<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT010441.11	233643	CTATCGAGGGAGGCAGGAAGGATCTCCAAGGAGGGCCTGGGTAGCGGGAC	233692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1	CTATCGAGGGAGGCAGGAAGGATCTCCAAGGAGGGCCTGGGTAGCGGGAC	50

CT010441.11	233693	AGCAAGGGAGGCGCTCAGAAAGGGGGTCAGAAGGGAGGTGACATGGGGTT	233742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	51	AGCAAGGGAGGCGCTCAGAAAGGGGGTCAGAAGGGAGGTGACATGGGGTT	100

CT010441.11	233743	CTTTGGAATTGAGAGGAGATGAAGCCACGGGGCTTTAGAGGGATCAGGGT	233792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	101	CTTTGGAATTGAGAGGAGATGAAGCCACGGGGCTTTAGAGGGATCAGGGT	150

CT010441.11	233793	GGGTGGGAGGAGGGAGGGAGGCCGGCTCCGAGCAACCACAGGGGTCCCTG	233842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	151	GGGTGGGAGGAGGGAGGGAGGCCGGCTCCGAGCAACCACAGGGGTCCCTG	200

CT010441.11	233843	CGGTGGAGACCCCAGCGGTGGCTCCTCAGCGCGCAAGCCGAGCATAGACG	233892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	201	CGGTGGAGACCCCAGCGGTGGCTCCTCAGCGCGCAAGCCGAGCATAGACG	250

CT010441.11	233893	AGCCGCAGAGGCGCGGAAAGCGGCTCTCGGAGCCCCTGACCCCACCATCC	233942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	251	AGCCGCAGAGGCGCGGAAAGCGGCTCTCGGAGCCCCTGACCCCACCATCC	300

CT010441.11	233943	ACCTCAGCCCGGGCCGCGCTGGCCTCTCCCGATCCGCACGGACCTGTCCC	233992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	301	ACCTCAGCCCGGGCCGCGCTGGCCTCTCCCGATCCGCACGGACCTGTCCC	350

CT010441.11	233993	GGCCGCCTCTCGCGCCGCTGCCGCCGTCCCGCAGGCTCCGCAGAATCCCC	234042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	351	GGCCGCCTCTCGCGCCGCTGCCGCCGTCCCGCAGGCTCCGCAGAATCCCC	400

CT010441.11	234043	CAGCTCCTGCCAAAACTTTTCCCATTAATCCCCAGGTCCGCCGCGGCCTG	234092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	401	CAGCTCCTGCCAAAACTTTTCCCATTAATCCCCAGGTCCGCCGCGGCCTG	450

CT010441.11	234093	CGGCGTCACACGCTCCCAGCCCCGGCGCCGCCCCCAGCCCCGTGATGTCA	234142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	451	CGGCGTCACACGCTCCCAGCCCCGGCGCCGCCCCCAGCCCCGTGATGTCA	500

CT010441.11	234143	CCGCGCCGCTGGCTCCCTCCCCCACAACTAAGCACTCGCCCCCGCCCCCT	234192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	501	CCGCGCCGCTGGCTCCCTCCCCCACAACTAAGCACTCGCCCCCGCCCCCT	550

CT010441.11	234193	TCCGCCATAGCAGTAGCCAATCGCCGCGCCGCCTGGAGCCACTCCTTTGA	234242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	551	TCCGCCATAGCAGTAGCCAATCGCCGCGCCGCCTGGAGCCACTCCTTTGA	600

CT010441.11	234243	CAGCCATCGCTCCGCCCACTGCACAGCTGCCCTGGCGCGTCTGCAGCGCC	234292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	601	CAGCCATCGCTCCGCCCACTGCACAGCTGCCCTGGCGCGTCTGCAGCGCC	650

CT010441.11	234293	CTCTGCAGTCAGACGTGGGAGCAGCAGCTGAGGAAAGCGCTGGGGAGAAG	234342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	651	CTCTGCAGTCAGACGTGGGAGCAGCAGCTGAGGAAAGCGCTGGGGAGAAG	700

CT010441.11	234343	TTAGGGCTGGTCAAAGCAAGCCTCACGAAACGATATTTAAAGCTTTAAAG	234392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	701	TTAGGGCTGGTCAAAGCAAGCCTCACGAAACGATATTTAAAGCTTTAAAG	750

CT010441.11	234393	CGCGGAAAGAAGGTGGAGGTCATCTAATACAACCTCCTCACTCTTCCTGA	234442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	751	CGCGGAAAGAAGGTGGAGGTCATCTAATACAACCTCCTCACTCTTCCTGA	800

CT010441.11	234443	GAAGAAACTAGGCATAGACTTGTGTGGTTTGAAGCAAGAAGCAAAGCTAA	234492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	801	GAAGAAACTAGGCATAGACTTGTGTGGTTTGAAGCAAGAAGCAAAGCTAA	850

CT010441.11	234493	GGGCGGTGGGGGAAGGAATAGAGGCAAACTGTAATTTTCAGAGGCGCTTG	234542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	851	GGGCGGTGGGGGAAGGAATAGAGGCAAACTGTAATTTTCAGAGGCGCTTG	900

CT010441.11	234543	GGAGAGGCATATGGTGGGAGACTTGGGAATGAAAATACAGACGCATACGT	234592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	901	GGAGAGGCATATGGTGGGAGACTTGGGAATGAAAATACAGACGCATACGT	950

CT010441.11	234593	TTTACAAAATATCTATTTTTATATGTCAGAGTGTTTTGTCTGCATGTCTG	234642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	951	TTTACAAAATATCTATTTTTATATGTCAGAGTGTTTTGTCTGCATGTCTG	1000

CT010441.11	234643	TCTCTGCACCATGTGCGTTCAGTGCCTGCAGAGTCTGGAAGAAGGCGTTG	234692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1001	TCTCTGCACCATGTGCGTTCAGTGCCTGCAGAGTCTGGAAGAAGGCGTTG	1050

CT010441.11	234693	GATCCCCTGGAAGTGGAGTTACAATGGAGAACTTCCATGTAGATGCTGGG	234742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1051	GATCCCCTGGAAGTGGAGTTACAATGGAGAACTTCCATGTAGATGCTGGG	1100

CT010441.11	234743	AAGCGAGCCTCTTCAAGAGTAGCAAGCGCGATCTTCACCACTGAAGCATC	234792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1101	AAGCGAGCCTCTTCAAGAGTAGCAAGCGCGATCTTCACCACTGAAGCATC	1150

CT010441.11	234793	TCTTCAGCACCCCCAATTTTTTAACTGGTGGCTAGTTCAATGGCTCAACG	234842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1151	TCTTCAGCACCCCCAATTTTTTAACTGGTGGCTAGTTCAATGGCTCAACG	1200

CT010441.11	234843	GGTCATCGCTTTGTCTCCAAGCCTGAAGACTTGAGTTCAGTCCCTGGGAC	234892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1201	GGTCATCGCTTTGTCTCCAAGCCTGAAGACTTGAGTTCAGTCCCTGGGAC	1250

CT010441.11	234893	TGCCTCCTGAAGGTTATCTTCCAATCTCTACACACCGCATGTGCACTTTC	234942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1251	TGCCTCCTGAAGGTTATCTTCCAATCTCTACACACCGCATGTGCACTTTC	1300

CT010441.11	234943	ATATACACCCACACAAGAAAAAAGAAAGATCTGGAAGGCATGATGGCACT	234992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1301	ATATACACCCACACAAGAAAAAAGAAAGATCTGGAAGGCATGATGGCACT	1350

CT010441.11	234993	CTAACTCCAGCACTCAGGAGGTAGAGGACCCGTTTGAGGTCATTTTTAGC	235042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1351	CTAACTCCAGCACTCAGGAGGTAGAGGACCCGTTTGAGGTCATTTTTAGC	1400

CT010441.11	235043	AATGGAGAAAGTTTTGGGCCAGCCTGTGCTTATAGGCCTTGTGAAGCCAA	235092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1401	AATGGAGAAAGTTTTGGGCCAGCCTGTGCTTATAGGCCTTGTGAAGCCAA	1450

CT010441.11	235093	ATAGAAAACAAATTTTAAAAGAACTTTTCTCCCACTTGAGATTTCTGTCG	235142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1451	ATAGAAAACAAATTTTAAAAGAACTTTTCTCCCACTTGAGATTTCTGTCG	1500

CT010441.11	235143	CTGGATGTCAGGGACCAGACAAGACAAGAACTCTGTACCTGGGCTTGCCT	235192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1501	CTGGATGTCAGGGACCAGACAAGACAAGAACTCTGTACCTGGGCTTGCCT	1550

CT010441.11	235193	GTCACCCCAACTCATCATATACCACAGAGAGTATGTAGCCAGAAGGCAAT	235242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1551	GTCACCCCAACTCATCATATACCACAGAGAGTATGTAGCCAGAAGGCAAT	1600

CT010441.11	235243	CTGTCACTGGCTGGTTTCATCATCCTAGAATGAACAAAACTTGGCTGGCA	235292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1601	CTGTCACTGGCTGGTTTCATCATCCTAGAATGAACAAAACTTGGCTGGCA	1650

CT010441.11	235293	GGAAAGTCAGCAGGCACCTCCCTCCTCCACACCGCCATTAAAGGTCACCT	235342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1651	GGAAAGTCAGCAGGCACCTCCCTCCTCCACACCGCCATTAAAGGTCACCT	1700

CT010441.11	235343	CTGCCCGGTCTGGCACTCCTTACAGTGCATCCTTAGCTCGCTGGATTGGA	235392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1701	CTGCCCGGTCTGGCACTCCTTACAGTGCATCCTTAGCTCGCTGGATTGGA	1750

CT010441.11	235393	GAACCCCACACCACTTTTTTTCTGCTTTGTTTTCGAGTGTGTGTGTCTGT	235442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1751	GAACCCCACACCACTTTTTTTCTGCTTTGTTTTCGAGTGTGTGTGTCTGT	1800

CT010441.11	235443	GTGTGTGTGTGTGCGCGTGCGCACGTGCGCGTGTGCACTTGGAGGACAGA	235492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1801	GTGTGTGTGTGTGCGCGTGCGCACGTGCGCGTGTGCACTTGGAGGACAGA	1850

CT010441.11	235493	GAAGGGTACTGTGTGTCTTCCAAGGATAGGTTTCCACGGTTTTCCTTTGA	235542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1851	GAAGGGTACTGTGTGTCTTCCAAGGATAGGTTTCCACGGTTTTCCTTTGA	1900

CT010441.11	235543	GGCCTGGTCTCCTGATGCATGCACGAGCGGTTCTGGTTTGGTGGGATAGG	235592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1901	GGCCTGGTCTCCTGATGCATGCACGAGCGGTTCTGGTTTGGTGGGATAGG	1950

CT010441.11	235593	CTGTCAGCCATCAAGCCTGGGCTATCCTGGTTCTGCAATTACAGGAATTC	235642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009658.7	1951	CTGTCAGCCATCAAGCCTGGGCTATCCTGGTTCTGCAATTACAGGAATTC	2000

Overview

Query
CT010441.11 - 235642 bps
Hit
CT009658.7 - 190153 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link