<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974467.8	1	GATCCGGTGTTGCCATGAGCTGCGGTGTAGGTCGCAGACACGGCTTGGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36081	GATCCGGTGTTGCCATGAGCTGCGGTGTAGGTCGCAGACACGGCTTGGAT	36130

CR974467.8	51	CTGGTGTGGCTGTGGCTGTGTCCTAGGCCAGTAGCTGCAGCTCCTAATTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36131	CTGGTGTGGCTGTGGCTGTGTCCTAGGCCAGTAGCTGCAGCTCCTAATTG	36180

CR974467.8	101	ACCACTAGCCTGGAACTTCCATATGCTGCGGGGGTGGCCCTAAAAAGAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36181	ACCACTAGCCTGGAACTTCCATATGCTGCGGGGGTGGCCCTAAAAAGAAA	36230

CR974467.8	151	AAAAGTCTCAAGGAAGGTATGTTATCTTTTTGATCTTTTTGTTATTCTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36231	AAAAGTCTCAAGGAAGGTATGTTATCTTTTTGATCTTTTTGTTATTCTTT	36280

CR974467.8	201	TTGTAACACATGCACCCCACTGCTCATTGCAGCATTGTTTACAACAGCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36281	TTGTAACACATGCACCCCACTGCTCATTGCAGCATTGTTTACAACAGCCA	36330

CR974467.8	251	AGACACGGAAGCGTCCTAAATGCCCATGGACAGAGGAATGGATAAAGAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36331	AGACACGGAAGCGTCCTAAATGCCCATGGACAGAGGAATGGATAAAGAAG	36380

CR974467.8	301	ATGTGGTACATTTGTACAATGGAATATTACTCAGCCGTTAAAAAGAATGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36381	ATGTGGTACATTTGTACAATGGAATATTACTCAGCCGTTAAAAAGAATGA	36430

CR974467.8	351	AATACTGCCATTTAGAGTCACATGGATGGACCTAGAGATTATCATACCAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36431	AATACTGCCATTTAGAGTCACATGGATGGACCTAGAGATTATCATACCAA	36480

CR974467.8	401	GTGAAGTTAAAGATAAATGTATGATATTACTTATATGTGGAATCTAATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36481	GTGAAGTTAAAGATAAATGTATGATATTACTTATATGTGGAATCTAATAA	36530

CR974467.8	451	AAATGATACAAAAAGACTTTTTAAAAAGTCTAGGGAGAAGGTAGTAGGGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36531	AAATGATACAAAAAGACTTTTTAAAAAGTCTAGGGAGAAGGTAGTAGGGG	36580

CR974467.8	501	CACTGGGCCTTCTCCTCTTTACAGCATCCAGCCAGGGACACTCTCAGGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36581	CACTGGGCCTTCTCCTCTTTACAGCATCCAGCCAGGGACACTCTCAGGCA	36630

CR974467.8	551	ACACCTCAGTGGTTCTTACACCCCCCACCCCAATCCCAGTACCCAGTGTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36631	ACACCTCAGTGGTTCTTACACCCCCCACCCCAATCCCAGTACCCAGTGTC	36680

CR974467.8	601	CACCACAACGGCCCTGGCGATGCTGGATCACCACGGCAGCCTGCCTTGCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36681	CACCACAACGGCCCTGGCGATGCTGGATCACCACGGCAGCCTGCCTTGCC	36730

CR974467.8	651	AAATTTCCTCCTTGTTCACGCTCTGTCTGCACAACACATGAAGCCGGTAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36731	AAATTTCCTCCTTGTTCACGCTCTGTCTGCACAACACATGAAGCCGGTAA	36780

CR974467.8	701	AGAAATGAAACCTGCAGTCAGTTGTCTTCTGATTTTGCTGCCTGAGGAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36781	AGAAATGAAACCTGCAGTCAGTTGTCTTCTGATTTTGCTGCCTGAGGAGA	36830

CR974467.8	751	AGGAGGTTGGGCACGCATGGCGCAGTTGTTCGGGAAACTGTCCCCATCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36831	AGGAGGTTGGGCACGCATGGCGCAGTTGTTCGGGAAACTGTCCCCATCCC	36880

CR974467.8	801	TACGAGAGGAAGCCTCGGATTCGTGTTGCTGGTGTCAGGTGCATTTGCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36881	TACGAGAGGAAGCCTCGGATTCGTGTTGCTGGTGTCAGGTGCATTTGCTG	36930

CR974467.8	851	TGACCGCCGCCCTGGGGGTAGGTCTTCAGGTCTGGAATAACATCACAGGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36931	TGACCGCCGCCCTGGGGGTAGGTCTTCAGGTCTGGAATAACATCACAGGG	36980

CR974467.8	901	CAGACTGCTCTGGTGCTACCTGGGTTCCAGGGGTCCCGGTGATGGAGGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	36981	CAGACTGCTCTGGTGCTACCTGGGTTCCAGGGGTCCCGGTGATGGAGGCA	37030

CR974467.8	951	GAATGAAACATTCTTCCTGTGGACAATTGCTCGGATTAGAGATGAGGCCG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37031	GAATGAAACATTCTTCCTGTGGACAATTGCTCGGATTAGAGATGAGGCCG	37080

CR974467.8	1001	CATTGATTGGTGTAAATCAAAACCAGCCCTCCTCTGGCTGGTGGCTCAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37081	CATTGATTGGTGTAAATCAAAACCAGCCCTCCTCTGGCTGGTGGCTCAGG	37130

CR974467.8	1051	GCTGCCTGGATGATAACTTTCTCACTAACAAGGAGGCAGAGCTAACAGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37131	GCTGCCTGGATGATAACTTTCTCACTAACAAGGAGGCAGAGCTAACAGAG	37180

CR974467.8	1101	TAGAGACAGTGGGGAGGGGACACGAGCAAGAGCTCTAAAGACAGATGGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37181	TAGAGACAGTGGGGAGGGGACACGAGCAAGAGCTCTAAAGACAGATGGCA	37230

CR974467.8	1151	TTCAGCTTCTGAATCAACATCTTCCCGCCCGGGAATCTGGGACAAGCCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37231	TTCAGCTTCTGAATCAACATCTTCCCGCCCGGGAATCTGGGACAAGCCAC	37280

CR974467.8	1201	TTCCCTGCCAGCTCACCCCTTAGAAGTTCAGGGCATGGTTGCAGGGTTCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37281	TTCCCTGCCAGCTCACCCCTTAGAAGTTCAGGGCATGGTTGCAGGGTTCT	37330

CR974467.8	1251	CTCTTGTCCTAGGTCATCACAGTAGGTGCTGAACGGGGGGCTCGGACTCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37331	CTCTTGTCCTAGGTCATCACAGTAGGTGCTGAACGGGGGGCTCGGACTCA	37380

CR974467.8	1301	GCCTGGCGTGAGACCTGACGCCAAGGGTCTTCAGGTGGAGCTGGAGGCGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37381	GCCTGGCGTGAGACCTGACGCCAAGGGTCTTCAGGTGGAGCTGGAGGCGC	37430

CR974467.8	1351	TTCTTCATCTTTGCAAGGTGCTGCATTGGGGCACTGTGTCATGTTCAGTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37431	TTCTTCATCTTTGCAAGGTGCTGCATTGGGGCACTGTGTCATGTTCAGTG	37480

CR974467.8	1401	ACTTAGATGTTTTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTACTGGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37481	ACTTAGATGTTTTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTACTGGTT	37530

CR974467.8	1451	AGGCCTTTTCCCCACTTGGGGCCAGTGCTCTTGTTCATCATTCGGTTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37531	AGGCCTTTTCCCCACTTGGGGCCAGTGCTCTTGTTCATCATTCGGTTTTT	37580

CR974467.8	1501	ATTTTTTACTATTTATGTATTTATTTATTATATGGCTGCACCTGCAGCAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37581	ATTTTTTACTATTTATGTATTTATTTATTATATGGCTGCACCTGCAGCAT	37630

CR974467.8	1551	ATGGAAGTTCCCAGGCTAGGGGTTGAATCAGAGCTGCAGCTTCTGCTGGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37631	ATGGAAGTTCCCAGGCTAGGGGTTGAATCAGAGCTGCAGCTTCTGCTGGC	37680

CR974467.8	1601	CTACGCTGCAGCCACAGCCACACTGGATCCTACCCACAGCTTGTTGGCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37681	CTACGCTGCAGCCACAGCCACACTGGATCCTACCCACAGCTTGTTGGCAA	37730

CR974467.8	1651	TGCCAGATCCTTAACCCACCGAGTGAGGCCAGGGATCAAACCTCCATCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37731	TGCCAGATCCTTAACCCACCGAGTGAGGCCAGGGATCAAACCTCCATCCT	37780

CR974467.8	1701	CACGGATCCTAGTCAGGTTCTTAAGCTGCTGAGCCGCAGCGGGAACTTCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37781	CACGGATCCTAGTCAGGTTCTTAAGCTGCTGAGCCGCAGCGGGAACTTCC	37830

CR974467.8	1751	ATCATTTGGGTTTTTTATTGGGCAACATCTACTTGTGTGAAATCTCCATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37831	ATCATTTGGGTTTTTTATTGGGCAACATCTACTTGTGTGAAATCTCCATC	37880

CR974467.8	1801	TTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTTTTCTATAAAATCAGGAATCAATGGTGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37881	TTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTTTTCTATAAAATCAGGAATCAATGGTGAA	37930

CR974467.8	1851	CCTTATGAAATTCCTTTTGGGCATCACTCAGGAAGAGGCAGCTATAGCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37931	CCTTATGAAATTCCTTTTGGGCATCACTCAGGAAGAGGCAGCTATAGCTT	37980

CR974467.8	1901	TCTCCCTTCAGTGGCTAATATGAATTCTATGAATGAATTTCTTCCTATTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	37981	TCTCCCTTCAGTGGCTAATATGAATTCTATGAATGAATTTCTTCCTATTG	38030

CR974467.8	1951	AGACGTTCCTGCATTTTTGGAGTGAATCCCATTTGTCATCCGCTGTACAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009689.5	38031	AGACGTTCCTGCATTTTTGGAGTGAATCCCATTTGTCATCCGCTGTACAT	38080

Overview

Query
CR974467.8 - 158975 bps
Hit
CT009689.5 - 38080 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001997200012000136081380801
279.93102269155409155677-1190521681
384.23124243129581129823-1190821481
483.1311624877676779231190821501
582.951082264125441479-1192621481
682.961062272370423930-1193321551
779.7651923569035881-1194521411
876.7863214139896140109-1195421641
980.19822198742987647111183113941
1078.4275233134213134445111183114091
1179.26882563296133216111184114291
1280.8999256144436144691111184114291
1382.43103223132385132607111198114191
1491.8662862477924864111212112971
1576.55582146147861691111212114201
1682.02751849249992682111212113891
1787.051762998742987727124200245001
1879.7799261134967135227124201244621
1988.1758926144961540-127177272691
2095.735746794045641134-128157288341
2184.86346668127256127923-128335290011
2287.72681169247592590-134642347551
2387.58915823002457-137627377941
Short-link