<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  CT962502.11	2000	AAGCTTTCTGCTGATTTAGTCAGTCGGCCCATGGTAAATAGTGTTGAGTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1	AAGCTTTCTGCTGATTTAGTCAGTCGGCCCATGGTAAATAGTGTTGAGTT	50

C  CT962502.11	1950	CAGACATGAAACCTCTCAGCCAACTGCTGGCATAACTCCAAATGTTGCTG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	51	CAGACATGAAACCTCTCAGCCAACTGCTGGCATAACTCCAAATGTTGCTG	100

C  CT962502.11	1900	GTCCTGGATCTTCAAGGCCCCTGATTCCTTCTCAGAGTAGTGGACACTTT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	101	GTCCTGGATCTTCAAGGCCCCTGATTCCTTCTCAGAGTAGTGGACACTTT	150

C  CT962502.11	1850	TCTATGCTGTTTGGGTTTCTATATTGCGGTTTTGAAAATTTATGTTATCT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	151	TCTATGCTGTTTGGGTTTCTATATTGCGGTTTTGAAAATTTATGTTATCT	200

C  CT962502.11	1800	TTTAATATCATCTTTCCCATCCTTGTCTCAGAACCTGGTCTGCTTGGACC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	201	TTTAATATCATCTTTCCCATCCTTGTCTCAGAACCTGGTCTGCTTGGACC	250

C  CT962502.11	1750	TCCACTCAAACATGACGGCAGTTTTATTGATCGTGATAATGACATGAAAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	251	TCCACTCAAACATGACGGCAGTTTTATTGATCGTGATAATGACATGAAAA	300

C  CT962502.11	1700	AAGGACTATTAACTACGAGGCATGGTCCAGATTTAAGAGGTCAAAGTTCA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  CT030165.7	301	AAGGACTATTAACTACGAGGCATGGTCCAGA-TTAAGAGGTCAAAGTTCA	349

C  CT962502.11	1650	GCTGAACCCCCTCTGATATCAAGGCCGCCCATTCCATCATACGGAGGCTG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	350	GCTGAACCCCCTCTGATATCAAGGCCGCCCATTCCATCATACGGAGGCTG	399

C  CT962502.11	1600	GTTGGTAGATGATGATATAAGCAACAAAACTCAGACAAATAATTGGCCTT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	400	GTTGGTAGATGATGATATAAGCAACAAAACTCAGACAAATAATTGGCCTT	449

C  CT962502.11	1550	TTGCATCTGCTAAAGAATCCAATTTGCCAAAGTCTGAAAAGCATCAGGCT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	450	TTGCATCTGCTAAAGAATCCAATTTGCCAAAGTCTGAAAAGCATCAGGCT	499

C  CT962502.11	1500	CAACCAAAACCCTTTTCTCATAGAATGGAAGTTTCAGCCTCCACTGTTCC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	500	CAACCAAAACCCTTTTCTCATAGAATGGAAGTTTCAGCCTCCACTGTTCC	549

C  CT962502.11	1450	GCTCTCACAAGCATCAAAACTTAAGGCTGAAGAGGTTTGTAGATGAATGT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	550	GCTCTCACAAGCATCAAAACTTAAGGCTGAAGAGGTTTGTAGATGAATGT	599

C  CT962502.11	1400	TATGTTGCTTCCCATTTTTTACAATGAAAGTTTTGTTTGGAGTCTTGAAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	600	TATGTTGCTTCCCATTTTTTACAATGAAAGTTTTGTTTGGAGTCTTGAAA	649

C  CT962502.11	1350	ATGTTGTTATATGCAGGCAACTTCTGTATCTGATTTTCAGAGGCGAAATA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	650	ATGTTGTTATATGCAGGCAACTTCTGTATCTGATTTTCAGAGGCGAAATA	699

C  CT962502.11	1300	TTCCATCTAAGTCTCGGCTAACAGGTATAGCTTATTACTTAATTTCTTTG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	700	TTCCATCTAAGTCTCGGCTAACAGGTATAGCTTATTACTTAATTTCTTTG	749

C  CT962502.11	1250	CATATATATGAAGGCTTTGAATCTTATTTAATATTGTTATTAACAATGAC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	750	CATATATATGAAGGCTTTGAATCTTATTTAATATTGTTATTAACAATGAC	799

C  CT962502.11	1200	AAACTAGGTGAATGTTAATAGAGTAGCGGTCATGGGTGGTTTACTTTAGC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	800	AAACTAGGTGAATGTTAATAGAGTAGCGGTCATGGGTGGTTTACTTTAGC	849

C  CT962502.11	1150	TTTTAGATAGATTTTACATGATTATTTAATGGGTTTTGCCTTGGAATTAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	850	TTTTAGATAGATTTTACATGATTATTTAATGGGTTTTGCCTTGGAATTAT	899

C  CT962502.11	1100	TGAAGCTTGGATGTATCTTTTAAAAGTACAAGTGCTATATCTGAAGCAGC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	900	TGAAGCTTGGATGTATCTTTTAAAAGTACAAGTGCTATATCTGAAGCAGC	949

C  CT962502.11	1050	ATTTATTGTTTCTTGTACCTGTCCAATTTTGATAGTTTAAATTAAACCTA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	950	ATTTATTGTTTCTTGTACCTGTCCAATTTTGATAGTTTAAATTAAACCTA	999

C  CT962502.11	1000	TGACTGTAATATTCATGAACTTTAATATTTTTTAACCTTCTACTCTATTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1000	TGACTGTAATATTCATGAACTTTAATATTTTTTAACCTTCTACTCTATTT	1049

C  CT962502.11	950	CACCTTTTGATCTTTCCACTATTCTTATTTCGCCTATCTGTAAATGTAAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1050	CACCTTTTGATCTTTCCACTATTCTTATTTCGCCTATCTGTAAATGTAAA	1099

C  CT962502.11	900	TGATTCTAAATTGTAAATGTAACTAGAGCAGGAATACATCCGTTAGTTTT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1100	TGATTCTAAATTGTAAATGTAACTAGAGCAGGAATACATCCGTTAGTTTT	1149

C  CT962502.11	850	TTATTTGCTTTGTTTTGACTATTTTATGTAGTCACCTGACCTGTATGACC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1150	TTATTTGCTTTGTTTTGACTATTTTATGTAGTCACCTGACCTGTATGACC	1199

C  CT962502.11	800	CTCTTTTTAGTGAGGTTGAGACCTTAAAGGCACCATTTGCTAACTGGATT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1200	CTCTTTTTAGTGAGGTTGAGACCTTAAAGGCACCATTTGCTAACTGGATT	1249

C  CT962502.11	750	AGAATAGGACAGAACATAAATAACTAAGGAGGCCTGAATTTTATACATTT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1250	AGAATAGGACAGAACATAAATAACTAAGGAGGCCTGAATTTTATACATTT	1299

C  CT962502.11	700	ATACGAGTTATTCCCCCGCTCCCATTCCTAATTTCATGTAATTTTAAAGT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1300	ATACGAGTTATTCCCCCGCTCCCATTCCTAATTTCATGTAATTTTAAAGT	1349

C  CT962502.11	650	TGTCTTACTGAACCTTCCAATCATTTTTCTATCTGCTTTGAAGAGCTGGA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1350	TGTCTTACTGAACCTTCCAATCATTTTTCTATCTGCTTTGAAGAGCTGGA	1399

C  CT962502.11	600	GAATTACAGAAATTTATACGATCTTGTTTATTAAAATTTTCATTGGCATT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1400	GAATTACAGAAATTTATACGATCTTGTTTATTAAAATTTTCATTGGCATT	1449

C  CT962502.11	550	TTTTTCTTTCTCATCTGCTGTATATAATCATTGATGTTTTGTTATGGACC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1450	TTTTTCTTTCTCATCTGCTGTATATAATCATTGATGTTTTGTTATGGACC	1499

C  CT962502.11	500	AAACTCTTTGCAGAGGATGTGATATCTCCGAATCATACATCTTCTAATAG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1500	AAACTCTTTGCAGAGGATGTGATATCTCCGAATCATACATCTTCTAATAG	1549

C  CT962502.11	450	CAAAGATTTTCAAAATGAAGTTGGAAAATTTGACCCATCTCTATCTATTG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1550	CAAAGATTTTCAAAATGAAGTTGGAAAATTTGACCCATCTCTATCTATTG	1599

C  CT962502.11	400	GAGTGCTGCAAGAAATTGGGAAGCGGTGTTCCTCTAAGGTATGCCTAGTT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1600	GAGTGCTGCAAGAAATTGGGAAGCGGTGTTCCTCTAAGGTATGCCTAGTT	1649

C  CT962502.11	350	TCTGCACCCAAGTGAGCATTTCTCTCCTCTATTTTCGCTGAAGTGCATTT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1650	TCTGCACCCAAGTGAGCATTTCTCTCCTCTATTTTCGCTGAAGTGCATTT	1699

C  CT962502.11	300	CTATGCATTCCTTTTAATAGGTTGAATTTAAGCCAATTGTAAGCACCAGC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1700	CTATGCATTCCTTTTAATAGGTTGAATTTAAGCCAATTGTAAGCACCAGC	1749

C  CT962502.11	250	AAAGACTTGCAGTTTTCAGTGGAGGTGAGTGAAAGTTCTGTTTCTTTTTA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1750	AAAGACTTGCAGTTTTCAGTGGAGGTGAGTGAAAGTTCTGTTTCTTTTTA	1799

C  CT962502.11	200	ACAATTGATTATATACTACTTTTTACATGTATTTATTGACTTTCTTGGCT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1800	ACAATTGATTATATACTACTTTTTACATGTATTTATTGACTTTCTTGGCT	1849

C  CT962502.11	150	TATTGTAGTATTTGTTATGTTCTATAAGATGAATTCACTGATTTGTTGTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1850	TATTGTAGTATTTGTTATGTTCTATAAGATGAATTCACTGATTTGTTGTT	1899

C  CT962502.11	100	TTTAAACTGTGAGAAATTAATTATATGGGGTATTTTGTAGATTAATGATT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1900	TTTAAACTGTGAGAAATTAATTATATGGGGTATTTTGTAGATTAATGATT	1949

C  CT962502.11	50	ATCAAGATCTGATATATTTTGACTTCCATGATAGTGGCCAGATTAGGTCT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030165.7	1950	ATCAAGATCTGATATATTTTGACTTCCATGATAGTGGCCAGATTAGGTCT	1999

Compact alignment

skip 300 bps 100% identity alignment

C  CT962502.11	1700	AAGGACTATTAACTACGAGGCATGGTCCAGATTTAAGAGGTCAAAGTTCA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  CT030165.7	301	AAGGACTATTAACTACGAGGCATGGTCCAGA-TTAAGAGGTCAAAGTTCA	349

skip 1650 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT962502.11 - 109802 bps
Hit
CT030165.7 - 134390 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.951917200012000-1119991
295.6193250800388028711314731317221
382.1262646290142965911317381323741
479.3855169302223039011327711329301
584.0285169305213068911330641332321
Short-link