<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX294000.11	1	AAGCTTATTTTGTTTGTGCTTCATTTCTTTGTTTTCTGTGAACACAAACC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18211	AAGCTTATTTTGTTTGTGCTTCATTTCTTTGTTTTCTGTGAACACAAACC	18260

BX294000.11	51	TTTCCCCCTTTTCTCACAATAAAAGAACCTTAAGATCATTAAAATCATAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18261	TTTCCCCCTTTTCTCACAATAAAAGAACCTTAAGATCATTAAAATCATAA	18310

BX294000.11	101	CCTGATAACTATTTATTTATTTTCTTTAGCTCATGTTCCACCACAGCCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18311	CCTGATAACTATTTATTTATTTTCTTTAGCTCATGTTCCACCACAGCCCT	18360

BX294000.11	151	AGACATTTAGGGTAGTAACAATATTACATATTGCTGTCGATAACTTTTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18361	AGACATTTAGGGTAGTAACAATATTACATATTGCTGTCGATAACTTTTAA	18410

BX294000.11	201	TTGTTAGAATATTTTTTGGAATTATTGACAAGTGATATTTATAAAATGTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18411	TTGTTAGAATATTTTTTGGAATTATTGACAAGTGATATTTATAAAATGTA	18460

BX294000.11	251	GTTGATTTGTTTTTTGCTGTGACATAGCCAGAAAGCTTATATGCCTCTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18461	GTTGATTTGTTTTTTGCTGTGACATAGCCAGAAAGCTTATATGCCTCTCT	18510

BX294000.11	301	CTCTCTCACTTAGGTCAATTTGAAATATCAGCAACTGCATAGCAATGTCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18511	CTCTCTCACTTAGGTCAATTTGAAATATCAGCAACTGCATAGCAATGTCC	18560

BX294000.11	351	TAACAATCATGGTTAACCGATGTAAAAGCATCATTAATCTTCTTCAAATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18561	TAACAATCATGGTTAACCGATGTAAAAGCATCATTAATCTTCTTCAAATG	18610

BX294000.11	401	TAAAAATGAAGTTTGCATCTCTCTTTCCTCACAGAATTCACTCAGCTTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18611	TAAAAATGAAGTTTGCATCTCTCTTTCCTCACAGAATTCACTCAGCTTTG	18660

BX294000.11	451	ACCAGGTCCCCACTGCGCACGCTGATGGTATGGCAGCGATGCAATCCATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18661	ACCAGGTCCCCACTGCGCACGCTGATGGTATGGCAGCGATGCAATCCATT	18710

BX294000.11	501	CGAGGTGCTAAAGGGTCATCTCAGCGACGGGGACTGGCATCTGTAGCAAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18711	CGAGGTGCTAAAGGGTCATCTCAGCGACGGGGACTGGCATCTGTAGCAAC	18760

BX294000.11	551	CCAGCGTCGTATTCCTCAGCAGACAGGTACAGAACATCTGGAGATGTTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18761	CCAGCGTCGTATTCCTCAGCAGACAGGTACAGAACATCTGGAGATGTTTC	18810

BX294000.11	601	TGGAAAAGCCAGACCTGGTGGTGGTGGAGCAGCCCAAGGAGCGCGGCATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18811	TGGAAAAGCCAGACCTGGTGGTGGTGGAGCAGCCCAAGGAGCGCGGCATG	18860

BX294000.11	651	CGTTTCCGCTATGAGTGTGAGGGGCGTTCAGCAGGCAGCATCCTTGGAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18861	CGTTTCCGCTATGAGTGTGAGGGGCGTTCAGCAGGCAGCATCCTTGGAGC	18910

BX294000.11	701	CTCCAGCACAGATTCTAACAAGACCTTACCTGCCATTGAAGTGAGTAGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18911	CTCCAGCACAGATTCTAACAAGACCTTACCTGCCATTGAAGTGAGTAGGA	18960

BX294000.11	751	AGAACATTTGTACTGAAAAAATAGATATCCATAATCTGCTTGTTAAGTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	18961	AGAACATTTGTACTGAAAAAATAGATATCCATAATCTGCTTGTTAAGTGT	19010

BX294000.11	801	GACATCATGCAAAGCGGCTACTGGGTCCAAGCGCTGTATTTCCATGCCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19011	GACATCATGCAAAGCGGCTACTGGGTCCAAGCGCTGTATTTCCATGCCTG	19060

BX294000.11	851	CTATCAGATGGCCAGAAAGTGATTAGTGTTTTATATATTGTTACAATTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19061	CTATCAGATGGCCAGAAAGTGATTAGTGTTTTATATATTGTTACAATTAT	19110

BX294000.11	901	TGGTGTCTGTGATGCAGCATGTCCAGAGACTGTAGTGTACACCATGATTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19111	TGGTGTCTGTGATGCAGCATGTCCAGAGACTGTAGTGTACACCATGATTA	19160

BX294000.11	951	TATATAAAACTCACTTTAATGTGTAATATATGACTAAAAACTGGTCATAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19161	TATATAAAACTCACTTTAATGTGTAATATATGACTAAAAACTGGTCATAA	19210

BX294000.11	1001	CTGAAAATTTTCTCAATTCAAATGAGTATCGGCTTGAACCCGGAAACAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19211	CTGAAAATTTTCTCAATTCAAATGAGTATCGGCTTGAACCCGGAAACAGC	19260

BX294000.11	1051	ATTCCATACGTCACGCAGTGGTGCCCCAGAAATTTTTCTTAGGGATGGCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19261	ATTCCATACGTCACGCAGTGGTGCCCCAGAAATTTTTCTTAGGGATGGCC	19310

BX294000.11	1101	ATTTGAGGCCACACCAAATCTTGTGGCACACAAAAAAATATGAATTCAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19311	ATTTGAGGCCACACCAAATCTTGTGGCACACAAAAAAATATGAATTCAGT	19360

BX294000.11	1151	GTAATATTATATTTTTATTCCTGGTAAATGAAATAATTTTGTTTTAATTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19361	GTAATATTATATTTTTATTCCTGGTAAATGAAATAATTTTGTTTTAATTC	19410

BX294000.11	1201	ATTTAATTACTCTTAAAATAATGCAGTTTATTCCTTGAAATTATTCAGCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19411	ATTTAATTACTCTTAAAATAATGCAGTTTATTCCTTGAAATTATTCAGCA	19460

BX294000.11	1251	AGTACCTGTGCAAACCAAATAAAAATCAACATTTAGTTTAAAAACACAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19461	AGTACCTGTGCAAACCAAATAAAAATCAACATTTAGTTTAAAAACACAGA	19510

BX294000.11	1301	CAAATGAACAAACTGAACAAAAAGCATTACTATATACACAGACTCGCTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19511	CAAATGAACAAACTGAACAAAAAGCATTACTATATACACAGACTCGCTGT	19560

BX294000.11	1351	ACAGAAACTAATATATATATATATAATTTATCCATATTTCTTTTTGAGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19561	ACAGAAACTAATATATATATATATAATTTATCCATATTTCTTTTTGAGCC	19610

BX294000.11	1401	TTTTATTAATACAGCTTTTTTATTAATGTTTCTTTTTGCAAAATACATCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19611	TTTTATTAATACAGCTTTTTTATTAATGTTTCTTTTTGCAAAATACATCC	19660

BX294000.11	1451	ACAAAAACATTGAGATTTTTGGCCCTTGTAAGTAAACCAGCAAAAAAATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19661	ACAAAAACATTGAGATTTTTGGCCCTTGTAAGTAAACCAGCAAAAAAATA	19710

BX294000.11	1501	AAAATAAAAATAAAATACAAAAATAATGAGGGTACTAAATACACTAGATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19711	AAAATAAAAATAAAATACAAAAATAATGAGGGTACTAAATACACTAGATT	19760

BX294000.11	1551	CTGAAAAAGCTGATTTCAAAATGCAATCCTTTTTTTTGGAATTTGTGGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19761	CTGAAAAAGCTGATTTCAAAATGCAATCCTTTTTTTTGGAATTTGTGGTT	19810

BX294000.11	1601	TTTAATCTGATAAAACAGAATTTAAAAAGTTTAAATAAAAAGTGTACAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19811	TTTAATCTGATAAAACAGAATTTAAAAAGTTTAAATAAAAAGTGTACAAT	19860

BX294000.11	1651	CTTAAAAATCCAAGGTCGTGTTTCGTCTCTCGTTGTCAAACAATACTACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19861	CTTAAAAATCCAAGGTCGTGTTTCGTCTCTCGTTGTCAAACAATACTACA	19910

BX294000.11	1701	CAAATTATAAGAACCTGATCCTTAAAAAAAACAAAAAAAATGCAAACTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19911	CAAATTATAAGAACCTGATCCTTAAAAAAAACAAAAAAAATGCAAACTTG	19960

BX294000.11	1751	AATTTGCTGTGGTAAAGTCAGCTTATCTGCTGCGTTTGAATGTCAGTAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	19961	AATTTGCTGTGGTAAAGTCAGCTTATCTGCTGCGTTTGAATGTCAGTAAT	20010

BX294000.11	1801	TCATCCCCAAGGTGCAGCCAGAATAACAGTCAAACGATCTACCAAACCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	20011	TCATCCCCAAGGTGCAGCCAGAATAACAGTCAAACGATCTACCAAACCAT	20060

BX294000.11	1851	CTATAAGCGCATTTTAAAGGGGAAGGGGCAGCGAATCACTAATGTTGGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	20061	CTATAAGCGCATTTTAAAGGGGAAGGGGCAGCGAATCACTAATGTTGGTG	20110

BX294000.11	1901	GCGTCAATCCACAATAATTTAGTGGCTGCATTTTATTTAGTTATTTATTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	20111	GCGTCAATCCACAATAATTTAGTGGCTGCATTTTATTTAGTTATTTATTG	20160

BX294000.11	1951	AAATATTGTGAATTTATGCAAATACATTTTAATTATTAATATTAACAGCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027984.6	20161	AAATATTGTGAATTTATGCAAATACATTTTAATTATTAATATTAACAGCA	20210

Overview

Query
BX294000.11 - 197371 bps
Hit
CT027984.6 - 20210 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001931200012000118211202101
292.341692221384481386691367338941
387.554977282972925111049111441
Short-link