<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR589883.15	1	GAATTCATGCAGCCCCAGTCACTGAAGAATTTTCCAGATGCCATTTTCCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	860	GAATTCATGCAGCCCCAGTCACTGAAGAATTTTCCAGATGCCATTTTCCA	909

CR589883.15	51	TCTGAGGTTTAGAACAGCAACTGGTGAGTCAAACTACCTAAATGTTGGTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	910	TCTGAGGTTTAGAACAGCAACTGGTGAGTCAAACTACCTAAATGTTGGTA	959

CR589883.15	101	TTTTACTGACTTTCTTTGAGGAAATACAGTTGTAAACATATTGTTAAGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	960	TTTTACTGACTTTCTTTGAGGAAATACAGTTGTAAACATATTGTTAAGTT	1009

CR589883.15	151	AATAACTTTAGAATGGAGTGACAATTTTAATCTTCTGCGGTTCATTCATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1010	AATAACTTTAGAATGGAGTGACAATTTTAATCTTCTGCGGTTCATTCATG	1059

CR589883.15	201	GTCGTTTGTGTATCTAGCTTAACTGCATTACTATTGACTTCTTTTCAAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1060	GTCGTTTGTGTATCTAGCTTAACTGCATTACTATTGACTTCTTTTCAAGA	1109

CR589883.15	251	ATGTTTTTATATATGCTCATGCATACATAGTGCATAAAAACATCAAATGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1110	ATGTTTTTATATATGCTCATGCATACATAGTGCATAAAAACATCAAATGT	1159

CR589883.15	301	ACATGTTCAACACATTTCTGTTACGCTTAATGCTATTTTGTGCGTTGTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1160	ACATGTTCAACACATTTCTGTTACGCTTAATGCTATTTTGTGCGTTGTTA	1209

CR589883.15	351	CCCATCTGTAAAATAAAATCGACACTTCTCCTTTAATTTGAAGCAAACTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1210	CCCATCTGTAAAATAAAATCGACACTTCTCCTTTAATTTGAAGCAAACTA	1259

CR589883.15	401	GCGAGGGAATCCCCTAGCCTACTCTGCCCGGATGCTAATGGCAACAGAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1260	GCGAGGGAATCCCCTAGCCTACTCTGCCCGGATGCTAATGGCAACAGAGG	1309

CR589883.15	451	ACGGTTTCCATAAGCTCTGGAGAGTTTCTAAAACATATCTGGTGAATAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1310	ACGGTTTCCATAAGCTCTGGAGAGTTTCTAAAACATATCTGGTGAATAAA	1359

CR589883.15	501	TTAACATATGCTTACTTGTAAAAGGCTTCCTGACTAAAACATATGATTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1360	TTAACATATGCTTACTTGTAAAAGGCTTCCTGACTAAAACATATGATTGT	1409

CR589883.15	551	TTGTTATTCGTGTACGTTAATTTGGTTATTTTAAACACCGCGGCCCTTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1410	TTGTTATTCGTGTACGTTAATTTGGTTATTTTAAACACCGCGGCCCTTTT	1459

CR589883.15	601	AAACTGGTTCATTCGTGGCCGTCCATATACCGTTAGTTCATAGACTCGCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1460	AAACTGGTTCATTCGTGGCCGTCCATATACCGTTAGTTCATAGACTCGCG	1509

CR589883.15	651	TGATAACGTACGCTTGAATTATATTAAGCGTTGACAACCATTAAAGTCGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1510	TGATAACGTACGCTTGAATTATATTAAGCGTTGACAACCATTAAAGTCGG	1559

CR589883.15	701	AATGTTAACATTAATGTCTTTAAATGACCGCGTTTGCACTTTCTCAGGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1560	AATGTTAACATTAATGTCTTTAAATGACCGCGTTTGCACTTTCTCAGGCA	1609

CR589883.15	751	TTTAAGGTTACAGAAGTCTCCCGGAAGTTGCGGGACTAACGTTAACGTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1610	TTTAAGGTTACAGAAGTCTCCCGGAAGTTGCGGGACTAACGTTAACGTTA	1659

CR589883.15	801	TCCCGCAAATGCACAGAGACTCCCAGATGCCCAAGTAGATGCCCGCAAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1660	TCCCGCAAATGCACAGAGACTCCCAGATGCCCAAGTAGATGCCCGCAAAT	1709

CR589883.15	851	GAATGATAATCTCCCGGAAATCGCGCGTCTCCCGCCCGGTCATTAAACAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1710	GAATGATAATCTCCCGGAAATCGCGCGTCTCCCGCCCGGTCATTAAACAC	1759

CR589883.15	901	TTTGCACACCCCTCTCCACCGCATCCCTCCCAGCTCTTCAGGTACGTCGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1760	TTTGCACACCCCTCTCCACCGCATCCCTCCCAGCTCTTCAGGTACGTCGC	1809

CR589883.15	951	GCGCAAGTCACCCCCACCGCTCTTCAGGTACGTCGCGCGCAACTCATCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1810	GCGCAAGTCACCCCCACCGCTCTTCAGGTACGTCGCGCGCAACTCATCCC	1859

CR589883.15	1001	ATTGCTCTTCAGGTTCTCATCTCTCCCGCTACCTCCCGCAAATTAACTCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1860	ATTGCTCTTCAGGTTCTCATCTCTCCCGCTACCTCCCGCAAATTAACTCT	1909

CR589883.15	1051	GTATCCCCCGAAAATTACTTTCCCCAACTCGGGATGTCTGACGTTAGTAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1910	GTATCCCCCGAAAATTACTTTCCCCAACTCGGGATGTCTGACGTTAGTAA	1959

CR589883.15	1101	GTTAGGCTATTTATGTAGTCAGGAACATCTTAGTCAAGCTTTTTCTCCCG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	1960	GTTAGGCTATTTATGTAGTCAGGAACATCTTAGTCAAGCTTTTTCTCCCG	2009

CR589883.15	1151	CATGATATTGTGCTTAAAACTATAGGCTAAACTTAGCATGTACTGTACAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2010	CATGATATTGTGCTTAAAACTATAGGCTAAACTTAGCATGTACTGTACAC	2059

CR589883.15	1201	AACATTTCCTTTTTATTAAAGACAATTTAGTGCGTTGTAAACAGCCACCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2060	AACATTTCCTTTTTATTAAAGACAATTTAGTGCGTTGTAAACAGCCACCT	2109

CR589883.15	1251	GTCTGTAAAATTAATCAACTGATTCATATTTGAGCAGCCTAATGATGATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2110	GTCTGTAAAATTAATCAACTGATTCATATTTGAGCAGCCTAATGATGATA	2159

CR589883.15	1301	CAGGTTTGATTTGTAGATTTATTATCAATAATCAACATCTGAGTCAAAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2160	CAGGTTTGATTTGTAGATTTATTATCAATAATCAACATCTGAGTCAAAAG	2209

CR589883.15	1351	ATATCTGAAAAAAAATGTGAGGCATACTTTGTGATGTTCATCTCTCCTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2210	ATATCTGAAAAAAAATGTGAGGCATACTTTGTGATGTTCATCTCTCCTTT	2259

CR589883.15	1401	TTATCTGAAGGTTATGCATATGTGTTAGATACTAGTTTTTTGTTGTTTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2260	TTATCTGAAGGTTATGCATATGTGTTAGATACTAGTTTTTTGTTGTTTTT	2309

CR589883.15	1451	TAACAGCCACAGTTCTCTATACAATAACACAAGACCCTGTGACGGTGGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2310	TAACAGCCACAGTTCTCTATACAATAACACAAGACCCTGTGACGGTGGCT	2359

CR589883.15	1501	GATTAGAGACGGATGGTGTATTTCCAGAGTTGGTGAAATGACCAAGCACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2360	GATTAGAGACGGATGGTGTATTTCCAGAGTTGGTGAAATGACCAAGCACA	2409

CR589883.15	1551	CCTTCTTGGTCATATGTGGTGATAATAATGAAGGTATGTTTGATAAAGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2410	CCTTCTTGGTCATATGTGGTGATAATAATGAAGGTATGTTTGATAAAGTT	2459

CR589883.15	1601	CTGTATTTGTTTCACATAAGCTGAGAGGGTATTATAGCATTAGAGAATAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2460	CTGTATTTGTTTCACATAAGCTGAGAGGGTATTATAGCATTAGAGAATAA	2509

CR589883.15	1651	CGAATGACATGAAGGTGATACGTTTTGTATTGTGGGTGAACTGTTACTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2510	CGAATGACATGAAGGTGATACGTTTTGTATTGTGGGTGAACTGTTACTTA	2559

CR589883.15	1701	AATAATGTTTTGCTCTTTACTTTGCACTTTTCCTCTTCTGCTTATCCTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2560	AATAATGTTTTGCTCTTTACTTTGCACTTTTCCTCTTCTGCTTATCCTAA	2609

CR589883.15	1751	TATTTTAGATTATATTTGGACCTGAAACATCTGCTTGACTCCAGTAAAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2610	TATTTTAGATTATATTTGGACCTGAAACATCTGCTTGACTCCAGTAAAGG	2659

CR589883.15	1801	TGGCGTCAATACTGGACCTGAAAGGGCCTAACAAGTTGAATCTGGTAAAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2660	TGGCGTCAATACTGGACCTGAAAGGGCCTAACAAGTTGAATCTGGTAAAG	2709

CR589883.15	1851	AAACATGCACGCGCGCACACAAGCACGCACGCACGCACGCACACGCTTAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2710	AAACATGCACGCGCGCACACAAGCACGCACGCACGCACGCACACGCTTAC	2759

CR589883.15	1901	AGAAAACTGTTGTTTATGAAGTTTATGAATATTTTTTACACTGTGGCCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2760	AGAAAACTGTTGTTTATGAAGTTTATGAATATTTTTTACACTGTGGCCAG	2809

CR589883.15	1951	TCAGCATCACTAAATGATATAAAAGATTTTAAGATCCTCTAAATTTTGCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027988.7	2810	TCAGCATCACTAAATGATATAAAAGATTTTAAGATCCTCTAAATTTTGCT	2859

Overview

Query
CR589883.15 - 153832 bps
Hit
CT027988.7 - 2859 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link