<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX901876.11	1	GAATTCCTCAATCCCACACACAAATGATGCATTCAAATTTAAGGCAAACC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87265	GAATTCCTCAATCCCACACACAAATGATGCATTCAAATTTAAGGCAAACC	87314

BX901876.11	51	TTCAAAAAGTTTTTAAAAAATTGTATGTACTTACTGATATGGTCGATGGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87315	TTCAAAAAGTTTTTAAAAAATTGTATGTACTTACTGATATGGTCGATGGC	87364

BX901876.11	101	TCCAGCACAAAATTTGCCGTAGAACTTCTTGGCTCCAAGACCCCTCAGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87365	TCCAGCACAAAATTTGCCGTAGAACTTCTTGGCTCCAAGACCCCTCAGAT	87414

BX901876.11	151	CCTGAATGGTGAAGGGCCAAAGATGGAGCACATTGTTTCGAGAGAACGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87415	CCTGAATGGTGAAGGGCCAAAGATGGAGCACATTGTTTCGAGAGAACGCA	87464

BX901876.11	201	TCTCTCTTCTCCAATAAAACCACCTTGGCCCCGAGGAAACCCAGCTCTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87465	TCTCTCTTCTCCAATAAAACCACCTTGGCCCCGAGGAAACCCAGCTCTAT	87514

BX901876.11	251	GGCTGTACGTAAACCACATGGTCCAGCTCCAATTATCAGACACTAGGAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87515	GGCTGTACGTAAACCACATGGTCCAGCTCCAATTATCAGACACTAGGAAA	87564

BX901876.11	301	CAGACCCACAAAAAGTTACAATCAAATCATTGAGCCACATGAAGTACATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87565	CAGACCCACAAAAAGTTACAATCAAATCATTGAGCCACATGAAGTACATA	87614

BX901876.11	351	GAGAATCTATTTTAGGCAGCACTGCAAGTTTGGGAACTAATAAGCAAAAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87615	GAGAATCTATTTTAGGCAGCACTGCAAGTTTGGGAACTAATAAGCAAAAC	87664

BX901876.11	401	AGGGAAAAGGTCCCAGGGAAACTTTCATACCTTAGTGTTGGCACAGGCCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87665	AGGGAAAAGGTCCCAGGGAAACTTTCATACCTTAGTGTTGGCACAGGCCC	87714

BX901876.11	451	TTCCTTTTTTGTATTCTTTGTGGCTGGCGCGCTTGTCTAATTTGGCCCAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87715	TTCCTTTTTTGTATTCTTTGTGGCTGGCGCGCTTGTCTAATTTGGCCCAG	87764

BX901876.11	501	AGAGCTTTGGCTTTCCAGTAGTTGAGCTTGGACTTGAGTTTGTGGTAGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87765	AGAGCTTTGGCTTTCCAGTAGTTGAGCTTGGACTTGAGTTTGTGGTAGAA	87814

BX901876.11	551	CACGCGGTATTCATTGGGCTTGAGTTCCAGGAAGTCACAGAGCTCTTGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87815	CACGCGGTATTCATTGGGCTTGAGTTCCAGGAAGTCACAGAGCTCTTGAA	87864

BX901876.11	601	AAGCCTTGAGAGTGCCTTTGCAGGTGGTGGCCTGGACGAAGCGGTCAAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87865	AAGCCTTGAGAGTGCCTTTGCAGGTGGTGGCCTGGACGAAGCGGTCAAAA	87914

BX901876.11	651	AGCATATGGGACTGATTCAACCCTTCTCCCACCGCATTGACGCCTCCATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87915	AGCATATGGGACTGATTCAACCCTTCTCCCACCGCATTGACGCCTCCATC	87964

BX901876.11	701	TCCCATGGTCCCTTGACCCGACAAGCGGGGATTATGGGACAGGCCCCGCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	87965	TCCCATGGTCCCTTGACCCGACAAGCGGGGATTATGGGACAGGCCCCGCC	88014

BX901876.11	751	CAGCTCACTCAGAGTCTGTCTGTTTGAGATTCAACTTCCTCCATAGGACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88015	CAGCTCACTCAGAGTCTGTCTGTTTGAGATTCAACTTCCTCCATAGGACA	88064

BX901876.11	801	TTTTCACCCTGAATGAAGAACAAGAGAAATGATTAGTCATTTTTGGCATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88065	TTTTCACCCTGAATGAAGAACAAGAGAAATGATTAGTCATTTTTGGCATT	88114

BX901876.11	851	ATAACATCTTAAGATTATAAACAAAGTGACCCACTCTCATCAACAGGTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88115	ATAACATCTTAAGATTATAAACAAAGTGACCCACTCTCATCAACAGGTCA	88164

BX901876.11	901	TTTTAAAAACCATCTTAGACAACTTTCTCTAAAGGTCAGTGCAGACAATC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88165	TTTTAAAAACCATCTTAGACAACTTTCTCTAAAGGTCAGTGCAGACAATC	88214

BX901876.11	951	CAGTAAAATCTGCCTTTAGTACAGGGTATATGCAGGAATCCTAAAGATAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88215	CAGTAAAATCTGCCTTTAGTACAGGGTATATGCAGGAATCCTAAAGATAA	88264

BX901876.11	1001	TTTCAACACCTTTTTAAGACTTTTAAAAAGAATATTTTTAAGAATATTTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88265	TTTCAACACCTTTTTAAGACTTTTAAAAAGAATATTTTTAAGAATATTTA	88314

BX901876.11	1051	AGACCTCTTCACCACTACAAGTTCTAAACTGTATCAAATCTTTCACTTAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88315	AGACCTCTTCACCACTACAAGTTCTAAACTGTATCAAATCTTTCACTTAA	88364

BX901876.11	1101	TAAACAGTTGTAGTAGTTAAATAAATGAATGGAGCACAACCATGAAACAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88365	TAAACAGTTGTAGTAGTTAAATAAATGAATGGAGCACAACCATGAAACAG	88414

BX901876.11	1151	AATCGGATAAGATCTGAAGAAACAAAGCTTTAAAAAATAACATGGTTGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88415	AATCGGATAAGATCTGAAGAAACAAAGCTTTAAAAAATAACATGGTTGTT	88464

BX901876.11	1201	TTCAGCGACAGGCTTTAGCCACTGTTTAAACTCGTCTTTCTCCAACCAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88465	TTCAGCGACAGGCTTTAGCCACTGTTTAAACTCGTCTTTCTCCAACCAGG	88514

BX901876.11	1251	AGTACGCAAACTTATATTTTCCCATTTTGTTTCGCTCTATGGTTTGGCTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88515	AGTACGCAAACTTATATTTTCCCATTTTGTTTCGCTCTATGGTTTGGCTA	88564

BX901876.11	1301	AATGTGGAGAGCGTCACATCACCTTCCTGCGTTTGTCAAAAATTACATCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88565	AATGTGGAGAGCGTCACATCACCTTCCTGCGTTTGTCAAAAATTACATCA	88614

BX901876.11	1351	CATCACCTGGACGGAGGAGCTTAACTAGATGCACCCCTGGCCCGAACCAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88615	CATCACCTGGACGGAGGAGCTTAACTAGATGCACCCCTGGCCCGAACCAA	88664

BX901876.11	1401	TCGCATGGATTGAGCACATCGTTGTTATTATTAAGAGGAAAATAATAATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88665	TCGCATGGATTGAGCACATCGTTGTTATTATTAAGAGGAAAATAATAATT	88714

BX901876.11	1451	AAGAGTTAAATACTTTGGACAGCGCTTGAACAAAATTTAAGGCCTCGTAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88715	AAGAGTTAAATACTTTGGACAGCGCTTGAACAAAATTTAAGGCCTCGTAA	88764

BX901876.11	1501	AAACGCAATTAAGATACCTTTAATACCTTTTAAGAGCCTTAATTTTCTCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88765	AAACGCAATTAAGATACCTTTAATACCTTTTAAGAGCCTTAATTTTCTCA	88814

BX901876.11	1551	TAATTGATTTAGCAACTTTTAATTCTTTTTAGACCCTGCGGACACCCTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88815	TAATTGATTTAGCAACTTTTAATTCTTTTTAGACCCTGCGGACACCCTGT	88864

BX901876.11	1601	AGTAGATATTTTTGTCAGTGATAAATAAAAGGCAGTCTTGTACGAATTAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88865	AGTAGATATTTTTGTCAGTGATAAATAAAAGGCAGTCTTGTACGAATTAC	88914

BX901876.11	1651	TGAAATTGTGTATTTTGACATTTTCAGCTAGGCATGACAACATTTTGGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88915	TGAAATTGTGTATTTTGACATTTTCAGCTAGGCATGACAACATTTTGGTA	88964

BX901876.11	1701	ACATTTTACAATATAGACTACACAATATGTCTATGATAGTACTTGCTTTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	88965	ACATTTTACAATATAGACTACACAATATGTCTATGATAGTACTTGCTTTC	89014

BX901876.11	1751	AAGAATAGTTACAGAAAGAGACAATATAAACTAAAGTATACATTCCTATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	89015	AAGAATAGTTACAGAAAGAGACAATATAAACTAAAGTATACATTCCTATC	89064

BX901876.11	1801	CCATCATCTGCAAGAAGTATAACAGAAAAAGAACTAATCTAAGATACATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	89065	CCATCATCTGCAAGAAGTATAACAGAAAAAGAACTAATCTAAGATACATA	89114

BX901876.11	1851	ATTATAGTTTTGCGAATCAAAACAGGGATTTGGGTGGCAGAAGCTCAATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	89115	ATTATAGTTTTGCGAATCAAAACAGGGATTTGGGTGGCAGAAGCTCAATT	89164

BX901876.11	1901	TCAGTACGTGACAAACTATGTTTTTAATTAAATTCTTGTCATAAAATGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	89165	TCAGTACGTGACAAACTATGTTTTTAATTAAATTCTTGTCATAAAATGAG	89214

BX901876.11	1951	AAAATAAAAAATATAAAAGCATTTAATTATATTAAATATTTAATATAAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025924.9	89215	AAAATAAAAAATATAAAAGCATTTAATTATATTAAATATTTAATATAAAA	89264

Overview

Query
BX901876.11 - 155813 bps
Hit
CT025924.9 - 89264 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001954200012000187265892641
284.881764354684147275-1615765991
391.3487152102228102379112832129811
498.3693122101761101882112871129921
597.6298124102255102378113099132241
693.582123101761101883113103132251
783.41892107925479463-122444226481
890.881382282308623313156364565931
980.79108318108165108482-164197644981
10851553214516045480164199644981
1189.581742644981550078-171067713251
1289.191722716304563315-171067713251
1391.8189262150472150733-171070713251
1488.7154254108116108369171072713101
1590.541552344526445497-171104713251
1685.391533414684147181-178960793011
1784.8185430116759117188178960793931
1883.33157405154705155109-178995794021
1998.828085113527113611-184742848261
2098.68136152112942113093-184969851201
2197.6307334112610112943-185473858061
Short-link