<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU024888.5	2000	AAGCTTTGATTTCTTTCTACACATGTTTCTGATGATGATGTAAAAGCAAT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1	AAGCTTTGATTTCTTTCTACACATGTTTCTGATGATGATGTAAAAGCAAT	50

C  CU024888.5	1950	AAAATAACTTGCTTTTGTATTCATTAGTGTAGAATCTCTGAAGGTCATGC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	51	AAAATAACTTGCTTTTGTATTCATTAGTGTAGAATCTCTGAAGGTCATGC	100

C  CU024888.5	1900	TTGTTTGTGGCTCTGATCTCCTCCATTCCTTTGGAATTCCTGGATTTTGG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	101	TTGTTTGTGGCTCTGATCTCCTCCATTCCTTTGGAATTCCTGGATTTTGG	150

C  CU024888.5	1850	ATTCCTGACCAGGTACTTATGCATTATGCAGAAATCTAATATTTTTTTTA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	151	ATTCCTGACCAGGTACTTATGCATTATGCAGAAATCTAATATTTTTTTTA	200

C  CU024888.5	1800	TTAATAAAAAGGCAATAAAACTTTTATATTTAAAAAAACAAAAATATTGT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	201	TTAATAAAAAGGCAATAAAACTTTTATATTTAAAAAAACAAAAATATTGT	250

C  CU024888.5	1750	TTATATTTAGATCCGAGGTTACTGTTTCTCTAAACAAAAACTCTACCAGA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	251	TTATATTTAGATCCGAGGTTACTGTTTCTCTAAACAAAAACTCTACCAGA	300

C  CU024888.5	1700	CGAATTGAACTGATTTTGTCATGATGTGTTAGAATCGGCATCGTTAATTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	301	CGAATTGAACTGATTTTGTCATGATGTGTTAGAATCGGCATCGTTAATTT	350

C  CU024888.5	1650	GTTAGGATGTTTTTCTTCTTCCTACATATATGAGCATGGATTGAGTATAT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	351	GTTAGGATGTTTTTCTTCTTCCTACATATATGAGCATGGATTGAGTATAT	400

C  CU024888.5	1600	ATCTATTTTCTGTACGTTAAGTGATTTGCCCCTGGTTGTGAAAAAAATGG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	401	ATCTATTTTCTGTACGTTAAGTGATTTGCCCCTGGTTGTGAAAAAAATGG	450

C  CU024888.5	1550	ACTATAATTTTGTCATTGGTTGTGGAAAAAATGGACCATAATTTTGTCAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	451	ACTATAATTTTGTCATTGGTTGTGGAAAAAATGGACCATAATTTTGTCAT	500

C  CU024888.5	1500	TTTATGTTTTTACTCTAGGTTAAGAGTATATGCAGAGATTATGGAGTAGT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	501	TTTATGTTTTTACTCTAGGTTAAGAGTATATGCAGAGATTATGGAGTAGT	550

C  CU024888.5	1450	CTGCATACGCAGAGAAGGACAAAATATTGAGAAGACTATATCTGATGATA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	551	CTGCATACGCAGAGAAGGACAAAATATTGAGAAGACTATATCTGATGATA	600

C  CU024888.5	1400	ATATTCTGAATGAGAATCAGGTACATCACCTTTCAAGAATTACCATATCT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	601	ATATTCTGAATGAGAATCAGGTACATCACCTTTCAAGAATTACCATATCT	650

C  CU024888.5	1350	TCTGACATGCGTTAAAACGAAACTTGGACTTTTTTTTTTGACAAGTGAAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	651	TCTGACATGCGTTAAAACGAAACTTGGACTTTTTTTTTTGACAAGTGAAA	700

C  CU024888.5	1300	TGTGGAAGTTTTCAAATTTTAATTTCTTGTTTTTGACCACATTAAGGTCA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	701	TGTGGAAGTTTTCAAATTTTAATTTCTTGTTTTTGACCACATTAAGGTCA	750

C  CU024888.5	1250	AACTATAGGCTGATGAGATCTTTTTGTCATGGCAACATGTGCAAAGGCAT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	751	AACTATAGGCTGATGAGATCTTTTTGTCATGGCAACATGTGCAAAGGCAT	800

C  CU024888.5	1200	GGGAATTTCAAATTGAAGGATTAAAATTGATGGTTAAAAAACTTTGAAAT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	801	GGGAATTTCAAATTGAAGGATTAAAATTGATGGTTAAAAAACTTTGAAAT	850

C  CU024888.5	1150	TGATCAATTCTTCTCAGCCGTGATTGGTTATGAAATATGGTTTACTTTGT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	851	TGATCAATTCTTCTCAGCCGTGATTGGTTATGAAATATGGTTTACTTTGT	900

C  CU024888.5	1100	CTACAATCTACATTTCATAGCATTTTTCCATGCTTTTATGCAAATTTAAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	901	CTACAATCTACATTTCATAGCATTTTTCCATGCTTTTATGCAAATTTAAA	950

C  CU024888.5	1050	TTTGACACTACATTTTTTTTGGGCTAATATTGAAGTTGTAGATGAACTTG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	951	TTTGACACTACATTTTTTTTGGGCTAATATTGAAGTTGTAGATGAACTTG	1000

C  CU024888.5	1000	TACCAAATCAAATCAGCTCAACAAGAATAAGGTAAAAATACTATCACCTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1001	TACCAAATCAAATCAGCTCAACAAGAATAAGGTAAAAATACTATCACCTT	1050

C  CU024888.5	950	GTTTTGTTTACTTTATAAGACATAAATCATGGTGATTTATTAGAAGGGAG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1051	GTTTTGTTTACTTTATAAGACATAAATCATGGTGATTTATTAGAAGGGAG	1100

C  CU024888.5	900	ACATTTTTAAATTTTATTGTCTGTTTTTATTACTAATTTTAGGGAATGCA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1101	ACATTTTTAAATTTTATTGTCTGTTTTTATTACTAATTTTAGGGAATGCA	1150

C  CU024888.5	850	TTGCAAGAGGATTATCAATAAAATACCTTACCTCGGATGAAGTGATTGAT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1151	TTGCAAGAGGATTATCAATAAAATACCTTACCTCGGATGAAGTGATTGAT	1200

C  CU024888.5	800	TATACCAGAGAACATAAATTATACTTGAAATCAGATGATAAATAATTCCT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1201	TATACCAGAGAACATAAATTATACTTGAAATCAGATGATAAATAATTCCT	1250

C  CU024888.5	750	ACAAATTGGATATCATATGCTGTATTCGCTATGCAAGAGTCATTAGTTAC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1251	ACAAATTGGATATCATATGCTGTATTCGCTATGCAAGAGTCATTAGTTAC	1300

C  CU024888.5	700	ATAGCTGCGTATTAGATTAGTGTTTAATAAGCAGTTGATTTGCTGTTGTA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1301	ATAGCTGCGTATTAGATTAGTGTTTAATAAGCAGTTGATTTGCTGTTGTA	1350

C  CU024888.5	650	AAACTAGCAGGTAAATAAATATTCCACAATTCACAAGTTAAATGCAAAAT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1351	AAACTAGCAGGTAAATAAATATTCCACAATTCACAAGTTAAATGCAAAAT	1400

C  CU024888.5	600	TTAACAGAATTGTTGAAGTTGTACGTTTTCAGTTGTTTAATTTAACCTAG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1401	TTAACAGAATTGTTGAAGTTGTACGTTTTCAGTTGTTTAATTTAACCTAG	1450

C  CU024888.5	550	TAATTTGCGGCTGCTAAATTCTGTTTATTATTTGAATTCAATATTGTCGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1451	TAATTTGCGGCTGCTAAATTCTGTTTATTATTTGAATTCAATATTGTCGA	1500

C  CU024888.5	500	ATGTGAAAGTTGGTTGAGGATTTCGCTAATAGCTTTCAACAATGTTTCAC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1501	ATGTGAAAGTTGGTTGAGGATTTCGCTAATAGCTTTCAACAATGTTTCAC	1550

C  CU024888.5	450	TTTTTTTCAAGCGATAACGCCAAGGAAGAAACCATGGCCCTCCGTTGTGG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1551	TTTTTTTCAAGCGATAACGCCAAGGAAGAAACCATGGCCCTCCGTTGTGG	1600

C  CU024888.5	400	ATTCCTCGGCTCTTTCAAATAATGTTAAATATGGATTTTTGGGGTTTATG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1601	ATTCCTCGGCTCTTTCAAATAATGTTAAATATGGATTTTTGGGGTTTATG	1650

C  CU024888.5	350	AGAACCACTACTCTTCGAAAAACACAAGTAAAGTGAACAAAAGATAAACT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1651	AGAACCACTACTCTTCGAAAAACACAAGTAAAGTGAACAAAAGATAAACT	1700

C  CU024888.5	300	AAGGTATATTGCGAGCAAAATAACAATTTGATTGATAGTGTCTAAAACAC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1701	AAGGTATATTGCGAGCAAAATAACAATTTGATTGATAGTGTCTAAAACAC	1750

C  CU024888.5	250	ACCCTTCAAGTCTTAGCCCTCATTGACCGCCTGAGTATTGCATGTATTAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1751	ACCCTTCAAGTCTTAGCCCTCATTGACCGCCTGAGTATTGCATGTATTAT	1800

C  CU024888.5	200	ATTTTTTTTTATTGTTGTTGCTCGATGGTTGTATATGGTGCCCTAAGCAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1801	ATTTTTTTTTATTGTTGTTGCTCGATGGTTGTATATGGTGCCCTAAGCAT	1850

C  CU024888.5	150	GGTATTGTTCTTATTTTGTGGTGTTTTTTGGTAGTTAGCCAACACAACAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1851	GGTATTGTTCTTATTTTGTGGTGTTTTTTGGTAGTTAGCCAACACAACAT	1900

C  CU024888.5	100	TCTCCCAAACTACGCTCATTCATTGGATCGTATGTGTTTTCGTTATCTTG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1901	TCTCCCAAACTACGCTCATTCATTGGATCGTATGTGTTTTCGTTATCTTG	1950

C  CU024888.5	50	AGCTGAAAACGTAGACAAGGGTCTTTCACACCAAATTATTAGTTTCATGT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030158.4	1951	AGCTGAAAACGTAGACAAGGGTCTTTCACACCAAATTATTAGTTTCATGT	2000

Overview

Query
CU024888.5 - 10278 bps
Hit
CT030158.4 - 122591 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link