<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005436.12	168549	AAGCTTTATTGTTGTGGTTACATAATTAAGAGATCTTAATCAAACATAAC	168500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	3618	AAGCTTTATTGTTGTGGTTACATAATTAAGAGATCTTAATCAAACATAAC	3667

C  BX005436.12	168499	ACAATCAAACGCCATTGTGGCTGTTGAAAGCATATAGAGGTTCAAAAGAC	168450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	3668	ACAATCAAACGCCATTGTGGCTGTTGAAAGCATATAGAGGTTCAAAAGAC	3717

C  BX005436.12	168449	CCTGGTGGGTCTTATTTTCCACATAATGTGATTTATGGATTGCTTCTTAA	168400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	3718	CCTGGTGGGTCTTATTTTCCACATAATGTGATTTATGGATTGCTTCTTAA	3767

C  BX005436.12	168399	AGTTCAACTGTGTAGGCCTATTTATTATTTCCAGAGTGATACAAAAAGTG	168350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	3768	AGTTCAACTGTGTAGGCCTATTTATTATTTCCAGAGTGATACAAAAAGTG	3817

C  BX005436.12	168349	TTGGGAAATTCACTATTGGTGGTGATATTACACCATGTACGAGTAAAAAA	168300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	3818	TTGGGAAATTCACTATTGGTGGTGATATTACACCATGTACGAGTAAAAAA	3867

C  BX005436.12	168299	AAAAACAGACTTGTTTTTAGAACACAAGTGTTTTAAAAAAGAAAACAGTT	168250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	3868	AAAAACAGACTTGTTTTTAGAACACAAGTGTTTTAAAAAAGAAAACAGTT	3917

C  BX005436.12	168249	TTTATGTTTGCCTTTTACTTATCTTGGCCATCTGCATCCTTTAGCTACAC	168200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	3918	TTTATGTTTGCCTTTTACTTATCTTGGCCATCTGCATCCTTTAGCTACAC	3967

C  BX005436.12	168199	TGACACTAGAACTTAAAGTTTTTGTAAAATTATCAGACAATAAGTATTCA	168150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	3968	TGACACTAGAACTTAAAGTTTTTGTAAAATTATCAGACAATAAGTATTCA	4017

C  BX005436.12	168149	TAACAACTTATCATTTCAACTAGATATTAACATATCTAATATCCTAGAAT	168100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4018	TAACAACTTATCATTTCAACTAGATATTAACATATCTAATATCCTAGAAT	4067

C  BX005436.12	168099	GAACACAATACACATCAACAGCAAACAAGCCTCTTCAGGAGAAGGATAAA	168050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4068	GAACACAATACACATCAACAGCAAACAAGCCTCTTCAGGAGAAGGATAAA	4117

C  BX005436.12	168049	ATCCAACTTATCTCATACAGCACGTGCTTTTATGCACTGATCACATGCAA	168000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4118	ATCCAACTTATCTCATACAGCACGTGCTTTTATGCACTGATCACATGCAA	4167

C  BX005436.12	167999	TTCGGTGGAACTGAAACAATACAAAATAACAGCAAACACAAAATGTAAAG	167950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4168	TTCGGTGGAACTGAAACAATACAAAATAACAGCAAACACAAAATGTAAAG	4217

C  BX005436.12	167949	AAAAAGTGCTGATATGAACAGAGTCTTACCTGCAAATGCCCCTGGTACAT	167900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4218	AAAAAGTGCTGATATGAACAGAGTCTTACCTGCAAATGCCCCTGGTACAT	4267

C  BX005436.12	167899	ATTTAGTGGAGAATAAAAAAGGTCCCAGATCACAGTTAGATGAACACAAG	167850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4268	ATTTAGTGGAGAATAAAAAAGGTCCCAGATCACAGTTAGATGAACACAAG	4317

C  BX005436.12	167849	AAATATGAGGAGACTTCTACTGTTCATGCGCGCAAGAGAGTTCTGAAAGT	167800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4318	AAATATGAGGAGACTTCTACTGTTCATGCGCGCAAGAGAGTTCTGAAAGT	4367

C  BX005436.12	167799	ACTGAAAGTCCAGTTTGGGGAGTCGTCGCACTGGAGCTGTCTCGTGGACT	167750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4368	ACTGAAAGTCCAGTTTGGGGAGTCGTCGCACTGGAGCTGTCTCGTGGACT	4417

C  BX005436.12	167749	AAGTGCTGAATTTGCTTTCGTCACCGACGCACTTTATAGGGTGAGGAGGC	167700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4418	AAGTGCTGAATTTGCTTTCGTCACCGACGCACTTTATAGGGTGAGGAGGC	4467

C  BX005436.12	167699	TTGAGTGCAGCCGCTCCGAGCTTCACGCGCGCCGGCGAGTCTCTTCACCA	167650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4468	TTGAGTGCAGCCGCTCCGAGCTTCACGCGCGCCGGCGAGTCTCTTCACCA	4517

C  BX005436.12	167649	ACTTGCTGAGGCGCGCGACGGATGCGCTGAACGCTCGAGAATCTTGCCTA	167600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4518	ACTTGCTGAGGCGCGCGACGGATGCGCTGAACGCTCGAGAATCTTGCCTA	4567

C  BX005436.12	167599	CGTCATAATCAAAGCCTCATTGTGGCTCTGAGGGGTTTTTATCGTAGTTG	167550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4568	CGTCATAATCAAAGCCTCATTGTGGCTCTGAGGGGTTTTTATCGTAGTTG	4617

C  BX005436.12	167549	GTCTGATTCTTCAGCAATTCCTCCCTCCTTTATCAGTCTCTCTCTCTCTC	167500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4618	GTCTGATTCTTCAGCAATTCCTCCCTCCTTTATCAGTCTCTCTCTCTCTC	4667

C  BX005436.12	167499	TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCCTTACC	167450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4668	TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCCTTACC	4717

C  BX005436.12	167449	GACTGTCTCCTCCTCTCTCCAGCCAAGAGAATTTAGGCGGAGTCGGTTCC	167400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4718	GACTGTCTCCTCCTCTCTCCAGCCAAGAGAATTTAGGCGGAGTCGGTTCC	4767

C  BX005436.12	167399	GTCATTCACGGGAGAGTCGCTGCACGCGCAGATGCTCAGTCTAGGTGTTC	167350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4768	GTCATTCACGGGAGAGTCGCTGCACGCGCAGATGCTCAGTCTAGGTGTTC	4817

C  BX005436.12	167349	TCGTGGTTATTTTGTTCAACCAGACACTAAATCAGGTGAATGTCTCGATT	167300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4818	TCGTGGTTATTTTGTTCAACCAGACACTAAATCAGGTGAATGTCTCGATT	4867

C  BX005436.12	167299	TTTCTCTTCGTGTGCTGTTCTTCTTTGCCTCGGAGCAAGGAGGCGCCACT	167250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4868	TTTCTCTTCGTGTGCTGTTCTTCTTTGCCTCGGAGCAAGGAGGCGCCACT	4917

C  BX005436.12	167249	TCCATTTGTTTTATTACATAATAGTGTGTTGATGGGAAGAAATACTTATT	167200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4918	TCCATTTGTTTTATTACATAATAGTGTGTTGATGGGAAGAAATACTTATT	4967

C  BX005436.12	167199	ATAAACAAGCTTATTAACAACATGCCTATTAATAAATGCTTGTTTCTAAT	167150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	4968	ATAAACAAGCTTATTAACAACATGCCTATTAATAAATGCTTGTTTCTAAT	5017

C  BX005436.12	167149	GTTTGTTTTAAAATGATAAAATGCATTTCTGGCTTACATCATTAATGCAA	167100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5018	GTTTGTTTTAAAATGATAAAATGCATTTCTGGCTTACATCATTAATGCAA	5067

C  BX005436.12	167099	AAAGGAAAATAATGTTTTCACAATATAAAACTGTGTACTGGAAATAATCA	167050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5068	AAAGGAAAATAATGTTTTCACAATATAAAACTGTGTACTGGAAATAATCA	5117

C  BX005436.12	167049	GCTAAACTTACAATGTTTTTATTGTACTGTATTATGTGCTAATGAATGAT	167000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5118	GCTAAACTTACAATGTTTTTATTGTACTGTATTATGTGCTAATGAATGAT	5167

C  BX005436.12	166999	ATCACAGGACAAATGTCAGTTCTATTAGTAAACATGTAGTATATAAGCCA	166950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5168	ATCACAGGACAAATGTCAGTTCTATTAGTAAACATGTAGTATATAAGCCA	5217

C  BX005436.12	166949	TAAAATTATAAAACTCCTATATAAAGTATGAATCTCTTCTACAGAATAGA	166900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5218	TAAAATTATAAAACTCCTATATAAAGTATGAATCTCTTCTACAGAATAGA	5267

C  BX005436.12	166899	GCAGCTCCTTTATTGTCAGTGAAAAATATGCCCTCTGTTCAGTTAATAAA	166850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5268	GCAGCTCCTTTATTGTCAGTGAAAAATATGCCCTCTGTTCAGTTAATAAA	5317

C  BX005436.12	166849	GAATGGTGATTAGATTAATGAAATATGTATAAGAGTGGGCAAGAATAGAT	166800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5318	GAATGGTGATTAGATTAATGAAATATGTATAAGAGTGGGCAAGAATAGAT	5367

C  BX005436.12	166799	TTCTTCATTTATTTAAATAAATTGTCAGCAGCAGGATTTTTTTACAACAC	166750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5368	TTCTTCATTTATTTAAATAAATTGTCAGCAGCAGGATTTTTTTACAACAC	5417

C  BX005436.12	166749	TCTGAGTATGATAAATGTGATCCCTAGCTGTTAAAAAAAGTAAGACCCGG	166700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5418	TCTGAGTATGATAAATGTGATCCCTAGCTGTTAAAAAAAGTAAGACCCGG	5467

C  BX005436.12	166699	TTATATTTTTTTCCATTCCAGAGCCTTTACATATACAGTACTGCTATAAT	166650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5468	TTATATTTTTTTCCATTCCAGAGCCTTTACATATACAGTACTGCTATAAT	5517

C  BX005436.12	166649	ATAGTACAACTGAATCTATTGAGAGGTTTCATGGGTTGGGTGAGTATTGT	166600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5518	ATAGTACAACTGAATCTATTGAGAGGTTTCATGGGTTGGGTGAGTATTGT	5567

C  BX005436.12	166599	GCTCTTGATCAGTCTGCAGCTGTCTAAGAGGGGGTTTTTTTTCTGTCAAC	166550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT033795.6	5568	GCTCTTGATCAGTCTGCAGCTGTCTAAGAGGGGGTTTTTTTTCTGTCAAC	5617

Overview

Query
BX005436.12 - 168549 bps
Hit
CT033795.6 - 5617 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019542000166550168549-1361856171
293.9813091670136594138263-1116781
388.59284456133669134124-1123216781
Short-link