<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU302375.2	2000	GAATTCCTGTGACAACTTGACCATGTTTGGAGGAGGGCTGTGGAAGGACT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1	GAATTCCTGTGACAACTTGACCATGTTTGGAGGAGGGCTGTGGAAGGACT	50

C  CU302375.2	1950	TTGGAACTTTGGGCTAGAAGATCCATTCAGTGTTAAGAGCTCTGGGATGT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	51	TTGGAACTTTGGGCTAGAAGATCCATTCAGTGTTAAGAGCTCTGGGATGT	100

C  CU302375.2	1900	TGTGTAGGAGCTTGGAAGATAATGTTGAGAACAGGGCAGAAGATGGAGGC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	101	TGTGTAGGAGCTTGGAAGATAATGTTGAGAACAGGGCAGAAGATGGAGGC	150

C  CU302375.2	1850	CTGGCTTGTGAAATTTCAGAGGGAAGATTAAAGACTCTGTATCAGGGCTG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	151	CTGGCTTGTGAAATTTCAGAGGGAAGATTAAAGACTCTGTATCAGGGCTG	200

C  CU302375.2	1800	TTGCTATTTTGACTGTGAAGATTCTGTGGTTCTGGTTAGCTGGGGCTTAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	201	TTGCTATTTTGACTGTGAAGATTCTGTGGTTCTGGTTAGCTGGGGCTTAA	250

C  CU302375.2	1750	GAATCAGCTGTGATTAACAAGATACCAGAGCTACTAAAGTGAAACCTTTG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	251	GAATCAGCTGTGATTAACAAGATACCAGAGCTACTAAAGTGAAACCTTTG	300

C  CU302375.2	1700	CATTACTGGGACTCTTGATGCTGGTGGAACTAAGAAATTATCGGTGATTA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	301	CATTACTGGGACTCTTGATGCTGGTGGAACTAAGAAATTATCGGTGATTA	350

C  CU302375.2	1650	AGAAGAGATCAACATCATTGAGGTGACATCTTCTGGGAAGTGTTTTCTGA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	351	AGAAGAGATCAACATCATTGAGGTGACATCTTCTGGGAAGTGTTTTCTGA	400

C  CU302375.2	1600	GAGCACAGAGGCTGCATTCCAGAGATAGGGAAGGTTGTATCTTGTGCTGT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	401	GAGCACAGAGGCTGCATTCCAGAGATAGGGAAGGTTGTATCTTGTGCTGT	450

C  CU302375.2	1550	GGCTGGACTTGGTAATGTGTAAGAGTCACCCAGGTGGTACTGGTTTTGAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	451	GGCTGGACTTGGTAATGTGTAAGAGTCACCCAGGTGGTACTGGTTTTGAA	500

C  CU302375.2	1500	GGCATGAAGGGGTCCTGAAGAGCAGCTGAGGCTCGGCACTGTGAAAGGCC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	501	GGCATGAAGGGGTCCTGAAGAGCAGCTGAGGCTCGGCACTGTGAAAGGCC	550

C  CU302375.2	1450	ATGGAAGACCATTGGTAAAGGTGCAGCCTCAGTTGCAATTGATGGCCCAG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	551	ATGGAAGACCATTGGTAAAGGTGCAGCCTCAGTTGCAATTGATGGCCCAG	600

C  CU302375.2	1400	GACTGAAGGATCATGCAAAAGAGTTGAGGTTTGGCACCATGAAGAGAGCC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	601	GACTGAAGGATCATGCAAAAGAGTTGAGGTTTGGCACCATGAAGAGAGCC	650

C  CU302375.2	1350	TATGAGAGGCTGTTGGTGAAGCCTAGTTACAGCTGAAGTCAGCAGTGTTT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	651	TATGAGAGGCTGTTGGTGAAGCCTAGTTACAGCTGAAGTCAGCAGTGTTT	700

C  CU302375.2	1300	TGGAGATGCCAGTACCATGAGATGACCACCACGAACAGCAGCAGCAGTTC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	701	TGGAGATGCCAGTACCATGAGATGACCACCACGAACAGCAGCAGCAGTTC	750

C  CU302375.2	1250	AGTACAGGCATCTGGAGCCTAGAAGAGAAGGTGTGTGCTACAAAGGGCAG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	751	AGTACAGGCATCTGGAGCCTAGAAGAGAAGGTGTGTGCTACAAAGGGCAG	800

C  CU302375.2	1200	AGCTGGAGAAGTGACCCAAGTTCTTGGAGGTATCCAGAAGATCATGAGTG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	801	AGCTGGAGAAGTGACCCAAGTTCTTGGAGGTATCCAGAAGATCATGAGTG	850

C  CU302375.2	1150	GATCCCAGACTTTGGACGGTTGGAGTTTGATTTTGCTTTTGATTGTGAAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	851	GATCCCAGACTTTGGACGGTTGGAGTTTGATTTTGCTTTTGATTGTGAAT	900

C  CU302375.2	1100	GTGTCCTGATATGTTTCTCTCTTGAAGAAGGTATTACAGTGGAGCCCACA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	901	GTGTCCTGATATGTTTCTCTCTTGAAGAAGGTATTACAGTGGAGCCCACA	950

C  CU302375.2	1050	GTTAAGAGATTTTTGAATTTTTAAAAGATATTGGATATTTTAAAAGGATT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	951	GTTAAGAGATTTTTGAATTTTTAAAAGATATTGGATATTTTAAAAGGATT	1000

C  CU302375.2	1000	GAACTTTTAATATGTAAAGACTGTGGGACTTTTAAAGTTATTTAGGTCTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1001	GAACTTTTAATATGTAAAGACTGTGGGACTTTTAAAGTTATTTAGGTCTT	1050

C  CU302375.2	950	GGGGATGAATAAGAAAGTAAGGGTTGAGGTTTACTAGTGATGTGTTTGTG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1051	GGGGATGAATAAGAAAGTAAGGGTTGAGGTTTACTAGTGATGTGTTTGTG	1100

C  CU302375.2	900	TGTCAAGTTGACAAGGGGTCAATTGTACTGGCTGGTTTTGTGTGTCAACT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1101	TGTCAAGTTGACAAGGGGTCAATTGTACTGGCTGGTTTTGTGTGTCAACT	1150

C  CU302375.2	850	TGACACAGGCTGAAGTTATCACAGAGAAAGGAGTTTCAGTTGAGGAAATG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1151	TGACACAGGCTGAAGTTATCACAGAGAAAGGAGTTTCAGTTGAGGAAATG	1200

C  CU302375.2	800	CCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGAACAAGGGG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1201	CCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGAACAAGGGG	1250

C  CU302375.2	750	GGGAGGGCCCATTGTGGGTGGTGCCATCTTGGGTTCTATAAGAAAACAAG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1251	GGGAGGGCCCATTGTGGGTGGTGCCATCTTGGGTTCTATAAGAAAACAAG	1300

C  CU302375.2	700	CTGAGCAAGCCAGGAGAAGCAAGCCAGTAAGTAACATCCCTCCATGCCCT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1301	CTGAGCAAGCCAGGAGAAGCAAGCCAGTAAGTAACATCCCTCCATGCCCT	1350

C  CU302375.2	650	CTGCATCAACTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1351	CTGCATCAACTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCC	1400

C  CU302375.2	600	TTTGGTGATGACCAGCAATGTGGAAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1401	TTTGGTGATGACCAGCAATGTGGAAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCC	1450

C  CU302375.2	550	TCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTTGTCCAGGAATAGGAACCGT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1451	TCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTTGTCCAGGAATAGGAACCGT	1500

C  CU302375.2	500	GATTAAGACAGGCCCCATTAAGGACCTGGGGGATGCCTTAGCCTCTACCA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1501	GATTAAGACAGGCCCCATTAAGGACCTGGGGGATGCCTTAGCCTCTACCA	1550

C  CU302375.2	450	GTAAGATCTCAGGACATGTTTTAAGACCCTCTGAGAACATAAATACAGCC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1551	GTAAGATCTCAGGACATGTTTTAAGACCCTCTGAGAACATAAATACAGCC	1600

C  CU302375.2	400	TTAAATTCCACTGACAACTTGGGAAGACCTCAGGCCCCAGCGCCAACCTG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1601	TTAAATTCCACTGACAACTTGGGAAGACCTCAGGCCCCAGCGCCAACCTG	1650

C  CU302375.2	350	CAGAAACCTTAAGACAATACTGAGAATCAGGGAAAATATTAGGCTCCAGG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1651	CAGAAACCTTAAGACAATACTGAGAATCAGGGAAAATATTAGGCTCCAGG	1700

C  CU302375.2	300	AACAACCTTGGAAGGCCATTGATCCAGTGAGAACCTCAGGAAAGCTTAGG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1701	AACAACCTTGGAAGGCCATTGATCCAGTGAGAACCTCAGGAAAGCTTAGG	1750

C  CU302375.2	250	CCTTGAATCTTTTAGGAATGCTTTAGATTGTGGTTGAAATGTAAAAAAAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1751	CCTTGAATCTTTTAGGAATGCTTTAGATTGTGGTTGAAATGTAAAAAAAA	1800

C  CU302375.2	200	AAAAAAAAAAAGCCTTAAATGTTTTTAGTCTCTAGTAGGAACTTAGGAAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1801	AAAAAAAAAAAGCCTTAAATGTTTTTAGTCTCTAGTAGGAACTTAGGAAA	1850

C  CU302375.2	150	GGCAGAAGGGCCTCAATGAGACTTTAGAGAAGGCCCATTGAATATATGTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1851	GGCAGAAGGGCCTCAATGAGACTTTAGAGAAGGCCCATTGAATATATGTT	1900

C  CU302375.2	100	GACTATTTAGACCACAGTAAAAACATGGGTCTTCAGACCCAGTATAAATC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1901	GACTATTTAGACCACAGTAAAAACATGGGTCTTCAGACCCAGTATAAATC	1950

C  CU302375.2	50	TGGTGAAGGCCTTATAGAGCCTGTTAGAACTTGAGAAAAATTTTAGGTCC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027994.2	1951	TGGTGAAGGCCTTATAGAGCCTGTTAGAACTTGAGAAAAATTTTAGGTCC	2000

Overview

Query
CU302375.2 - 73125 bps
Hit
CT027994.2 - 169471 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link