	ACAAAGAATCAACCAAACCAGGAGCTGGTTCTTTGAGAAAATCAACAAGA	213118
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161650	ACAAAGAATCAACCAAACCAGGAGCTGGTTCTTTGAGAAAATCAACAAGA	161699

C  CT033772.6	213117	TAGATAAACCCTTAGCCAGACTAACTAGAAGGCACAGAGACAGTATCTTA	213068
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161700	TAGATAAACCCTTAGCCAGACTAACTAGAAGGCACAGAGACAGTATCTTA	161749

C  CT033772.6	213067	ATTAACAAAATCATAAATGAAAAGGGAGACATAACAACAGAATCTGAGGA	213018
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161750	ATTAACAAAATCATAAATGAAAAGGGAGACATAACAACAGAATCTGAGGA	161799

C  CT033772.6	213017	AATAAAAAAAAATCATCAGATTCTACTACAAAAGCCTATACTCAACAAAA	212968
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161800	AATAAAAAAAAATCATCAGATTCTACTACAAAAGCCTATACTCAACAAAA	161849

C  CT033772.6	212967	CTGGAAACCTGAATTAAATGGACAATTTTCAAAAGGATCAGATTAGTGAT	212918
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161850	CTGGAAACCTGAATTAAATGGACAATTTTCAAAAGGATCAGATTAGTGAT	161899

C  CT033772.6	212917	CTAAACAGTCCCATATCCCCTAAAAAAATTTTAGAACAATCATCAATAGT	212868
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT485613.9	161900	CTAAACAGTCCCATATCCCCTAAAAAAATTTTAGAACAATCATCAATAGT	161949

Overview

Query
CT033772.6 - 214867 bps
Hit
CT485613.9 - 161949 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000212868214867-11599501619491
Short-link