<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT961059.9	2000	AAGCTTGTGTACAACGACAACAAGATAGAAGAGCATTTTGAGCTTAAAGC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1	AAGCTTGTGTACAACGACAACAAGATAGAAGAGCATTTTGAGCTTAAAGC	50

C  CT961059.9	1950	ATGGGTCTATGTTTCTGAATCTTTTGATGTTGTTGGACTCACCAAAGCAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	51	ATGGGTCTATGTTTCTGAATCTTTTGATGTTGTTGGACTCACCAAAGCAA	100

C  CT961059.9	1900	TTATCAATTCATTTAATTCTTCAGCAGATGGTGAAGACTTGAATCTACTC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	101	TTATCAATTCATTTAATTCTTCAGCAGATGGTGAAGACTTGAATCTACTC	150

C  CT961059.9	1850	CAACATCAATTGCAGCACATACTAACAGGCAAGAAATACTTGCTTGTTTT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	151	CAACATCAATTGCAGCACATACTAACAGGCAAGAAATACTTGCTTGTTTT	200

C  CT961059.9	1800	AGACGATATCTGGAACGGGAATGCAGAATGTTGGGAGCAGTTACTACTTC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	201	AGACGATATCTGGAACGGGAATGCAGAATGTTGGGAGCAGTTACTACTTC	250

C  CT961059.9	1750	CCTTTAACCATGGATTTTCTGGAAGTAAGATTGTCGTGACAACACGTGAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	251	CCTTTAACCATGGATTTTCTGGAAGTAAGATTGTCGTGACAACACGTGAA	300

C  CT961059.9	1700	AAGGAGGTAGCATATCATGTTCTTAAATCCACCAAGTTATTTGATTTACA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	301	AAGGAGGTAGCATATCATGTTCTTAAATCCACCAAGTTATTTGATTTACA	350

C  CT961059.9	1650	ACAATTGGACAAAAGCGATTGTTGGAGTTTATTTGTGACACATGCTTTTC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	351	ACAATTGGACAAAAGCGATTGTTGGAGTTTATTTGTGACACATGCTTTTC	400

C  CT961059.9	1600	AAGGAAAGAATGTGTGTGAATATCCAAATCTTGAATCAACTGGCAAGAAA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	401	AAGGAAAGAATGTGTGTGAATATCCAAATCTTGAATCAACTGGCAAGAAA	450

C  CT961059.9	1550	ATACTGGATAAGTGTGGAGGGTTGCCTTTAGCTGTAAAATCAATGGGCCA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	451	ATACTGGATAAGTGTGGAGGGTTGCCTTTAGCTGTAAAATCAATGGGCCA	500

C  CT961059.9	1500	ACTCTTGCGAAGAAATTTTTCTCAACATGAGTGGATTAAGATATTGGAGA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	501	ACTCTTGCGAAGAAATTTTTCTCAACATGAGTGGATTAAGATATTGGAGA	550

C  CT961059.9	1450	CTAATATGTGGCGTTTATCAGATGGGGAACACAGCATAAACTCAGTTCTG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	551	CTAATATGTGGCGTTTATCAGATGGGGAACACAGCATAAACTCAGTTCTG	600

C  CT961059.9	1400	AGATTAAGTTACCATAATCTCCCTTCCATTCTAAAGCATTGCTTTTCTTA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	601	AGATTAAGTTACCATAATCTCCCTTCCATTCTAAAGCATTGCTTTTCTTA	650

C  CT961059.9	1350	TTGTTCCATTTTTCCCAAGGGTTATGAATTTGAAAAAGGTGAATTGATCA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	651	TTGTTCCATTTTTCCCAAGGGTTATGAATTTGAAAAAGGTGAATTGATCA	700

C  CT961059.9	1300	AGCTCTGGATGGCAGAAGGTTTATTGAAGTGTTGCGGATCACACAAAAGT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	701	AGCTCTGGATGGCAGAAGGTTTATTGAAGTGTTGCGGATCACACAAAAGT	750

C  CT961059.9	1250	GAAGAAGAGTTAGGTAATGAAATTTTCGGTGATCTTGAGTCAATTTCATT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	751	GAAGAAGAGTTAGGTAATGAAATTTTCGGTGATCTTGAGTCAATTTCATT	800

C  CT961059.9	1200	TTTCCAACGATCAAATGAGGATTGGAACCACTATGCCATGCATGATCTTG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	801	TTTCCAACGATCAAATGAGGATTGGAACCACTATGCCATGCATGATCTTG	850

C  CT961059.9	1150	TCAATGATTTAGCAAAATCAGTGTCAGGAGAATTTTGTGTGCAAATAGAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	851	TCAATGATTTAGCAAAATCAGTGTCAGGAGAATTTTGTGTGCAAATAGAA	900

C  CT961059.9	1100	GGTGCCAGGGTGGAAGGTATCTTTGAAAGGACACGTCACATTCGTTGCTA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	901	GGTGCCAGGGTGGAAGGTATCTTTGAAAGGACACGTCACATTCGTTGCTA	950

C  CT961059.9	1050	TCTTCGATCAAATTGTGTTGATAAATTAATAGAGCCAATTTGTGAGCTTC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	951	TCTTCGATCAAATTGTGTTGATAAATTAATAGAGCCAATTTGTGAGCTTC	1000

C  CT961059.9	1000	GGGGACTACGTAGTCTGATACTAAAAGCCCATAAGAATGTGTCGATAAGC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1001	GGGGACTACGTAGTCTGATACTAAAAGCCCATAAGAATGTGTCGATAAGC	1050

C  CT961059.9	950	AACAATGTGCAACATGATCTGTTTTCAAGATTGAAATGTTTGCGAATGTT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1051	AACAATGTGCAACATGATCTGTTTTCAAGATTGAAATGTTTGCGAATGTT	1100

C  CT961059.9	900	ATCATTTAGAAGTTGTGGTCTCTCAGAGCTAGTTAATGAGATAAGCAATT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1101	ATCATTTAGAAGTTGTGGTCTCTCAGAGCTAGTTAATGAGATAAGCAATT	1150

C  CT961059.9	850	TAAAACTTTTGCGTTATCTAGACCTTTCTTACACTTTGATTACAAGCTTA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1151	TAAAACTTTTGCGTTATCTAGACCTTTCTTACACTTTGATTACAAGCTTA	1200

C  CT961059.9	800	CCTGATACCATTTGTATGTTGTATAATTTACAAACACTCTTGTTGGAACG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1201	CCTGATACCATTTGTATGTTGTATAATTTACAAACACTCTTGTTGGAACG	1250

C  CT961059.9	750	GTGTAACATCAGAGAGCTCCCTTCAAATTTTTCCAAACTCATCAATTTAC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1251	GTGTAACATCAGAGAGCTCCCTTCAAATTTTTCCAAACTCATCAATTTAC	1300

C  CT961059.9	700	GCCATCTTAAACTCCCTTATGAAACAAAAATGCCAAAGCATGTAGGAAAG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1301	GCCATCTTAAACTCCCTTATGAAACAAAAATGCCAAAGCATGTAGGAAAG	1350

C  CT961059.9	650	CTAGAGAATCTTCAGTCCTTTCCTTATTTTATAATGGAAAAGCATAACGG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1351	CTAGAGAATCTTCAGTCCTTTCCTTATTTTATAATGGAAAAGCATAACGG	1400

C  CT961059.9	600	AGCTGATCTTAAGGAGTTAGAGAATTTAAACCATCTTCATGGGAAAATTC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1401	AGCTGATCTTAAGGAGTTAGAGAATTTAAACCATCTTCATGGGAAAATTC	1450

C  CT961059.9	550	ATATAAAAGGTTTGGGTAATGTAATTGATCCTGCAGATGCTGTGACAGCC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1451	ATATAAAAGGTTTGGGTAATGTAATTGATCCTGCAGATGCTGTGACAGCC	1500

C  CT961059.9	500	AATTTGAAAGATAAGAAGTATTTAGAAGAATTACTTATGGATTTTGATGG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1501	AATTTGAAAGATAAGAAGTATTTAGAAGAATTACTTATGGATTTTGATGG	1550

C  CT961059.9	450	TGGAAGAGAAGAAATGGATGACTCAATAGTTGAAAGCAATGTGTCTGTCT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1551	TGGAAGAGAAGAAATGGATGACTCAATAGTTGAAAGCAATGTGTCTGTCT	1600

C  CT961059.9	400	TGGAGGCTCTTCAACCAAATAGAAACTTGAAGAGGCTTACCATCTCAAAA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1601	TGGAGGCTCTTCAACCAAATAGAAACTTGAAGAGGCTTACCATCTCAAAA	1650

C  CT961059.9	350	TACAAAGGCAATAGGTTTCCAAATTGGATAAGTCGTTTACCCAACTTAGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1651	TACAAAGGCAATAGGTTTCCAAATTGGATAAGTCGTTTACCCAACTTAGT	1700

C  CT961059.9	300	ATCTCTTCAGCTGCGAGACTGTAAAGAAATAAAGATCATTGGTGCCGACT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1701	ATCTCTTCAGCTGCGAGACTGTAAAGAAATAAAGATCATTGGTGCCGACT	1750

C  CT961059.9	250	TTTACGGAAATAACTCAACAATTGTTCCATTCAGGTCTCTTGAAGTTTTG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1751	TTTACGGAAATAACTCAACAATTGTTCCATTCAGGTCTCTTGAAGTTTTG	1800

C  CT961059.9	200	GAATTTAAACGGATGGACAATTGGGAGGAATGGATATGCCTTCAAGGGTT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1801	GAATTTAAACGGATGGACAATTGGGAGGAATGGATATGCCTTCAAGGGTT	1850

C  CT961059.9	150	TCCTTTGCTTAAAAAGCTATTTATAAGTGAATGTCCTGAATTGAAAAGGG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1851	TCCTTTGCTTAAAAAGCTATTTATAAGTGAATGTCCTGAATTGAAAAGGG	1900

C  CT961059.9	100	CTTTGCCTCAACACCTTCCTTCTTTACAAAAATTATCCATTGATGATTGC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1901	CTTTGCCTCAACACCTTCCTTCTTTACAAAAATTATCCATTGATGATTGC	1950

C  CT961059.9	50	GACAAGTTATTTTTTGGTGGGAATCGGCACACAGAGCGAAAGTTAATCAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT010515.8	1951	GACAAGTTATTTTTTGGTGGGAATCGGCACACAGAGCGAAAGTTAATCAA	2000

Overview

Query
CT961059.9 - 104115 bps
Hit
CT010515.8 - 130617 bps
Total alignments
10
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001942200012000-1120001
296.45462570493054991312736891
389.67283469610365711371942021
486.34369824928410107112764135611
581.04424111710592175120760218821
692.2714720839674174-129770299761
785.284379249693697859157530584461
890.9130442300234311101181101611
994.0351672379244511101621102281
1094.45871235046516811214961216211
Short-link