<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104667.1	1	TTTCCCCTTAAGCAAAATTTCTATAACATTGAAATTACTTGGGGAAAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212401	TTTCCCCTTAAGCAAAATTTCTATAACATTGAAATTACTTGGGGAAAAAA	212450

CU104667.1	51	GCTGTCAAAAGACTTTGAGGGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212451	GCTGTCAAAAGACTTTGAGGGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTATG	212500

CU104667.1	101	GCGTCTCACGCTGTCACCCAGGCTGGAATACAGTGGCACAATCTCTGCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212501	GCGTCTCACGCTGTCACCCAGGCTGGAATACAGTGGCACAATCTCTGCCT	212550

CU104667.1	151	GCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212551	GCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTA	212600

CU104667.1	201	CAGGCGTATACCCCCATGCCCAGCTAATTTATGTATTTTTAGTAGAGATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212601	CAGGCGTATACCCCCATGCCCAGCTAATTTATGTATTTTTAGTAGAGATG	212650

CU104667.1	251	GAGTTTCACCATGCTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAAGTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212651	GAGTTTCACCATGCTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAAGTGA	212700

CU104667.1	301	TCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGTGTGAGCCACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212701	TCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGTGTGAGCCACT	212750

CU104667.1	351	GCACTCAGCCAACTTGGAGGTATTTTGGGGAAAAAAAAGAAGTAATGATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212751	GCACTCAGCCAACTTGGAGGTATTTTGGGGAAAAAAAAGAAGTAATGATT	212800

CU104667.1	401	TTTCCTAACTTATGAGATATTAAGACCTACAATAACATCATATTACTTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212801	TTTCCTAACTTATGAGATATTAAGACCTACAATAACATCATATTACTTAA	212850

CU104667.1	451	ATTACAGCTTATTCAATGGAAAAAATAGTAAGTGGAGAAACAAACCATGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212851	ATTACAGCTTATTCAATGGAAAAAATAGTAAGTGGAGAAACAAACCATGT	212900

CU104667.1	501	ATTGAGGGGAACTTGGAATAGTATAAAGATGGCCTCACAAATCGATGAAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212901	ATTGAGGGGAACTTGGAATAGTATAAAGATGGCCTCACAAATCGATGAAG	212950

CU104667.1	551	AAGGAATGGTTAGTCTGTCTACATAGAGACAACCAGAACCAAGACTAGCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	212951	AAGGAATGGTTAGTCTGTCTACATAGAGACAACCAGAACCAAGACTAGCT	213000

CU104667.1	601	GATTATCTCACAGGATATGTAAATATAACCTCTAGAAGACTAGAGTTCTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213001	GATTATCTCACAGGATATGTAAATATAACCTCTAGAAGACTAGAGTTCTA	213050

CU104667.1	651	AATGACAAATATAAAACTCTAAATCTAATTAACAGAACCAGTTACATAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213051	AATGACAAATATAAAACTCTAAATCTAATTAACAGAACCAGTTACATAAT	213100

CU104667.1	701	CTTTAAGTTTCAATGCAAGATAAAAAATGATAAAATTGAAGTGGGGGACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213101	CTTTAAGTTTCAATGCAAGATAAAAAATGATAAAATTGAAGTGGGGGACA	213150

CU104667.1	751	TTTTGAAAAAATGGAAATTGCATTGCAGTGATCCCTAAAACTAAAGAGCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213151	TTTTGAAAAAATGGAAATTGCATTGCAGTGATCCCTAAAACTAAAGAGCC	213200

CU104667.1	801	TTATTTTGAATCCTAGTTTCACAATCCATTGCAAGGAAAAGGAAAATTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213201	TTATTTTGAATCCTAGTTTCACAATCCATTGCAAGGAAAAGGAAAATTTG	213250

CU104667.1	851	CTTAAATCCTTTGAGCCTCGGTTTTCTTGTAGTAAAAGAATAATTTTAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213251	CTTAAATCCTTTGAGCCTCGGTTTTCTTGTAGTAAAAGAATAATTTTAAT	213300

CU104667.1	901	ACTTTTACACTGGGTTTTTGTGAGAATTAAATGAGCTAATATATGTGAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213301	ACTTTTACACTGGGTTTTTGTGAGAATTAAATGAGCTAATATATGTGAAG	213350

CU104667.1	951	AACTCAGAACAATAACTTATACATAATGAGCATGCAATAAATGTTATTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213351	AACTCAGAACAATAACTTATACATAATGAGCATGCAATAAATGTTATTTA	213400

CU104667.1	1001	TTTATAATATATTAGCAGTATATAAAATAAGGAATTATTTGTATGTGGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213401	TTTATAATATATTAGCAGTATATAAAATAAGGAATTATTTGTATGTGGAA	213450

CU104667.1	1051	TGGCTCATACCTATAAACCCAACATTTTGGGGGGATGATATGGGTGGATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213451	TGGCTCATACCTATAAACCCAACATTTTGGGGGGATGATATGGGTGGATT	213500

CU104667.1	1101	GCTTGAGACCAGTAATTAGAGGCTGCAGTGAGTTATGATTGCATCACTGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213501	GCTTGAGACCAGTAATTAGAGGCTGCAGTGAGTTATGATTGCATCACTGC	213550

CU104667.1	1151	ACTCCAGCCTGGATGACAGAGCAAGACTCTGACTCAAAACAAGAAAAAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213551	ACTCCAGCCTGGATGACAGAGCAAGACTCTGACTCAAAACAAGAAAAAAA	213600

CU104667.1	1201	ATTAAAGATTTTAAAAAAAAATTTAAAAATTAAAATAAGATATTATTGTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213601	ATTAAAGATTTTAAAAAAAAATTTAAAAATTAAAATAAGATATTATTGTG	213650

CU104667.1	1251	ATAAATATATATAATAAGCTTTTGCCAAGCAACAAAAATGGAAACTCAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213651	ATAAATATATATAATAAGCTTTTGCCAAGCAACAAAAATGGAAACTCAAT	213700

CU104667.1	1301	AGAAAGATGGAAAAAATACATCATAGTTACAACTGTTAGTAGAATCCTTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213701	AGAAAGATGGAAAAAATACATCATAGTTACAACTGTTAGTAGAATCCTTG	213750

CU104667.1	1351	GATTGATGGAAGGTCACGCATAGATACCCTGGTGTAATTCAGACAGAATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213751	GATTGATGGAAGGTCACGCATAGATACCCTGGTGTAATTCAGACAGAATT	213800

CU104667.1	1401	TTCTTACCTAAAAAATAGCAAAAAGTAATGCTACACATTGGTAAGACCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213801	TTCTTACCTAAAAAATAGCAAAAAGTAATGCTACACATTGGTAAGACCAA	213850

CU104667.1	1451	AATCCTTATCCCAAACAGAGAAAAATGCGAGCTTTTGGACCCCAAAATTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213851	AATCCTTATCCCAAACAGAGAAAAATGCGAGCTTTTGGACCCCAAAATTA	213900

CU104667.1	1501	ATTATTTAAAATAATTTAGTATTATTAGCAACAGTGAAGAGTAAGATGTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213901	ATTATTTAAAATAATTTAGTATTATTAGCAACAGTGAAGAGTAAGATGTA	213950

CU104667.1	1551	GAAGGTACAAAAGCAATACTATTTCTCTTTATGTCTCTTTCTTTGGTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	213951	GAAGGTACAAAAGCAATACTATTTCTCTTTATGTCTCTTTCTTTGGTTTT	214000

CU104667.1	1601	CATAGAAACACAGTAGAATATTAAAGATAATCATCTTTCTGTACTGATCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	214001	CATAGAAACACAGTAGAATATTAAAGATAATCATCTTTCTGTACTGATCA	214050

CU104667.1	1651	ATGGAATGTGGGTGACCATATTTATTAATTTTTATTGCCAATTTTCTTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	214051	ATGGAATGTGGGTGACCATATTTATTAATTTTTATTGCCAATTTTCTTTC	214100

CU104667.1	1701	ACTTTATATACCAAAATATTTTCCAAGGGAGCCCTCAAGAAGAGAAAGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	214101	ACTTTATATACCAAAATATTTTCCAAGGGAGCCCTCAAGAAGAGAAAGTG	214150

CU104667.1	1751	AATCTGAACCTCTACCATAGGAAATGAAAGGAAATTTGACTAGGAAAAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	214151	AATCTGAACCTCTACCATAGGAAATGAAAGGAAATTTGACTAGGAAAAAG	214200

CU104667.1	1801	TATTTTAAATAAACAAATAAATATTTTAAAAAACAGTATTGTGAAAGGTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	214201	TATTTTAAATAAACAAATAAATATTTTAAAAAACAGTATTGTGAAAGGTC	214250

CU104667.1	1851	AAATAAAATATTGGGTTACTATTTTAAAGAAAAAATCCAGCAAATATATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	214251	AAATAAAATATTGGGTTACTATTTTAAAGAAAAAATCCAGCAAATATATT	214300

CU104667.1	1901	AAGCTATTGAAAACTGTCTTGTCCATGGTTATGAAACCAAGGAACAAACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	214301	AAGCTATTGAAAACTGTCTTGTCCATGGTTATGAAACCAAGGAACAAACA	214350

CU104667.1	1951	TATTAAGAAAAAAAGATAAGAAGAACGACAACAACAGAAAAATGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025620.2	214351	TATTAAGAAAAAAAGATAAGAAGAACGACAACAACAGAAAAATGGAATTC	214400

Overview

Query
CU104667.1 - 142141 bps
Hit
CT025620.2 - 214400 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190620001200012124012144001
287.29570102090482915011195029641
388.293515811486216442-1196635581
490.45859141509216005-117659185751
587.6258610079049391499152592536011
689.03111818311447116301-152752545841
789.51118618431447116313191180930271
888.7862910099049191499-192165931801
989.12123219871447116457195989979731
1087.356810189048291499-196975979741
1188.196151021904819150111004521014761
1289.19116418431447116313-11006131024601
1388.8812121958145011645811187611207301
1488.5362310179048391499-11197101207291
1587.31458806904839128811284981293161
1687.54467811566516445-11285091293161
1789.8175112041447115674-11295361307411
1884.5485618431447116313-11687411705581
19886701131151901632011840431851751
2087.45219099059191499-11843081852201
Short-link