<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956410.6	1	AAGCTTGACGGCTAGAATGCAAATCCACTTTCCAATGTGCAGATTTCCTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180047	AAGCTTGACGGCTAGAATGCAAATCCACTTTCCAATGTGCAGATTTCCTG	180096

CR956410.6	51	ACATCAACAAAAAAACCCGGAGCCTGGGGAACTGCTGGGGCAGAAGATCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180097	ACATCAACAAAAAAACCCGGAGCCTGGGGAACTGCTGGGGCAGAAGATCA	180146

CR956410.6	101	TCCCCTTCGGAACCGCCTCTAAGCCGCCTGGAAGGTCCCCGACGCATGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180147	TCCCCTTCGGAACCGCCTCTAAGCCGCCTGGAAGGTCCCCGACGCATGCA	180196

CR956410.6	151	CAGAGCCACAATGTGTCAGAGTCCTGGAAGGTCAAAGCCGAGGTCAGCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180197	CAGAGCCACAATGTGTCAGAGTCCTGGAAGGTCAAAGCCGAGGTCAGCCT	180246

CR956410.6	201	TCAAGGACCTACCAGTCCCACTGTGTCACTTGACACAGAAGGAAACTGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180247	TCAAGGACCTACCAGTCCCACTGTGTCACTTGACACAGAAGGAAACTGAG	180296

CR956410.6	251	GCTCAGGGCAGAGGCATGACCTGCCCCAGCTGGTGGCAGTGTAGGGTCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180297	GCTCAGGGCAGAGGCATGACCTGCCCCAGCTGGTGGCAGTGTAGGGTCAG	180346

CR956410.6	301	AACCCACCCAGCCCAGCGACTTCCAGATTCCTGCCTTGACTTCCTAGGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180347	AACCCACCCAGCCCAGCGACTTCCAGATTCCTGCCTTGACTTCCTAGGCA	180396

CR956410.6	351	CAAAGCATTCTTTTGGTGAGCATCCTTCTGGTGAGCATCCTTCACACACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180397	CAAAGCATTCTTTTGGTGAGCATCCTTCTGGTGAGCATCCTTCACACACA	180446

CR956410.6	401	CCCAGCCCACCCTTCCTGCAGCATCCCCAGATTTATTTTGCCTCCTAGCG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180447	CCCAGCCCACCCTTCCTGCAGCATCCCCAGATTTATTTTGCCTCCTAGCG	180496

CR956410.6	451	GTACCTGATATTATACATGGATGCGTTTATCTTCTGCCCCCTCACCCGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180497	GTACCTGATATTATACATGGATGCGTTTATCTTCTGCCCCCTCACCCGTG	180546

CR956410.6	501	AGAATGAAGCTCCACGAGGGCCAGAATTTTGTCCCCATTAACTTCATTGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180547	AGAATGAAGCTCCACGAGGGCCAGAATTTTGTCCCCATTAACTTCATTGC	180596

CR956410.6	551	CATATCGTCAGCAGCTAGAACACATAGCTGCTCAGTAAGGAACCATGACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180597	CATATCGTCAGCAGCTAGAACACATAGCTGCTCAGTAAGGAACCATGACT	180646

CR956410.6	601	CATTCGTTCATTTGTTCCTTTATCTGTTGGCTTCTTCTCTGGTCGGTCTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180647	CATTCGTTCATTTGTTCCTTTATCTGTTGGCTTCTTCTCTGGTCGGTCTG	180696

CR956410.6	651	CTTCTTTCTAGACCCTGCCAAGGCAGAGAGGGCCAGACCTGGCCTCTGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180697	CTTCTTTCTAGACCCTGCCAAGGCAGAGAGGGCCAGACCTGGCCTCTGTT	180746

CR956410.6	701	CCACAGAGCAGGTGGCTTCAGGCCCTTTCTTCCAGGCCCCAGCTGCCCAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180747	CCACAGAGCAGGTGGCTTCAGGCCCTTTCTTCCAGGCCCCAGCTGCCCAA	180796

CR956410.6	751	AGATGGGAGGAAGCACCTTGCTTAGGTACCATGGCTGGGACCCTAGTAGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180797	AGATGGGAGGAAGCACCTTGCTTAGGTACCATGGCTGGGACCCTAGTAGG	180846

CR956410.6	801	TCCCCTCAGGGAGGGAGGAGCTGGGACTTGGGGATGAGAATTCCTGAGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180847	TCCCCTCAGGGAGGGAGGAGCTGGGACTTGGGGATGAGAATTCCTGAGAA	180896

CR956410.6	851	GTGGGTCACATCCCAGAACAGCCCCCAAGGGACAGAAGGGAGCAGAGGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180897	GTGGGTCACATCCCAGAACAGCCCCCAAGGGACAGAAGGGAGCAGAGGTG	180946

CR956410.6	901	TAAACACAGGTAGCCTGTGTCCAGAGGGAGGGGGAAAGGCATGTAGTGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180947	TAAACACAGGTAGCCTGTGTCCAGAGGGAGGGGGAAAGGCATGTAGTGAC	180996

CR956410.6	951	TGTAGGGGTGGGGGGAGCGGATGGGATGCTGCAGAGGTGGCTGGGCCCTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	180997	TGTAGGGGTGGGGGGAGCGGATGGGATGCTGCAGAGGTGGCTGGGCCCTG	181046

CR956410.6	1001	GGTATCTTGGGAGTGTGTCATGTTGGCTGGGACACTGGCATTTCTTTTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181047	GGTATCTTGGGAGTGTGTCATGTTGGCTGGGACACTGGCATTTCTTTTCC	181096

CR956410.6	1051	TTCCTTCTTTCCCTCCTCCTTCCTTTCTTTCTTGCTTTCTTTCTCTTCCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181097	TTCCTTCTTTCCCTCCTCCTTCCTTTCTTTCTTGCTTTCTTTCTCTTCCT	181146

CR956410.6	1101	TCCTGCTTGCTTTTTTAAGGCCCCATGTGCAGCATACGGGAGTTCCCAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181147	TCCTGCTTGCTTTTTTAAGGCCCCATGTGCAGCATACGGGAGTTCCCAGA	181196

CR956410.6	1151	CTAGGAGTTGAATTGGAGCTGCAGCTGCCCGCCTGCATCACAGCCACTGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181197	CTAGGAGTTGAATTGGAGCTGCAGCTGCCCGCCTGCATCACAGCCACTGC	181246

CR956410.6	1201	AACAGCAGGATCCGAGCCCCGTCTGTGACCTGCACCACAGCTCATGGCAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181247	AACAGCAGGATCCGAGCCCCGTCTGTGACCTGCACCACAGCTCATGGCAA	181296

CR956410.6	1251	TGCCAGATCCTTAACTCACTGAGTGAGGCCAGGGATCGAACTTGAGTCCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181297	TGCCAGATCCTTAACTCACTGAGTGAGGCCAGGGATCGAACTTGAGTCCT	181346

CR956410.6	1301	TATGGATACTAGTTGGGTTCGTTCCCACTGAGCCATGGTGGGCACGCCGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181347	TATGGATACTAGTTGGGTTCGTTCCCACTGAGCCATGGTGGGCACGCCGA	181396

CR956410.6	1351	TACTGGCATTTCTTGAAATCTGGGTGGGCTAGGGAGTGGGGTCTAGCCTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181397	TACTGGCATTTCTTGAAATCTGGGTGGGCTAGGGAGTGGGGTCTAGCCTG	181446

CR956410.6	1401	GAAGGCCAGGAGACTGGGTTCTTACAGTGCAAATGGTCAGATGGGAAGAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181447	GAAGGCCAGGAGACTGGGTTCTTACAGTGCAAATGGTCAGATGGGAAGAC	181496

CR956410.6	1451	ATTACACCAACCCAACTGAGTCTTGATTGGAGGTTCAGTTTTCTCATCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181497	ATTACACCAACCCAACTGAGTCTTGATTGGAGGTTCAGTTTTCTCATCTA	181546

CR956410.6	1501	TAAGATGGGAATGACGAACTGCCCCTGGGGACGGGGGGAGGGGAGGTGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181547	TAAGATGGGAATGACGAACTGCCCCTGGGGACGGGGGGAGGGGAGGTGAG	181596

CR956410.6	1551	CCTTAAATGCGATGATCTCCCAGTGCCCCCAGCCCCTGCTGGCTCCCCAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181597	CCTTAAATGCGATGATCTCCCAGTGCCCCCAGCCCCTGCTGGCTCCCCAA	181646

CR956410.6	1601	ACACCTGCTGGCTTGTCCTCCTAACCACGTCTCCCTTTTCCCCGGGGAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181647	ACACCTGCTGGCTTGTCCTCCTAACCACGTCTCCCTTTTCCCCGGGGAAC	181696

CR956410.6	1651	AGTCTCTGGGGAGCGTGGCTCTGGGGGTCTCTTGGCCAGACCCCCACCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181697	AGTCTCTGGGGAGCGTGGCTCTGGGGGTCTCTTGGCCAGACCCCCACCCT	181746

CR956410.6	1701	CTCTGTTCCCCAACTGCTATGGTCGGTGGCCCAGGAGGTCACCCGGTTTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181747	CTCTGTTCCCCAACTGCTATGGTCGGTGGCCCAGGAGGTCACCCGGTTTC	181796

CR956410.6	1751	CTCCATCACCCTTGACCAGAACCCTGTGGGCTCTGTGGGTGCTGCGGGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181797	CTCCATCACCCTTGACCAGAACCCTGTGGGCTCTGTGGGTGCTGCGGGTT	181846

CR956410.6	1801	TCCTGGCTGGGGTCCAGGCCTCTGCCTGGCTGGGGGCTGTGAGCAGGAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181847	TCCTGGCTGGGGTCCAGGCCTCTGCCTGGCTGGGGGCTGTGAGCAGGAGA	181896

CR956410.6	1851	GCAGCAGACCAGATTTTGCAAGCCTGAAATAGTTTATGGCCGGGCTGAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181897	GCAGCAGACCAGATTTTGCAAGCCTGAAATAGTTTATGGCCGGGCTGAGG	181946

CR956410.6	1901	CAGGGAGGAAGGAGGGCATGGCCCCAGGAATGCAGGAGGAATGCCTGGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181947	CAGGGAGGAAGGAGGGCATGGCCCCAGGAATGCAGGAGGAATGCCTGGGA	181996

CR956410.6	1951	GGCTTGTTTCTGCCCCCCACCCCCACCCTCCTCAGCTCCCTGGGGTGGGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009664.17	181997	GGCTTGTTTCTGCCCCCCACCCCCACCCTCCTCAGCTCCCTGGGGTGGGG	182046

Overview

Query
CR956410.6 - 175487 bps
Hit
CT009664.17 - 182046 bps
Total alignments
30
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198720001200011800471820461
290.15185264127632127895118188184511
391.73190254106132106385-118197184501
489.16190287106132106418-148996492811
590.471922744650846781149009492811
689.32194291127622127912149009492981
791.71882535986860120-149045492971
890.71201281106132106412-150401506801
989.08193293127617127909150404506961
1090.881982754650846782150408506811
1193.251992525987560126-150438506891
1291.731982674651446780167974682391
1392.561852425988560126-167998682391
1490.88205285106132106416-11116221119061
1588.85188288143914144201-11116221119081
1693.1721927812761712789411116291119061
1790.22190276106132106407-11257841260591
1890.51192276465064678111257861260591
1990.91205287106132106418-11393491396341
2092.23213286143916144201-11393521396341
2192.552172825988260163-11393551396361
2292.1721128012761712789611393561396361
2390.62193278115971116248-11393591396351
2492.4208276465084678311393611396361
2589.491982975988460180-11399381402321
2692.39221289106132106420-11399441402321
2790.21199288143914144201-11399491402341
2892.4721527912761612789411399541402321
2990.91197277115972116248-11399581402321
3092.99212272465104678111399621402321
Short-link