<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT009658.7	190153	GTACAAGAGGTCAAAGGGAAAGCCGGCGTCTCACCCCTGCTCTCTGAGCA	190104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145270	GTACAAGAGGTCAAAGGGAAAGCCGGCGTCTCACCCCTGCTCTCTGAGCA	145319

C  CT009658.7	190103	GCTGGGACTCAGCTTAAACCCTGCTCTCAGGAGCCAGTGGCCCCATTGTC	190054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145320	GCTGGGACTCAGCTTAAACCCTGCTCTCAGGAGCCAGTGGCCCCATTGTC	145369

C  CT009658.7	190053	ATCCGTCTCCAAGAAGCCTTGCCCAGTGCGTCCTAGTGAGCCATTCAAGG	190004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145370	ATCCGTCTCCAAGAAGCCTTGCCCAGTGCGTCCTAGTGAGCCATTCAAGG	145419

C  CT009658.7	190003	CAGTGCCTGAGCTAAGTCATGCTCAGGAGCGGGCCATTCGATGTCACAGC	189954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145420	CAGTGCCTGAGCTAAGTCATGCTCAGGAGCGGGCCATTCGATGTCACAGC	145469

C  CT009658.7	189953	AGTAGCTGTGACAGCTCACATCCTTCCTGTGAGCTGGGTACCAATCTCAG	189904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145470	AGTAGCTGTGACAGCTCACATCCTTCCTGTGAGCTGGGTACCAATCTCAG	145519

C  CT009658.7	189903	CAGTTGATAATATCTGAGCTCTGTGCTGGTGTCTCTCCCTGTTTCCCACA	189854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145520	CAGTTGATAATATCTGAGCTCTGTGCTGGTGTCTCTCCCTGTTTCCCACA	145569

C  CT009658.7	189853	TGAAAGCAGAGGCTATGTGGTTTGCTCAGGGTCACACTGATGGTGATTGG	189804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145570	TGAAAGCAGAGGCTATGTGGTTTGCTCAGGGTCACACTGATGGTGATTGG	145619

C  CT009658.7	189803	TAGGGTGGAATTGTGCACTTGGGAGGCACAAGGCAAAAGGTCACTCTCTG	189754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145620	TAGGGTGGAATTGTGCACTTGGGAGGCACAAGGCAAAAGGTCACTCTCTG	145669

C  CT009658.7	189753	AACACTGTCATTTATATGCTATGCATCTTGGTAAGGCGGACAGACCCATC	189704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145670	AACACTGTCATTTATATGCTATGCATCTTGGTAAGGCGGACAGACCCATC	145719

C  CT009658.7	189703	TGCTCCGTTCCCCCATTTTCTGGGAGGCCTGTCTCCTCCTCTCCTAGTCC	189654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145720	TGCTCCGTTCCCCCATTTTCTGGGAGGCCTGTCTCCTCCTCTCCTAGTCC	145769

C  CT009658.7	189653	TGGGGGTTTCAGACTGTAACCTTGAAGCAGAGCTCTCTCTCACTTGTGCC	189604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145770	TGGGGGTTTCAGACTGTAACCTTGAAGCAGAGCTCTCTCTCACTTGTGCC	145819

C  CT009658.7	189603	CACTTGTCCTGACCTCGTGTGAAGGGCCTTGTTTGTAGAGCTGGCACAGA	189554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145820	CACTTGTCCTGACCTCGTGTGAAGGGCCTTGTTTGTAGAGCTGGCACAGA	145869

C  CT009658.7	189553	GTCCCAGCCTACCGTCCATTCAGTAGGATGAGTGAGTTTATTCCATTAGA	189504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145870	GTCCCAGCCTACCGTCCATTCAGTAGGATGAGTGAGTTTATTCCATTAGA	145919

C  CT009658.7	189503	GTAGGGTTTGGTGTCTTGGGGCGAGGGGGCATCCTGTTTGTGACTTCCAG	189454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145920	GTAGGGTTTGGTGTCTTGGGGCGAGGGGGCATCCTGTTTGTGACTTCCAG	145969

C  CT009658.7	189453	GAAAGGTCCAATGGAGAGTGCTTTAAGTAAGCCATCCTGTTCCTGGGCAA	189404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	145970	GAAAGGTCCAATGGAGAGTGCTTTAAGTAAGCCATCCTGTTCCTGGGCAA	146019

C  CT009658.7	189403	GTCTGCAATAAGCTACCCTCTCATGGCTAGGTTGGGGGCTGTTCTTTTTC	189354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146020	GTCTGCAATAAGCTACCCTCTCATGGCTAGGTTGGGGGCTGTTCTTTTTC	146069

C  CT009658.7	189353	AGATTGTAAAAGTCTACAGTTTTAAAATAGCAACTTGTTTTTTTTTCCTT	189304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146070	AGATTGTAAAAGTCTACAGTTTTAAAATAGCAACTTGTTTTTTTTTCCTT	146119

C  CT009658.7	189303	TTTAAAAATTAAGCTACATGGGTGCTTATGGTTCCTGGAACCTTACTTCT	189254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146120	TTTAAAAATTAAGCTACATGGGTGCTTATGGTTCCTGGAACCTTACTTCT	146169

C  CT009658.7	189253	GACTCACCATGCTCTTTAGGGGAGGATCATGAACTAGGAAGGAGGAGGGT	189204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146170	GACTCACCATGCTCTTTAGGGGAGGATCATGAACTAGGAAGGAGGAGGGT	146219

C  CT009658.7	189203	TCAGTTAGTGGGGAGGACAGCTGGCTCTGGGATCTTGGTCTTCTAAGTAC	189154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146220	TCAGTTAGTGGGGAGGACAGCTGGCTCTGGGATCTTGGTCTTCTAAGTAC	146269

C  CT009658.7	189153	CCTTTGCCATGTGGCTGGCAAGATCTGCCGAATTTTTCCTGTGTTTCAGT	189104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146270	CCTTTGCCATGTGGCTGGCAAGATCTGCCGAATTTTTCCTGTGTTTCAGT	146319

C  CT009658.7	189103	CCCTCAGGGGCTAAGCCCAAATCATCATAGCACAGCTCTCCTAAATCTGG	189054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146320	CCCTCAGGGGCTAAGCCCAAATCATCATAGCACAGCTCTCCTAAATCTGG	146369

C  CT009658.7	189053	AAAGGGTTAGCTCTCCAGTCCTTGAACAGCCTCAGGATTCCCTAACCCAA	189004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146370	AAAGGGTTAGCTCTCCAGTCCTTGAACAGCCTCAGGATTCCCTAACCCAA	146419

C  CT009658.7	189003	CCTGAGACCCAGACCAGATTGCAGCTAGATTTTTCGGGCAACCATGCCCC	188954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146420	CCTGAGACCCAGACCAGATTGCAGCTAGATTTTTCGGGCAACCATGCCCC	146469

C  CT009658.7	188953	TGAACCAGATGCCCATGTAAGGCATCACCTTTCACCCTGATGACCAGCAG	188904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146470	TGAACCAGATGCCCATGTAAGGCATCACCTTTCACCCTGATGACCAGCAG	146519

C  CT009658.7	188903	TGTGGTCCTTCAGGGCTTCTTTAGTCCTGGAGCATCCACAGAGGTATCCA	188854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146520	TGTGGTCCTTCAGGGCTTCTTTAGTCCTGGAGCATCCACAGAGGTATCCA	146569

C  CT009658.7	188853	CCAGGGGTGAGCAGAGCACACCTGAGCTTAGTATGATGTTGCTTCAGGGC	188804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146570	CCAGGGGTGAGCAGAGCACACCTGAGCTTAGTATGATGTTGCTTCAGGGC	146619

C  CT009658.7	188803	CTGGAGTGGCCTGAGTACCCAGCACAGCATCCTGGGAAACTGCATGTAAA	188754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146620	CTGGAGTGGCCTGAGTACCCAGCACAGCATCCTGGGAAACTGCATGTAAA	146669

C  CT009658.7	188753	GTGCCTAAGGATAAATTTTAGCAGGGGCTTCTTCCCGGTCCTGAAACACT	188704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146670	GTGCCTAAGGATAAATTTTAGCAGGGGCTTCTTCCCGGTCCTGAAACACT	146719

C  CT009658.7	188703	CCTTCAGCACGTGGACCTGGCATGGATCATCCAGTTTGGTTCACCGTAGA	188654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146720	CCTTCAGCACGTGGACCTGGCATGGATCATCCAGTTTGGTTCACCGTAGA	146769

C  CT009658.7	188653	GGGTGAAGGTTTCACCTGGTGCTTAGAGTCCCTAGAGATATATCTACTAG	188604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146770	GGGTGAAGGTTTCACCTGGTGCTTAGAGTCCCTAGAGATATATCTACTAG	146819

C  CT009658.7	188603	ATACAAAGTAGCTCCAATAAAGGGCCCTGAAGATGTTTCTATCAGATACA	188554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146820	ATACAAAGTAGCTCCAATAAAGGGCCCTGAAGATGTTTCTATCAGATACA	146869

C  CT009658.7	188553	CAGTAGCTCCAGGAAGCCCAGATCCAGATATGTTGGAAACATCTGGAAAC	188504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146870	CAGTAGCTCCAGGAAGCCCAGATCCAGATATGTTGGAAACATCTGGAAAC	146919

C  CT009658.7	188503	ATGTTCACAGACAAGGAGCTCCTGTGGAGTTTCACAGCATTGTAGAAGTT	188454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146920	ATGTTCACAGACAAGGAGCTCCTGTGGAGTTTCACAGCATTGTAGAAGTT	146969

C  CT009658.7	188453	CTGTGTATGGCTAAGGGAGCTTTCCAGAACCATCTGCCCTTCAGATGTCT	188404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	146970	CTGTGTATGGCTAAGGGAGCTTTCCAGAACCATCTGCCCTTCAGATGTCT	147019

C  CT009658.7	188403	TCGGGGACAGAGGACCCAATGCTCTGGCTGCCATGATGCTCATATTTACA	188354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	147020	TCGGGGACAGAGGACCCAATGCTCTGGCTGCCATGATGCTCATATTTACA	147069

C  CT009658.7	188353	TTGGGCCCTGCACCTTCTGTCTGCTGCTCTCAGGATCACCTTTGGGGCCA	188304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	147070	TTGGGCCCTGCACCTTCTGTCTGCTGCTCTCAGGATCACCTTTGGGGCCA	147119

C  CT009658.7	188303	CACACAACACTTATGCTCTGTTGAGGTCTATATTGGCCTCACAGGTCTCT	188254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	147120	CACACAACACTTATGCTCTGTTGAGGTCTATATTGGCCTCACAGGTCTCT	147169

C  CT009658.7	188253	GTTGTCCGGGTCCACTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAGGGGGGGGTGT	188204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	147170	GTTGTCCGGGTCCACTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAGGGGGGGGTGT	147219

C  CT009658.7	188203	TCCAGTGCTCTTAATCCTGACTATCCCCACAGTGATGTAATGATGAATTC	188154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009659.6	147220	TCCAGTGCTCTTAATCCTGACTATCCCCACAGTGATGTAATGATGAATTC	147269

Overview

Query
CT009658.7 - 190153 bps
Hit
CT009659.6 - 147269 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000188154190153-11452701472691
Short-link