<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CU457802.6	1	GAGCCCATAAAAGTTACGGAGTAGCAGTATGGCCTCCAGCAAGCCGGCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	169681	GAGCCCATAAAAGTTACGGAGTAGCAGTATGGCCTCCAGCAAGCCGGCAG	169730

CU457802.6	51	GATGATGCTCCCTGGAGAATCTAAGCTGCCCCAGCAATCGGAGGCAGGGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	169731	GATGATGCTCCCTGGAGAATCTAAGCTGCCCCAGCAATCGGAGGCAGGGT	169780

CU457802.6	101	GGAAAGCGCCACAGCGAGCAGCAGGAACTGTCCAAGCATGGGTCTCTGAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	169781	GGAAAGCGCCACAGCGAGCAGCAGGAACTGTCCAAGCATGGGTCTCTGAG	169830

CU457802.6	151	GATGTGGTCCCAAGGTTAGCACCGTCCCCCTCCACTGCTGAATCAAGAGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	169831	GATGTGGTCCCAAGGTTAGCACCGTCCCCCTCCACTGCTGAATCAAGAGC	169880

CU457802.6	201	GGGAGGCCAGCACTTCAGCCCACCTGGGTTTCAGCAAGGCATTTGTCCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	169881	GGGAGGCCAGCACTTCAGCCCACCTGGGTTTCAGCAAGGCATTTGTCCAA	169930

CU457802.6	251	TAAGATTAGGAGAAATGTCCTGGGCCATGTACTGGGGCGGGGGCGGAGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	169931	TAAGATTAGGAGAAATGTCCTGGGCCATGTACTGGGGCGGGGGCGGAGTG	169980

CU457802.6	301	GGAGAGCGAGCGAGGGCAGGAGTGGAGGAGGGGGATGGGGGGAGAGGCAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	169981	GGAGAGCGAGCGAGGGCAGGAGTGGAGGAGGGGGATGGGGGGAGAGGCAG	170030

CU457802.6	351	GTCAATGGAGGCTGTGTGAATGGCTCAGTAGTGAGCAGTATAAATGGGAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170031	GTCAATGGAGGCTGTGTGAATGGCTCAGTAGTGAGCAGTATAAATGGGAG	170080

CU457802.6	401	AGGTTTGGTCTCGAATTCTCCAGAGAGGGAGTAAAATTAAGCAAGTGCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170081	AGGTTTGGTCTCGAATTCTCCAGAGAGGGAGTAAAATTAAGCAAGTGCTG	170130

CU457802.6	451	TCTTCATTTTGATTTGAGATAAGTTGTTTACATTTCCTCATTCTCTCTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170131	TCTTCATTTTGATTTGAGATAAGTTGTTTACATTTCCTCATTCTCTCTTT	170180

CU457802.6	501	CTTTCTTTCTTTCCTCCTTTCTTCTTGGGAAAGAGTTTAGATAAGCTCTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170181	CTTTCTTTCTTTCCTCCTTTCTTCTTGGGAAAGAGTTTAGATAAGCTCTA	170230

CU457802.6	551	AACCTAAATATTAACCTCAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGAAGTTAAAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170231	AACCTAAATATTAACCTCAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGAAGTTAAAAG	170280

CU457802.6	601	CACTGGCTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAATTCAAATCCCAGCAACCACATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170281	CACTGGCTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAATTCAAATCCCAGCAACCACATG	170330

CU457802.6	651	GTGGCTCACAACGATCCGTAATGAGATCTGACACCTTCTTTTGGTGTGTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170331	GTGGCTCACAACGATCCGTAATGAGATCTGACACCTTCTTTTGGTGTGTC	170380

CU457802.6	701	TGAAGACAGTTACAGTATACTTACATATAAATCATATATTTATCATATAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170381	TGAAGACAGTTACAGTATACTTACATATAAATCATATATTTATCATATAT	170430

CU457802.6	751	ATATATATATAT--GTATATATATATATATATATATATATGAAATCATAT	798
			||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170431	ATATATATATATATGTATATATATATATATATATATATATGAAATCATAT	170480

CU457802.6	799	ATATACCATATATGTATCTCAAAACTGAAATTCCCTATATAGCAGAGGCT	848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170481	ATATACCATATATGTATCTCAAAACTGAAATTCCCTATATAGCAGAGGCT	170530

CU457802.6	849	GGCCTTAAACTCCTGATCTGATCCTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGTATTGA	898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170531	GGCCTTAAACTCCTGATCTGATCCTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGTATTGA	170580

CU457802.6	899	GACAGGGTTTCTCTATGTAGCCCTGGCTGTCCTAGAACTCACTTTGTAAA	948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170581	GACAGGGTTTCTCTATGTAGCCCTGGCTGTCCTAGAACTCACTTTGTAAA	170630

CU457802.6	949	CCAAGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGC	998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170631	CCAAGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGC	170680

CU457802.6	999	TGGGATTAAAGGCGTGCTCCACCACACCCAGCCTGATCTGATCTTCCTAC	1048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170681	TGGGATTAAAGGCGTGCTCCACCACACCCAGCCTGATCTGATCTTCCTAC	170730

CU457802.6	1049	CTACAGGGAATACCCCACCCCCACCCGAACAGTGTTCTGAAGATTAGCTA	1098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170731	CTACAGGGAATACCCCACCCCCACCCGAACAGTGTTCTGAAGATTAGCTA	170780

CU457802.6	1099	GGGCCCACACTATATCACTGAGCTATATACCTCAAGTCCCTTTGTATATA	1148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170781	GGGCCCACACTATATCACTGAGCTATATACCTCAAGTCCCTTTGTATATA	170830

CU457802.6	1149	TTTTTGAGACAGGGTGTAGGTAAGTTTCCCAAGCTTTGACCACACTATGT	1198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170831	TTTTTGAGACAGGGTGTAGGTAAGTTTCCCAAGCTTTGACCACACTATGT	170880

CU457802.6	1199	AGCCCAGGCTAGCCTTTTGTTTGCAATACCCACAGGCCTCTTAGATAGCT	1248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170881	AGCCCAGGCTAGCCTTTTGTTTGCAATACCCACAGGCCTCTTAGATAGCT	170930

CU457802.6	1249	GGGCATAGTTCCATGCCTTCAGGCCTGGCTCTTCATACTATTTACTGTTC	1298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170931	GGGCATAGTTCCATGCCTTCAGGCCTGGCTCTTCATACTATTTACTGTTC	170980

CU457802.6	1299	ATCATCATCATCATAAAAAAAAAAAAAAGGCTAGGCAGGGGCATATGGTC	1348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170981	ATCATCATCATCATAAAAAAAAAAAAAAGGCTAGGCAGGGGCATATGGTC	171030

CU457802.6	1349	AGGTGGCACACCTATGCTCAAGGCCCTGGATTATTCAACCTCAGCACGCA	1398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171031	AGGTGGCACACCTATGCTCAAGGCCCTGGATTATTCAACCTCAGCACGCA	171080

CU457802.6	1399	AAAAATGTTTCGAGTCTTCTTTTTATAGTTGTTCAGTCCTCTCAGAAAAA	1448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171081	AAAAATGTTTCGAGTCTTCTTTTTATAGTTGTTCAGTCCTCTCAGAAAAA	171130

CU457802.6	1449	AAAAATCAAGCCAGCTGAGCGAGGGTTCTCTGAGTGGTCCTGATGGAAAA	1498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171131	AAAAATCAAGCCAGCTGAGCGAGGGTTCTCTGAGTGGTCCTGATGGAAAA	171180

CU457802.6	1499	TGCCCACCCGACCCAGCATCCACCGTCACAAGGCCCTTTGGAGCTCCCTC	1548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171181	TGCCCACCCGACCCAGCATCCACCGTCACAAGGCCCTTTGGAGCTCCCTC	171230

CU457802.6	1549	ACCACTGTGCTTGCCCCTGAAGTTTAACTGGGGAGTGCTGGCAAACATCT	1598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171231	ACCACTGTGCTTGCCCCTGAAGTTTAACTGGGGAGTGCTGGCAAACATCT	171280

CU457802.6	1599	CCATCTCAGGCATATTTTTAGATTTTAATGGTTTAATGATGGGCAATAGG	1648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171281	CCATCTCAGGCATATTTTTAGATTTTAATGGTTTAATGATGGGCAATAGG	171330

CU457802.6	1649	CATTCCAGAATAGGCATTTCCACTTGAGGGTCACCTGACCAGGGACAATG	1698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171331	CATTCCAGAATAGGCATTTCCACTTGAGGGTCACCTGACCAGGGACAATG	171380

CU457802.6	1699	ACATCTAACATTTTCAGAGTCAGCATGTACTTTGGACTAACTGGCAATAA	1748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171381	ACATCTAACATTTTCAGAGTCAGCATGTACTTTGGACTAACTGGCAATAA	171430

CU457802.6	1749	TCTGTTTCCTTGTTCTTTGGGAAATTAACAACAATCAAAAGACAGCCCTG	1798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171431	TCTGTTTCCTTGTTCTTTGGGAAATTAACAACAATCAAAAGACAGCCCTG	171480

CU457802.6	1799	TGGGAGACAGCCGGACACCAGCACCAGCTACCTAAGACCTTTCCTCAAAA	1848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171481	TGGGAGACAGCCGGACACCAGCACCAGCTACCTAAGACCTTTCCTCAAAA	171530

CU457802.6	1849	CGGAAAAGCACAACAATAGTTAAAGATAACTATGGGGGGCTCCAGAGATG	1898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171531	CGGAAAAGCACAACAATAGTTAAAGATAACTATGGGGGGCTCCAGAGATG	171580

CU457802.6	1899	GCTCACTGGTTAAGAGCACTGATTGCTCTCCCAGAGGCCCTGAGTCAGTT	1948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171581	GCTCACTGGTTAAGAGCACTGATTGCTCTCCCAGAGGCCCTGAGTCAGTT	171630

CU457802.6	1949	CCCAACAACCACATGGTGGGTGGCTCACAGCCATCTGTAATAGGATCTGA	1998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	171631	CCCAACAACCACATGGTGGGTGGCTCACAGCCATCTGTAATAGGATCTGA	171680

CU457802.6	1999	TC	2000
			||
CT025759.14	171681	TC	171682

Compact alignment

skip 750 bps 100% identity alignment

CU457802.6	751	ATATATATATAT--GTATATATATATATATATATATATATGAAATCATAT	798
			||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025759.14	170431	ATATATATATATATGTATATATATATATATATATATATATGAAATCATAT	170480

skip 1202 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU457802.6 - 10106 bps
Hit
CT025759.14 - 171682 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9199020001200011696811716821
294.25137174475649291779379661
39010416924412609-1779779661
493.981071338951027-1780279341
587.2110217238864057-112834130051
685.1888161570730118935190961
794.8715919475037696118936191301
884.849819875037700176498766951
988.169014977217869-183128832791
1086.69217447664939195104952821
1194.831261547538769111021991023531
1287.6410618047614940-11176371178141
1386.29961932434262611299731301691
1489.511031597718787611299871301481
1585.639116875127679-11305341307001
1689.8311717775037679-11323641325401
1785.891161570730-11323801325411
1890.241121654765492911379531381161
1986.98891682442260911408801410481
2088.27961597718787611408851410461
2187.5810116157073011530191531791
2289.531251927503769411530201532101
2386.26911607503766211702511704101
Short-link