<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX530719.4	1	AAGCTTGGGAATGCTTTCAGTGGCAGAACAATCTCTCCCAGACAGAGACC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	13630	AAGCTTGGGAATGCTTTCAGTGGCAGAACAATCTCTCCCAGACAGAGACC	13679

BX530719.4	51	TGACAGTTGCTCTTCCTTTCTTCTCCTCTCACACAACAAAGACACGAACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	13680	TGACAGTTGCTCTTCCTTTCTTCTCCTCTCACACAACAAAGACACGAACA	13729

BX530719.4	101	GACCTAAGAAAGCCAAACAAACCCACACCAGGCATCCACAATCAGTTACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	13730	GACCTAAGAAAGCCAAACAAACCCACACCAGGCATCCACAATCAGTTACA	13779

BX530719.4	151	GATCACTTGAGAATGGTTTACACCTAGGAAAATAAACAGAGGGGAAGCTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	13780	GATCACTTGAGAATGGTTTACACCTAGGAAAATAAACAGAGGGGAAGCTA	13829

BX530719.4	201	ATTTTGTTTGGGTTTGTGTCCAGCTTTGGTTACTTTGCGTTTCAGCGTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	13830	ATTTTGTTTGGGTTTGTGTCCAGCTTTGGTTACTTTGCGTTTCAGCGTCT	13879

BX530719.4	251	CCGCTTGTGCAAAGAAAACACCAAACAAGAGCAAAAGCACAGGATCATCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	13880	CCGCTTGTGCAAAGAAAACACCAAACAAGAGCAAAAGCACAGGATCATCT	13929

BX530719.4	301	GAGATCTTATCTGTTCAAGAAGAAAGGAGCTCTGGTTTGAAATGACATTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	13930	GAGATCTTATCTGTTCAAGAAGAAAGGAGCTCTGGTTTGAAATGACATTC	13979

BX530719.4	351	GATTGGAAAAATTTATTTTCTGGGATTTTTGATCTAGGAATGGCAATCGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	13980	GATTGGAAAAATTTATTTTCTGGGATTTTTGATCTAGGAATGGCAATCGA	14029

BX530719.4	401	CCATCGATAAATTGACGTTAATCCTTTTATTGATACACTTTGTCAATGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14030	CCATCGATAAATTGACGTTAATCCTTTTATTGATACACTTTGTCAATGGT	14079

BX530719.4	451	CAATTAAGCATTAACTTCATTAATAGTAAATGTTTGAGGCACATTCAGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14080	CAATTAAGCATTAACTTCATTAATAGTAAATGTTTGAGGCACATTCAGCC	14129

BX530719.4	501	TATTGTGAGGGGAAAATTAATTTATTTAAAAAGGCATTAGTTTAATGTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14130	TATTGTGAGGGGAAAATTAATTTATTTAAAAAGGCATTAGTTTAATGTTC	14179

BX530719.4	551	AGGGTGTTTGGATGTCTTGTTTTGTTGCATTTAGCTTGGCCATTTAATAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14180	AGGGTGTTTGGATGTCTTGTTTTGTTGCATTTAGCTTGGCCATTTAATAA	14229

BX530719.4	601	AATTCTATGGTTTGACTTTCATGGTATGAGTATAATTTCACGTAGTAACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14230	AATTCTATGGTTTGACTTTCATGGTATGAGTATAATTTCACGTAGTAACA	14279

BX530719.4	651	GTAATTTTATTTTATAGTGATGATATTTTTTTGTTACAGTTATTTAAATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14280	GTAATTTTATTTTATAGTGATGATATTTTTTTGTTACAGTTATTTAAATA	14329

BX530719.4	701	AGCAGTTATTCCAGTAATTTAATAAAAAGGATTATAGTAAATAAACTTTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14330	AGCAGTTATTCCAGTAATTTAATAAAAAGGATTATAGTAAATAAACTTTA	14379

BX530719.4	751	TGAATTGAAAAAGACTTCAGCTTTTTTTATTTTAAACATTTTTTAATATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14380	TGAATTGAAAAAGACTTCAGCTTTTTTTATTTTAAACATTTTTTAATATG	14429

BX530719.4	801	ACAGGGATGCACAATTATTCTCCTTTTGACTGAGCTTAACTGTATTTTGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14430	ACAGGGATGCACAATTATTCTCCTTTTGACTGAGCTTAACTGTATTTTGC	14479

BX530719.4	851	CTGTTTGTGTGTTTTACAGGTTAATTTATAGAGTTAAGTTTGAGATTTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14480	CTGTTTGTGTGTTTTACAGGTTAATTTATAGAGTTAAGTTTGAGATTTTT	14529

BX530719.4	901	GTTCACAATAATGGTTAGCTTCTTACAATCAATTAAAAACATACTCATCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14530	GTTCACAATAATGGTTAGCTTCTTACAATCAATTAAAAACATACTCATCA	14579

BX530719.4	951	CACCAATTGATGATTTGTTCCTAGGTAGAACTAGCGTTATTTTTCCTTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14580	CACCAATTGATGATTTGTTCCTAGGTAGAACTAGCGTTATTTTTCCTTAT	14629

BX530719.4	1001	TTTTCATGGGAAGGTACTAGGACCCAGCAGCAGGCTTTTAATGTAAAGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14630	TTTTCATGGGAAGGTACTAGGACCCAGCAGCAGGCTTTTAATGTAAAGGA	14679

BX530719.4	1051	AAAAGGATTAATAGAGCAGATACTGAATTATGCTTTGTATGATTAGTGTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14680	AAAAGGATTAATAGAGCAGATACTGAATTATGCTTTGTATGATTAGTGTC	14729

BX530719.4	1101	ACAGTCAATACGTCAATCCAGTTTTCATATTCATGCATTCAATCATTTTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14730	ACAGTCAATACGTCAATCCAGTTTTCATATTCATGCATTCAATCATTTTC	14779

BX530719.4	1151	TTTTCGGCCTAGTTCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAGCGGAATGAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14780	TTTTCGGCCTAGTTCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAGCGGAATGAAC	14829

BX530719.4	1201	CGCCAACTTATCCAGCACATGTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGTTGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14830	CGCCAACTTATCCAGCACATGTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGTTGC	14879

BX530719.4	1251	AACCCATCTCTGGGAAACACTCATACACTACTGAAAATTTTAGCCTACCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14880	AACCCATCTCTGGGAAACACTCATACACTACTGAAAATTTTAGCCTACCC	14929

BX530719.4	1301	AATTAATCTGTGCTGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14930	AATTAATCTGTGCTGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACTC	14979

BX530719.4	1351	GAAGGAAACACACGCGAACGCAGGGAGCACATGCAAACTCCACACAGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	14980	GAAGGAAACACACGCGAACGCAGGGAGCACATGCAAACTCCACACAGAAA	15029

BX530719.4	1401	CGCCAACTGACCCAGCTGAGGCTCGAACCAGCAACCTTTTTGCTGTGAGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15030	CGCCAACTGACCCAGCTGAGGCTCGAACCAGCAACCTTTTTGCTGTGAGG	15079

BX530719.4	1451	CATCAGCACTACCTACTGCGTCGCCCAGTTTTCATATATTCTTTACAATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15080	CATCAGCACTACCTACTGCGTCGCCCAGTTTTCATATATTCTTTACAATT	15129

BX530719.4	1501	TTTCAAACAAGACTTGCATTAGTCTGAGTTTTACAGTGCTCCATGTTAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15130	TTTCAAACAAGACTTGCATTAGTCTGAGTTTTACAGTGCTCCATGTTAAT	15179

BX530719.4	1551	TAGTCTTGTTACCGGTCGGGCTTTAAGTTAGTTGGCAGAGGCAGTTGTGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15180	TAGTCTTGTTACCGGTCGGGCTTTAAGTTAGTTGGCAGAGGCAGTTGTGC	15229

BX530719.4	1601	TACTGTTACTGTTACTTACTGAGATATATTATTGTTCAGAGAATTATTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15230	TACTGTTACTGTTACTTACTGAGATATATTATTGTTCAGAGAATTATTCT	15279

BX530719.4	1651	GTACTCACATTCACAGTTTTAAGTCAGTAATGAAAAACAATTTATCTAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15280	GTACTCACATTCACAGTTTTAAGTCAGTAATGAAAAACAATTTATCTAAA	15329

BX530719.4	1701	TCACAGGTACAAATTCACCTCAGATTACTGATTGCACATATTGTGTGGCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15330	TCACAGGTACAAATTCACCTCAGATTACTGATTGCACATATTGTGTGGCC	15379

BX530719.4	1751	CTGTTCACACAAACACTAATGTGGCTGTCATTTACACACAAATGCAGTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15380	CTGTTCACACAAACACTAATGTGGCTGTCATTTACACACAAATGCAGTGT	15429

BX530719.4	1801	TGGGGCACTGAAATTTAAACTTTTGAAAACTCCTGTCAGGGTAAAGATTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15430	TGGGGCACTGAAATTTAAACTTTTGAAAACTCCTGTCAGGGTAAAGATTC	15479

BX530719.4	1851	TCAGAAATGCCAGTGACAGTGTGTGTAGTCGTGTAGCAGGCAAAACCAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15480	TCAGAAATGCCAGTGACAGTGTGTGTAGTCGTGTAGCAGGCAAAACCAGA	15529

BX530719.4	1901	GTTTTGGGGTGTCTGCATTGCCATTAACTTTATGTGAAATCAGATTGTGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15530	GTTTTGGGGTGTCTGCATTGCCATTAACTTTATGTGAAATCAGATTGTGC	15579

BX530719.4	1951	ACTGCAATTTCTGTTAATTACATGTCTACAAGTTTACAAGTACATGCAAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027802.7	15580	ACTGCAATTTCTGTTAATTACATGTCTACAAGTTTACAAGTACATGCAAT	15629

Overview

Query
BX530719.4 - 197865 bps
Hit
CT027802.7 - 15629 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001950200012000113630156291
289.938916133703530-110447106051
381.43963394837948717110456108051
489.84336034753534112009120671
51004178175539175616112144122211
6100377635733648112146122211
797.64348635683653-112147122311
810036756141261486-112147122211
91003777156540156616-112147122231
1010038796142361501112147122251
111003776156543156618112147122221
121003674149490149563-112148122211
1398.753581175540175620-112148122271
141003674149490149563112148122211
1598.513067179844179910-112156122221
1681.1543116190894191009-113192133131
1787.4183144142276142419-114765149071
1890.0888130176572176701-114765148951
1983.911593186188862205114765150811
2085.141052055985160055114896150971
2188.1576130114266114395114896150301
Short-link