<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1924 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CR388063.9	1	GAATTCATTATGGTAGGGTTTAAATATGGGCTAAAACTGCTTTTCAATTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	160770	GAATTCATTATGGTAGGGTTTAAATATGGGCTAAAACTGCTTTTCAATTC	160819

CR388063.9	51	ATGCATGGTGTTCTCTGATTTGCGTATTTCTTAAATTTGCTATATATATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	160820	ATGCATGGTGTTCTCTGATTTGCGTATTTCTTAAATTTGCTATATATATA	160869

CR388063.9	101	TATATATATTCATTCATTCATTTACTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	160870	TATATATATTCATTCATTCATTTACTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTAAT	160919

CR388063.9	151	TTAGGGTCGCTACAGTGAAATGAACCGGTAACTTATCCAGCATGTGTTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	160920	TTAGGGTCGCTACAGTGAAATGAACCGGTAACTTATCCAGCATGTGTTTT	160969

CR388063.9	201	AAGCAGCAGATGCCCTTCCAGTGTGTGGGAAATAACCACATACACATACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	160970	AAGCAGCAGATGCCCTTCCAGTGTGTGGGAAATAACCACATACACATACA	161019

CR388063.9	251	CTATGGACAATTTAGCTTTTCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161020	CTATGGACAATTTAGCTTTTCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGAC	161069

CR388063.9	301	CTGTGGGGGAAACAGGAGCACCTGGGGGAAACCCATGCAAATGCAGGGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161070	CTGTGGGGGAAACAGGAGCACCTGGGGGAAACCCATGCAAATGCAGGGAG	161119

CR388063.9	351	AACAGGCAAACTCCTATCAGAAATGCCAACTGACCCAGCCTAGGCTCGAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161120	AACAGGCAAACTCCTATCAGAAATGCCAACTGACCCAGCCTAGGCTCGAA	161169

CR388063.9	401	CCAGTGACCTTCTTGCTGTGAGTCGACAGTGCGACCCACTGTGCCACCGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161170	CCAGTGACCTTCTTGCTGTGAGTCGACAGTGCGACCCACTGTGCCACCGC	161219

CR388063.9	451	GTCACCCAAATCTATATTTGGTATCAGAAGGTGCTGATATGAAAGGCAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161220	GTCACCCAAATCTATATTTGGTATCAGAAGGTGCTGATATGAAAGGCAAA	161269

CR388063.9	501	GTCCTATAGATTACGCTTATTTTACCAAAATAAAATATAATAATGACTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161270	GTCCTATAGATTACGCTTATTTTACCAAAATAAAATATAATAATGACTTG	161319

CR388063.9	551	TTTTTTTAATTATTTAATTAGGACAGTAAGGTCTGACTTTGCTTAGACAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161320	TTTTTTTAATTATTTAATTAGGACAGTAAGGTCTGACTTTGCTTAGACAA	161369

CR388063.9	601	AAGTCTTGTCACTTAACAAAAGTAAATACAGTAAAAAATATATAGTCATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161370	AAGTCTTGTCACTTAACAAAAGTAAATACAGTAAAAAATATATAGTCATG	161419

CR388063.9	651	GTGCAGTGGAAAAGGAATTAATATTGTGAATGACTGCCATGAACTTGCAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161420	GTGCAGTGGAAAAGGAATTAATATTGTGAATGACTGCCATGAACTTGCAA	161469

CR388063.9	701	TGATTCCAATAACTTATTAATAAAGTCATCTGGAATGATAAAGAAAGCGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161470	TGATTCCAATAACTTATTAATAAAGTCATCTGGAATGATAAAGAAAGCGT	161519

CR388063.9	751	TCTTGCAAGACTCCCAGAGTTCATCAAGATTCTTTGGATTTGTCTTCAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161520	TCTTGCAAGACTCCCAGAGTTCATCAAGATTCTTTGGATTTGTCTTCAAT	161569

CR388063.9	801	GCCTCCTCCATCTTCTCAATAATATTCATGTCTGATGACTGGGCTGGCCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161570	GCCTCCTCCATCTTCTCAATAATATTCATGTCTGATGACTGGGCTGGCCA	161619

CR388063.9	851	ATCGTGAAGGAACTTAACCTTCTGTGCTTATAATAACTTTAACGTGGAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161620	ATCGTGAAGGAACTTAACCTTCTGTGCTTATAATAACTTTAACGTGGAGG	161669

CR388063.9	901	CTGAAGTATGAGAAGGAGCGCTATCCTGCTGAAGAATTTGCCCTCTCCTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161670	CTGAAGTATGAGAAGGAGCGCTATCCTGCTGAAGAATTTGCCCTCTCCTA	161719

CR388063.9	951	TAGGCAGCACAAATGTCTTTATACAGTACCCCCCCTCCCCCCATACTGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161720	TAGGCAGCACAAATGTCTTTATACAGTACCCCCCCTCCCCCCATACTGAA	161769

CR388063.9	1001	TCCAACCCCAAACCATGATTTGTCTTTTCTTCACCAAATGTGACTGATTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161770	TCCAACCCCAAACCATGATTTGTCTTTTCTTCACCAAATGTGACTGATTC	161819

CR388063.9	1051	TCTGAGAATCATGGGTCGATGCGGGTTACAATAGGTCTTCTGCAGTATTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161820	TCTGAGAATCATGGGTCGATGCGGGTTACAATAGGTCTTCTGCAGTATTT	161869

CR388063.9	1101	GTGATGATTAGGATGTAGTTCAACAGGTGGTTCATCAGAAAACAACTACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161870	GTGATGATTAGGATGTAGTTCAACAGGTGGTTCATCAGAAAACAACTACA	161919

CR388063.9	1151	TTTTGCCAAATTTAAAAATTATCTACTAGACATCAAGTTATTATTTTTTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161920	TTTTGCCAAATTTAAAAATTATCTACTAGACATCAAGTTATTATTTTTTG	161969

CR388063.9	1201	CTTGAACAACTGTGATCAACGACAAGACTTTTGTCATGTTGGCATTTCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	161970	CTTGAACAACTGTGATCAACGACAAGACTTTTGTCATGTTGGCATTTCTG	162019

CR388063.9	1251	TGTGGAGTTCCTGCTCCAGTTTCCCCCACAGTCCAAAGAAATGCGCTATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162020	TGTGGAGTTCCTGCTCCAGTTTCCCCCACAGTCCAAAGAAATGCGCTATA	162069

CR388063.9	1301	GCTGAATTGAATAAGCTAAATTGGCCGTAGTGTAAGTGAGTGTGAGCACG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162070	GCTGAATTGAATAAGCTAAATTGGCCGTAGTGTAAGTGAGTGTGAGCACG	162119

CR388063.9	1351	AGCGTATGGGTGTTTTCTAGTGTTGGGTTGTGGCTGGAAGGGCATCTGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162120	AGCGTATGGGTGTTTTCTAGTGTTGGGTTGTGGCTGGAAGGGCATCTGTT	162169

CR388063.9	1401	ACATAAAACGTGCCGGATAAGTTTTCAGACCCCTGATGAATAAATGGGCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162170	ACATAAAACGTGCCGGATAAGTTTTCAGACCCCTGATGAATAAATGGGCT	162219

CR388063.9	1451	AAGCCGAAAAGAAAAAGGATGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162220	AAGCCGAAAAGAAAAAGGATGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT	162269

CR388063.9	1501	CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162270	CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATAT	162319

CR388063.9	1551	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162320	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGT	162369

CR388063.9	1601	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT----------------------------	1622
			||||||||||||||||||||||                            
CT025892.19	162370	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATAT	162419

CR388063.9	1623	------------------------------------------------GT	1624
			                                                ||
CT025892.19	162420	ATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	162469

CR388063.9	1625	GTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	1674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162470	GTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	162519

CR388063.9	1675	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTATATGTAATGATAGGGTTATCAACTAA	1724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162520	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTATATGTAATGATAGGGTTATCAACTAA	162569

CR388063.9	1725	TAAATAAAATAAGTTTTTTTTAATGTCACATTAGATAATTCTTTAGTTTT	1774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162570	TAAATAAAATAAGTTTTTTTTAATGTCACATTAGATAATTCTTTAGTTTT	162619

CR388063.9	1775	TAACAGGGTAGATTTTCCGTTGTGTCAAAACCAGCTGAATCCATGTCTGT	1824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162620	TAACAGGGTAGATTTTCCGTTGTGTCAAAACCAGCTGAATCCATGTCTGT	162669

CR388063.9	1825	TTTTTTTTTTTTTTTTGTGCCAAAACCTCTCAATCTACCTATTGGAACAC	1874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162670	TTTTTTTTTTTTTTTTGTGCCAAAACCTCTCAATCTACCTATTGGAACAC	162719

CR388063.9	1875	AGTGTAATTAGTTGAAAAATCACTAAATATGAAATTAGAAATTATTTTAC	1924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025892.19	162720	AGTGTAATTAGTTGAAAAATCACTAAATATGAAATTAGAAATTATTTTAC	162769

Compact alignment

skip 1600 bps 100% identity alignment

CR388063.9	1601	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT----------------------------	1622
			||||||||||||||||||||||                            
CT025892.19	162370	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATAT	162419

CR388063.9	1623	------------------------------------------------GT	1624
			                                                ||
CT025892.19	162420	ATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	162469

skip 300 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR388063.9 - 142119 bps
Hit
CT025892.19 - 162769 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1924 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link