<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005211.21	191332	GAATTCAGCTGCAATTTTCTTAACCACACCCCTCTACCTTTAATATGCTA	191283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116288	GAATTCAGCTGCAATTTTCTTAACCACACCCCTCTACCTTTAATATGCTA	116337

C  BX005211.21	191282	TTAGGCAATGATGCACAAAAAGGAAGCCCCACCCCCTACTCAATATAATG	191233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116338	TTAGGCAATGATGCACAAAAAGGAAGCCCCACCCCCTACTCAATATAATG	116387

C  BX005211.21	191232	TTTTAGTTGGATGTGCATCAACATACTTTAATAAAAGTCTCAGCAACAAT	191183
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116388	TTTTAGTTGGATGTGCATCAACATACTTTAATAAAAGTCTCAGCAACAAT	116437

C  BX005211.21	191182	CCGGTTCACACTGACTTAAAAATAAATGAAAATAAATAAGTAAATAAAAA	191133
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116438	CCGGTTCACACTGACTTAAAAATAAATGAAAATAAATAAGTAAATAAAAA	116487

C  BX005211.21	191132	CTGACCCCAATCGTTTGAATGCTATATAGTAGTCAAAATTATCCTGAAAC	191083
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116488	CTGACCCCAATCGTTTGAATGCTATATAGTAGTCAAAATTATCCTGAAAC	116537

C  BX005211.21	191082	ATTATTATTAATGTTTAATATTATTAATCCTAAAATTATTAATTCAAAAT	191033
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116538	ATTATTATTAATGTTTAATATTATTAATCCTAAAATTATTAATTCAAAAT	116587

C  BX005211.21	191032	TATCCCCAAAACAAAAATGAGTGTTAATTGAATATGTTTAGGACATATTT	190983
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116588	TATCCCCAAAACAAAAATGAGTGTTAATTGAATATGTTTAGGACATATTT	116637

C  BX005211.21	190982	AATGAAAGTTTTAGATTTACTCAGATGTCAATTACTGCATTGTGGATTTT	190933
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116638	AATGAAAGTTTTAGATTTACTCAGATGTCAATTACTGCATTGTGGATTTT	116687

C  BX005211.21	190932	AAAAATACAACAAATACATATGTGCCTTTAATGTATTAGAATATAGAAAG	190883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116688	AAAAATACAACAAATACATATGTGCCTTTAATGTATTAGAATATAGAAAG	116737

C  BX005211.21	190882	CAACTCTGAATAGGATGTTGTTAAAAATGTGTGCTCTTTTTTAAAAGACT	190833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116738	CAACTCTGAATAGGATGTTGTTAAAAATGTGTGCTCTTTTTTAAAAGACT	116787

C  BX005211.21	190832	CCATCCCATAAAGCCACACTTTTATTTGTGCAAAATCAAATCTCCCAAGA	190783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116788	CCATCCCATAAAGCCACACTTTTATTTGTGCAAAATCAAATCTCCCAAGA	116837

C  BX005211.21	190782	CAAACTCCATCACCTTTCATAACTTAACATAACTGTAATAACTCAACTTG	190733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116838	CAAACTCCATCACCTTTCATAACTTAACATAACTGTAATAACTCAACTTG	116887

C  BX005211.21	190732	CAAAGCTTCCACTGGACATCCTAACTAGCAAGGCATGTGGTGATCAGATA	190683
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116888	CAAAGCTTCCACTGGACATCCTAACTAGCAAGGCATGTGGTGATCAGATA	116937

C  BX005211.21	190682	TGTTGCAACACACACACACACACACACACAACATGTAATATCCAGCTCTT	190633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116938	TGTTGCAACACACACACACACACACACACAACATGTAATATCCAGCTCTT	116987

C  BX005211.21	190632	ACCTGTCGATGATGACCGGGTCAGAGGGCGTCTCATTACGATTCCCACAA	190583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	116988	ACCTGTCGATGATGACCGGGTCAGAGGGCGTCTCATTACGATTCCCACAA	117037

C  BX005211.21	190582	CTTTTCTTGTCACAGCAGCGACTAATAGAGACGGAGGGAGAGGAAGAGAG	190533
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117038	CTTTTCTTGTCACAGCAGCGACTAATAGAGACGGAGGGAGAGGAAGAGAG	117087

C  BX005211.21	190532	GAAGAGAGCAGTTAACCTGGGTGTTACTGCACATATGTCAGCTATGACCT	190483
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117088	GAAGAGAGCAGTTAACCTGGGTGTTACTGCACATATGTCAGCTATGACCT	117137

C  BX005211.21	190482	CAAACTCAGTGAAGGAAGAGGTAGCAATTATAAAGCAGTCTTTCTTTCAC	190433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117138	CAAACTCAGTGAAGGAAGAGGTAGCAATTATAAAGCAGTCTTTCTTTCAC	117187

C  BX005211.21	190432	TCCTCCAAGGCAGGCATTCACTCCTGCTGTACACACCGAACACAATATGC	190383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117188	TCCTCCAAGGCAGGCATTCACTCCTGCTGTACACACCGAACACAATATGC	117237

C  BX005211.21	190382	TGCCCCTCACACTGTGTTTTAGTAATTACTGCTAACAGACTCGGGGGCAG	190333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117238	TGCCCCTCACACTGTGTTTTAGTAATTACTGCTAACAGACTCGGGGGCAG	117287

C  BX005211.21	190332	TTGCTGAAGGATCAGAAGTGTGGCTGATAACAGGGCATTTATCAGATGAT	190283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117288	TTGCTGAAGGATCAGAAGTGTGGCTGATAACAGGGCATTTATCAGATGAT	117337

C  BX005211.21	190282	GGAGAGAAGAGTCGAAGTCAGAGAGTCAGAAAGAGAGGAAAGAATGAAAG	190233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117338	GGAGAGAAGAGTCGAAGTCAGAGAGTCAGAAAGAGAGGAAAGAATGAAAG	117387

C  BX005211.21	190232	AGGGGAACAGCACTTCAGCTGTATATGCATCATGGAATGATTTCAGATCA	190183
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117388	AGGGGAACAGCACTTCAGCTGTATATGCATCATGGAATGATTTCAGATCA	117437

C  BX005211.21	190182	GAAAATGTCTCTGTGTGTTTTCAATTTTTGCCAATGTGTTCTTAAAACAA	190133
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117438	GAAAATGTCTCTGTGTGTTTTCAATTTTTGCCAATGTGTTCTTAAAACAA	117487

C  BX005211.21	190132	ATTATTATTAAATATTTACATTTATATTTATGCATTTATTAATAAAATAT	190083
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117488	ATTATTATTAAATATTTACATTTATATTTATGCATTTATTAATAAAATAT	117537

C  BX005211.21	190082	GATTGATTATATTATATTATAATTTATTATATTATATTATATTATATTAT	190033
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117538	GATTGATTATATTATATTATAATTTATTATATTATATTATATTATATTAT	117587

C  BX005211.21	190032	ATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTAT	189983
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117588	ATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTAT	117637

C  BX005211.21	189982	ATTATATTATAATTTATTATATTCTATTATATAAAAATTATTATATTGAA	189933
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117638	ATTATATTATAATTTATTATATTCTATTATATAAAAATTATTATATTGAA	117687

C  BX005211.21	189932	AATTATTATATAATTATAATAAAATTTGTTCATAGTGAGTCTAAATAATT	189883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117688	AATTATTATATAATTATAATAAAATTTGTTCATAGTGAGTCTAAATAATT	117737

C  BX005211.21	189882	TATACACAAATAATGTTACAAATAAATACAATATTTGATTTAAATATTTA	189833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117738	TATACACAAATAATGTTACAAATAAATACAATATTTGATTTAAATATTTA	117787

C  BX005211.21	189832	TTTCAATGCAGTGTGGACAGACCCTAAATGCCAAATAAAATCGAGTGTGA	189783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117788	TTTCAATGCAGTGTGGACAGACCCTAAATGCCAAATAAAATCGAGTGTGA	117837

C  BX005211.21	189782	CTTTATGCAGTCAGAATGCCCTCTTATAACTTAAATGAATATATTTTTCA	189733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117838	CTTTATGCAGTCAGAATGCCCTCTTATAACTTAAATGAATATATTTTTCA	117887

C  BX005211.21	189732	TGATTAAATACACACCAATTACAACCAATATACAGCGTTACTTTCTAGCT	189683
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117888	TGATTAAATACACACCAATTACAACCAATATACAGCGTTACTTTCTAGCT	117937

C  BX005211.21	189682	TTCTGTTTAATGTTGAGGAGCCGTATAACAGTTTAACTTTAGCCTTAACC	189633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117938	TTCTGTTTAATGTTGAGGAGCCGTATAACAGTTTAACTTTAGCCTTAACC	117987

C  BX005211.21	189632	TAAATATGCATAATATATTAAATTAGGGACATCACAGTGGCGCAGTGGGT	189583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	117988	TAAATATGCATAATATATTAAATTAGGGACATCACAGTGGCGCAGTGGGT	118037

C  BX005211.21	189582	AGCATGATCGCCTCACAGCAAAAAGGTCACTGGTTTTAGTTCTGCCTGAG	189533
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	118038	AGCATGATCGCCTCACAGCAAAAAGGTCACTGGTTTTAGTTCTGCCTGAG	118087

C  BX005211.21	189532	TCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCAATGTTGACGTG	189483
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	118088	TCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCAATGTTGACGTG	118137

C  BX005211.21	189482	GGTTTCTTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCTCACAGTCCAAAGACAAGTGCTA	189433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	118138	GGTTTCTTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCTCACAGTCCAAAGACAAGTGCTA	118187

C  BX005211.21	189432	TAGGTGAATTGAATAAACTAAATTATCCGTAGTGTATTTGTGTTAAAGAG	189383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	118188	TAGGTGAATTGAATAAACTAAATTATCCGTAGTGTATTTGTGTTAAAGAG	118237

C  BX005211.21	189382	AGATTGTATGGGTGTTTCCCACTACTGAGTTACAGCTGGAAGGGCATCCG	189333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027793.11	118238	AGATTGTATGGGTGTTTCCCACTACTGAGTTACAGCTGGAAGGGCATCCG	118287

Overview

Query
BX005211.21 - 191332 bps
Hit
CT027793.11 - 118287 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019132000189333191332-11162881182871
280.812030551548518521306933701
379.9512937473871742441306934471
490.082563788893089307-1306934411
581.0712239041609419981494553351
685.7116730196749974-1687871781
782.421424089219992606134693351071
884.53131269139554139822-142446427231
979.811174168431184726-152648530631
1089.681763498436884716-152878532261
1185.881943553044430798166415667681
1285.611402767033270607-166505667681
1388.021332258893089154-166552667681
1487.231873669018390548-171267716341
1579.561145156561866132171379718821
1689.1120208108027108234171418716281
1790.41552523517935430171619718681
1881.75161368189247189614-182944833101
1986.891754468431284757-186076865251
2089.81133206158615158820-198176983811
2179.75180565104271104835-11002191007911
2210011415318505018520211047221048741
2387.081854478431184757-11047891052371
Short-link