<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT025908.13	1	GAATTCTCCTTCTCTTCACACAGATTGCTAGAGAGAAGAAATGCATATGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	1995	GAATTCTCCTTCTCTTCACACAGATTGCTAGAGAGAAGAAATGCATATGA	2044

CT025908.13	51	GCATTTCTGTCCGGCTCTCTGTCTGTGATACATTCATCACAAGCGAATCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2045	GCATTTCTGTCCGGCTCTCTGTCTGTGATACATTCATCACAAGCGAATCA	2094

CT025908.13	101	AGGGTGAATCTGATGTGTTGGGGAAGATACAATGAAATGTGGGAAAACAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2095	AGGGTGAATCTGATGTGTTGGGGAAGATACAATGAAATGTGGGAAAACAT	2144

CT025908.13	151	GGATGAGGCGACTGATGGAAACGGAAATAGTTTAAACAAGAGATATAGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2145	GGATGAGGCGACTGATGGAAACGGAAATAGTTTAAACAAGAGATATAGAG	2194

CT025908.13	201	GGATTTATATGGAAAGAGGCTGGATATTAGATTGAAACTGTTGTAAAATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2195	GGATTTATATGGAAAGAGGCTGGATATTAGATTGAAACTGTTGTAAAATA	2244

CT025908.13	251	ACAAATAGGGGATTTAACAAAAAATAGGCTTGCATATTAAAAATTCTGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2245	ACAAATAGGGGATTTAACAAAAAATAGGCTTGCATATTAAAAATTCTGAG	2294

CT025908.13	301	CAACTTCGAAAAAAGATATACACTTTCATAGCATTCCAGCTTGTGAAATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2295	CAACTTCGAAAAAAGATATACACTTTCATAGCATTCCAGCTTGTGAAATG	2344

CT025908.13	351	TGTATTTTTGCAGCAAATATGACCTTTATCAGAGGCAAATGGCTAGTAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2345	TGTATTTTTGCAGCAAATATGACCTTTATCAGAGGCAAATGGCTAGTAAT	2394

CT025908.13	401	TTTTTGTATAAAACTTGCTTACCGTGCAAAAGTTTAGGTTTTCATTAAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2395	TTTTTGTATAAAACTTGCTTACCGTGCAAAAGTTTAGGTTTTCATTAAAT	2444

CT025908.13	451	GATTTTGTAAACAGACCAACCCACAGACTACTTGAATCTGTTTTGTCATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2445	GATTTTGTAAACAGACCAACCCACAGACTACTTGAATCTGTTTTGTCATA	2494

CT025908.13	501	GAAAAACTTTATAGAAAATGTACAAATAAAAAGCATTACTAAATTCATGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2495	GAAAAACTTTATAGAAAATGTACAAATAAAAAGCATTACTAAATTCATGA	2544

CT025908.13	551	GCCATTGTTTTATTTTATAGGAATGTTATGTTCATAAAATGTACTCTTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2545	GCCATTGTTTTATTTTATAGGAATGTTATGTTCATAAAATGTACTCTTTG	2594

CT025908.13	601	ACGTGCTACATTATACATATTGGCATTGGTTTTGAGTTAGTTACACATGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2595	ACGTGCTACATTATACATATTGGCATTGGTTTTGAGTTAGTTACACATGT	2644

CT025908.13	651	TTTATCTGTTGGATAGTTATTTATTTGTTTGCTTGTTGCATTCTGCCTCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2645	TTTATCTGTTGGATAGTTATTTATTTGTTTGCTTGTTGCATTCTGCCTCC	2694

CT025908.13	701	AGAATCTAAAGCTTAGATATAAATATTAGTGGGCGACGCGGTGGCGCAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2695	AGAATCTAAAGCTTAGATATAAATATTAGTGGGCGACGCGGTGGCGCAGA	2744

CT025908.13	751	AGGTAGTACTGTTGTCTCAGAGCAAGAAGGTCACTGGTTTGAGCCTCAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2745	AGGTAGTACTGTTGTCTCAGAGCAAGAAGGTCACTGGTTTGAGCCTCAGC	2794

CT025908.13	801	TGGGTCAGTTTGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTACGTTCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2795	TGGGTCAGTTTGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTACGTTCG	2844

CT025908.13	851	CGTGGGTTTCCTCCGGGTGTTCAGGTTTCCCCCACAGTCCTAAAGACATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2845	CGTGGGTTTCCTCCGGGTGTTCAGGTTTCCCCCACAGTCCTAAAGACATG	2894

CT025908.13	901	TGGTACAGGTGAATTTGGTAGGCTAAATTGTTCATAGTGCATTAATGTGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2895	TGGTACAGGTGAATTTGGTAGGCTAAATTGTTCATAGTGCATTAATGTGA	2944

CT025908.13	951	ATGAGTGGATGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAACTGGAAGGGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2945	ATGAGTGGATGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAACTGGAAGGGC	2994

CT025908.13	1001	ATCCGCTGCGTAAAAACATGCTGGATAAGTTAGCGGTTCATTCTGCTGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	2995	ATCCGCTGCGTAAAAACATGCTGGATAAGTTAGCGGTTCATTCTGCTGTG	3044

CT025908.13	1051	GTGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCCAAAAAGAAAATGGATGAACG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3045	GTGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCCAAAAAGAAAATGGATGAACG	3094

CT025908.13	1101	AATAAATATTAGTATGTTTATATCATCGTTGTCACATTTTTTAATGAATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3095	AATAAATATTAGTATGTTTATATCATCGTTGTCACATTTTTTAATGAATA	3144

CT025908.13	1151	AAAACATCACAACAAGTAAACAACAAGCCATAAAAATAGTGTTGAATCAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3145	AAAACATCACAACAAGTAAACAACAAGCCATAAAAATAGTGTTGAATCAT	3194

CT025908.13	1201	GTTGAAATGGACATTATGAAAGCAATCAATTAAAAAAATATATACATTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3195	GTTGAAATGGACATTATGAAAGCAATCAATTAAAAAAATATATACATTTT	3244

CT025908.13	1251	ATAAAAGTATTTTTAAAAAATACTGTATACATGTAACATTACATTTTTAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3245	ATAAAAGTATTTTTAAAAAATACTGTATACATGTAACATTACATTTTTAC	3294

CT025908.13	1301	CAGAGCAAATAGCCACTATTTGTTATACATTCATAGTATCATACTATATG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3295	CAGAGCAAATAGCCACTATTTGTTATACATTCATAGTATCATACTATATG	3344

CT025908.13	1351	TAGGGCTGCTACATATACTATAGTATTTTATATATATACAATGCTCACAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3345	TAGGGCTGCTACATATACTATAGTATTTTATATATATACAATGCTCACAA	3394

CT025908.13	1401	ATGCCATTTTTAAAATTAATATTTTTTTTCAATATTCTCTTGATTTAAGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3395	ATGCCATTTTTAAAATTAATATTTTTTTTCAATATTCTCTTGATTTAAGC	3444

CT025908.13	1451	TCTTTTTTATTGTTATATAATATTTTTCCCTGTATTATGGGGCGACGCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3445	TCTTTTTTATTGTTATATAATATTTTTCCCTGTATTATGGGGCGACGCAG	3494

CT025908.13	1501	TGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGGAAAAGGGTCGCTGGTTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3495	TGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGGAAAAGGGTCGCTGGTTTC	3544

CT025908.13	1551	TGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3545	TGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGT	3594

CT025908.13	1601	GCTCTGGTTTCCCCAACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGGGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3595	GCTCTGGTTTCCCCAACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGGGT	3644

CT025908.13	1651	AAGCTAAATTGTCCGTAATTTATGAGTGTGAAAGATTGAGTATGGATGTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3645	AAGCTAAATTGTCCGTAATTTATGAGTGTGAAAGATTGAGTATGGATGTT	3694

CT025908.13	1701	TCCCAGGGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATTGAAAGTCACCATTGATTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3695	TCCCAGGGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATTGAAAGTCACCATTGATTA	3744

CT025908.13	1751	GACAAAAGCAGCTTCAGCTGTGTGTCTAATCAATTGTGACTTGGAGGAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3745	GACAAAAGCAGCTTCAGCTGTGTGTCTAATCAATTGTGACTTGGAGGAGG	3794

CT025908.13	1801	TGAAAAGCAAGACAAGACAAGGCAAAGCAAGACAAAGGAAACGTGTTGTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3795	TGAAAAGCAAGACAAGACAAGGCAAAGCAAGACAAAGGAAACGTGTTGTA	3844

CT025908.13	1851	ATGTCACTATACAGCTAACAAGACTCAGCAACATTGTATGTGTTTGTGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3845	ATGTCACTATACAGCTAACAAGACTCAGCAACATTGTATGTGTTTGTGCT	3894

CT025908.13	1901	GCTTATGTAGTTCAGTGATTAGTCCAAAAGCAGCTTCAGTTGTGAGTGTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3895	GCTTATGTAGTTCAGTGATTAGTCCAAAAGCAGCTTCAGTTGTGAGTGTC	3944

CT025908.13	1951	TAATCAATGGTGACTTGGAGCAGGTGAGTGTGTGTTGCATGACTGGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027651.10	3945	TAATCAATGGTGACTTGGAGCAGGTGAGTGTGTGTTGCATGACTGGGATC	3994

Overview

Query
CT025908.13 - 176269 bps
Hit
CT027651.10 - 3994 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019432000120001199539941
298.2152112136700136811-1121113221
396.3641110345535641121113201
496.083710259296030-1121913201
589.663858136340136397-1348535421
694.743138157919157956-1348835251
788.7118188157686157873-1354037251
887.641031781559571561341354037251
988.65116187122371122557-1354137251
Short-link