<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT485619.6	1	ATTATTGTTATTATTATTACTATTACTATTATTTATTATTCCACCAGTTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218187	ATTATTGTTATTATTATTACTATTACTATTATTTATTATTCCACCAGTTA	218236

CT485619.6	51	GTGTTGCCAGTATGTGCAGGGTGTTTGGAAAGGGAATCCTATCAGTGGCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218237	GTGTTGCCAGTATGTGCAGGGTGTTTGGAAAGGGAATCCTATCAGTGGCT	218286

CT485619.6	101	ACTTCTCTAAACAGAACAATTCTCCAAAAATACTGTTAATTGCCAGTAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218287	ACTTCTCTAAACAGAACAATTCTCCAAAAATACTGTTAATTGCCAGTAAC	218336

CT485619.6	151	TACTTGCTAAGTTGTGGGCTTGGACAGTACCACTCCCCATCTATGTCTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218337	TACTTGCTAAGTTGTGGGCTTGGACAGTACCACTCCCCATCTATGTCTGA	218386

CT485619.6	201	TATTGTGCAGGTAACCACAGCTGTTGTGAGCTCCTAAGTGCAATGACCCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218387	TATTGTGCAGGTAACCACAGCTGTTGTGAGCTCCTAAGTGCAATGACCCT	218436

CT485619.6	251	ACCATGTCCAGGAGACAGCATTCCACAGTATTCTTCTCCATCCTCTGGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218437	ACCATGTCCAGGAGACAGCATTCCACAGTATTCTTCTCCATCCTCTGGTT	218486

CT485619.6	301	CTTAACGCTCCTTCTGTCTCCTCTTCTGAGATGCTCCCCTGAGCAGTGGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218487	CTTAACGCTCCTTCTGTCTCCTCTTCTGAGATGCTCCCCTGAGCAGTGGT	218536

CT485619.6	351	GGAGGCAGCTGGGGTTAGGTGTAGATGTCCCATTTACAACTGAGCACTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218537	GGAGGCAGCTGGGGTTAGGTGTAGATGTCCCATTTACAACTGAGCACTTT	218586

CT485619.6	401	GTCTCTTATTGTCAGCAATTTGACCTTTTATGCTTCTCTTTGTTGACTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218587	GTCTCTTATTGTCAGCAATTTGACCTTTTATGCTTCTCTTTGTTGACTTC	218636

CT485619.6	451	TCCTTCAATGAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218637	TCCTTCAATGAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA	218686

CT485619.6	501	AAGACAAATAGAAATGAAAAGGAAGGACTTGACTGCTCCTAGTTATGGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218687	AAGACAAATAGAAATGAAAAGGAAGGACTTGACTGCTCCTAGTTATGGCA	218736

CT485619.6	551	GAGGAGAAAGTTTATTGTAGATAAAAAGGAGAGCCCAGCCAGCGTCAGAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218737	GAGGAGAAAGTTTATTGTAGATAAAAAGGAGAGCCCAGCCAGCGTCAGAT	218786

CT485619.6	601	CTATCTGGGAGAGTTCATCATGGACGTGACCTGAGCCCTCTGAGGAGAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218787	CTATCTGGGAGAGTTCATCATGGACGTGACCTGAGCCCTCTGAGGAGAAG	218836

CT485619.6	651	GGGTAGGGTAAAGGAGAGGGGGGAGAGGGGGGAGAGGGGAACTCGTGCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218837	GGGTAGGGTAAAGGAGAGGGGGGAGAGGGGGGAGAGGGGAACTCGTGCAG	218886

CT485619.6	701	CAGCCAGGAGGCCAAAGGTACAAAGGCGAGTGACCAAAATGGTTGGGTTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218887	CAGCCAGGAGGCCAAAGGTACAAAGGCGAGTGACCAAAATGGTTGGGTTG	218936

CT485619.6	751	TATAGGGAATAGCAGCCCAGCCCCTTGGGCTGGAGAGTTCAGAGTAGGGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218937	TATAGGGAATAGCAGCCCAGCCCCTTGGGCTGGAGAGTTCAGAGTAGGGG	218986

CT485619.6	801	GTGTTATGCCATCCAGGAGATCCCATAATCGGTAGGTGCTGAGGGATGCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	218987	GTGTTATGCCATCCAGGAGATCCCATAATCGGTAGGTGCTGAGGGATGCT	219036

CT485619.6	851	GGGAGAACCTGGTGGTCAGTGTCTGCTTTGAGGTTAAGCAGGCACCTCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219037	GGGAGAACCTGGTGGTCAGTGTCTGCTTTGAGGTTAAGCAGGCACCTCAG	219086

CT485619.6	901	CCATTTGTCCCACTGCCCACTGCAAAAAGAAGCACCTCTGATCAAGGTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219087	CCATTTGTCCCACTGCCCACTGCAAAAAGAAGCACCTCTGATCAAGGTTG	219136

CT485619.6	951	AGAGCCAGATCTATAAGTATCAACATAAATATTTATAAGGCACCTTGCCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219137	AGAGCCAGATCTATAAGTATCAACATAAATATTTATAAGGCACCTTGCCA	219186

CT485619.6	1001	GCATAACCATTTAGCAAAATAAAACAATTAGGCACTGTCCTAGAACTATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219187	GCATAACCATTTAGCAAAATAAAACAATTAGGCACTGTCCTAGAACTATG	219236

CT485619.6	1051	GCCTCCCCAGTCATTGGCTTTTTTGATCATTATTTCAGTACCAGGCATGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219237	GCCTCCCCAGTCATTGGCTTTTTTGATCATTATTTCAGTACCAGGCATGA	219286

CT485619.6	1101	AATTTCATCCTCTGGAGTAGGCTGTAAATACAATTATAAAGTAGTTACCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219287	AATTTCATCCTCTGGAGTAGGCTGTAAATACAATTATAAAGTAGTTACCC	219336

CT485619.6	1151	CTGTAACATTTGTGGCACTATTGCTCTGGCAGATCAGTACTGCCACATGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219337	CTGTAACATTTGTGGCACTATTGCTCTGGCAGATCAGTACTGCCACATGG	219386

CT485619.6	1201	AGGGTCCAGCACTGGGTAAGTAAGACTATTTATGCCTTTTCTCACCTCAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219387	AGGGTCCAGCACTGGGTAAGTAAGACTATTTATGCCTTTTCTCACCTCAG	219436

CT485619.6	1251	CAGCCTGCATAGCATCTTCTAGAATCTTGAAAGCTAAACAGTGGCAAGGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219437	CAGCCTGCATAGCATCTTCTAGAATCTTGAAAGCTAAACAGTGGCAAGGA	219486

CT485619.6	1301	TTTCCTATGTCCTCAAGCCAAAGTTTGTGGTTTCTTCCGCAATACTGTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219487	TTTCCTATGTCCTCAAGCCAAAGTTTGTGGTTTCTTCCGCAATACTGTTT	219536

CT485619.6	1351	TATGGCATAGTTGTGATTGGTGACCAAAAGCAATGACAGTAGTCTGTGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219537	TATGGCATAGTTGTGATTGGTGACCAAAAGCAATGACAGTAGTCTGTGTT	219586

CT485619.6	1401	GTCTGGAAATCCCTGCTCCCTCTCTACAGTGTTGCATAGCTTGTTCAGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219587	GTCTGGAAATCCCTGCTCCCTCTCTACAGTGTTGCATAGCTTGTTCAGGG	219636

CT485619.6	1451	CCACATAACAGACCATTATTGCTACTGTCTTTGTATCATGTGATAATAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219637	CCACATAACAGACCATTATTGCTACTGTCTTTGTATCATGTGATAATAGA	219686

CT485619.6	1501	AATCCCCCCTTTATTTCATTGGTTTTCTAAACATGAAAAATAGTACAGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219687	AATCCCCCCTTTATTTCATTGGTTTTCTAAACATGAAAAATAGTACAGAA	219736

CT485619.6	1551	TAATTTCTTGGCACACATTCATATACGTTGATCAATTTTTAGGCCATCTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219737	TAATTTCTTGGCACACATTCATATACGTTGATCAATTTTTAGGCCATCTA	219786

CT485619.6	1601	TGTAATACTATAGGTATTGGCATTTTTATGCAAATCTGTGTTCCAGTCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219787	TGTAATACTATAGGTATTGGCATTTTTATGCAAATCTGTGTTCCAGTCAA	219836

CT485619.6	1651	CTAATAGTATTATATTTACTTCTATGTATACATGGTGGGGACAGGGGAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219837	CTAATAGTATTATATTTACTTCTATGTATACATGGTGGGGACAGGGGAGA	219886

CT485619.6	1701	TGCTGGTATGGTACAGCTGTGGAAGTCCAAGGACAGCTAGTAAACATTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219887	TGCTGGTATGGTACAGCTGTGGAAGTCCAAGGACAGCTAGTAAACATTTG	219936

CT485619.6	1751	TTCTCTTGTACTATGTACGCCCCAGATAATTACTCAGGTCATCATGCAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219937	TTCTCTTGTACTATGTACGCCCCAGATAATTACTCAGGTCATCATGCAGG	219986

CT485619.6	1801	TAGCAGGCACTTTAACTGGCTAAGCCACTGGCCTCATTGCGTGCGTGTGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	219987	TAGCAGGCACTTTAACTGGCTAAGCCACTGGCCTCATTGCGTGCGTGTGT	220036

CT485619.6	1851	GTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGAAAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	220037	GTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGAAAAT	220086

CT485619.6	1901	AGAAAAGGTTGCCTAGATTGTTAAAAGGGATTCTCACTTCAGGCCAATCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	220087	AGAAAAGGTTGCCTAGATTGTTAAAAGGGATTCTCACTTCAGGCCAATCC	220136

CT485619.6	1951	TAGCATTTAGGCAGAGGCAGCTCAATCTCTAAGCTCAAGCCAACATGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT033756.22	220137	TAGCATTTAGGCAGAGGCAGCTCAATCTCTAAGCTCAAGCCAACATGATC	220186

Overview

Query
CT485619.6 - 46624 bps
Hit
CT033756.22 - 220186 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link