<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT030211.4	1	CAAACTTTTATAATTGGAGTGACCTAGTTTTTTAAATACAAATAAAGAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109037	CAAACTTTTATAATTGGAGTGACCTAGTTTTTTAAATACAAATAAAGAAT	109086

CT030211.4	51	GTGTTATGAGATATCAGAACAAAAATTGAAATAATAATAAGAATCAAGCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109087	GTGTTATGAGATATCAGAACAAAAATTGAAATAATAATAAGAATCAAGCA	109136

CT030211.4	101	ATTAAATGGAGTATTGCTTGTCCACTGATTTCATTCAATTCACTTAACAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109137	ATTAAATGGAGTATTGCTTGTCCACTGATTTCATTCAATTCACTTAACAG	109186

CT030211.4	151	AAAAATACTGGAAATGGCTAACAAGCCAGTACAATGAACAGAAAGATAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109187	AAAAATACTGGAAATGGCTAACAAGCCAGTACAATGAACAGAAAGATAAG	109236

CT030211.4	201	GTAGAATAGAGAAAATAAGGAAAGAGAGAGAAAGTGATATCACACAAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109237	GTAGAATAGAGAAAATAAGGAAAGAGAGAGAAAGTGATATCACACAAAAA	109286

CT030211.4	251	TGCACACCACATTCATTCTACTACCACTACTTAATATCCCTTCATTTACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109287	TGCACACCACATTCATTCTACTACCACTACTTAATATCCCTTCATTTACT	109336

CT030211.4	301	AACAAACTGGGACCACATTGGATGACTCCCTTTGATCCTGTAGCTACGTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109337	AACAAACTGGGACCACATTGGATGACTCCCTTTGATCCTGTAGCTACGTC	109386

CT030211.4	351	TCAATCCCTTCTTATTTGCCATGTCATCATTTGCACCACTTTTATCAATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109387	TCAATCCCTTCTTATTTGCCATGTCATCATTTGCACCACTTTTATCAATT	109436

CT030211.4	401	GGGCCTTCCACACTCATAACATTACCCTCCCCTTCAAGAACAATCTTGTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109437	GGGCCTTCCACACTCATAACATTACCCTCCCCTTCAAGAACAATCTTGTC	109486

CT030211.4	451	CTCAAGATTGAGATTGGGGTAGCTATCCAACATCTCTTGCTTGTCTTCCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109487	CTCAAGATTGAGATTGGGGTAGCTATCCAACATCTCTTGCTTGTCTTCCC	109536

CT030211.4	501	AAGTAGCTTCACTGTTCTGCATATCCTTCCATTTCACTAGCAGTTGCTCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109537	AAGTAGCTTCACTGTTCTGCATATCCTTCCATTTCACTAGCAGTTGCTCC	109586

CT030211.4	551	ACTTTTCGATCTCCTCTGATAATGTTGCGTACGTTCAATATCACTTCCGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109587	ACTTTTCGATCTCCTCTGATAATGTTGCGTACGTTCAATATCACTTCCGG	109636

CT030211.4	601	CTGTATGACAGGACCTTCTTCCATTGTGGTAAGTGGTAAAGGAAAATATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109637	CTGTATGACAGGACCTTCTTCCATTGTGGTAAGTGGTAAAGGAAAATATG	109686

CT030211.4	651	GCTCAGTAGTGAGACCCTTGAAGATCTTCAATTGGGACACATGGAAGACC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109687	GCTCAGTAGTGAGACCCTTGAAGATCTTCAATTGGGACACATGGAAGACC	109736

CT030211.4	701	GGATGAATACGAGCTGTCTCAGGCAATTGCAACTTATAAGCTACTACTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109737	GGATGAATACGAGCTGTCTCAGGCAATTGCAACTTATAAGCTACTACTCC	109786

CT030211.4	751	TACTTTGGCTATCACAGTAAATGGACCAAAGTACCTCATGCCTAGTTTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109787	TACTTTGGCTATCACAGTAAATGGACCAAAGTACCTCATGCCTAGTTTGT	109836

CT030211.4	801	TGTTCTTTCTTAATGCTACAGAAGACTGCCTGTATGGTTGTAATTTCACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109837	TGTTCTTTCTTAATGCTACAGAAGACTGCCTGTATGGTTGTAATTTCACT	109886

CT030211.4	851	AACACTTGATCCCCTACTTCAAAAGACACATCTTTTCTCTTTTTGTCAGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109887	AACACTTGATCCCCTACTTCAAAAGACACATCTTTTCTCTTTTTGTCAGC	109936

CT030211.4	901	ATTGCTCTTCATAACCTGTTGTGCTCTCAGTAAATTTTCTTTTAACTCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109937	ATTGCTCTTCATAACCTGTTGTGCTCTCAGTAAATTTTCTTTTAACTCAA	109986

CT030211.4	951	CCAGTAGCTTGTCTCTGTCCATTAACTGTTGTTGTACCTCTGTGGGATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	109987	CCAGTAGCTTGTCTCTGTCCATTAACTGTTGTTGTACCTCTGTGGGATCA	110036

CT030211.4	1001	GAATTATTAACACTATAACGTGTTAACATAGGGGGTTCCCTGCCATATAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110037	GAATTATTAACACTATAACGTGTTAACATAGGGGGTTCCCTGCCATATAG	110086

CT030211.4	1051	TGCCTTAAATGGAGACATACCTAAACTAGTATGTAAGAAAGTGTTATACC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110087	TGCCTTAAATGGAGACATACCTAAACTAGTATGTAAGAAAGTGTTATACC	110136

CT030211.4	1101	ATAGTTCTACCCAAGTAAGTGCCTTAAACCATGTCTTAGGATTCTTGAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110137	ATAGTTCTACCCAAGTAAGTGCCTTAAACCATGTCTTAGGATTCTTGAAT	110186

CT030211.4	1151	GTGAAGCATCTCAGGTACATTTCGAGACATTTATTAACAGCTTCTGATTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110187	GTGAAGCATCTCAGGTACATTTCGAGACATTTATTAACAGCTTCTGATTG	110236

CT030211.4	1201	TCCATCCGTTTGAGGATGATAAGTTGTGCTCATGGACAATGTTGTGCCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110237	TCCATCCGTTTGAGGATGATAAGTTGTGCTCATGGACAATGTTGTGCCTT	110286

CT030211.4	1251	GCATTTGAAACAAATGCTGCCAGAATTTGCTGGTAAATACCTTGTCTCTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110287	GCATTTGAAACAAATGCTGCCAGAATTTGCTGGTAAATACCTTGTCTCTA	110336

CT030211.4	1301	TCAGAGATAATTGACTTAGGCATTCCGTGTAATTTTACTACATAATTCAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110337	TCAGAGATAATTGACTTAGGCATTCCGTGTAATTTTACTACATAATTCAC	110386

CT030211.4	1351	AAATGCCTCAGCAACAGTCCTATTTGAATAATCAGCTTTCAAGGGCATGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110387	AAATGCCTCAGCAACAGTCCTATTTGAATAATCAGCTTTCAAGGGCATGA	110436

CT030211.4	1401	AATGAGCATATTTACTCAGCCTATCTACGACGACCATAATAACAGTAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110437	AATGAGCATATTTACTCAGCCTATCTACGACGACCATAATAACAGTAAAA	110486

CT030211.4	1451	CCAAAAGATAGTGGCAATCCAGTAATAAAATCCATAGTTACATCATCCCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110487	CCAAAAGATAGTGGCAATCCAGTAATAAAATCCATAGTTACATCATCCCA	110536

CT030211.4	1501	TACCTGCTCTGGAATAGGCAATGGTTGAAGTAGCCCTGCATAAGTTGTAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110537	TACCTGCTCTGGAATAGGCAATGGTTGAAGTAGCCCTGCATAAGTTGTAT	110586

CT030211.4	1551	TAACAGATTTAGCCTGCTGACAAGTGACACATGCTTCAATAAACTTCTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110587	TAACAGATTTAGCCTGCTGACAAGTGACACATGCTTCAATAAACTTCTGT	110636

CT030211.4	1601	ATATGCTGCCTCATATTCGGCCAATAAAATTGGGCAGTAACTCTTGCTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110637	ATATGCTGCCTCATATTCGGCCAATAAAATTGGGCAGTAACTCTTGCTAA	110686

CT030211.4	1651	GGTTCTAGTCACCCCTGCATGCCCTCCGATTGGTGTATCATGGTATTCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110687	GGTTCTAGTCACCCCTGCATGCCCTCCGATTGGTGTATCATGGTATTCCT	110736

CT030211.4	1701	TGAGAATCTGATGAATCAAATTACTCTCCATAGGAATTACCAACCTATGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110737	TGAGAATCTGATGAATCAAATTACTCTCCATAGGAATTACCAACCTATGC	110786

CT030211.4	1751	TTCCAGTACAATAACCCTTCTTTCACCATATAATTTATGTCGTCCATAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110787	TTCCAGTACAATAACCCTTCTTTCACCATATAATTTATGTCGTCCATAGT	110836

CT030211.4	1801	ATTGTTTACGCACTGTTGTACTATTGTTTGCAAGTGGGAGTCATTGCCAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110837	ATTGTTTACGCACTGTTGTACTATTGTTTGCAAGTGGGAGTCATTGCCAA	110886

CT030211.4	1851	TTTCTTTCTTCAATTGCTCTAAAAAATCATGTTCAGGTGCAGACCATGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110887	TTTCTTTCTTCAATTGCTCTAAAAAATCATGTTCAGGTGCAGACCATGAA	110936

CT030211.4	1901	AGAGACATTACTCTTGACAGAGCATCGGCTGCTTGATTGTCCTTACCTGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110937	AGAGACATTACTCTTGACAGAGCATCGGCTGCTTGATTGTCCTTACCTGG	110986

CT030211.4	1951	TTTATATTCAATTTGGAAATCAAATCCAATGAATTTGTGAAGCCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030243.8	110987	TTTATATTCAATTTGGAAATCAAATCCAATGAATTTGTGAAGCCAAGCTT	111036

Overview

Query
CT030211.4 - 78707 bps
Hit
CT030243.8 - 111036 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195420001200011090371110361
288.542935034705647558-170971714761
391.753435001671017209-170979714751
493.141382031540315605-171277714801
593.331411801154511724-178081782601
691.74871211438214502178134782541
787.961201916456664611064391066291
882.9334826826690711068211069021
999.733513705022539111090881094571
Short-link