<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT027568.16	1	CTCCCACCGTTTCTCCTCCTCTCCCCTCTCTCCCTCCTCCTCACCTCCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	256653	CTCCCACCGTTTCTCCTCCTCTCCCCTCTCTCCCTCCTCCTCACCTCCAC	256702

CT027568.16	51	CCACCTCTTCTTTCTACTGCCAGAGTGTTGAGATTAAAGGCCCGTTCGTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	256703	CCACCTCTTCTTTCTACTGCCAGAGTGTTGAGATTAAAGGCCCGTTCGTC	256752

CT027568.16	101	ACACCAGCAGGACATATAATCACAGCATGGAACCTACACTTACTCTGAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	256753	ACACCAGCAGGACATATAATCACAGCATGGAACCTACACTTACTCTGAGT	256802

CT027568.16	151	GGGCATTATAGTTTATGCATACATACCTATAGTCCTGCCCCAGGCCTCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	256803	GGGCATTATAGTTTATGCATACATACCTATAGTCCTGCCCCAGGCCTCTT	256852

CT027568.16	201	CTCCCCCTGCCTAGGTTGAAAGCCATCTAACATTGGTGGTACTGAAGCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	256853	CTCCCCCTGCCTAGGTTGAAAGCCATCTAACATTGGTGGTACTGAAGCAA	256902

CT027568.16	251	AGCCTCCTGAGTCAATCAGATGGTAATCAGGACAAGGGACAGCCTAGGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	256903	AGCCTCCTGAGTCAATCAGATGGTAATCAGGACAAGGGACAGCCTAGGTG	256952

CT027568.16	301	CCCTATTCTTGCACAGAAACCCCAAGGGGCAGATGTGAGGTACCCTGAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	256953	CCCTATTCTTGCACAGAAACCCCAAGGGGCAGATGTGAGGTACCCTGAGC	257002

CT027568.16	351	TAGCCCCCCTTGCTACTTCCTGCCTGCCATGTGGTTATGAGTGAGTTCCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257003	TAGCCCCCCTTGCTACTTCCTGCCTGCCATGTGGTTATGAGTGAGTTCCT	257052

CT027568.16	401	CTGTCTGGCCCTGCCTGGATTGCCTCAGACCTTTCTGGAGAAGGATAATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257053	CTGTCTGGCCCTGCCTGGATTGCCTCAGACCTTTCTGGAGAAGGATAATT	257102

CT027568.16	451	GACAGCAGGTCAGGTGCAGAGGTAGACCCAACAGGGAAGCATGGCCGATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257103	GACAGCAGGTCAGGTGCAGAGGTAGACCCAACAGGGAAGCATGGCCGATG	257152

CT027568.16	501	GGAACCTTGACAAACTTCGTCCTCAGACAGCACCACCTGACTGGGGGTAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257153	GGAACCTTGACAAACTTCGTCCTCAGACAGCACCACCTGACTGGGGGTAG	257202

CT027568.16	551	GATGGGGAGAGGGAAAGAATCAATGAAACCCCTCAGCCTGGAGGTTGCAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257203	GATGGGGAGAGGGAAAGAATCAATGAAACCCCTCAGCCTGGAGGTTGCAG	257252

CT027568.16	601	GGGCATCCGCTGTCACCTTCAGCAAAGAGACGAGACACCTTAGGCTGTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257253	GGGCATCCGCTGTCACCTTCAGCAAAGAGACGAGACACCTTAGGCTGTAG	257302

CT027568.16	651	ACCTTCAAGGATGTCGGAGATTTTAGAAGTGGGGCTCCTTCCTCCGTTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257303	ACCTTCAAGGATGTCGGAGATTTTAGAAGTGGGGCTCCTTCCTCCGTTGT	257352

CT027568.16	701	CCAGATCCCCAGCTTGTGTTTGTTGTCGGGACTTTTGCAGTTTAACTTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257353	CCAGATCCCCAGCTTGTGTTTGTTGTCGGGACTTTTGCAGTTTAACTTTT	257402

CT027568.16	751	CTTTTCTCTAGACTTCTCTGCTTCCACCTCCGGAGTTCTATGACAGCTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257403	CTTTTCTCTAGACTTCTCTGCTTCCACCTCCGGAGTTCTATGACAGCTGT	257452

CT027568.16	801	GCGCTACAAGGTATCCAGCATGTCTGGAAGGCTAGTTCATGTATTCAAAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257453	GCGCTACAAGGTATCCAGCATGTCTGGAAGGCTAGTTCATGTATTCAAAG	257502

CT027568.16	851	GGCCAGGGTCTCGGGGGCCTGGCCTCAATCCTAGAACAGAAACTCTGATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257503	GGCCAGGGTCTCGGGGGCCTGGCCTCAATCCTAGAACAGAAACTCTGATA	257552

CT027568.16	901	AGCTAGGAAGGGCAGGGAGCAGCCTGAGGCCCCAGGCAGTGTGACAGCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257553	AGCTAGGAAGGGCAGGGAGCAGCCTGAGGCCCCAGGCAGTGTGACAGCCA	257602

CT027568.16	951	GCATCTTGTGAAGGACAGGGAACATGGTGGGTACGGGGTCTCTTCCTGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257603	GCATCTTGTGAAGGACAGGGAACATGGTGGGTACGGGGTCTCTTCCTGGA	257652

CT027568.16	1001	TGCTCTGGGCTGGCAGCTGTTCCAGAGCTGCATTTATCATTTTACATTCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257653	TGCTCTGGGCTGGCAGCTGTTCCAGAGCTGCATTTATCATTTTACATTCA	257702

CT027568.16	1051	GATTTTTTGGGTTTTGTGTTGTGTCTTGGTTAAGGTGTCTATTGCCGTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257703	GATTTTTTGGGTTTTGTGTTGTGTCTTGGTTAAGGTGTCTATTGCCGTGA	257752

CT027568.16	1101	TGAAACACCACAACCAAGGAGCGAATTGGGCAGGAAAGGGTTTTCATAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257753	TGAAACACCACAACCAAGGAGCGAATTGGGCAGGAAAGGGTTTTCATAGC	257802

CT027568.16	1151	ATTGTCATCAGAGGAAGTCAAGAGAGGAACCCCAATGGGGCAGGAAGCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257803	ATTGTCATCAGAGGAAGTCAAGAGAGGAACCCCAATGGGGCAGGAAGCTG	257852

CT027568.16	1201	GAGGCAGGAGCTGAGGCTGCGGCCATGGAGGGGTGCTGCTTACTGGCTTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257853	GAGGCAGGAGCTGAGGCTGCGGCCATGGAGGGGTGCTGCTTACTGGCTTA	257902

CT027568.16	1251	CCCCTCACCATGGCTTTCTCAGCCTGATTTCTTAGAGAACTCAGGACCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257903	CCCCTCACCATGGCTTTCTCAGCCTGATTTCTTAGAGAACTCAGGACCAC	257952

CT027568.16	1301	CAGCACAGGGATGACGCCACTCACAGTGGGCTGAGCCCTCCCCCATCAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	257953	CAGCACAGGGATGACGCCACTCACAGTGGGCTGAGCCCTCCCCCATCAAT	258002

CT027568.16	1351	CATTAATGAAGAAAATGGCCAAACGGCTTGCCTACAACCTGATCGTATGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258003	CATTAATGAAGAAAATGGCCAAACGGCTTGCCTACAACCTGATCGTATGG	258052

CT027568.16	1401	AGGCATCTTCATGACAGAGGCCCTCTCCTTTCAGATGACTTTAGCTTGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258053	AGGCATCTTCATGACAGAGGCCCTCTCCTTTCAGATGACTTTAGCTTGTG	258102

CT027568.16	1451	TGAGGTTGGCACAAAACTAAGCAGCACAGTGTGTGTGTGCTGTGAAGGAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258103	TGAGGTTGGCACAAAACTAAGCAGCACAGTGTGTGTGTGCTGTGAAGGAT	258152

CT027568.16	1501	CGGACCCAGGACCTTAGGCACACTTTGGGTACCTCCTGTGGGTGCCCTGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258153	CGGACCCAGGACCTTAGGCACACTTTGGGTACCTCCTGTGGGTGCCCTGC	258202

CT027568.16	1551	CACTGAAGGACACCCCAGGCCCACTCCTTTTGCTTGCCTCCTTACCCAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258203	CACTGAAGGACACCCCAGGCCCACTCCTTTTGCTTGCCTCCTTACCCAGA	258252

CT027568.16	1601	CTGCATCTGAGGTCATTGTTGGGACTGGAGTGGCCATCCTGAAGGTCCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258253	CTGCATCTGAGGTCATTGTTGGGACTGGAGTGGCCATCCTGAAGGTCCTT	258302

CT027568.16	1651	TTTGCTCTGAGCCCTTCCGCACAATACTTGCCAAATAAAAGAAACCAAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258303	TTTGCTCTGAGCCCTTCCGCACAATACTTGCCAAATAAAAGAAACCAAGA	258352

CT027568.16	1701	AGGCTGGGCTGTTTCCAAGTGACACAACTTCACAATATGCTCAGCAAGGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258353	AGGCTGGGCTGTTTCCAAGTGACACAACTTCACAATATGCTCAGCAAGGC	258402

CT027568.16	1751	AAAGGTCCAGGAAGCCAAAGGCAGTCAGGACCGGGTGTCCTTTATATGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258403	AAAGGTCCAGGAAGCCAAAGGCAGTCAGGACCGGGTGTCCTTTATATGGA	258452

CT027568.16	1801	CGGACCTAAGGGACCAGCGCTGCAGCTCTGTGCAAGGTACTTGCTTAGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258453	CGGACCTAAGGGACCAGCGCTGCAGCTCTGTGCAAGGTACTTGCTTAGGA	258502

CT027568.16	1851	TGCGAGAGGTCCTGTGTTCCACTCCCAGCAATCCTCAAAAACCACTTTAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258503	TGCGAGAGGTCCTGTGTTCCACTCCCAGCAATCCTCAAAAACCACTTTAA	258552

CT027568.16	1901	AATCCCAGAGGAACAGGTATGGTGGCATACATATTTAGTCCGCAGCTTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258553	AATCCCAGAGGAACAGGTATGGTGGCATACATATTTAGTCCGCAGCTTTC	258602

CT027568.16	1951	AGGAGGCAGAGGTGGGCAGAGTTTGAGCTAGCCTGGTCTATATAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010485.17	258603	AGGAGGCAGAGGTGGGCAGAGTTTGAGCTAGCCTGGTCTATATAGAATTC	258652

Overview

Query
CT027568.16 - 90722 bps
Hit
CT010485.17 - 258652 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link