<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009579.20	1	TTGCAGATGAGGCCCCAAGAGGGGAACTTGCCAAATCGCAGAGCAGGGAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	222983	TTGCAGATGAGGCCCCAAGAGGGGAACTTGCCAAATCGCAGAGCAGGGAC	223032

CT009579.20	51	TCCTGGCCTGCTCTGCATCCTGTCAGCAAGAACTGCTTCTCTCCTTGCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223033	TCCTGGCCTGCTCTGCATCCTGTCAGCAAGAACTGCTTCTCTCCTTGCTC	223082

CT009579.20	101	TGCCGCCCCTTCCTTGGCGTCGCCCCCTACTCACTCTCTCTCTCTCTCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223083	TGCCGCCCCTTCCTTGGCGTCGCCCCCTACTCACTCTCTCTCTCTCTCTC	223132

CT009579.20	151	TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTGCTGGTCTCCGGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223133	TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTGCTGGTCTCCGGC	223182

CT009579.20	201	CAGCCTGGGGAGCACAGAATGGGGGTGGCCTAGGACAGGGCTGGAGGGAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223183	CAGCCTGGGGAGCACAGAATGGGGGTGGCCTAGGACAGGGCTGGAGGGAT	223232

CT009579.20	251	CTCCAGTTTAGGCCCTTTGCGCCGCCCCTCCCCCTCACCTGCCTGTGACC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223233	CTCCAGTTTAGGCCCTTTGCGCCGCCCCTCCCCCTCACCTGCCTGTGACC	223282

CT009579.20	301	CCGCAGCTCGGCCATCGACAAGCGGACAGGGGAGAAGGTGGCCATCAAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223283	CCGCAGCTCGGCCATCGACAAGCGGACAGGGGAGAAGGTGGCCATCAAGA	223332

CT009579.20	351	AGCTGAGCCGGCCCTTCCAGTCGGAGATCTTTGCCAAGCGCGCTTACCGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223333	AGCTGAGCCGGCCCTTCCAGTCGGAGATCTTTGCCAAGCGCGCTTACCGC	223382

CT009579.20	401	GAGCTTCTGCTCTTGAAGCACATGCACCATGAGAACGTAGGCTGCCTCGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223383	GAGCTTCTGCTCTTGAAGCACATGCACCATGAGAACGTAGGCTGCCTCGG	223432

CT009579.20	451	GGTGTGGATGTGCCGGGGATCGGAGGGCAGGGAGAGGGGCCCAGGAGGGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223433	GGTGTGGATGTGCCGGGGATCGGAGGGCAGGGAGAGGGGCCCAGGAGGGG	223482

CT009579.20	501	CCTGCCCAGGGTCGTGCGCGCAGGGCCAGGAGAAAGAACTTCCTCTGCTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223483	CCTGCCCAGGGTCGTGCGCGCAGGGCCAGGAGAAAGAACTTCCTCTGCTC	223532

CT009579.20	551	CACCCTGGTTTCTCAGCTCTCTAAGGAGAGCCCAATGAGAAGATGCCAGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223533	CACCCTGGTTTCTCAGCTCTCTAAGGAGAGCCCAATGAGAAGATGCCAGG	223582

CT009579.20	601	GCCTGCCCAGCTCGCTTCCCAGAAAACACACAACCTTTTCTTGATTGTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223583	GCCTGCCCAGCTCGCTTCCCAGAAAACACACAACCTTTTCTTGATTGTGA	223632

CT009579.20	651	GGAGGAAGTAGGCACAGGGGAGCTTCGCGATTGGTTCTGTGAGGACTCCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223633	GGAGGAAGTAGGCACAGGGGAGCTTCGCGATTGGTTCTGTGAGGACTCCA	223682

CT009579.20	701	GTCCGATGAGCCTGGGCACTTGAGCTAAAGCTGCCTCCATTCTGGCCACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223683	GTCCGATGAGCCTGGGCACTTGAGCTAAAGCTGCCTCCATTCTGGCCACT	223732

CT009579.20	751	CTAAGTCTAACAATAAATACTGAGTATTTAATGCATGCGGGGGTGGGGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223733	CTAAGTCTAACAATAAATACTGAGTATTTAATGCATGCGGGGGTGGGGGC	223782

CT009579.20	801	TGGCTAACTTTTATAATCCTCTCCGTAACACATGCCAAGGCACAGAAAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223783	TGGCTAACTTTTATAATCCTCTCCGTAACACATGCCAAGGCACAGAAAGG	223832

CT009579.20	851	TTTCCCCGGTTCTGCAGCGGCAGAGCTGAGGTTGGAAGGGGCGGGAGGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223833	TTTCCCCGGTTCTGCAGCGGCAGAGCTGAGGTTGGAAGGGGCGGGAGGCA	223882

CT009579.20	901	GAGCCTGGTGCCTGACCATTTGACCATCCTGTCTGATGGAAACAGACCCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223883	GAGCCTGGTGCCTGACCATTTGACCATCCTGTCTGATGGAAACAGACCCC	223932

CT009579.20	951	GTGACCCAGCTCTGGGCCAGGCAGAAGGGCTAGGGTCCATTTCAAATAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223933	GTGACCCAGCTCTGGGCCAGGCAGAAGGGCTAGGGTCCATTTCAAATAGA	223982

CT009579.20	1001	GCCTTGTACATCGTGAACCCTAATCCTTTCAGATAACCTTTCCTCAGTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	223983	GCCTTGTACATCGTGAACCCTAATCCTTTCAGATAACCTTTCCTCAGTGG	224032

CT009579.20	1051	CCTCCAGCTTCGAGGTGGAGGGGACTTGCCTCTAGCTCTGGACAGACTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224033	CCTCCAGCTTCGAGGTGGAGGGGACTTGCCTCTAGCTCTGGACAGACTGA	224082

CT009579.20	1101	CAGATGTGGCTAGAGACCCGGGGTCCAAGGCTAGAGCTGAGGTCCAGAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224083	CAGATGTGGCTAGAGACCCGGGGTCCAAGGCTAGAGCTGAGGTCCAGAGT	224132

CT009579.20	1151	CCCAAGGACCTGGAGTTCTCATCCTTCTCTCCTCTTCCCCCCTTGACCCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224133	CCCAAGGACCTGGAGTTCTCATCCTTCTCTCCTCTTCCCCCCTTGACCCT	224182

CT009579.20	1201	CAAGATTTGTTAGTTACAAGTGGGACTGTTCACCCCAAACCCCAAATTTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224183	CAAGATTTGTTAGTTACAAGTGGGACTGTTCACCCCAAACCCCAAATTTG	224232

CT009579.20	1251	GGATCAAACTTACCTTGTTCTCAGCCATCTCTCCAGCCCAGGCAAATGTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224233	GGATCAAACTTACCTTGTTCTCAGCCATCTCTCCAGCCCAGGCAAATGTC	224282

CT009579.20	1301	CTCTTCTGCCTGGGCCCCCAAACTGTTCCCATGCCAGCTGGGGCCACCTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224283	CTCTTCTGCCTGGGCCCCCAAACTGTTCCCATGCCAGCTGGGGCCACCTT	224332

CT009579.20	1351	CCGTAGCAGAGGGTGACCTGGATGGTGGCCCTGGGTGGCTGAGACCCTCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224333	CCGTAGCAGAGGGTGACCTGGATGGTGGCCCTGGGTGGCTGAGACCCTCA	224382

CT009579.20	1401	GGACAGGGAAGAATGGCGTTGGCAGCGCACCCTCACTGGTGGCCTCTCTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224383	GGACAGGGAAGAATGGCGTTGGCAGCGCACCCTCACTGGTGGCCTCTCTC	224432

CT009579.20	1451	CAGGTCATTGGGCTTCTGGATGTCTTCACCCCTGCGTCTTCCCTTCGGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224433	CAGGTCATTGGGCTTCTGGATGTCTTCACCCCTGCGTCTTCCCTTCGGAG	224482

CT009579.20	1501	CTTCCATGATTTGTGAGTCGGGCTGGATTGGGGTGTTGGCAGATCTTAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224483	CTTCCATGATTTGTGAGTCGGGCTGGATTGGGGTGTTGGCAGATCTTAAG	224532

CT009579.20	1551	GCTGGCTCGGGAATACTTTGGGGCAGGGTAGCTTCCGCGCAGAAAGGGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224533	GCTGGCTCGGGAATACTTTGGGGCAGGGTAGCTTCCGCGCAGAAAGGGGT	224582

CT009579.20	1601	CCGTCCCCCCCCACCTAGCAGTTCTTGTGCCTCTGCTTTTACATTGAGAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224583	CCGTCCCCCCCCACCTAGCAGTTCTTGTGCCTCTGCTTTTACATTGAGAT	224632

CT009579.20	1651	CTTCCCTGGAGAGGTCCCTTGGCTGTGGGTGGAAGGGCTGTAGGGTACCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224633	CTTCCCTGGAGAGGTCCCTTGGCTGTGGGTGGAAGGGCTGTAGGGTACCT	224682

CT009579.20	1701	GCCCCCCCCCCCCCAGAGCTGTCTACACAGCTCCTACCCTTGTTATCAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224683	GCCCCCCCCCCCCCAGAGCTGTCTACACAGCTCCTACCCTTGTTATCAGA	224732

CT009579.20	1751	CCCTGGCACCAAGAAGAGCTGCTGGCCCTCACAGGGTGTGTACTGACTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224733	CCCTGGCACCAAGAAGAGCTGCTGGCCCTCACAGGGTGTGTACTGACTCT	224782

CT009579.20	1801	CCTCACCCATTCCTGGTGGCCAGGTGTGACTTTGGACTTCATGATACCTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224783	CCTCACCCATTCCTGGTGGCCAGGTGTGACTTTGGACTTCATGATACCTA	224832

CT009579.20	1851	GAGGGTTTTTTTTTCCCCTAGAAGGAAGTGAGGATCAGATAGCCCGGACA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224833	GAGGGTTTTTTTTTCCCCTAGAAGGAAGTGAGGATCAGATAGCCCGGACA	224882

CT009579.20	1901	ATCTGGCTGATGGGGTTTGGCTGTTACAAAGTGTCAAAGTGTCCGGTTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224883	ATCTGGCTGATGGGGTTTGGCTGTTACAAAGTGTCAAAGTGTCCGGTTTT	224932

CT009579.20	1951	GCTGGCAGGTGCCTGGGCAAGGATGGGTGTTTGGATGTTCCTGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009661.10	224933	GCTGGCAGGTGCCTGGGCAAGGATGGGTGTTTGGATGTTCCTGAGAATTC	224982

Overview

Query
CT009579.20 - 219682 bps
Hit
CT009661.10 - 224982 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link