<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1318 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR940311.11	1	AAGCTTGGTTTTGGGATGCCCGGGCTCGCTTAGATTGCACTCTGGCATTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112083	AAGCTTGGTTTTGGGATGCCCGGGCTCGCTTAGATTGCACTCTGGCATTA	112132

CR940311.11	51	GAATCTGGCAAATTAAAAAAAAAATTAAAACCAAACAACCTTAGAACTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112133	GAATCTGGCAAATTAAAAAAAAAATTAAAACCAAACAACCTTAGAACTAA	112182

CR940311.11	101	CCAAGTAGTAACGCATCACTCTCTCTTGTATGGAATATAAGCAAAAAAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112183	CCAAGTAGTAACGCATCACTCTCTCTTGTATGGAATATAAGCAAAAAAAG	112232

CR940311.11	151	TGCTCATTTATTCTGCCGTTTCAAATGTAAATAAATTTAACTATTTCAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112233	TGCTCATTTATTCTGCCGTTTCAAATGTAAATAAATTTAACTATTTCAAT	112282

CR940311.11	201	ATTTAATAAGGTAGTTTCTAAAATACCCCTACATTAATATATGTTTTATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112283	ATTTAATAAGGTAGTTTCTAAAATACCCCTACATTAATATATGTTTTATT	112332

CR940311.11	251	TTCCATTGACTCTAAAAGTTTAATAAAATAAGTTCATATGCAGGACAATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112333	TTCCATTGACTCTAAAAGTTTAATAAAATAAGTTCATATGCAGGACAATA	112382

CR940311.11	301	TAAAAAATGCACGTATTTTTTTATGAGAACAAGATTAGCTGGATTTAACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112383	TAAAAAATGCACGTATTTTTTTATGAGAACAAGATTAGCTGGATTTAACT	112432

CR940311.11	351	AAATTTCTTGATAAAACCCTGCTTGGATAAACAACTTAATTAAGCTTAAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112433	AAATTTCTTGATAAAACCCTGCTTGGATAAACAACTTAATTAAGCTTAAG	112482

CR940311.11	401	CATAAACAGATTCCTACTGCTTTAAGCTGATTTTTATAAACTTTCTTGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112483	CATAAACAGATTCCTACTGCTTTAAGCTGATTTTTATAAACTTTCTTGTA	112532

CR940311.11	451	GAGTTTATGAAGAAAAGCTGAAAACTGCATATGGACATATCATAAGCTGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112533	GAGTTTATGAAGAAAAGCTGAAAACTGCATATGGACATATCATAAGCTGT	112582

CR940311.11	501	TTATATAAGCTATCTCAAGCAGTCTCATAGATACTTATGCTAGTAAACAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112583	TTATATAAGCTATCTCAAGCAGTCTCATAGATACTTATGCTAGTAAACAA	112632

CR940311.11	551	GCTCAAATAAACTAATCAAAACAGCCCTGAGTATGAGATTAAGTTAATTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112633	GCTCAAATAAACTAATCAAAACAGCCCTGAGTATGAGATTAAGTTAATTC	112682

CR940311.11	601	GCTTATAATCCAAACCTGAGCGTGAAACGTCAAATAGTCTCAAACAGACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112683	GCTTATAATCCAAACCTGAGCGTGAAACGTCAAATAGTCTCAAACAGACA	112732

CR940311.11	651	CTTAAGCTAGTAGATAAGCTCAAATAAACTAATCAAAACAGCCCCAAAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112733	CTTAAGCTAGTAGATAAGCTCAAATAAACTAATCAAAACAGCCCCAAAGC	112782

CR940311.11	701	ATGAGATTAGATACTTTTGCTTATAACCCACACCAGAGTGAGTACTATGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112783	ATGAGATTAGATACTTTTGCTTATAACCCACACCAGAGTGAGTACTATGT	112832

CR940311.11	751	CGTATGAAATGTCAAAAAATGGTCTAGCTTATCATATCCTATGAAGCACG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112833	CGTATGAAATGTCAAAAAATGGTCTAGCTTATCATATCCTATGAAGCACG	112882

CR940311.11	801	GACACTCTTTGGATTAGGCATATCCGGGAGTCGGGACATGTATCGTGTCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112883	GACACTCTTTGGATTAGGCATATCCGGGAGTCGGGACATGTATCGTGTCC	112932

CR940311.11	851	GACACCAACACATATTCTCAAATTGTGTTGGCGTGTCGGTGTCCAGTATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112933	GACACCAACACATATTCTCAAATTGTGTTGGCGTGTCGGTGTCCAGTATC	112982

CR940311.11	901	CGTGTCCATGTACGTGCTTCACAAATCATATCCTATCTTATGAGCCTGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	112983	CGTGTCCATGTACGTGCTTCACAAATCATATCCTATCTTATGAGCCTGTT	113032

CR940311.11	951	TGTCAAACTAAAATACAATGTGATATCAACATATTAAATTAAATTAAATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	113033	TGTCAAACTAAAATACAATGTGATATCAACATATTAAATTAAATTAAATT	113082

CR940311.11	1001	GAACATAGATATAGAGCTCGTTTGGAGATTGATTTATTTGAGTTTATCCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	113083	GAACATAGATATAGAGCTCGTTTGGAGATTGATTTATTTGAGTTTATCCA	113132

CR940311.11	1051	CTGCCATAAGTTTCCTGGGACTATTCAGAAAAACTTAACATTGCCCATAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	113133	CTGCCATAAGTTTCCTGGGACTATTCAGAAAAACTTAACATTGCCCATAA	113182

CR940311.11	1101	GCTGTTTTCACCTTATTTTCATTCTTCTCCAATATAGCTTAACAACTAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	113183	GCTGTTTTCACCTTATTTTCATTCTTCTCCAATATAGCTTAACAACTAAT	113232

CR940311.11	1151	AACTTATACGTAAACTATTCAACCTTATTTTATCTCGTGTAGTGTTAGAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	113233	AACTTATACGTAAACTATTCAACCTTATTTTATCTCGTGTAGTGTTAGAC	113282

CR940311.11	1201	ACAGACCTCTTCAATCAGAAGTGTCGGTGCTACAGATAGAGAGAGAGAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	113283	ACAGACCTCTTCAATCAGAAGTGTCGGTGCTACAGATAGAGAGAGAGAAT	113332

CR940311.11	1251	GAATGACCTTGAGGAGCAAGATAAATTCTTTGAATATCACCGAATTGCGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010481.8	113333	GAATGACCTTGAGGAGCAAGATAAATTCTTTGAATATCACCGAATTGCGA	113382

CR940311.11	1301	AAGAAGTTGACGAAGCTT	1318
			||||||||||||||||||
CT010481.8	113383	AAGAAGTTGACGAAGCTT	113400

Overview

Query
CR940311.11 - 122868 bps
Hit
CT010481.8 - 113400 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1318 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100126313181131811120831134001
290.781912825506055341-1531055911
390.221522275483955065-1566758911
481.54352942114410115351115986169331
590.7467108115522115629120365204721
694.8346586544065497121844219011
790.98961337253072662157561576931
890.22871287648476611157561576931
Short-link