<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956376.4	1	GATCATTTTAGTTTATGTTAATAAGACCTCTCTCACCAAATTGGCCCAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	25991	GATCATTTTAGTTTATGTTAATAAGACCTCTCTCACCAAATTGGCCCAAA	26040

CR956376.4	51	GAGATTTTTCTTCTGAAGCTCTAAAGTTTTTAAAACCTTCGCTGTTTACT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26041	GAGATTTTTCTTCTGAAGCTCTAAAGTTTTTAAAACCTTCGCTGTTTACT	26090

CR956376.4	101	TGGCAACATCCTAAGCTAGCTTTGTATCAGTAGAGTTGCATCTCACTCAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26091	TGGCAACATCCTAAGCTAGCTTTGTATCAGTAGAGTTGCATCTCACTCAT	26140

CR956376.4	151	GGATTTGGGACTAAAAAAAGGTAAGGCGCAACAGGATTGGCAGCATCACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26141	GGATTTGGGACTAAAAAAAGGTAAGGCGCAACAGGATTGGCAGCATCACT	26190

CR956376.4	201	GCAGCACCAGGACAGAGGTTTGATCCCCAGCCCAGCACAGCGGGTTAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26191	GCAGCACCAGGACAGAGGTTTGATCCCCAGCCCAGCACAGCGGGTTAAAA	26240

CR956376.4	251	GGCTCCAGTGTTGCTTCAGTTGCAGCGTAGGTCGCAACTGCAGCTCTGCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26241	GGCTCCAGTGTTGCTTCAGTTGCAGCGTAGGTCGCAACTGCAGCTCTGCG	26290

CR956376.4	301	GTCCTGGAAACTCCATATGCTGTGGGGTGGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26291	GTCCTGGAAACTCCATATGCTGTGGGGTGGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAA	26340

CR956376.4	351	AGAAAAGAAAAGGTAAGAAATCTGTGCACAGACCAGGTTATCCTTATTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26341	AGAAAAGAAAAGGTAAGAAATCTGTGCACAGACCAGGTTATCCTTATTTT	26390

CR956376.4	401	ACCTGTAATATATGGTGCATGTGGTTTTATGCATTTGGCAGGGTACCATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26391	ACCTGTAATATATGGTGCATGTGGTTTTATGCATTTGGCAGGGTACCATT	26440

CR956376.4	451	GTTCTCAGGCACACTTCCATGCTAGAACCCTTAATCTAATCCAAAGGAGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26441	GTTCTCAGGCACACTTCCATGCTAGAACCCTTAATCTAATCCAAAGGAGG	26490

CR956376.4	501	AAACAAAAAGAAATGCAGGTGCAAAAAGAGGTTGAGTCTTCTGAACCACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26491	AAACAAAAAGAAATGCAGGTGCAAAAAGAGGTTGAGTCTTCTGAACCACT	26540

CR956376.4	551	CATTCTGCCTTTCCAAGAAGAGTCAGATCCTTGGTGGTGAGGTGGGGGTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26541	CATTCTGCCTTTCCAAGAAGAGTCAGATCCTTGGTGGTGAGGTGGGGGTG	26590

CR956376.4	601	TAGAGGTAGAGAGACCACTTGCTCGAGGCTTTAATTCCGTCTGTTAATTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26591	TAGAGGTAGAGAGACCACTTGCTCGAGGCTTTAATTCCGTCTGTTAATTC	26640

CR956376.4	651	TTGATGAATAGTCATGAATGTGTTACATGTGACAGCACCTAGCTCAGAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26641	TTGATGAATAGTCATGAATGTGTTACATGTGACAGCACCTAGCTCAGAAC	26690

CR956376.4	701	CTAGCATCTCTTTACCTGACTGTCTCCCCTACTGGAACACAAGGTCCATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26691	CTAGCATCTCTTTACCTGACTGTCTCCCCTACTGGAACACAAGGTCCATG	26740

CR956376.4	751	ATGGCAGGACTTTGCCTCTCTTGTTCATCTTCATACCCTTAGCACCTGCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26741	ATGGCAGGACTTTGCCTCTCTTGTTCATCTTCATACCCTTAGCACCTGCC	26790

CR956376.4	801	ACATAGTCAGTGCTCAAGAAATATTTGGATGGGAGTTCCCATTGTGGTGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26791	ACATAGTCAGTGCTCAAGAAATATTTGGATGGGAGTTCCCATTGTGGTGC	26840

CR956376.4	851	AGCAGAAACAAATCCAACTAGTATCCGTGAGGATGTGAGTTCAATCCCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26841	AGCAGAAACAAATCCAACTAGTATCCGTGAGGATGTGAGTTCAATCCCTG	26890

CR956376.4	901	GCCTCGCTCAGTGGGTTGGGAATCCGGTGTTGCCATGAGCTGTGGTGTGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26891	GCCTCGCTCAGTGGGTTGGGAATCCGGTGTTGCCATGAGCTGTGGTGTGG	26940

CR956376.4	951	GTCACAGACATGGCTCAGATCTGATTTGACCCCTAGCCTGGGATTTGATC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26941	GTCACAGACATGGCTCAGATCTGATTTGACCCCTAGCCTGGGATTTGATC	26990

CR956376.4	1001	CCTAGCCTGGGATTTGATCCCTAGCCTGAGAACTTCCATTTGCCATGGGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	26991	CCTAGCCTGGGATTTGATCCCTAGCCTGAGAACTTCCATTTGCCATGGGT	27040

CR956376.4	1051	GCAGCCCCCCCAAAAAAAGGAGGAAATATTTGGATGAATTGAAGGGACTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27041	GCAGCCCCCCCAAAAAAAGGAGGAAATATTTGGATGAATTGAAGGGACTC	27090

CR956376.4	1101	AAACATTGATATTAAACCTTGCTTCCTTAATGCACATACACAGAGATCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27091	AAACATTGATATTAAACCTTGCTTCCTTAATGCACATACACAGAGATCTT	27140

CR956376.4	1151	CGGAAAGCCAGGCAAAAGAGCTTAGTCACCTATTTCCTGTCTTTCCCAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27141	CGGAAAGCCAGGCAAAAGAGCTTAGTCACCTATTTCCTGTCTTTCCCAAA	27190

CR956376.4	1201	TTGTCATTTTATTTTTGTAGCCTCACTAAGGAACCACCACGTCATAATGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27191	TTGTCATTTTATTTTTGTAGCCTCACTAAGGAACCACCACGTCATAATGC	27240

CR956376.4	1251	TTTGGGGCATTGGTCATGTCTTCCTTCATCATCCCTAATCCCTGAAATGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27241	TTTGGGGCATTGGTCATGTCTTCCTTCATCATCCCTAATCCCTGAAATGG	27290

CR956376.4	1301	TCTGTAGAAAACTACATTTACATCTAGAAAGTATATAGAACACTCATTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27291	TCTGTAGAAAACTACATTTACATCTAGAAAGTATATAGAACACTCATTTT	27340

CR956376.4	1351	GTTGAGAACAATAATGCAAAAGCCTTTTCTTTGGTTATGGTAACAATCTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27341	GTTGAGAACAATAATGCAAAAGCCTTTTCTTTGGTTATGGTAACAATCTT	27390

CR956376.4	1401	GTACTGTTCTTGGAATATTAAAGAAATTCTTAACCAAAACTAGTTTCATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27391	GTACTGTTCTTGGAATATTAAAGAAATTCTTAACCAAAACTAGTTTCATT	27440

CR956376.4	1451	TTGACACTCTGCTTCCCTCCCATTTACACTCCCACATTATACATAGAACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27441	TTGACACTCTGCTTCCCTCCCATTTACACTCCCACATTATACATAGAACA	27490

CR956376.4	1501	TCATCAGTTTCATAAGTGTGTTCTCAGTTATTTCAGAGTAGGAATGTCGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27491	TCATCAGTTTCATAAGTGTGTTCTCAGTTATTTCAGAGTAGGAATGTCGT	27540

CR956376.4	1551	GTGGCTTCCTGCAGTCCGTCCCTGTGACCGCTGGGCTTGGGGAAATTAAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27541	GTGGCTTCCTGCAGTCCGTCCCTGTGACCGCTGGGCTTGGGGAAATTAAC	27590

CR956376.4	1601	CGTGGTGGGAGGGAGCTGGTGGTTGGCAGTCTGGTTCCTTGTTAAGAAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27591	CGTGGTGGGAGGGAGCTGGTGGTTGGCAGTCTGGTTCCTTGTTAAGAAAG	27640

CR956376.4	1651	GTGTAAACCTTCCACTTTCAGATGTCTGCCAACTACTTGTGTCCTTAGTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27641	GTGTAAACCTTCCACTTTCAGATGTCTGCCAACTACTTGTGTCCTTAGTC	27690

CR956376.4	1701	AGTGTACCACTGGCCCCGGCAAAGTGCCAGAACCCCAGGACCTCAACACT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27691	AGTGTACCACTGGCCCCGGCAAAGTGCCAGAACCCCAGGACCTCAACACT	27740

CR956376.4	1751	TAAACTATCCTTATGGAAAGCAGAAGGTAAACAAAACAGAAGTGAAAGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27741	TAAACTATCCTTATGGAAAGCAGAAGGTAAACAAAACAGAAGTGAAAGTG	27790

CR956376.4	1801	GATTCAGTTTTTAAAACTGTTCTCTTACAGGAATGGTTTTGTGGTTCTCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27791	GATTCAGTTTTTAAAACTGTTCTCTTACAGGAATGGTTTTGTGGTTCTCA	27840

CR956376.4	1851	GCATTTAAAAAAATACTTGTTCCAATATGTTTCAGTGACATCAGTTACTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27841	GCATTTAAAAAAATACTTGTTCCAATATGTTTCAGTGACATCAGTTACTG	27890

CR956376.4	1901	TAAGTCTGATTCATTTTCTGCCTATTGATTTCTGCCCAAGGTGAAAGTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27891	TAAGTCTGATTCATTTTCTGCCTATTGATTTCTGCCCAAGGTGAAAGTCA	27940

CR956376.4	1951	TGACATTTAACAGAAAACATAAGCGATTTGAAAAATACAAAATAAAAGCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009670.5	27941	TGACATTTAACAGAAAACATAAGCGATTTGAAAAATACAAAATAAAAGCA	27990

Overview

Query
CR956376.4 - 152567 bps
Hit
CT009670.5 - 27990 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001984200012000125991279901
296.42693087840978716113390136941
387.5513423121242354113392136241
494.692002461335313598113392136361
587.13165272116353116624-113393136641
692.211812458458084824113393136361
789.371822726100361274-113394136661
892.4200263127472127734-113394136561
988.24170279146175146453-113394136651
1091.361752431516015402113394136361
1193.421882453996740211113394136361
1290.381652397841178649121345215831
1386.791582656101061274-121347216111
1490.83154218116406116623-121347215641
1587.92167265127470127734-121347216111
1687.6158262136558136819-121347216121
1786.79157266139079139344-121347216111
1886.331482571335513611121347216021
1986.991382401481115050121347215921
2088.38181290127463127752123522238051
2187.07154275146180146454123526237881
2287.351592667841378678-123527237871
2387.31158265116359116623123528237871
2487.6713622921262354-123561237871
2589.251412183996640183-123575237881
2694.31271584775347910-123631237881
Short-link