<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936849.22	1	GAATTCAGATAGGGAGCCAGCTTAGAATGAGTTTATATGTGAATGTTAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89206	GAATTCAGATAGGGAGCCAGCTTAGAATGAGTTTATATGTGAATGTTAGA	89255

CR936849.22	51	TGTCTCTGCTTCTCTGACCTTCCAGTTTCCTTTCCAGGTCACTGCACAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89256	TGTCTCTGCTTCTCTGACCTTCCAGTTTCCTTTCCAGGTCACTGCACAAA	89305

CR936849.22	101	GGAGAGAGGTCATAGTCACCTTCTGTCCTGAAGAGAGAATGGATTTCATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89306	GGAGAGAGGTCATAGTCACCTTCTGTCCTGAAGAGAGAATGGATTTCATT	89355

CR936849.22	151	CCGGTCTCGAATTCTCTTCCTAAATGCTCTCATATTTCCTTAAGGCCAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89356	CCGGTCTCGAATTCTCTTCCTAAATGCTCTCATATTTCCTTAAGGCCAAA	89405

CR936849.22	201	TGTTTTAATTAGAAAATGGAATGAAAGGCGTTTTTATTAGTTAATTAATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89406	TGTTTTAATTAGAAAATGGAATGAAAGGCGTTTTTATTAGTTAATTAATT	89455

CR936849.22	251	TTGCCCTAGTTGATCTTTTGAAACTCCTCAATCTCAAATTTCAGTGGAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89456	TTGCCCTAGTTGATCTTTTGAAACTCCTCAATCTCAAATTTCAGTGGAGA	89505

CR936849.22	301	GAGAAGAACCCAGAGTATCAGGGAAGAGAAGTTAGCACTATTGGGGGATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89506	GAGAAGAACCCAGAGTATCAGGGAAGAGAAGTTAGCACTATTGGGGGATG	89555

CR936849.22	351	GTAGGAGGACTCATGCTGGATTTCACACTAGATTTCTATATGCTGCATCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89556	GTAGGAGGACTCATGCTGGATTTCACACTAGATTTCTATATGCTGCATCC	89605

CR936849.22	401	ATTTGATGGCTTGTCATCAGGCTGATGTTTTCAGAGCTAAAACAGCTCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89606	ATTTGATGGCTTGTCATCAGGCTGATGTTTTCAGAGCTAAAACAGCTCCT	89655

CR936849.22	451	TAGAGTCTCATTTGTTGACTCCACCTTTGGGCCTTGATGCTTTTCAAAGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89656	TAGAGTCTCATTTGTTGACTCCACCTTTGGGCCTTGATGCTTTTCAAAGC	89705

CR936849.22	501	AAATGGTGTAAGCTGCTTCCCATGAAGTCAATACATGGAATTTTTGTGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89706	AAATGGTGTAAGCTGCTTCCCATGAAGTCAATACATGGAATTTTTGTGTT	89755

CR936849.22	551	GAAACCACACATCTTTCAATACAAACCTCATAGTAGGTCATTCTACACAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89756	GAAACCACACATCTTTCAATACAAACCTCATAGTAGGTCATTCTACACAT	89805

CR936849.22	601	CCGAATGTGCTGGTATCCAAAACAGTCCATCCATGCTAGGCTAAGTAAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89806	CCGAATGTGCTGGTATCCAAAACAGTCCATCCATGCTAGGCTAAGTAAGA	89855

CR936849.22	651	CCACAGGTGTGTCACCACAATATACCTTCTCATTGTACAAGGCCTGAGAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89856	CCACAGGTGTGTCACCACAATATACCTTCTCATTGTACAAGGCCTGAGAT	89905

CR936849.22	701	GTTCCTTTGTAATATTGGCCTTCAAGTGTTGTTTGTTATGGCTCAATGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89906	GTTCCTTTGTAATATTGGCCTTCAAGTGTTGTTTGTTATGGCTCAATGAG	89955

CR936849.22	751	GAGGATATCAATATTTCAGAATAAGAACATTCCTGCATTCAGATCACACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	89956	GAGGATATCAATATTTCAGAATAAGAACATTCCTGCATTCAGATCACACA	90005

CR936849.22	801	AAGTAGAGGTTTGAGTGTATTTTAATGCAGTATGAGAGAGTGTACTTTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90006	AAGTAGAGGTTTGAGTGTATTTTAATGCAGTATGAGAGAGTGTACTTTAA	90055

CR936849.22	851	TGCAGTATGAGAGAGTTTGTAATGGTATCAGTTAGGGAACCGAATACCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90056	TGCAGTATGAGAGAGTTTGTAATGGTATCAGTTAGGGAACCGAATACCAG	90105

CR936849.22	901	AGTTGGAGCACTGCCCATTCATTTAATAATCACTTAACTCTGATACCTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90106	AGTTGGAGCACTGCCCATTCATTTAATAATCACTTAACTCTGATACCTTT	90155

CR936849.22	951	TACTCCATTTCTGGATAATTTTTCTAACAGTCAATCCTGAGCAGATATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90156	TACTCCATTTCTGGATAATTTTTCTAACAGTCAATCCTGAGCAGATATCA	90205

CR936849.22	1001	GCTTAAAGGGACTTTTCTTTTAGGTGCCAGTGCTTCTTCATTCAGGGACT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90206	GCTTAAAGGGACTTTTCTTTTAGGTGCCAGTGCTTCTTCATTCAGGGACT	90255

CR936849.22	1051	GTGATGATTGGTTTTTATCAGATCGACACAAACCTAGGTCTATCTGGGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90256	GTGATGATTGGTTTTTATCAGATCGACACAAACCTAGGTCTATCTGGGAA	90305

CR936849.22	1101	GAGTGGTCTTTACTGAAAGAATGCCTCCATAAGATTGGCCTAGAGATGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90306	GAGTGGTCTTTACTGAAAGAATGCCTCCATAAGATTGGCCTAGAGATGAG	90355

CR936849.22	1151	TCTGTATAGTTACCTTGGTTAATGACTGATATGGAAGGGCCCTACCCATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90356	TCTGTATAGTTACCTTGGTTAATGACTGATATGGAAGGGCCCTACCCATT	90405

CR936849.22	1201	GTGTGAGTGGTATCATCCCTGGCAGATGGTCCAGGATGGTATAGAAAAGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90406	GTGTGAGTGGTATCATCCCTGGCAGATGGTCCAGGATGGTATAGAAAAGC	90455

CR936849.22	1251	AGGATGAGCAAGCCATGAGGAGCCAGTAAACAGAATTCCTCCTTGGCCTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90456	AGGATGAGCAAGCCATGAGGAGCCAGTAAACAGAATTCCTCCTTGGCCTC	90505

CR936849.22	1301	TGCATTGGTTCTTGCCTCTGGGTTGCTGCCTTGAGTTCCTGCCCCGGCTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90506	TGCATTGGTTCTTGCCTCTGGGTTGCTGCCTTGAGTTCCTGCCCCGGCTT	90555

CR936849.22	1351	CCCTGAATGATAGACTATGATCTGTAGGATGAAGTAAATCCTTTCCTCCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90556	CCCTGAATGATAGACTATGATCTGTAGGATGAAGTAAATCCTTTCCTCCC	90605

CR936849.22	1401	TAAGATGCTTTTGGTCATGGTGTTTATCACTGCAGTAGAAACTAATTAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90606	TAAGATGCTTTTGGTCATGGTGTTTATCACTGCAGTAGAAACTAATTAAG	90655

CR936849.22	1451	AGAGGTAGTCAACCTTTTCCTAACACATGTGATGCTAGTGCATTTAGACG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90656	AGAGGTAGTCAACCTTTTCCTAACACATGTGATGCTAGTGCATTTAGACG	90705

CR936849.22	1501	AGGAGGAAGCCACATTATAGAATCTGTTTAATAGTGATTGTTAAATCTAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90706	AGGAGGAAGCCACATTATAGAATCTGTTTAATAGTGATTGTTAAATCTAT	90755

CR936849.22	1551	TTTACAGAGTATAATCTCTCTAAACTGTTTTGATGGGAATTTCTGAATAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90756	TTTACAGAGTATAATCTCTCTAAACTGTTTTGATGGGAATTTCTGAATAA	90805

CR936849.22	1601	AGCTTATTCTGAAACGTATGAAGTATCATATATAAAGATGAGAATGTTGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90806	AGCTTATTCTGAAACGTATGAAGTATCATATATAAAGATGAGAATGTTGG	90855

CR936849.22	1651	TTCTAAATAGGTCCCAACTCTGTTTGCAAAACAGTCCCCTGTACCTGTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90856	TTCTAAATAGGTCCCAACTCTGTTTGCAAAACAGTCCCCTGTACCTGTTA	90905

CR936849.22	1701	GTCTTCATTCTTTTGCTTGATATATTTTTAGTTACAAAAACAGTACACAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90906	GTCTTCATTCTTTTGCTTGATATATTTTTAGTTACAAAAACAGTACACAT	90955

CR936849.22	1751	CTATCGTCTATTTTGTCTTTGTTTTGGCAATAGGAGATAAAAGGAATGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	90956	CTATCGTCTATTTTGTCTTTGTTTTGGCAATAGGAGATAAAAGGAATGAT	91005

CR936849.22	1801	TGTAATAAAAACAGAAGTCTTTTGAATGTAATTGTATCTAAAAACATCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	91006	TGTAATAAAAACAGAAGTCTTTTGAATGTAATTGTATCTAAAAACATCAT	91055

CR936849.22	1851	TCATAAAGTCACACAACTTGGTGCAAAAAGAAAGAAAACATGATCTTGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	91056	TCATAAAGTCACACAACTTGGTGCAAAAAGAAAGAAAACATGATCTTGCT	91105

CR936849.22	1901	TGTGGAGCCTGTATTATCAAGCCACATTAGCAAGATAATTTTTATCCATC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	91106	TGTGGAGCCTGTATTATCAAGCCACATTAGCAAGATAATTTTTATCCATC	91155

CR936849.22	1951	ATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010461.9	91156	ATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCC	91205

Overview

Query
CR936849.22 - 153083 bps
Hit
CT010461.9 - 91205 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link