<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 400 bps

Full alignment

CT009770.1	1	ATCATGTGAAATATCTCGTTGGAAAAACAACTGCCCTGGAAAATAGATCC	50
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	146589	ATCATGTGAAATATCTCATTGGAAAAACAACTGCCCTGGAAAATAGATCC	146638

CT009770.1	51	AGGAGAGACAATTTAAAAATTATGGGACTACCTGAAAGCCATGATCAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	146639	AGGAGAGACAATTTAAAAATTATGGGACTACCTGAAAGCCATGATCAAAA	146688

CT009770.1	101	ATAGAGCCTAGACATCATCTTTCATGAAATTATCAAGGAAAACTGCCCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	146689	ATAGAGCCTAGACATCATCTTTCATGAAATTATCAAGGAAAACTGCCCTG	146738

CT009770.1	151	AGATTCTAGAACCAGAGGGCAAAATAAGTATTCAAGGAATCCACTGATCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	146739	AGATTCTAGAACCAGAGGGCAAAATAAGTATTCAAGGAATCCACTGATCT	146788

CT009770.1	201	CCGCCTGAAAGAGATCCAAAAAGAGAAAGTCCTAGGAACATTGTGACCAA	250
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CT010589.1	146789	CCGCCTGAAAGAGATTCAAAAAGAGAAAGTCCTAGGAACATTGTGGCCAA	146838

CT009770.1	251	ATTCCAGAGTTCCCTGGTCAAGGAGAAAATATTGCAAGCAGCTAGAAAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	146839	ATTCCAGAGTTCCCTGGTCAAGGAGAAAATATTGCAAGCAGCTAGAAAGA	146888

CT009770.1	301	AACATTTCAAGTACTGTGGGAATACAATCAGGATAACACAAGATCTAGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	146889	AACATTTCAAGTACTGTGGGAATACAATCAGGATAACACAAGATCTAGCA	146938

CT009770.1	351	GCTTCTACATTAAGGGATCAAAGGGCATGGAATAGGATATTCCAGAAGTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	146939	GCTTCTACATTAAGGGATCAAAGGGCATGGAATAGGATATTCCAGAAGTC	146988

CT009770.1	401	AAAGGAACTAGGACTAAAACCAAGAATCACCTACCTAGCAAAACTGAGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	146989	AAAGGAACTAGGACTAAAACCAAGAATCACCTACCTAGCAAAACTGAGTG	147038

CT009770.1	451	TAATACTTCCGGGGAAAAAATGATCTTTCAATGAAATAGAGGACTTATAA	500
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147039	TAATACTTCAGGGGAAAAAATGATCTTTCAATGAAATAGAGGACTTATAA	147088

CT009770.1	501	GCATTCTTGATGAAAAGACCAGAGGGGAAAAGAAAATTTGACTTTCAAAC	550
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147089	GCATTCTTGATGAAAAGACCAGAGCGGAAAAGAAAATTTGACTTTCAAAC	147138

CT009770.1	551	ACAAGAATGAAGAGAAGCATGAAAAGGTAAACAGCAAATAGAAGTCACAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147139	ACAAGAATGAAGAGAAGCATGAAAAGGTAAACAGCAAATAGAAGTCACAA	147188

CT009770.1	601	GGGACTTTCCTAAAGGTGAACTGTTTACATTCCTACATGGAAAGACAATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147189	GGGACTTTCCTAAAGGTGAACTGTTTACATTCCTACATGGAAAGACAATA	147238

CT009770.1	651	TTCGTAACTCTTGAAACTTTTCAGTATCTGGGTAGTTGGTGGGATTACAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147239	TTCGTAACTCTTGAAACTTTTCAGTATCTGGGTAGTTGGTGGGATTACAT	147288

CT009770.1	701	ACATACACACACACACACGCACACACATGCACACACACAGAGAGACAGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147289	ACATACACACACACACACGCACACACATGCACACACACAGAGAGACAGAG	147338

CT009770.1	751	AGCACAGAGTGAATTGAATAGGATGGGATCATATCTTAAAAAAATGAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147339	AGCACAGAGTGAATTGAATAGGATGGGATCATATCTTAAAAAAATGAAAT	147388

CT009770.1	801	CAAGCAGTGAGAGAGAAATATATTGGGAGGAGAAAGGGAGAAATGGAATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147389	CAAGCAGTGAGAGAGAAATATATTGGGAGGAGAAAGGGAGAAATGGAATG	147438

CT009770.1	851	GGGCAAATTATCTCTCATAAAAGAGGCAAGCAAAAGACTTTTTAGTGGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147439	GGGCAAATTATCTCTCATAAAAGAGGCAAGCAAAAGACTTTTTAGTGGAG	147488

CT009770.1	901	GGAAAAAGAGGGGAGGTGAGAGAAAAACATGAAGTTTACTCTCATCACAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147489	GGAAAAAGAGGGGAGGTGAGAGAAAAACATGAAGTTTACTCTCATCACAT	147538

CT009770.1	951	TCGACTAAAGGAAGGAATAAAATGCACACTCATTTTGGTATGAAAACCTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147539	TCGACTAAAGGAAGGAATAAAATGCACACTCATTTTGGTATGAAAACCTA	147588

CT009770.1	1001	TTTTACAATACAGGAAAATGGGGGAGAAGGGGATAAGCAGGGTGGGGGGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147589	TTTTACAATACAGGAAAATGGGGGAGAAGGGGATAAGCAGGGTGGGGGGG	147638

CT009770.1	1051	ATGATGGAAGGGAGAGCAGTGGGAGGAGGGAGCAATTAGAAGTCAACACT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147639	ATGATGGAAGGGAGAGCAGTGGGAGGAGGGAGCAATTAGAAGTCAACACT	147688

CT009770.1	1101	CTTGGGGAGGGACAGGGTCAAAAGAGAGAATAGAAGCAATGGGGGGCAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147689	CTTGGGGAGGGACAGGGTCAAAAGAGAGAATAGAAGCAATGGGGGGCAGG	147738

CT009770.1	1151	ATAGGATGGAGGGAAATATAGTTAGTCTTATACAACACGACTATTATGGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147739	ATAGGATGGAGGGAAATATAGTTAGTCTTATACAACACGACTATTATGGA	147788

CT009770.1	1201	AGTCATTTGCAAAACTACACAGATATGAACTATATTGAATTGCTTGCCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147789	AGTCATTTGCAAAACTACACAGATATGAACTATATTGAATTGCTTGCCTT	147838

CT009770.1	1251	CCCAAAGGGAATGGGTGGGGAGGGAGGGATGAAGAGAAGTTGGAACTCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147839	CCCAAAGGGAATGGGTGGGGAGGGAGGGATGAAGAGAAGTTGGAACTCAA	147888

CT009770.1	1301	AGTTTTAGGAACAACTGTTGAGTACTGTTCTTGCTACTAGGAAATAAGAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147889	AGTTTTAGGAACAACTGTTGAGTACTGTTCTTGCTACTAGGAAATAAGAA	147938

CT009770.1	1351	ATACAGGTAATGGGGTATAGAAAGTTATCTGGCCCTACAGGACAAAAGAG	1400
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147939	ATAGAGGTAATGGGGTATAGAAAGTTATCTGGCCCTACAGGACAAAAGAG	147988

CT009770.1	1401	AAGATGGGGACAAGGGAAGGGAGGGATGTTAGAAGAGAGAGCAGATTGGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147989	AAGATGGGGACAAGGGAAGGGAGGGATGTTAGAAGAGAGAGCAGATTGGT	148038

CT009770.1	1451	GATAAGGACAATTAGAATGCTCGGTGTTTTGGGGTGGGGGGAGGGGACAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148039	GATAAGGACAATTAGAATGCTCGGTGTTTTGGGGTGGGGGGAGGGGACAA	148088

CT009770.1	1501	ATGGGGAGAAAATTTGGAACCCAAAATTTTGTGAAAATGAATGTTAAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148089	ATGGGGAGAAAATTTGGAACCCAAAATTTTGTGAAAATGAATGTTAAAAG	148138

CT009770.1	1551	TTAAATAAATAAATTTTTT-AAAAAAGAGAGATAGAAGTAGGACAATGAA	1599
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148139	TTAAATAAATAAATTTTTTTAAAAAAGAGAGATAGAAGTAGGACAATGAA	148188

CT009770.1	1600	CCAAGCACATGAGCAATCACAACAAACTAGGGACAAAAGACATAGCTTTC	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148189	CCAAGCACATGAGCAATCACAACAAACTAGGGACAAAAGACATAGCTTTC	148238

CT009770.1	1650	AGAAGAGACGATTGACTTTTTTAGCTGTTTTCCTCAAACTTTGCTGTTTG	1699
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148239	AGAAGAGACAATTGACTTTTTTAGCTGTTTTCCTCAAACTTTGCTGTTTG	148288

CT009770.1	1700	GAAGAAAGGCATTACTTTACTGAAGAGCTAGAGAAAGGCTGGATAGCTAC	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148289	GAAGAAAGGCATTACTTTACTGAAGAGCTAGAGAAAGGCTGGATAGCTAC	148338

CT009770.1	1750	TAGAAGCTCACTGACTGAGAGCTGAATCTTGGTGCTCTACGAAAAGCTCC	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148339	TAGAAGCTCACTGACTGAGAGCTGAATCTTGGTGCTCTACGAAAAGCTCC	148388

CT009770.1	1800	TGGGGCAATTGTTCTCTGGTGCCATCTAGAGTGAGAAAGGGGAAACTTCT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148389	TGGGGCAATTGTTCTCTGGTGCCATCTAGAGTGAGAAAGGGGAAACTTCT	148438

CT009770.1	1850	CAGGGATGCCTGTGTTGCCCTTTATTGTTTGGTTTGTGAAGGAGAAATAG	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148439	CAGGGATGCCTGTGTTGCCCTTTATTGTTTGGTTTGTGAAGGAGAAATAG	148488

CT009770.1	1900	TGAGAGTTGCATCACCTTCTTTTGTCCCCTTGAGAACTCTGTTTACTTGT	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148489	TGAGAGTTGCATCACCTTCTTTTGTCCCCTTGAGAACTCTGTTTACTTGT	148538

CT009770.1	1950	GGGAAGAGAATGAAATCAGAATTTTCTGTTCCTTCAAGATCTGAGAAGCT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CT010589.1	148539	GGGAAGAGAATGAAATCAGAATTTTCTGTTCTTTCAAGATCTGAGAAGCT	148588

CT009770.1	2000	T	2000
			|
CT010589.1	148589	T	148589

Compact alignment

CT009770.1	1	ATCATGTGAAATATCTCGTTGGAAAAACAACTGCCCTGGAAAATAGATCC	50
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	146589	ATCATGTGAAATATCTCATTGGAAAAACAACTGCCCTGGAAAATAGATCC	146638

skip 150 bps 100% identity alignment

CT009770.1	201	CCGCCTGAAAGAGATCCAAAAAGAGAAAGTCCTAGGAACATTGTGACCAA	250
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CT010589.1	146789	CCGCCTGAAAGAGATTCAAAAAGAGAAAGTCCTAGGAACATTGTGGCCAA	146838

skip 200 bps 100% identity alignment

CT009770.1	451	TAATACTTCCGGGGAAAAAATGATCTTTCAATGAAATAGAGGACTTATAA	500
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147039	TAATACTTCAGGGGAAAAAATGATCTTTCAATGAAATAGAGGACTTATAA	147088

CT009770.1	501	GCATTCTTGATGAAAAGACCAGAGGGGAAAAGAAAATTTGACTTTCAAAC	550
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147089	GCATTCTTGATGAAAAGACCAGAGCGGAAAAGAAAATTTGACTTTCAAAC	147138

skip 800 bps 100% identity alignment

CT009770.1	1351	ATACAGGTAATGGGGTATAGAAAGTTATCTGGCCCTACAGGACAAAAGAG	1400
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	147939	ATAGAGGTAATGGGGTATAGAAAGTTATCTGGCCCTACAGGACAAAAGAG	147988

skip 150 bps 100% identity alignment

CT009770.1	1551	TTAAATAAATAAATTTTTT-AAAAAAGAGAGATAGAAGTAGGACAATGAA	1599
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148139	TTAAATAAATAAATTTTTTTAAAAAAGAGAGATAGAAGTAGGACAATGAA	148188

skip 50 bps 100% identity alignment

CT009770.1	1650	AGAAGAGACGATTGACTTTTTTAGCTGTTTTCCTCAAACTTTGCTGTTTG	1699
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010589.1	148239	AGAAGAGACAATTGACTTTTTTAGCTGTTTTCCTCAAACTTTGCTGTTTG	148288

skip 250 bps 100% identity alignment

CT009770.1	1950	GGGAAGAGAATGAAATCAGAATTTTCTGTTCCTTCAAGATCTGAGAAGCT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CT010589.1	148539	GGGAAGAGAATGAAATCAGAATTTTCTGTTCTTTCAAGATCTGAGAAGCT	148588

skip 1 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT009770.1 - 162867 bps
Hit
CT010589.1 - 148589 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.55189420001200011465891485891
282.3343711198360184719-1487859981
386.1633866891437921041718378541
489.5953086283400842611720080641
585.543948031225641233661725980601
687.15131524078322685632124731271431
785.873026419146392103124909255591
885.8710182056122564124619124959270321
989.16950157841581125545271491
1083.7153711159400295116160307614301
1183.023058148671287525164125649371
1292.531126156341566-193389949551
1383.0692323148330685619-193391956691
1485.7910632148122564124711-193392955221
1585.716521288834768476311309471322261
1685.73714144112276112420111311151325441
1788.993115604156311315001330391
1886.781136214012257212471111460181481511
1988.62332583915229210411460191466071
2083.819142158834768563311460281481641
Short-link