<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 650 bps

Full alignment

CT027995.2	1	GAGTTCATTACAGAAAAAAGATTATCATCAACTTTACTACTTAACCAACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	160931	GAGTTCATTACAGAAAAAAGATTATCATCAACTTTACTACTTAACCAACT	160980

CT027995.2	51	CTAGCAGCTTCCTAGCACCTCCAGGACAAAATCTAAACTCCTTTATTTAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	160981	CTAGCAGCTTCCTAGCACCTCCAGGACAAAATCTAAACTCCTTTATTTAG	161030

CT027995.2	101	CTTTTAAAGCTCTTAATAAGCTGGTCACAACCTATCTTTCCAACCTCATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161031	CTTTTAAAGCTCTTAATAAGCTGGTCACAACCTATCTTTCCAACCTCATT	161080

CT027995.2	151	GGACATTCCTCTCTCACACATATTCTTTAATCTAGCCAAATTGCCCTTTT	200
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
CT009770.1	161081	GGACATTCCTCTCTCACACATATTCTTTAATCTAGCCAAACTGCCCTTTT	161130

CT027995.2	201	CTCTGTTCCTCACCTATAGCATTCCAACTCCTTTGCAATGGCCAGTCCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161131	CTCTGTTCCTCACCTATAGCATTCCAACTCCTTTGCAATGGCCAGTCCCC	161180

CT027995.2	251	ACACCTGGAGGCCTCCTTATATCCACCTCTCAGAGATCTTCTCTACCTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161181	ACACCTGGAGGCCTCCTTATATCCACCTCTCAGAGATCTTCTCTACCTTT	161230

CT027995.2	301	AACTTGCTGCTCATGCACTATCTTCTGCATAAATTCTATCCTAATACCTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161231	AACTTGCTGCTCATGCACTATCTTCTGCATAAATTCTATCCTAATACCTC	161280

CT027995.2	351	CTGTTGCTAGTGCTTTTTCTCCCAAAACTCCATGCATTTAAATACTTTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161281	CTGTTGCTAGTGCTTTTTCTCCCAAAACTCCATGCATTTAAATACTTTGT	161330

CT027995.2	401	ATATTGTGTGTGTGTGTATGTATATGTATATATACTTTCCATTATCTTTT	450
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161331	ATATTGTGTGTGTGTATATGTATATGTATATATACTTTCCATTATCTTTT	161380

CT027995.2	451	CTCTTCCCTCCTTCTTTCCTTCCTTCCTTCTTCCCAATGTGCTAGATGTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161381	CTCTTCCCTCCTTCTTTCCTTCCTTCCTTCTTCCCAATGTGCTAGATGTT	161430

CT027995.2	501	GAGGATACAAATACAAAAATTAAACATTCTACTCCAAAGTGAGCTTATAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161431	GAGGATACAAATACAAAAATTAAACATTCTACTCCAAAGTGAGCTTATAT	161480

CT027995.2	551	TTCTAATGAAGAAGACATTATATATATATATATATATATATACATACATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||                    
CT009770.1	161481	TTCTAATGAAGAAGACATTATATATATATA--------------------	161510

CT027995.2	601	TCTGAGCTTGTATTTCTAATGAAGAAGACATTATCTATATATACATCTGT	650
			                                           |||||||
CT009770.1	161511	-------------------------------------------CATCTGT	161517

CT027995.2	651	ATAGAGAAGGAAAGTATGTATATAAGATAATGTCTCCTTCATTAAAAATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161518	ATAGAGAAGGAAAGTATGTATATAAGATAATGTCTCCTTCATTAAAAATA	161567

CT027995.2	701	TAAGCTCACTTTGGAGTAGAATGTTTAATTTTTGTATTTGTATCCTCAAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161568	TAAGCTCACTTTGGAGTAGAATGTTTAATTTTTGTATTTGTATCCTCAAC	161617

CT027995.2	751	ATCTAGCACACTGGGAAGAAGGAAGGAAGGAAAGAAGGAGGGAGGAGGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161618	ATCTAGCACACTGGGAAGAAGGAAGGAAGGAAAGAAGGAGGGAGGAGGAA	161667

CT027995.2	801	AGATGAAAGAAAGTGAAGAAAGAAGAGAGGGAAAGAAAGAGGGAGGAAGG	850
			||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
CT009770.1	161668	AGACGAAAGAAAGTGAAGAAAGAAGGGAGGGAAGGAAAGAGGGAGGAAGG	161717

CT027995.2	851	AGGGAAGAAAGGAACAATGAAGGAAATAAAAGTGGAGGGAGGGAGGGGGA	900
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161718	AGGGAAGAAAGGAACAATGAAGGAAAGAAAAGTGGAGGGAGGGAGGGGGA	161767

CT027995.2	901	GAGAAAGAAAGAAGGAAGGAAAAAGAAAGAAGAAAGATCTATTAAGTGCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161768	GAGAAAGAAAGAAGGAAGGAAAAAGAAAGAAGAAAGATCTATTAAGTGCC	161817

CT027995.2	951	CTCTATATGCCAGGCATTGTACTGAGCGCTTAATAAATACCCTTTGATTA	1000
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161818	CACTATATGCCAGGCATTGTACTGAGCGCTTAATAAATACCCTTTGATTA	161867

CT027995.2	1001	ATCCTTAACCTAAAAAAAAACTTCTGTTTAGAAATGGCAAAGCTCATAAA	1050
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161868	ATCCTTAACCTAAAAAAAACCTTCTGTTTAGAAATGGCAAAGCTCATAAA	161917

CT027995.2	1051	ACATATGACAAAGATACAATCAGCTGGAAAGCATCATAAA-TCTAACTCC	1099
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
CT009770.1	161918	ACATATGACAAAGATACAATCAGCTGGAAAGCATCATAAAATCTAACTCC	161967

CT027995.2	1100	AGTCATCATTATTATTATTCAATAGTTCACATTTGTATTTTAATTCTTGT	1149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161968	AGTCATCATTATTATTATTCAATAGTTCACATTTGTATTTTAATTCTTGT	162017

CT027995.2	1150	AAAGTGCTTTCCTCACAATAACTCTGTGGTGGGGATTGTAAGGGAAAGTG	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162018	AAAGTGCTTTCCTCACAATAACTCTGTGGTGGGGATTGTAAGGGAAAGTG	162067

CT027995.2	1200	TATACGAGTATAATTATTTCCATTTTAAAAATGAATAACATGATGCCATA	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162068	TATACGAGTATAATTATTTCCATTTTAAAAATGAATAACATGATGCCATA	162117

CT027995.2	1250	AAAGGTAATTTAATGTGCCAGCAAACATGTAGTATATAGCTATAGCTAAG	1299
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162118	AAAGGTAATTTAATGTTCCAGCAAACATGTAGTATATAGCTATAGCTAAG	162167

CT027995.2	1300	CAACACAGTACTCAGAACATACTTTAATGAACATTTTAAATAAATTATTG	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162168	CAACACAGTACTCAGAACATACTTTAATGAACATTTTAAATAAATTATTG	162217

CT027995.2	1350	CTGAATTCCAGAAAATATAACACTCAAAAAACAATTTTGAAAAGTGAATG	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162218	CTGAATTCCAGAAAATATAACACTCAAAAAACAATTTTGAAAAGTGAATG	162267

CT027995.2	1400	ATGGATCAGCCAATTCTCATTTTTGTAACTAAAAGAACCAAGGGAGTCCC	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162268	ATGGATCAGCCAATTCTCATTTTTGTAACTAAAAGAACCAAGGGAGTCCC	162317

CT027995.2	1450	AGGAATAATGTGATCCTCATCACCATCACTACACTTGGTTCCATAATACC	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162318	AGGAATAATGTGATCCTCATCACCATCACTACACTTGGTTCCATAATACC	162367

CT027995.2	1500	TTAAGATTCAGAAAGCACTTTTTTTTGCAATCACAGAATATTACAGAACT	1549
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162368	TTAAGATTCAGAAAGCACTTTTTTT-GCAATCACAGAATATTACAGAACT	162416

CT027995.2	1550	TAGAATAAGAAGGGCCCTTAGAGGGCACCTAATGAATGTGGTTCCCAACT	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162417	TAGAATAAGAAGGGCCCTTAGAGGGCACCTAATGAATGTGGTTCCCAACT	162466

CT027995.2	1600	TGCTTCAGTGCCCATGATCCTATACTTTCAGTAATCCTTCCTATACCCCC	1649
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162467	TGCTTCAGTGCCCATGATCCTATACTTCCAGTAATCCTTCCTATACCCCC	162516

CT027995.2	1650	TATTCCATATGAAAGAAAATAAATTCCAGAGCTTAGAATTCATGTGCATA	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162517	TATTCCATATGAAAGAAAATAAATTCCAGAGCTTAGAATTCATGTGCATA	162566

CT027995.2	1700	ACCAAAATAAAGAGATTAATTTAATTAGGTATATCACATTTTAATTATCA	1749
			  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162567	CACAAAATAAAGAGATTAATTTAATTAAGTATATCACATTTTAATTATCA	162616

CT027995.2	1750	TGAAGTTGTTAAATGTTTACCAGAACAGTCAAATAAATTAGAGACCCTTG	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162617	TGAAGTTGTTAAATGTTTACCAGAACAGTCAAATAAATTAGAGACCCTTG	162666

CT027995.2	1800	ATTGTGTTTCTTGTCAATGAACAGTTTTGTTCTTTATTTACAGCTGTTGA	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162667	ATTGTGTTTCTTGTCAATGAACAGTTTTGTTCTTTATTTACAGCTGTTGA	162716

CT027995.2	1850	AAAAATACCCACATATCATGTTCAGTCTCTAATTTCTTTCTTGTTTTGGA	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162717	AAAAATACCCACATATCATGTTCAGTCTCTAATTTCTTTCTTGTTTTGGA	162766

CT027995.2	1900	TTTGCTTAAGAACAGGACTGAGAATCCTGATTCACCAAGATAATTTGATA	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162767	TTTGCTTAAGAACAGGACTGAGAATCCTGATTCACCAAGATAATTTGATA	162816

CT027995.2	1950	TAAAGATAATTATAATCTTGTGAGCACATTTAGTAAGAATGAGACAAGCT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162817	TAAAGATAATTATAATCTTGTGAGCACATTTAGTAAGAATGAGACAAGCT	162866

CT027995.2	2000	T	2000
			|
CT009770.1	162867	T	162867

Compact alignment

skip 150 bps 100% identity alignment

CT027995.2	151	GGACATTCCTCTCTCACACATATTCTTTAATCTAGCCAAATTGCCCTTTT	200
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
CT009770.1	161081	GGACATTCCTCTCTCACACATATTCTTTAATCTAGCCAAACTGCCCTTTT	161130

skip 200 bps 100% identity alignment

CT027995.2	401	ATATTGTGTGTGTGTGTATGTATATGTATATATACTTTCCATTATCTTTT	450
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161331	ATATTGTGTGTGTGTATATGTATATGTATATATACTTTCCATTATCTTTT	161380

skip 100 bps 100% identity alignment

CT027995.2	551	TTCTAATGAAGAAGACATTATATATATATATATATATATATACATACATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||                    
CT009770.1	161481	TTCTAATGAAGAAGACATTATATATATATA--------------------	161510

CT027995.2	601	TCTGAGCTTGTATTTCTAATGAAGAAGACATTATCTATATATACATCTGT	650
			                                           |||||||
CT009770.1	161511	-------------------------------------------CATCTGT	161517

skip 150 bps 100% identity alignment

CT027995.2	801	AGATGAAAGAAAGTGAAGAAAGAAGAGAGGGAAAGAAAGAGGGAGGAAGG	850
			||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
CT009770.1	161668	AGACGAAAGAAAGTGAAGAAAGAAGGGAGGGAAGGAAAGAGGGAGGAAGG	161717

CT027995.2	851	AGGGAAGAAAGGAACAATGAAGGAAATAAAAGTGGAGGGAGGGAGGGGGA	900
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161718	AGGGAAGAAAGGAACAATGAAGGAAAGAAAAGTGGAGGGAGGGAGGGGGA	161767

skip 50 bps 100% identity alignment

CT027995.2	951	CTCTATATGCCAGGCATTGTACTGAGCGCTTAATAAATACCCTTTGATTA	1000
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161818	CACTATATGCCAGGCATTGTACTGAGCGCTTAATAAATACCCTTTGATTA	161867

CT027995.2	1001	ATCCTTAACCTAAAAAAAAACTTCTGTTTAGAAATGGCAAAGCTCATAAA	1050
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	161868	ATCCTTAACCTAAAAAAAACCTTCTGTTTAGAAATGGCAAAGCTCATAAA	161917

CT027995.2	1051	ACATATGACAAAGATACAATCAGCTGGAAAGCATCATAAA-TCTAACTCC	1099
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
CT009770.1	161918	ACATATGACAAAGATACAATCAGCTGGAAAGCATCATAAAATCTAACTCC	161967

skip 150 bps 100% identity alignment

CT027995.2	1250	AAAGGTAATTTAATGTGCCAGCAAACATGTAGTATATAGCTATAGCTAAG	1299
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162118	AAAGGTAATTTAATGTTCCAGCAAACATGTAGTATATAGCTATAGCTAAG	162167

skip 200 bps 100% identity alignment

CT027995.2	1500	TTAAGATTCAGAAAGCACTTTTTTTTGCAATCACAGAATATTACAGAACT	1549
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162368	TTAAGATTCAGAAAGCACTTTTTTT-GCAATCACAGAATATTACAGAACT	162416

skip 50 bps 100% identity alignment

CT027995.2	1600	TGCTTCAGTGCCCATGATCCTATACTTTCAGTAATCCTTCCTATACCCCC	1649
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162467	TGCTTCAGTGCCCATGATCCTATACTTCCAGTAATCCTTCCTATACCCCC	162516

skip 50 bps 100% identity alignment

CT027995.2	1700	ACCAAAATAAAGAGATTAATTTAATTAGGTATATCACATTTTAATTATCA	1749
			  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CT009770.1	162567	CACAAAATAAAGAGATTAATTTAATTAAGTATATCACATTTTAATTATCA	162616

skip 251 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT027995.2 - 35123 bps
Hit
CT009770.1 - 162867 bps
Total alignments
14
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
195.98175020001200011609311628671
293.13116515561277314328-1415751
396.94379789159011173561736581
495.9636993321033308173565736631
5100367589248998-174583746571
610036743320933282-174583746561
785.04111321171277314889-183476856341
876.0545819621837120332183612856111
977.822779081857719484185629865341
1077.06501751798518159191324914931
1186.453085861431314898-191522921041
1285.752084391837118809191663921041
1384.7102421171278214898-11225731247101
1473.62159370445814-11613641616701
Short-link