<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104655.1	1	ATAGAAAAGGATGTCATATCCCCAATGAATATTCTTCACAGCTTCATTGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	161526	ATAGAAAAGGATGTCATATCCCCAATGAATATTCTTCACAGCTTCATTGA	161575

CU104655.1	51	ATATAAGTCAGCTATAAATATGTGGATTTATTTCTGGGTTTTCTATTCTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	161576	ATATAAGTCAGCTATAAATATGTGGATTTATTTCTGGGTTTTCTATTCTG	161625

CU104655.1	101	TTCTATTCTTTTTTAAAAAAAATTTATTTCTATAGGTTATTGGGAAACAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	161626	TTCTATTCTTTTTTAAAAAAAATTTATTTCTATAGGTTATTGGGAAACAG	161675

CU104655.1	151	GTGGTGTTTGGTTACATGAGTGAGTTCTTTAGTGTAGATTTTTGAGACTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	161676	GTGGTGTTTGGTTACATGAGTGAGTTCTTTAGTGTAGATTTTTGAGACTT	161725

CU104655.1	201	TGGTGCACCCATCACCCAAGCAGTATACACTGCAACGAATTTGTAATCTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	161726	TGGTGCACCCATCACCCAAGCAGTATACACTGCAACGAATTTGTAATCTT	161775

CU104655.1	251	TTATCCCTCACCCCCTTCCCACCCTTTCCTGCAGAGTCCCCAAAGTCCAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	161776	TTATCCCTCACCCCCTTCCCACCCTTTCCTGCAGAGTCCCCAAAGTCCAT	161825

CU104655.1	301	TGTGTCATGCTTATGCCTTTGCATCCTCATAGCTTAGTTCCCACTTATGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	161826	TGTGTCATGCTTATGCCTTTGCATCCTCATAGCTTAGTTCCCACTTATGA	161875

CU104655.1	351	GTGAGAACATACGATGCCTGGTTTTCCCTTCCTGAGTTACTGCACTTAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	161876	GTGAGAACATACGATGCCTGGTTTTCCCTTCCTGAGTTACTGCACTTAGA	161925

CU104655.1	401	ATAATAGTCTCCAGTCTCAAACAGGTCACTGCAAATGCCATTAAATCATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	161926	ATAATAGTCTCCAGTCTCAAACAGGTCACTGCAAATGCCATTAAATCATT	161975

CU104655.1	451	CCTTTTTATGGCTGAGTAGTATTCCATCATATATATATATTCCATCATAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	161976	CCTTTTTATGGCTGAGTAGTATTCCATCATATATATATATTCCATCATAT	162025

CU104655.1	501	ATATATATATCACAGTTTCTTTATCCACTCATTGGGTTACTTCCACATTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162026	ATATATATATCACAGTTTCTTTATCCACTCATTGGGTTACTTCCACATTT	162075

CU104655.1	551	TTGCAATTGCGAATTGTGCTGCTATGAATATGTGTATGCAAGTATCTTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162076	TTGCAATTGCGAATTGTGCTGCTATGAATATGTGTATGCAAGTATCTTTT	162125

CU104655.1	601	TTGTATAATGACTTCTTTTCCTCTGGGTGGATACCCAGTAGTGGGATTGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162126	TTGTATAATGACTTCTTTTCCTCTGGGTGGATACCCAGTAGTGGGATTGC	162175

CU104655.1	651	TGGATCAGATGGTAGTTCTACTTTTAGGACTCTTTAAGGAACCTCCACAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162176	TGGATCAGATGGTAGTTCTACTTTTAGGACTCTTTAAGGAACCTCCACAC	162225

CU104655.1	701	TGTTTTCCATAGTGGTTGTACCAGCTTACATTCCCACCAGCAGTGGAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162226	TGTTTTCCATAGTGGTTGTACCAGCTTACATTCCCACCAGCAGTGGAAAA	162275

CU104655.1	751	GTGTTCTCTGTTCACCACATCCTTGCCAACATCTATTATTTTTTGATTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162276	GTGTTCTCTGTTCACCACATCCTTGCCAACATCTATTATTTTTTGATTTT	162325

CU104655.1	801	TTGATTATGGCCATTCTTTCAGGAGTGAGATGGTATTGCATTGTGGTTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162326	TTGATTATGGCCATTCTTTCAGGAGTGAGATGGTATTGCATTGTGGTTTT	162375

CU104655.1	851	GATTTGCATTTTCCTGATTATTAGTGATGCTGAGCAATTTTTCATATGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162376	GATTTGCATTTTCCTGATTATTAGTGATGCTGAGCAATTTTTCATATGTT	162425

CU104655.1	901	TGTTGGCCATTCATATGTCTTCTTTTGAGAATTGTCTATTCATGCCCTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162426	TGTTGGCCATTCATATGTCTTCTTTTGAGAATTGTCTATTCATGCCCTTA	162475

CU104655.1	951	ACTCATATTTTATGAGATTGTTTGTTTTTTACTTACTAATTTGTTTGGGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162476	ACTCATATTTTATGAGATTGTTTGTTTTTTACTTACTAATTTGTTTGGGT	162525

CU104655.1	1001	TCATTGTAGATTCTGGATATTAGTCCTTTGTCATATGTATAGATTGTGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162526	TCATTGTAGATTCTGGATATTAGTCCTTTGTCATATGTATAGATTGTGAA	162575

CU104655.1	1051	GATTTTCTCCCACTCTTTGGGTTATCTGTTTACTCTGCTGACTGTTCCTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162576	GATTTTCTCCCACTCTTTGGGTTATCTGTTTACTCTGCTGACTGTTCCTT	162625

CU104655.1	1101	TTGCCGTGCAAAAGCTCTTTAGTTTAATTAAGGTCTCAGCTATTTATCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162626	TTGCCGTGCAAAAGCTCTTTAGTTTAATTAAGGTCTCAGCTATTTATCTT	162675

CU104655.1	1151	TGTTCTTATTGCATTTACTGTTGGGTCCTTGGTCATTAAATCCTTGCCTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162676	TGTTCTTATTGCATTTACTGTTGGGTCCTTGGTCATTAAATCCTTGCCTA	162725

CU104655.1	1201	AGCCAATGTCTAGAAGGGTTTTTCCGATGTTATCTTCTAAAATTTTTATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162726	AGCCAATGTCTAGAAGGGTTTTTCCGATGTTATCTTCTAAAATTTTTATA	162775

CU104655.1	1251	GTTTCAGGTCTTAGATTTATGTCCTTGATCTACCTTGAGTTGATTTTTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162776	GTTTCAGGTCTTAGATTTATGTCCTTGATCTACCTTGAGTTGATTTTTGT	162825

CU104655.1	1301	ATAGAGTGAGAGACATGGATCCAGTTTTATTCTCCTACATGTGGCTTGCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162826	ATAGAGTGAGAGACATGGATCCAGTTTTATTCTCCTACATGTGGCTTGCC	162875

CU104655.1	1351	AATTATCCCAGCTCAATTTGTTGAATATGGTGTGCTTTCACCACTTTATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162876	AATTATCCCAGCTCAATTTGTTGAATATGGTGTGCTTTCACCACTTTATA	162925

CU104655.1	1401	TTTTTGTTTGCTTTGTCAAAGATCAGTTGGCTATAAGTATTTGGGTTTCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162926	TTTTTGTTTGCTTTGTCAAAGATCAGTTGGCTATAAGTATTTGGGTTTCT	162975

CU104655.1	1451	TTCTGGGTTCTCTATTCTGTTTCATTGGTCTATGTGCCTACATTTATACC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	162976	TTCTGGGTTCTCTATTCTGTTTCATTGGTCTATGTGCCTACATTTATACC	163025

CU104655.1	1501	AGTACCATGTTGTCTTGGTGACTATGGCCTTATATTATATTTTGAAATCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	163026	AGTACCATGTTGTCTTGGTGACTATGGCCTTATATTATATTTTGAAATCA	163075

CU104655.1	1551	GGTAATGTGATGCCTCCAGATTTGTTCTTTTTGGTTAGTCTTGCTTTGGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	163076	GGTAATGTGATGCCTCCAGATTTGTTCTTTTTGGTTAGTCTTGCTTTGGC	163125

CU104655.1	1601	TATGTGGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAGAATTGTTTTTTCTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	163126	TATGTGGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAGAATTGTTTTTTCTA	163175

CU104655.1	1651	GTTCTGTGAAGAATGATGGTGGTATTTTGATGGGAATTGCATTGAATTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	163176	GTTCTGTGAAGAATGATGGTGGTATTTTGATGGGAATTGCATTGAATTTG	163225

CU104655.1	1701	TGACTGCCTTTTGCAGTATAGTCCTTTTCACAATACTGATTCTACCCATC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	163226	TGACTGCCTTTTGCAGTATAGTCCTTTTCACAATACTGATTCTACCCATC	163275

CU104655.1	1751	CATGAGCATGGGATGTGTTTCCATTTGTTTGTGTCATCTATGATTTCTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	163276	CATGAGCATGGGATGTGTTTCCATTTGTTTGTGTCATCTATGATTTCTTT	163325

CU104655.1	1801	CAGCAGTGTTTTGTAGTAGTCCTTGTAGAGATTTTTAGACTCCTTGGTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	163326	CAGCAGTGTTTTGTAGTAGTCCTTGTAGAGATTTTTAGACTCCTTGGTTA	163375

CU104655.1	1851	AGTATATTCCAAGTATTTTTTAAATTTATTTTCGGGAAACTATTGTAAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	163376	AGTATATTCCAAGTATTTTTTAAATTTATTTTCGGGAAACTATTGTAAAA	163425

CU104655.1	1901	GGGATTGAGTTCTTGATTTGATTCTCAGTTTGGTCATTGGTGTATAGTAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	163426	GGGATTGAGTTCTTGATTTGATTCTCAGTTTGGTCATTGGTGTATAGTAG	163475

CU104655.1	1951	TGCTACTTTTTGTACACATTTATTTTGTAACCTGAAAATTTACTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025558.1	163476	TGCTACTTTTTGTACACATTTATTTTGTAACCTGAAAATTTACTGAATTC	163525

Overview

Query
CU104655.1 - 117558 bps
Hit
CT025558.1 - 163525 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189220001200011615261635251
287.71883289906599392-1106813841
387.6918431898228985451107614001
486.46165291105294105584124277245641
588.58181287105300105586131361316491
686.13177311116226116536132822331311
788.241843029823198532-137567378721
887.17169295112127112421-142112424071
988.591902995609156389142112424091
1087.88176291105301105591142122424101
1188.16189302116229116530-146796470991
1286.41163286105300105585146800470861
1386.76172301112122112422-157331576321
1487.37179294105291105584-11029251032171
1590.31822688869688963-11043591046261
1689.1519429610529110558611087791090731
1789.454997596080761565-11380651388131
1884.623768615999660856-11386771395411
1982.941805156039060904-11386771391861
2092.25417567369173748311486371492041
2183.645281248716457289211617771630531
Short-link