<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
CT030211.4 1 CAAACTTTTATAATTGGAGTGACCTAGTTTTTTAAATACAAATAAAGAAT 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109037 CAAACTTTTATAATTGGAGTGACCTAGTTTTTTAAATACAAATAAAGAAT 109086 CT030211.4 51 GTGTTATGAGATATCAGAACAAAAATTGAAATAATAATAAGAATCAAGCA 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109087 GTGTTATGAGATATCAGAACAAAAATTGAAATAATAATAAGAATCAAGCA 109136 CT030211.4 101 ATTAAATGGAGTATTGCTTGTCCACTGATTTCATTCAATTCACTTAACAG 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109137 ATTAAATGGAGTATTGCTTGTCCACTGATTTCATTCAATTCACTTAACAG 109186 CT030211.4 151 AAAAATACTGGAAATGGCTAACAAGCCAGTACAATGAACAGAAAGATAAG 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109187 AAAAATACTGGAAATGGCTAACAAGCCAGTACAATGAACAGAAAGATAAG 109236 CT030211.4 201 GTAGAATAGAGAAAATAAGGAAAGAGAGAGAAAGTGATATCACACAAAAA 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109237 GTAGAATAGAGAAAATAAGGAAAGAGAGAGAAAGTGATATCACACAAAAA 109286 CT030211.4 251 TGCACACCACATTCATTCTACTACCACTACTTAATATCCCTTCATTTACT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109287 TGCACACCACATTCATTCTACTACCACTACTTAATATCCCTTCATTTACT 109336 CT030211.4 301 AACAAACTGGGACCACATTGGATGACTCCCTTTGATCCTGTAGCTACGTC 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109337 AACAAACTGGGACCACATTGGATGACTCCCTTTGATCCTGTAGCTACGTC 109386 CT030211.4 351 TCAATCCCTTCTTATTTGCCATGTCATCATTTGCACCACTTTTATCAATT 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109387 TCAATCCCTTCTTATTTGCCATGTCATCATTTGCACCACTTTTATCAATT 109436 CT030211.4 401 GGGCCTTCCACACTCATAACATTACCCTCCCCTTCAAGAACAATCTTGTC 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109437 GGGCCTTCCACACTCATAACATTACCCTCCCCTTCAAGAACAATCTTGTC 109486 CT030211.4 451 CTCAAGATTGAGATTGGGGTAGCTATCCAACATCTCTTGCTTGTCTTCCC 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109487 CTCAAGATTGAGATTGGGGTAGCTATCCAACATCTCTTGCTTGTCTTCCC 109536 CT030211.4 501 AAGTAGCTTCACTGTTCTGCATATCCTTCCATTTCACTAGCAGTTGCTCC 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109537 AAGTAGCTTCACTGTTCTGCATATCCTTCCATTTCACTAGCAGTTGCTCC 109586 CT030211.4 551 ACTTTTCGATCTCCTCTGATAATGTTGCGTACGTTCAATATCACTTCCGG 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109587 ACTTTTCGATCTCCTCTGATAATGTTGCGTACGTTCAATATCACTTCCGG 109636 CT030211.4 601 CTGTATGACAGGACCTTCTTCCATTGTGGTAAGTGGTAAAGGAAAATATG 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109637 CTGTATGACAGGACCTTCTTCCATTGTGGTAAGTGGTAAAGGAAAATATG 109686 CT030211.4 651 GCTCAGTAGTGAGACCCTTGAAGATCTTCAATTGGGACACATGGAAGACC 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109687 GCTCAGTAGTGAGACCCTTGAAGATCTTCAATTGGGACACATGGAAGACC 109736 CT030211.4 701 GGATGAATACGAGCTGTCTCAGGCAATTGCAACTTATAAGCTACTACTCC 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109737 GGATGAATACGAGCTGTCTCAGGCAATTGCAACTTATAAGCTACTACTCC 109786 CT030211.4 751 TACTTTGGCTATCACAGTAAATGGACCAAAGTACCTCATGCCTAGTTTGT 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109787 TACTTTGGCTATCACAGTAAATGGACCAAAGTACCTCATGCCTAGTTTGT 109836 CT030211.4 801 TGTTCTTTCTTAATGCTACAGAAGACTGCCTGTATGGTTGTAATTTCACT 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109837 TGTTCTTTCTTAATGCTACAGAAGACTGCCTGTATGGTTGTAATTTCACT 109886 CT030211.4 851 AACACTTGATCCCCTACTTCAAAAGACACATCTTTTCTCTTTTTGTCAGC 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109887 AACACTTGATCCCCTACTTCAAAAGACACATCTTTTCTCTTTTTGTCAGC 109936 CT030211.4 901 ATTGCTCTTCATAACCTGTTGTGCTCTCAGTAAATTTTCTTTTAACTCAA 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109937 ATTGCTCTTCATAACCTGTTGTGCTCTCAGTAAATTTTCTTTTAACTCAA 109986 CT030211.4 951 CCAGTAGCTTGTCTCTGTCCATTAACTGTTGTTGTACCTCTGTGGGATCA 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 109987 CCAGTAGCTTGTCTCTGTCCATTAACTGTTGTTGTACCTCTGTGGGATCA 110036 CT030211.4 1001 GAATTATTAACACTATAACGTGTTAACATAGGGGGTTCCCTGCCATATAG 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110037 GAATTATTAACACTATAACGTGTTAACATAGGGGGTTCCCTGCCATATAG 110086 CT030211.4 1051 TGCCTTAAATGGAGACATACCTAAACTAGTATGTAAGAAAGTGTTATACC 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110087 TGCCTTAAATGGAGACATACCTAAACTAGTATGTAAGAAAGTGTTATACC 110136 CT030211.4 1101 ATAGTTCTACCCAAGTAAGTGCCTTAAACCATGTCTTAGGATTCTTGAAT 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110137 ATAGTTCTACCCAAGTAAGTGCCTTAAACCATGTCTTAGGATTCTTGAAT 110186 CT030211.4 1151 GTGAAGCATCTCAGGTACATTTCGAGACATTTATTAACAGCTTCTGATTG 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110187 GTGAAGCATCTCAGGTACATTTCGAGACATTTATTAACAGCTTCTGATTG 110236 CT030211.4 1201 TCCATCCGTTTGAGGATGATAAGTTGTGCTCATGGACAATGTTGTGCCTT 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110237 TCCATCCGTTTGAGGATGATAAGTTGTGCTCATGGACAATGTTGTGCCTT 110286 CT030211.4 1251 GCATTTGAAACAAATGCTGCCAGAATTTGCTGGTAAATACCTTGTCTCTA 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110287 GCATTTGAAACAAATGCTGCCAGAATTTGCTGGTAAATACCTTGTCTCTA 110336 CT030211.4 1301 TCAGAGATAATTGACTTAGGCATTCCGTGTAATTTTACTACATAATTCAC 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110337 TCAGAGATAATTGACTTAGGCATTCCGTGTAATTTTACTACATAATTCAC 110386 CT030211.4 1351 AAATGCCTCAGCAACAGTCCTATTTGAATAATCAGCTTTCAAGGGCATGA 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110387 AAATGCCTCAGCAACAGTCCTATTTGAATAATCAGCTTTCAAGGGCATGA 110436 CT030211.4 1401 AATGAGCATATTTACTCAGCCTATCTACGACGACCATAATAACAGTAAAA 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110437 AATGAGCATATTTACTCAGCCTATCTACGACGACCATAATAACAGTAAAA 110486 CT030211.4 1451 CCAAAAGATAGTGGCAATCCAGTAATAAAATCCATAGTTACATCATCCCA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110487 CCAAAAGATAGTGGCAATCCAGTAATAAAATCCATAGTTACATCATCCCA 110536 CT030211.4 1501 TACCTGCTCTGGAATAGGCAATGGTTGAAGTAGCCCTGCATAAGTTGTAT 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110537 TACCTGCTCTGGAATAGGCAATGGTTGAAGTAGCCCTGCATAAGTTGTAT 110586 CT030211.4 1551 TAACAGATTTAGCCTGCTGACAAGTGACACATGCTTCAATAAACTTCTGT 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110587 TAACAGATTTAGCCTGCTGACAAGTGACACATGCTTCAATAAACTTCTGT 110636 CT030211.4 1601 ATATGCTGCCTCATATTCGGCCAATAAAATTGGGCAGTAACTCTTGCTAA 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110637 ATATGCTGCCTCATATTCGGCCAATAAAATTGGGCAGTAACTCTTGCTAA 110686 CT030211.4 1651 GGTTCTAGTCACCCCTGCATGCCCTCCGATTGGTGTATCATGGTATTCCT 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110687 GGTTCTAGTCACCCCTGCATGCCCTCCGATTGGTGTATCATGGTATTCCT 110736 CT030211.4 1701 TGAGAATCTGATGAATCAAATTACTCTCCATAGGAATTACCAACCTATGC 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110737 TGAGAATCTGATGAATCAAATTACTCTCCATAGGAATTACCAACCTATGC 110786 CT030211.4 1751 TTCCAGTACAATAACCCTTCTTTCACCATATAATTTATGTCGTCCATAGT 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110787 TTCCAGTACAATAACCCTTCTTTCACCATATAATTTATGTCGTCCATAGT 110836 CT030211.4 1801 ATTGTTTACGCACTGTTGTACTATTGTTTGCAAGTGGGAGTCATTGCCAA 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110837 ATTGTTTACGCACTGTTGTACTATTGTTTGCAAGTGGGAGTCATTGCCAA 110886 CT030211.4 1851 TTTCTTTCTTCAATTGCTCTAAAAAATCATGTTCAGGTGCAGACCATGAA 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110887 TTTCTTTCTTCAATTGCTCTAAAAAATCATGTTCAGGTGCAGACCATGAA 110936 CT030211.4 1901 AGAGACATTACTCTTGACAGAGCATCGGCTGCTTGATTGTCCTTACCTGG 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110937 AGAGACATTACTCTTGACAGAGCATCGGCTGCTTGATTGTCCTTACCTGG 110986 CT030211.4 1951 TTTATATTCAATTTGGAAATCAAATCCAATGAATTTGTGAAGCCAAGCTT 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT030243.8 110987 TTTATATTCAATTTGGAAATCAAATCCAATGAATTTGTGAAGCCAAGCTT 111036
Overview
- Query
- CT030211.4 - 78707 bps
- Hit
- CT030243.8 - 111036 bps
- Total alignments
- 9
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1954 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 109037 | 111036 | 1 |
| 2 | 88.54 | 293 | 503 | 47056 | 47558 | -1 | 70971 | 71476 | 1 |
| 3 | 91.75 | 343 | 500 | 16710 | 17209 | -1 | 70979 | 71475 | 1 |
| 4 | 93.14 | 138 | 203 | 15403 | 15605 | -1 | 71277 | 71480 | 1 |
| 5 | 93.33 | 141 | 180 | 11545 | 11724 | -1 | 78081 | 78260 | 1 |
| 6 | 91.74 | 87 | 121 | 14382 | 14502 | 1 | 78134 | 78254 | 1 |
| 7 | 87.96 | 120 | 191 | 6456 | 6646 | 1 | 106439 | 106629 | 1 |
| 8 | 82.93 | 34 | 82 | 6826 | 6907 | 1 | 106821 | 106902 | 1 |
| 9 | 99.73 | 351 | 370 | 5022 | 5391 | 1 | 109088 | 109457 | 1 |
