<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU012059.4	1	CAAATACCACGAAGGACACATACATATTTTAACCCCCTTAGAATTCTTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119332	CAAATACCACGAAGGACACATACATATTTTAACCCCCTTAGAATTCTTCA	119381

CU012059.4	51	TCTACACCATTTTGTTGGCATTTCATCTTCTCACTAACACTCATAGCAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119382	TCTACACCATTTTGTTGGCATTTCATCTTCTCACTAACACTCATAGCAGT	119431

CU012059.4	101	TAACCATCATTACTAGCTATTTAAAATCCAAAAAATCTATTTTCACAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119432	TAACCATCATTACTAGCTATTTAAAATCCAAAAAATCTATTTTCACAAAA	119481

CU012059.4	151	AGATATTAATAAATAATAATTGCTATTTATATAATTGAAATTCCATAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119482	AGATATTAATAAATAATAATTGCTATTTATATAATTGAAATTCCATAAAA	119531

CU012059.4	201	TTTCCTTCAACAGCCACACTTTCAACCTTTTTTCCCCTTCTATGCTCATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119532	TTTCCTTCAACAGCCACACTTTCAACCTTTTTTCCCCTTCTATGCTCATT	119581

CU012059.4	251	CTTAATTGTTTTCTACCCTAACATGCCTCCCAAGTTCGACACAATTTCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119582	CTTAATTGTTTTCTACCCTAACATGCCTCCCAAGTTCGACACAATTTCAG	119631

CU012059.4	301	CCATTATAACCACAACCCATTGTAAAATATGGTCATCGAAAGTGAAGATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119632	CCATTATAACCACAACCCATTGTAAAATATGGTCATCGAAAGTGAAGATA	119681

CU012059.4	351	ATAAGATTATGGAGGTACAATTAATCAGTGAATTTAAACTGAAGATTTAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119682	ATAAGATTATGGAGGTACAATTAATCAGTGAATTTAAACTGAAGATTTAA	119731

CU012059.4	401	AGTAGTTGTTTCTCGTTTCAACCTCGTCTAAGAAGAACGAAGAATTGAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119732	AGTAGTTGTTTCTCGTTTCAACCTCGTCTAAGAAGAACGAAGAATTGAAA	119781

CU012059.4	451	GGGAGGTATCAACGGTCATTTGAAGAACACTGAGTACTTGTCCTGCGTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119782	GGGAGGTATCAACGGTCATTTGAAGAACACTGAGTACTTGTCCTGCGTTA	119831

CU012059.4	501	ACAGAGTTGACAAAGTACAAGTGTACAACCACTACCTTCACTACTCTGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119832	ACAGAGTTGACAAAGTACAAGTGTACAACCACTACCTTCACTACTCTGTT	119881

CU012059.4	551	TTTGTCTACGCTACAAGACAAGACAACAGCTATGCCTGCAGAATTGTTCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119882	TTTGTCTACGCTACAAGACAAGACAACAGCTATGCCTGCAGAATTGTTCC	119931

CU012059.4	601	TTCAAGATGGGAATGAATTTGAAGCTAATTCTTCAAAGGACTACACCCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119932	TTCAAGATGGGAATGAATTTGAAGCTAATTCTTCAAAGGACTACACCCAA	119981

CU012059.4	651	ATCAGGCAAAGGATTACTAGTGGATGATCAAAGGGACTCAACGAATCTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	119982	ATCAGGCAAAGGATTACTAGTGGATGATCAAAGGGACTCAACGAATCTTT	120031

CU012059.4	701	AGACGTGTTAATCATCTCAACGTCTCTTTCACGCCTCTATATAAAGGAGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120032	AGACGTGTTAATCATCTCAACGTCTCTTTCACGCCTCTATATAAAGGAGT	120081

CU012059.4	751	GAAGACTTGTTGATTGTAGATAGAGATATACAAGTTAAAAAGCGTCAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120082	GAAGACTTGTTGATTGTAGATAGAGATATACAAGTTAAAAAGCGTCAAAA	120131

CU012059.4	801	CTTTGTCAATTTGATTCTACAAAGCACATTGAATTTCTGTACTGATTTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120132	CTTTGTCAATTTGATTCTACAAAGCACATTGAATTTCTGTACTGATTTGA	120181

CU012059.4	851	TACATCTTAGAAATTCACAAGTCTAGAGTCTTTATTGCATTGTATTTGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120182	TACATCTTAGAAATTCACAAGTCTAGAGTCTTTATTGCATTGTATTTGTG	120231

CU012059.4	901	AACACCACTGATTGTATATCAAGTGTTTAAGGTCAAACATTTTCTCTGTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120232	AACACCACTGATTGTATATCAAGTGTTTAAGGTCAAACATTTTCTCTGTA	120281

CU012059.4	951	TTTTTGTTTGAACAGAAGTCTCTTGCCTGCGTGCTTGAGCATTAGAAGAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120282	TTTTTGTTTGAACAGAAGTCTCTTGCCTGCGTGCTTGAGCATTAGAAGAC	120331

CU012059.4	1001	TCTTGCTTAGTGCTTGAGCATTGGAAGACTCTTGCCTGTGTGCTTGAGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120332	TCTTGCTTAGTGCTTGAGCATTGGAAGACTCTTGCCTGTGTGCTTGAGCA	120381

CU012059.4	1051	TTTTTGAGAAGTCTCATACTTAGAGAGTATTGAGCATTTGTAATCTTTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120382	TTTTTGAGAAGTCTCATACTTAGAGAGTATTGAGCATTTGTAATCTTTGT	120431

CU012059.4	1101	GATTATAGTGAAATCTCCTTGGAAGTGCAACGGGGACTGGACTACTTCCG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120432	GATTATAGTGAAATCTCCTTGGAAGTGCAACGGGGACTGGACTACTTCCG	120481

CU012059.4	1151	ATTTGTGGAAGGAACCAGGATAACTGCTTGTGTCTCGCTTTTCTTTTCTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120482	ATTTGTGGAAGGAACCAGGATAACTGCTTGTGTCTCGCTTTTCTTTTCTC	120531

CU012059.4	1201	TGCTTTGATCTTTTCCGCTGCATATCTGATTCTGGTTATTACATCAGAAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120532	TGCTTTGATCTTTTCCGCTGCATATCTGATTCTGGTTATTACATCAGAAG	120581

CU012059.4	1251	CATTCCAAAACTGCTTTTGAAGTATTATCAGAAGAAGTATTTTTAGAGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120582	CATTCCAAAACTGCTTTTGAAGTATTATCAGAAGAAGTATTTTTAGAGAA	120631

CU012059.4	1301	AAAGAAAACACAATTCAACCCCCCCTTCTTGTGTTTTTTTCACCTTCATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120632	AAAGAAAACACAATTCAACCCCCCCTTCTTGTGTTTTTTTCACCTTCATT	120681

CU012059.4	1351	TGGTATCAGAGCTTGCTCTGTTATCATAGCACTTAACCGTGTGACAGATC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120682	TGGTATCAGAGCTTGCTCTGTTATCATAGCACTTAACCGTGTGACAGATC	120731

CU012059.4	1401	AAGATCCAAGAAAAACATGTCTGGTGGAGAGGAATCAACTACATCTACAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120732	AAGATCCAAGAAAAACATGTCTGGTGGAGAGGAATCAACTACATCTACAA	120781

CU012059.4	1451	AATACAATAGTGTCAAACATGACTACGATACTGCTGAAAGGAAATCAGAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120782	AATACAATAGTGTCAAACATGACTACGATACTGCTGAAAGGAAATCAGAT	120831

CU012059.4	1501	TCTGTAAAAGCTCCAAAGTTCAATGGAGATCCAGAAGAGTTTTCATGGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120832	TCTGTAAAAGCTCCAAAGTTCAATGGAGATCCAGAAGAGTTTTCATGGTG	120881

CU012059.4	1551	GAAAACCAATATGTACAGCTATATCATGGGATTGGATGAAGAACTATGGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120882	GAAAACCAATATGTACAGCTATATCATGGGATTGGATGAAGAACTATGGG	120931

CU012059.4	1601	ATATTCTTGAAGATGGAGTTGATGATTTGGATTTGGATAAAGAAAGAGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120932	ATATTCTTGAAGATGGAGTTGATGATTTGGATTTGGATAAAGAAAGAGTT	120981

CU012059.4	1651	GTTATTGACAGAAGGATCCACACTCCTGCTCAGAAGAAACTTTACAAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	120982	GTTATTGACAGAAGGATCCACACTCCTGCTCAGAAGAAACTTTACAAAAA	121031

CU012059.4	1701	GCATCACAAGATCAGAGGGATCATTGTTGCTTCTATACCTCACACTGAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	121032	GCATCACAAGATCAGAGGGATCATTGTTGCTTCTATACCTCACACTGAAT	121081

CU012059.4	1751	ATATGAAGATGAGTGATAAATCCACTGCTAAGGCAATGTTTGCATCACTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	121082	ATATGAAGATGAGTGATAAATCCACTGCTAAGGCAATGTTTGCATCACTC	121131

CU012059.4	1801	TGTGCTAACTACGAAGGAAGAAAGAAGGTTAGAGAAGTAAAGGCTCTAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	121132	TGTGCTAACTACGAAGGAAGAAAGAAGGTTAGAGAAGTAAAGGCTCTAAT	121181

CU012059.4	1851	GCTAGTTCATCAGTATGAGCTGTTCAAGATGAAGGATGATGAGAGTATAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	121182	GCTAGTTCATCAGTATGAGCTGTTCAAGATGAAGGATGATGAGAGTATAG	121231

CU012059.4	1901	AGGAGATGTACTCAAGATTTCAAACTTTAGTATCTGGACTGCAAATACTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	121232	AGGAGATGTACTCAAGATTTCAAACTTTAGTATCTGGACTGCAAATACTA	121281

CU012059.4	1951	AAGAAGAGCTATGTTACTTCTGATCATGTTAGCAAGATTCTGAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010572.8	121282	AAGAAGAGCTATGTTACTTCTGATCATGTTAGCAAGATTCTGAGAAGCTT	121331

Overview

Query
CU012059.4 - 12141 bps
Hit
CT010572.8 - 121331 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194320001200011193321213311
292.12235307533546428-1222352841
376.4225612724171688-1528165821
492.442423591359114849152181
589.2220133531365125781261141
688.45829663831348157286582581
Short-link