<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CT962507.6	57685	AAGCTTGACTTCAAATGATTCAACTGAATCATGGGATTGGATATGAAGTG	57734
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	128491	AAGCTTGACTTCAAATGATTCAACTGAATCATGGGATTGGATATGAAGTG	128442

  CT962507.6	57735	ATTGGAGGCTCGAATATTGGTGTAAAGGACTTTTTAAAGTAAAAATGGAA	57784
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	128441	ATTGGAGGCTCGAATATTGGTGTAAAGGACTTTTTAAAGTAAAAATGGAA	128392

  CT962507.6	57785	TCCAAATTCCTACAGTTACTAATGTTAAGTCTTTGGAGTGCAGGGAAACC	57834
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	128391	TCCAAATTCCTACAGTTACTAATGTTAAGTCTTTGGAGTGCAGGGAAACC	128342

  CT962507.6	57835	ATCAAGTGGAAAGGATGTTAGTCCATCACAGCTACTCCATAAATCAAGAC	57884
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	128341	ATCAAGTGGAAAGGATGTTAGTCCATCACAGCTACTCCATAAATCAAGAC	128292

  CT962507.6	57885	TCACAAGCAATGTGTAATTGCTCCACGTTTCAGCAGGAAGAAAGGATAAA	57934
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	128291	TCACAAGCAATGTGTAATTGCTCCACGTTTCAGCAGGAAGAAAGGATAAA	128242

  CT962507.6	57935	TTCTCACACCTTTTAATACTAAGTGACTGCAAAGAAGTGGGTAGACCATC	57984
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	128241	TTCTCACACCTTTTAATACTAAGTGACTGCAAAGAAGTGGGTAGACCATC	128192

  CT962507.6	57985	TTTGGGAAACACAGTGAGAGATGGAATATCATAGAGTTCCAAGTGTTGAA	58034
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	128191	TTTGGGAAACACAGTGAGAGATGGAATATCATAGAGTTCCAAGTGTTGAA	128142

  CT962507.6	58035	GACAAGTGCTTCTCAAATCATTTTTGGAATAGATAATAGCGTAACACACC	58084
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	128141	GACAAGTGCTTCTCAAATCATTTTTGGAATAGATAATAGCGTAACACACC	128092

  CT962507.6	58085	TACAAATGACTACATGTTGCATCATACATGGAGAGTCACTCCCAAGCAAT	58134
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	128091	TACAAATGACTACATGTTGCATCATACATGGAGAGTCACTCCCAAGCAAT	128042

  CT962507.6	58135	GATAATTGAGTCTTTTCACCAAGCCCATTGATATTACCTTTTTTCAATGA	58184
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	128041	GATAATTGAGTCTTTTCACCAAGCCCATTGATATTACCTTTTTTCAATGA	127992

  CT962507.6	58185	CGACAGCCAATGCAAAGTAGGCGGTGTTTCCAATAGATGAGCACAACCTT	58234
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127991	CGACAGCCAATGCAAAGTAGGCGGTGTTTCCAATAGATGAGCACAACCTT	127942

  CT962507.6	58235	CTATTACAATTTCTTCTATGAAAGAAAGGTGGCAAGGTAAATTCCCCCTC	58284
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127941	CTATTACAATTTCTTCTATGAAAGAAAGGTGGCAAGGTAAATTCCCCCTC	127892

  CT962507.6	58285	AATTCAGAACAATTAAGTATCTTCAGAATTTTAAGACGAGGAAAGGCAAA	58334
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127891	AATTCAGAACAATTAAGTATCTTCAGAATTTTAAGACGAGGAAAGGCAAA	127842

  CT962507.6	58335	ATTGTTTCCTTCAAAGGAAAGCCATTCCTTCCAATTTGGCATGTTGAAAA	58384
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127841	ATTGTTTCCTTCAAAGGAAAGCCATTCCTTCCAATTTGGCATGTTGAAAA	127792

  CT962507.6	58385	ATGTTATACACTCAAGGGAGGGAAATGGTTGGAAGGAAGAATCAGAACCT	58434
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127791	ATGTTATACACTCAAGGGAGGGAAATGGTTGGAAGGAAGAATCAGAACCT	127742

  CT962507.6	58435	TCTTCTACGACACAATAGAACTCTGGGCCAATTTTCTCCAATATTAACAT	58484
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127741	TCTTCTACGACACAATAGAACTCTGGGCCAATTTTCTCCAATATTAACAT	127692

  CT962507.6	58485	ATACCCTATACTTAGGTCTTTGAGAGAAGGTAGTTGCCCTAACGGTGGAA	58534
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127691	ATACCCTATACTTAGGTCTTTGAGAGAAGGTAGTTGCCCTAACGGTGGAA	127642

  CT962507.6	58535	GTGTCACACAATATTCACAGTTAGTGATGTTGATGGATACCATGTTAGAA	58584
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127641	GTGTCACACAATATTCACAGTTAGTGATGTTGATGGATACCATGTTAGAA	127592

  CT962507.6	58585	AACGAAGAATTTCCCAACCAATTTGGAAAGCTTGTCCCGCTATACAAGTC	58634
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127591	AACGAAGAATTTCCCAACCAATTTGGAAAGCTTGTCCCGCTATACAAGTC	127542

  CT962507.6	58635	TATGATTAGTTTCTTCAAGTTTACTGATGGATGCAACATCTCAAGTACAT	58684
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127541	TATGATTAGTTTCTTCAAGTTTACTGATGGATGCAACATCTCAAGTACAT	127492

  CT962507.6	58685	TTTTCTCTTTTTGTGAGTCTTCAATTTGTTTGCCCCATAACAACTCTAAC	58734
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127491	TTTTCTCTTTTTGTGAGTCTTCAATTTGTTTGCCCCATAACAACTCTAAC	127442

  CT962507.6	58735	TCTTCAATTTTCTCTTTGCTTTTCAGGTTGGCATCGTGTGCCTCCGTGGC	58784
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127441	TCTTCAATTTTCTCTTTGCTTTTCAGGTTGGCATCGTGTGCCTCCGTGGC	127392

  CT962507.6	58785	ATCAACTACATTATTTAGGTTCTTGATGGTAAGTTTTCCTTGTAGGTGCG	58834
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127391	ATCAACTACATTATTTAGGTTCTTGATGGTAAGTTTTCCTTGTAGGTGCG	127342

  CT962507.6	58835	AGAATTTCCGAAGCTCTTTGATACTTAACCCTACCTGTAGCTTCCCCACG	58884
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127341	AGAATTTCCGAAGCTCTTTGATACTTAACCCTACCTGTAGCTTCCCCACG	127292

  CT962507.6	58885	ATGAAAACTGTCAATGTTTGAAGGTTTTCTAGTCGTACAATATCCATGGG	58934
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127291	ATGAAAACTGTCAATGTTTGAAGGTTTTCTAGTCGTACAATATCCATGGG	127242

  CT962507.6	58935	CAACTCATTTATGCCAGTCTCACTTATATCAAGGTGATGTAAATTGATTA	58984
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127241	CAACTCATTTATGCCAGTCTCACTTATATCAAGGTGATGTAAATTGATTA	127192

  CT962507.6	58985	AATTTCCCATATTCGCTGGCAATTCACAAAGATCGCAACAACCAAATAAA	59034
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127191	AATTTCCCATATTCGCTGGCAATTCACAAAGATCGCAACAACCAAATAAA	127142

  CT962507.6	59035	ATAAAGGTTTGCAAATTAAAAAGGTTGCATATCGTATCAGGCAAGCTTTT	59084
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127141	ATAAAGGTTTGCAAATTAAAAAGGTTGCATATCGTATCAGGCAAGCTTTT	127092

  CT962507.6	59085	GATTCTAGTTAAGGAGAGATCTAGATACCTCATTTGCACCAAATTGCCAA	59134
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127091	GATTCTAGTTAAGGAGAGATCTAGATACCTCATTTGCACCAAATTGCCAA	127042

  CT962507.6	59135	TTGAATCTGGTAGCTTGGTGATGTTTGTATACTTGGATAGCGATAACACA	59184
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	127041	TTGAATCTGGTAGCTTGGTGATGTTTGTATACTTGGATAGCGATAACACA	126992

  CT962507.6	59185	CGCAACCTTTTGAGTTTTGGTAGCAAATCATCAACCACCTTCATGGATAA	59234
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	126991	CGCAACCTTTTGAGTTTTGGTAGCAAATCATCAACCACCTTCATGGATAA	126942

  CT962507.6	59235	GTGATTTTGGGCCCACCATAAGTAAATGGGTCCGATGTAAATGGGTAGGA	59284
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	126941	GTGATTTTGGGCCCACCATAAGTAAATGGGTCCGATGTAAATGGGTAGGA	126892

  CT962507.6	59285	AGCTTCGCAAGCATTTGAAATTGTAGAAATTCTTCAACTTCATGAAATTG	59334
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	126891	AGCTTCGCAAGCATTTGAAATTGTAGAAATTCTTCAACTTCATGAAATTG	126842

  CT962507.6	59335	TCATACTCCTTTTGGTTATATGACAAATGGCGGATATTTTTAGAAATGTT	59384
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	126841	TCATACTCCTTTTGGTTATATGACAAATGGCGGATATTTTTAGAAATGTT	126792

  CT962507.6	59385	ACCACATTCAAACCTGCAACAACTTTTTCCTGATATGAATGTTGCTAAAT	59434
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	126791	ACCACATTCAAACCTGCAACAACTTTTTCCTGATATGAATGTTGCTAAAT	126742

  CT962507.6	59435	CATTAACAAGGTCATGCATGACATACTTTTCTCCACAAGCATCATCATTT	59484
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	126741	CATTAACAAGGTCATGCATGACATACTTTTCTCCACAAGCATCATCATTT	126692

  CT962507.6	59485	GATTGTTGAATTAACGATCTAGATAACAATTCGACAAAATAATCATCACC	59534
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	126691	GATTGTTGAATTAACGATCTAGATAACAATTCGACAAAATAATCATCACC	126642

  CT962507.6	59535	GACTTCCTCCGCCGTTTTTTCGCCTTGAGAATAATCAAGGAAGCCTTCTG	59584
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	126641	GACTTCCTCCGCCGTTTTTTCGCCTTGAGAATAATCAAGGAAGCCTTCTG	126592

  CT962507.6	59585	CCATCCACAACAAAACCAATTTCTTCCTATCCAGTGGGTAATCTTTTGGG	59634
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	126591	CCATCCACAACAAAACCAATTTCTTCCTATCCAGTGGGTAATCTTTTGGG	126542

  CT962507.6	59635	AAAATAGAACAATAGGCAAAGCATCTTTTTAAATGAGAGGGAAGATATTG	59684
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT010459.8	126541	AAAATAGAACAATAGGCAAAGCATCTTTTTAAATGAGAGGGAAGATATTG	126492

Overview

Query
CT962507.6 - 59684 bps
Hit
CT010459.8 - 128491 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001953200057685596841126492128491-1
292.517324032433482149205163-1
391.3811917435093682149135086-1
493.61354746384684141593416381
595.74384750645110150195065-1
694.916419668617056115732159271
794.916419668617056140841410361
894.916419668617056147511477061
985.5523652670877612115988165051
1085.2523052270877608141097416141
118522552070877606147767482821
1286.717915871377294167916951-1
1387.34821587137729413544435604-1
1478.488223719276195121158818241
1582.811984482886829315156181566301
1683.05858186932329341971125199127078-1
1785.126921391323293371912213921
1887.3462210583232933386158221592811
1976.358529633852341471154918441
2076.01822963385234147159748600431
2187.74188730814018043260156198592821
2281.691384328940782440701125195128491-1
2385.67590108242178432591110821
2479.779825743762440181158818441
2579.77982574376244018159787600431
2694.919711855626557431174918671
2782.941142585700157258156184564431
2880.7293124325725359684156369587951
Short-link