<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573362.4	56250	GAATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAAGCTCTCTCTACAGAG	56299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1	GAATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAAGCTCTCTCTACAGAG	50

CT573362.4	56300	CCCTGGCTGTCCTGAAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCA	56349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	51	CCCTGGCTGTCCTGAAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCA	100

CT573362.4	56350	AAGAGATCTGCCTGCCTCTACCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAACGG	56399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	101	AAGAGATCTGCCTGCCTCTACCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAACGG	150

CT573362.4	56400	TGTGCATCATCACTGCCAGCTTTAAAGGGGGAAGTTTCTAATATTGCAGT	56449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	151	TGTGCATCATCACTGCCAGCTTTAAAGGGGGAAGTTTCTAATATTGCAGT	200

CT573362.4	56450	TTTTCTTGTTCATTGTTATATATACATGCACATGCATTATTCTTTTGTTT	56499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	201	TTTTCTTGTTCATTGTTATATATACATGCACATGCATTATTCTTTTGTTT	250

CT573362.4	56500	TGAGGCTAAGTAGTCCAGGCTGGCCTGAAACTCTTGGTCCTGCTACCTTT	56549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	251	TGAGGCTAAGTAGTCCAGGCTGGCCTGAAACTCTTGGTCCTGCTACCTTT	300

CT573362.4	56550	GTCTCTAGAGTGCCAGAATTTTAGGGGCGTGCCTCCACACCTATCTCACT	56599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	301	GTCTCTAGAGTGCCAGAATTTTAGGGGCGTGCCTCCACACCTATCTCACT	350

CT573362.4	56600	GTGGTATACTTTAACAAAAGTGGTAAATTGTGGGATCAGTCACACAGAAT	56649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	351	GTGGTATACTTTAACAAAAGTGGTAAATTGTGGGATCAGTCACACAGAAT	400

CT573362.4	56650	ACTTAAGTGTTCCATTAAGTGAGCTTTGTCTTCCTGCGTCCTTTGAGGAA	56699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	401	ACTTAAGTGTTCCATTAAGTGAGCTTTGTCTTCCTGCGTCCTTTGAGGAA	450

CT573362.4	56700	CGTCAGCTGTGTTGGAGTCATTGTTTCCATAGCTCAGTTGAAGCTGCTCT	56749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	451	CGTCAGCTGTGTTGGAGTCATTGTTTCCATAGCTCAGTTGAAGCTGCTCT	500

CT573362.4	56750	TGTCAGGACTGAGTTTGCTTTGGATCTGTTAGGGTTATTTATGTTTGTCT	56799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	501	TGTCAGGACTGAGTTTGCTTTGGATCTGTTAGGGTTATTTATGTTTGTCT	550

CT573362.4	56800	CTAAACTACTCTAGTGACCAAGAGGATTGAAGGCCCTGACTAGAAAAGAT	56849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	551	CTAAACTACTCTAGTGACCAAGAGGATTGAAGGCCCTGACTAGAAAAGAT	600

CT573362.4	56850	GGGTCCAGGAGGTGAGAAGCAGTGCTTTCCTAAGGGCGGCTCTGGAGTGT	56899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	601	GGGTCCAGGAGGTGAGAAGCAGTGCTTTCCTAAGGGCGGCTCTGGAGTGT	650

CT573362.4	56900	CCTTTCTAGCAGAGGGGACTGGGCCCTGGGCTGACAGGGAGCTGATGTGG	56949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	651	CCTTTCTAGCAGAGGGGACTGGGCCCTGGGCTGACAGGGAGCTGATGTGG	700

CT573362.4	56950	TGGGAAGATATTGCACTTTATGCGGTAGCTGATCTCCCATTGCAGGGAGG	56999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	701	TGGGAAGATATTGCACTTTATGCGGTAGCTGATCTCCCATTGCAGGGAGG	750

CT573362.4	57000	TGTCTCTTCAAGAACAACCATTAAAACCAGGCAGAGAGATGCATACTTTA	57049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	751	TGTCTCTTCAAGAACAACCATTAAAACCAGGCAGAGAGATGCATACTTTA	800

CT573362.4	57050	AATCTCAGCACTCGGGAGGCAGACGCAGCGTCATGTGGCCCATTTAGGCT	57099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	801	AATCTCAGCACTCGGGAGGCAGACGCAGCGTCATGTGGCCCATTTAGGCT	850

CT573362.4	57100	ATGTAGCAAGACTGTTCGAAAGCCAAAGGGTGGACAATTACTCATGAAAG	57149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	851	ATGTAGCAAGACTGTTCGAAAGCCAAAGGGTGGACAATTACTCATGAAAG	900

CT573362.4	57150	AAACAGACTAAAACTTACAAATCTTTTATTTCTGTTTAGTCTGCTGATTC	57199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	901	AAACAGACTAAAACTTACAAATCTTTTATTTCTGTTTAGTCTGCTGATTC	950

CT573362.4	57200	TGCTAGCTAATATGTATTTTAGTAAAAGCCATCAGCATAATAGAATGAAA	57249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	951	TGCTAGCTAATATGTATTTTAGTAAAAGCCATCAGCATAATAGAATGAAA	1000

CT573362.4	57250	ACAGATTTATAACCAGTAGTTCTTAACAGGGGAGGTGGGGACCAAAAGGC	57299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1001	ACAGATTTATAACCAGTAGTTCTTAACAGGGGAGGTGGGGACCAAAAGGC	1050

CT573362.4	57300	GCCCCCCCCCCCTTGAGCTCTTTGGGAGCAGGGACGAGGTGCTTCTTGTT	57349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1051	GCCCCCCCCCCCTTGAGCTCTTTGGGAGCAGGGACGAGGTGCTTCTTGTT	1100

CT573362.4	57350	CACCACCTTGTTGGAATCCTCAAGTGGTGCTCAACAGAGTGAGTGTTCCA	57399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1101	CACCACCTTGTTGGAATCCTCAAGTGGTGCTCAACAGAGTGAGTGTTCCA	1150

CT573362.4	57400	TAAATACTTATTATGAATGACGAGTTTCTGATTAAATACTTGCAATAATT	57449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1151	TAAATACTTATTATGAATGACGAGTTTCTGATTAAATACTTGCAATAATT	1200

CT573362.4	57450	CACATTTTCCACACTGTGGGGTCAGGTCAAGACCAATTATGTTCATCTAA	57499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1201	CACATTTTCCACACTGTGGGGTCAGGTCAAGACCAATTATGTTCATCTAA	1250

CT573362.4	57500	AGCACATTCGTATTCTCAGCCTTTTCCCTCATTAATGACAATTAAAATGT	57549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1251	AGCACATTCGTATTCTCAGCCTTTTCCCTCATTAATGACAATTAAAATGT	1300

CT573362.4	57550	TTTTAATTTATTTTTTAATGTAATTTATTTGTTTTTATTTCATGTGCATT	57599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1301	TTTTAATTTATTTTTTAATGTAATTTATTTGTTTTTATTTCATGTGCATT	1350

CT573362.4	57600	GGTGTTTTGACCACATGTATGTCTGTGTGAGGGTGTCAGGTCTCCTGGAA	57649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1351	GGTGTTTTGACCACATGTATGTCTGTGTGAGGGTGTCAGGTCTCCTGGAA	1400

CT573362.4	57650	CTGGAGTTACAGATAGCCGGGAGCTGCCATGGACTGGGTTGCTGAGAATT	57699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1401	CTGGAGTTACAGATAGCCGGGAGCTGCCATGGACTGGGTTGCTGAGAATT	1450

CT573362.4	57700	GAACCTGGAACCCCTGGGAGAGCAGCCAGTGCTCTTAGCCACAGAGCCAT	57749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1451	GAACCTGGAACCCCTGGGAGAGCAGCCAGTGCTCTTAGCCACAGAGCCAT	1500

CT573362.4	57750	CTCTCCAGCCCTGAGAATTAAAATTTAACGGATGGATTGTTTTTTAAGAT	57799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1501	CTCTCCAGCCCTGAGAATTAAAATTTAACGGATGGATTGTTTTTTAAGAT	1550

CT573362.4	57800	GTGGATGTTAACATATTAAAAAAAATATATAAATGTCTTGTTTTTCATTT	57849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1551	GTGGATGTTAACATATTAAAAAAAATATATAAATGTCTTGTTTTTCATTT	1600

CT573362.4	57850	TGTTTTGTTTTCTGTTGAATCCTGTGATTTAGAATGGTTTTGTGTATTTC	57899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1601	TGTTTTGTTTTCTGTTGAATCCTGTGATTTAGAATGGTTTTGTGTATTTC	1650

CT573362.4	57900	TTAAATATTTTCTCTGTACTTACAAATATATATGGTTTTTGTTGTTGTTG	57949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1651	TTAAATATTTTCTCTGTACTTACAAATATATATGGTTTTTGTTGTTGTTG	1700

CT573362.4	57950	TTTTCAAAACAGTACTTTAATGCAAGTATGTATATTATTCTGTGATAATA	57999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1701	TTTTCAAAACAGTACTTTAATGCAAGTATGTATATTATTCTGTGATAATA	1750

CT573362.4	58000	GTGGTCAAGCCAAAGGTCTCGTATGTTCAGCAAGTACTCCATCACTGAAC	58049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1751	GTGGTCAAGCCAAAGGTCTCGTATGTTCAGCAAGTACTCCATCACTGAAC	1800

CT573362.4	58050	TATATTCTTCACCCTTAGGAGAGTTAGGTTCTGTTCTGTAAGTTGCTCTT	58099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1801	TATATTCTTCACCCTTAGGAGAGTTAGGTTCTGTTCTGTAAGTTGCTCTT	1850

CT573362.4	58100	TTTCTTTAATGTCATTCTTAAACATCTTTCCTCATCAATAACTTTATAAC	58149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1851	TTTCTTTAATGTCATTCTTAAACATCTTTCCTCATCAATAACTTTATAAC	1900

CT573362.4	58150	TGTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTG	58199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1901	TGTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTG	1950

CT573362.4	58200	TATATCCCTGACTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGA	58249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT010441.11	1951	TATATCCCTGACTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGA	2000

Overview

Query
CT573362.4 - 58249 bps
Hit
CT010441.11 - 235642 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link