<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2142 bps / non-identical: 2128 bps

Full alignment

C  AC137079.9	36988	TGTAACGCCCACTTTTG-TTAATTGCTTATTTAATCGAGTTTAGGCGATT	36940
			||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||||| ||||
  CT009653.2	112845	TGTAACGCCCACTTTCGTTTAATCGTTTATTTAATCGAGTTTAGGTGATT	112894

C  AC137079.9	36939	ATATTATATTTATATAATATATGCATGATTTTGATATGTTTTGATGATTT	36890
			|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||      
  CT009653.2	112895	ATATTATAATTATATAATATATGCATGATTTTGGTATGTTTGGA------	112938

C  AC137079.9	36889	GCGATGATTTTGGTGATTTGATGGATGACGTGATAAGTTATGAGTTTTGG	36840
			             ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	112939	-------------TGATTTGATTGATGACGTGATAAGTTATGAGTTTTGG	112975

C  AC137079.9	36839	AAGATTTGA-TAAGATTAAGGGATTTATTTTATTGTTAAATAGAATAAAG	36791
			| ||||||| || || || | |||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	112976	AGGATTTGATTATGA-TATGAGATTTATTTTATTGTTAAATAGAATAAAG	113024

C  AC137079.9	36790	ATTTGAAAATAAAATAAAATATTTAGTTGAGGGCTGTTTTGATATTTTAG	36741
			||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	113025	ATTTGAAGATAATATAAAATATTTAGTTGAGGGCTGTTTTGATATTTTAG	113074

C  AC137079.9	36740	ATAGTTTTGGGGGAGAAAGTGAGATAAGATAAGTA-ATTAGGAAGAGATA	36692
			||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||
  CT009653.2	113075	ATAGTGTTGGGGGAGAAAGTGAGATAAGATAAGTATTTTAAGAGGAGATA	113124

C  AC137079.9	36691	TAAATAGAGAAGACCTAATTGTTAGAAAAACTGATTGTACGT--GAAAAC	36644
			|||| ||   ||||||| |  ||||||||||  |  ||||||  ||    
  CT009653.2	113125	TAAA-AGGTTAGACCTAGT--TTAGAAAAACATAAAGTACGTACGACTGT	113171

C  AC137079.9	36643	TTTTGGA-AAAAGG-AGAAAAAGCTTAGAAGGGAGAAGAGCATTGA--GA	36598
			||||||| |||||| |||||||||  |||  | ||| || | | ||  ||
  CT009653.2	113172	TTTTGGAGAAAAGGAAGAAAAAGCCAAGA--GAAGAGGAACCTAGAGTGA	113219

C  AC137079.9	36597	GGGCTGCGATTTCTCCATAACCAGGTAATGGTGAGACTAATAATTCAATA	36548
			|||||||||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||||
  CT009653.2	113220	GGGCTGCGATTTCTTCAT-ACAAGGTAAGGGTGAGACTAATAATTCAATA	113268

C  AC137079.9	36547	ACGTTGGTTGATGTAATTCTGATGATTAATTGACAAAGTTAGGGTTGATT	36498
			| |||  ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
  CT009653.2	113269	ATGTTATTTACTGTAATTCTGATGATTAGTTGACAAAGTTAGGATTGATT	113318

C  AC137079.9	36497	TAGAAAAGTTTTGGAATTAGGTCAAAACCCTAAAAATTGATGATCCAACG	36448
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  CT009653.2	113319	TAGAGAAGTTTTGGAATTAGGTCAAAACCCTAAAAATTGATGATCAAACG	113368

C  AC137079.9	36447	GT-AAAACTTGATTAGATTGACGTAGAAACCGTCCTTTAACCTTAGAACA	36399
			|| |||||||| ||||||||| | |  ||||| ||||||||||||||| |
  CT009653.2	113369	GTAAAAACTTG-TTAGATTGATGAAAGAACCGCCCTTTAACCTTAGAATA	113417

C  AC137079.9	36398	TGTTTAGGATGGATTATGGAATCAGAATTAGGCTTTGAACCATGTTGTTT	36349
			||||||||||| ||| |||||||| ||  | ||||||||||||||||| |
  CT009653.2	113418	TGTTTAGGATGAATTCTGGAATCAAAACCACGCTTTGAACCATGTTGTGT	113467

C  AC137079.9	36348	GATGGATTTTCGAGAAAACCCTTAGTCTGCTCGAGCTTCTGTTCATCGCT	36299
			|||||||||| ||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||
  CT009653.2	113468	GATGGATTTTTGAGAAAAACCCTAGTCTGCCCGTGCTTCTGTTCATCGCT	113517

C  AC137079.9	36298	CGCCCTGGCGAGGGATGATCCTCGCCTCGCGAGTGATGAACTTCATCGCT	36249
			||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	113518	CGCCACGACGAGTGATGATCCTCGCCTCGCGAGTGATGAACTTCATCGCT	113567

C  AC137079.9	36248	CGCCACGCGAG-CCTTTCCCTTCGCCTCGCGAGTTGTTTGGTGCAACTCG	36200
			||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	113568	CGCCACGCGAGCCCCTTCCCTTCGCCTCGCGAGTTGTTTGGTGCAACTCG	113617

C  AC137079.9	36199	CCACGGCGAGCAACCCTTCCTCGCCTCGCGAGCTTAGGCAGAGAGCATGT	36150
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
  CT009653.2	113618	CCATGGCGAGCAACCCTTCCTCGCCTCGCGAGCTTAGGCAGAGTGCATGT	113667

C  AC137079.9	36149	CATATTTTGTGTTTCGACCCTTTTAGTTGGACTTTGGATGCCTTAGAGTG	36100
			||||||| ||||||||||| ||||||||| |  ||| ||||||| |||| 
  CT009653.2	113668	CATATTTCGTGTTTCGACCTTTTTAGTTGAATCTTGTATGCCTTTGAGTA	113717

C  AC137079.9	36099	CCTGAACATGCCTAGTATTGATTAGGAATGAATGTAGGATCAGATTGAAC	36050
			||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||
  CT009653.2	113718	CCTGAACATACCTAGTATTGATTAGGAATGAAAGTAGGATCAGAGGGAAC	113767

C  AC137079.9	36049	CCAGAACAACACTAGTTTGGGAGTTGAGTGGTACTCGCCATGGCGAGTAA	36000
			||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	113768	CCAGAACAACCTTAGTTTGGGAGTTGAGTGGTACTCGCCATGGCGAGTAA	113817

C  AC137079.9	35999	GAACTCTCGCCTCGCGAGCACAACTTGAATGTAGTTGCTTGAGTGTTTGT	35950
			| |||||||||||||||| |||||  | ||| | ||| ||  |||||| |
  CT009653.2	113818	GTACTCTCGCCTCGCGAGTACAACCAGGATGAACTTGTTTATGTGTTTAT	113867

C  AC137079.9	35949	GCGATCTGTGTCGCACGTGTTGATCAAGAGCGAACCCCTAATTGGTATTG	35900
			|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||
  CT009653.2	113868	GCGATCTGTGTCGCACTTGTTGATCAAGAGTGAACCCCTAACTGGTAATG	113917

C  AC137079.9	35899	AGACCTAATGATGACGTTTAATGCAGTCTGTAGAGTTGTTTAAGTTATGT	35850
			||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
  CT009653.2	113918	AGACCTAGTGATGTCGTTTAATGCAGACTGTAGAGTTGTTTAAGTTATAT	113967

C  AC137079.9	35849	TGATATTAATTGAACATGAACTAATGTATTGTATATTCATGCAAGATATG	35800
			| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |
  CT009653.2	113968	TAATATTAATTGAATATGAACTATTGTATTGTATATTCATGCAAGATAAG	114017

C  AC137079.9	35799	AAGGTTTGATAATGATGCAATTTATAAGCTATTGATATAATGATATCATT	35750
			||| | |||| ||||| ||| ||||  ||  |||||||||||||||||| 
  CT009653.2	114018	AAGATGTGATGATGATACAAATTATGTGC-CTTGATATAATGATATCATC	114066

C  AC137079.9	35749	TTGTTATGTGACTTGTTTATGCTGCTTCCGTTATTTAACTAAGTGCATAA	35700
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114067	TTGTTATGTGACCTGTTTATGCTGCTTCCGTTATTTAACTAAGTGCATAA	114116

C  AC137079.9	35699	GTATATGATGAAGTTTAGCTCCAAATTACTGGATGCATGTTGATATGTTG	35650
			 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
  CT009653.2	114117	TTATATGATGAAGTTTAGCTCCAAATTATTGGATGCATGTTGATAAGTTG	114166

C  AC137079.9	35649	ATTACGATGTTTT-TCCATAAGAGTCCATGCATAGCATCTCATTGAGCTT	35601
			||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||| |||||||||||
  CT009653.2	114167	ATTACGATGTTTTGTTCATATGTGTCCATGCATAGCATATCATTGAGCTT	114216

C  AC137079.9	35600	AGTCCTCACCACGATTATTAGGAGCTTTGTCCTCCGCACGTTTTATAGGA	35551
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114217	AGTCCTCACCACGAATATTAGGAGCTTTGTCCTCCGCACGTTTTATAGGA	114266

C  AC137079.9	35550	GCTTTGTCCTCCGCACGTTTAAAGTATATTAATACTTATGATGACGATTG	35501
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114267	GCTTTGTCCTCCGCACGATTAAAGTATATTAATACTTATGATGACGATTG	114316

C  AC137079.9	35500	GTACCACATGCATATAAGGAGTCTAAGAGCATTGTCACATTGTCATGATT	35451
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114317	GTACCACATGCATATAAGGAGTCTAGGAGCATTGTCACATTGTCATGATT	114366

C  AC137079.9	35450	AAGATGCCTTGTTGTTGATGACTGAATACGTGATTACATGATAAGTGTTT	35401
			|||||||||||||| | |||| |||||| |||||||  ||||||||||||
  CT009653.2	114367	AAGATGCCTTGTTGATAATGAATGAATATGTGATTATGTGATAAGTGTTT	114416

C  AC137079.9	35400	ATTGATTATGTTATGTTGTTCATGAT-AATTGGATATATGATTACGTGAT	35352
			||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114417	ATTGATTATGTTACGTTGTTCATAATGAATTGGATATATGATTACGTGAT	114466

C  AC137079.9	35351	AACTGTTTAGCATTTATGCAAAGTTGATGAAGGAATGATTAGGATGTTAA	35302
			||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||
  CT009653.2	114467	AACTGTTTAGCATTTATGCAAAGTTAATAATGGAATGATTATGATGTTAA	114516

C  AC137079.9	35301	TTTATGATTCGCAATTACATTGATTAATGTTATTTTGTTATGAAATCTCA	35252
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
  CT009653.2	114517	TTTATGATTCGCAATTACATTGATTAATGTTATTTTATTATGAAATCTCA	114566

C  AC137079.9	35251	CCCCTTCTGCTTGAAAATGTTGCCCTTCGTATGGGTAACTTGCAGGTGAT	35202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114567	CCCCTTCTGCTTGAAAATGTTGCCCTTCGTATGGGTAACTTGCAGGTGAT	114616

C  AC137079.9	35201	CGTGCTTAGTGTGCAGTTGCCGTTGTGAGTGGCCTTGCCTTCACTGTGTC	35152
			||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
  CT009653.2	114617	CGTGCTTAGTGTGCAGTTGCCGTCGTGAGTGGCCTTACCTTCACTGTGTC	114666

C  AC137079.9	35151	GTCTAGGTCGCTCTGATACGTAACGGGATGGGGTTTAATGTTAT-ACATG	35103
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||
  CT009653.2	114667	GTCTAGGTCGCTCTGATACGTAACGGGATGGGGTTTTATGCTATAACATG	114716

C  AC137079.9	35102	CTTCATTCTCTTACGTG-------ATTAATATGTTATTTTTATCATGATA	35060
			|||||||||||||||||       || ||||| ||| | || | ||  ||
  CT009653.2	114717	CTTCATTCTCTTACGTGAACTGCCATGAATAT-TTACTGTTTTGAT--TA	114763

C  AC137079.9	35059	TGGATTACGATATGAATTGTTTTGTTGGGGCCTAAGTGCCAAACTGATTT	35010
			    ||  || || | |||||      ||||||  ||||||||  | || 
  CT009653.2	114764	ACTCTTTTGAGAT-ACTTGTT------GGGCCTGCGTGCCAAAACGTTTC	114806

C  AC137079.9	35009	ATGATTTCCG---AACTAATATTCCGCTGC-TATG-TTAAGATATTATGC	34965
			|||| ||  |   ||   || |||||||||  ||| |||||||||  || 
  CT009653.2	114807	ATGAATTATGGTTAA--GATTTTCCGCTGCAAATGTTTAAGATAT--TG-	114851

C  AC137079.9	34964	GAAAGTTAAATTGTTATTTAACTGTTTTTGGATTACGTTTCTATGTGATA	34915
			    |||||||| |||||||||||   |||||||||| || |||||||||
  CT009653.2	114852	----GTTAAATTATTATTTAACTG---TTGGATTACG-TTATATGTGATA	114893

C  AC137079.9	34914	TTCCGTT-TATGGTTTTTACTCTGATAA-----ATGTTT---AAGAAA-T	34875
			| ||||| | || | |||||||||||||     ||||||   |||||| |
  CT009653.2	114894	TCCCGTTGTTTGATGTTTACTCTGATAAATGTTATGTTTTTAAAGAAATT	114943

C  AC137079.9	34874	TTGTATATTGGGAAAACGGGGTGTTACA	34847
			||  ||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114944	TTAAATATTGGGAAAACGGGGTGTTACA	114971

Compact alignment

C  AC137079.9	36988	TGTAACGCCCACTTTTG-TTAATTGCTTATTTAATCGAGTTTAGGCGATT	36940
			||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||||| ||||
  CT009653.2	112845	TGTAACGCCCACTTTCGTTTAATCGTTTATTTAATCGAGTTTAGGTGATT	112894

C  AC137079.9	36939	ATATTATATTTATATAATATATGCATGATTTTGATATGTTTTGATGATTT	36890
			|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||      
  CT009653.2	112895	ATATTATAATTATATAATATATGCATGATTTTGGTATGTTTGGA------	112938

C  AC137079.9	36889	GCGATGATTTTGGTGATTTGATGGATGACGTGATAAGTTATGAGTTTTGG	36840
			             ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	112939	-------------TGATTTGATTGATGACGTGATAAGTTATGAGTTTTGG	112975

C  AC137079.9	36839	AAGATTTGA-TAAGATTAAGGGATTTATTTTATTGTTAAATAGAATAAAG	36791
			| ||||||| || || || | |||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	112976	AGGATTTGATTATGA-TATGAGATTTATTTTATTGTTAAATAGAATAAAG	113024

C  AC137079.9	36790	ATTTGAAAATAAAATAAAATATTTAGTTGAGGGCTGTTTTGATATTTTAG	36741
			||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	113025	ATTTGAAGATAATATAAAATATTTAGTTGAGGGCTGTTTTGATATTTTAG	113074

C  AC137079.9	36740	ATAGTTTTGGGGGAGAAAGTGAGATAAGATAAGTA-ATTAGGAAGAGATA	36692
			||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||
  CT009653.2	113075	ATAGTGTTGGGGGAGAAAGTGAGATAAGATAAGTATTTTAAGAGGAGATA	113124

C  AC137079.9	36691	TAAATAGAGAAGACCTAATTGTTAGAAAAACTGATTGTACGT--GAAAAC	36644
			|||| ||   ||||||| |  ||||||||||  |  ||||||  ||    
  CT009653.2	113125	TAAA-AGGTTAGACCTAGT--TTAGAAAAACATAAAGTACGTACGACTGT	113171

C  AC137079.9	36643	TTTTGGA-AAAAGG-AGAAAAAGCTTAGAAGGGAGAAGAGCATTGA--GA	36598
			||||||| |||||| |||||||||  |||  | ||| || | | ||  ||
  CT009653.2	113172	TTTTGGAGAAAAGGAAGAAAAAGCCAAGA--GAAGAGGAACCTAGAGTGA	113219

C  AC137079.9	36597	GGGCTGCGATTTCTCCATAACCAGGTAATGGTGAGACTAATAATTCAATA	36548
			|||||||||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||||
  CT009653.2	113220	GGGCTGCGATTTCTTCAT-ACAAGGTAAGGGTGAGACTAATAATTCAATA	113268

C  AC137079.9	36547	ACGTTGGTTGATGTAATTCTGATGATTAATTGACAAAGTTAGGGTTGATT	36498
			| |||  ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
  CT009653.2	113269	ATGTTATTTACTGTAATTCTGATGATTAGTTGACAAAGTTAGGATTGATT	113318

C  AC137079.9	36497	TAGAAAAGTTTTGGAATTAGGTCAAAACCCTAAAAATTGATGATCCAACG	36448
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  CT009653.2	113319	TAGAGAAGTTTTGGAATTAGGTCAAAACCCTAAAAATTGATGATCAAACG	113368

C  AC137079.9	36447	GT-AAAACTTGATTAGATTGACGTAGAAACCGTCCTTTAACCTTAGAACA	36399
			|| |||||||| ||||||||| | |  ||||| ||||||||||||||| |
  CT009653.2	113369	GTAAAAACTTG-TTAGATTGATGAAAGAACCGCCCTTTAACCTTAGAATA	113417

C  AC137079.9	36398	TGTTTAGGATGGATTATGGAATCAGAATTAGGCTTTGAACCATGTTGTTT	36349
			||||||||||| ||| |||||||| ||  | ||||||||||||||||| |
  CT009653.2	113418	TGTTTAGGATGAATTCTGGAATCAAAACCACGCTTTGAACCATGTTGTGT	113467

C  AC137079.9	36348	GATGGATTTTCGAGAAAACCCTTAGTCTGCTCGAGCTTCTGTTCATCGCT	36299
			|||||||||| ||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||
  CT009653.2	113468	GATGGATTTTTGAGAAAAACCCTAGTCTGCCCGTGCTTCTGTTCATCGCT	113517

C  AC137079.9	36298	CGCCCTGGCGAGGGATGATCCTCGCCTCGCGAGTGATGAACTTCATCGCT	36249
			||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	113518	CGCCACGACGAGTGATGATCCTCGCCTCGCGAGTGATGAACTTCATCGCT	113567

C  AC137079.9	36248	CGCCACGCGAG-CCTTTCCCTTCGCCTCGCGAGTTGTTTGGTGCAACTCG	36200
			||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	113568	CGCCACGCGAGCCCCTTCCCTTCGCCTCGCGAGTTGTTTGGTGCAACTCG	113617

C  AC137079.9	36199	CCACGGCGAGCAACCCTTCCTCGCCTCGCGAGCTTAGGCAGAGAGCATGT	36150
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
  CT009653.2	113618	CCATGGCGAGCAACCCTTCCTCGCCTCGCGAGCTTAGGCAGAGTGCATGT	113667

C  AC137079.9	36149	CATATTTTGTGTTTCGACCCTTTTAGTTGGACTTTGGATGCCTTAGAGTG	36100
			||||||| ||||||||||| ||||||||| |  ||| ||||||| |||| 
  CT009653.2	113668	CATATTTCGTGTTTCGACCTTTTTAGTTGAATCTTGTATGCCTTTGAGTA	113717

C  AC137079.9	36099	CCTGAACATGCCTAGTATTGATTAGGAATGAATGTAGGATCAGATTGAAC	36050
			||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||
  CT009653.2	113718	CCTGAACATACCTAGTATTGATTAGGAATGAAAGTAGGATCAGAGGGAAC	113767

C  AC137079.9	36049	CCAGAACAACACTAGTTTGGGAGTTGAGTGGTACTCGCCATGGCGAGTAA	36000
			||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	113768	CCAGAACAACCTTAGTTTGGGAGTTGAGTGGTACTCGCCATGGCGAGTAA	113817

C  AC137079.9	35999	GAACTCTCGCCTCGCGAGCACAACTTGAATGTAGTTGCTTGAGTGTTTGT	35950
			| |||||||||||||||| |||||  | ||| | ||| ||  |||||| |
  CT009653.2	113818	GTACTCTCGCCTCGCGAGTACAACCAGGATGAACTTGTTTATGTGTTTAT	113867

C  AC137079.9	35949	GCGATCTGTGTCGCACGTGTTGATCAAGAGCGAACCCCTAATTGGTATTG	35900
			|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||
  CT009653.2	113868	GCGATCTGTGTCGCACTTGTTGATCAAGAGTGAACCCCTAACTGGTAATG	113917

C  AC137079.9	35899	AGACCTAATGATGACGTTTAATGCAGTCTGTAGAGTTGTTTAAGTTATGT	35850
			||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
  CT009653.2	113918	AGACCTAGTGATGTCGTTTAATGCAGACTGTAGAGTTGTTTAAGTTATAT	113967

C  AC137079.9	35849	TGATATTAATTGAACATGAACTAATGTATTGTATATTCATGCAAGATATG	35800
			| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |
  CT009653.2	113968	TAATATTAATTGAATATGAACTATTGTATTGTATATTCATGCAAGATAAG	114017

C  AC137079.9	35799	AAGGTTTGATAATGATGCAATTTATAAGCTATTGATATAATGATATCATT	35750
			||| | |||| ||||| ||| ||||  ||  |||||||||||||||||| 
  CT009653.2	114018	AAGATGTGATGATGATACAAATTATGTGC-CTTGATATAATGATATCATC	114066

C  AC137079.9	35749	TTGTTATGTGACTTGTTTATGCTGCTTCCGTTATTTAACTAAGTGCATAA	35700
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114067	TTGTTATGTGACCTGTTTATGCTGCTTCCGTTATTTAACTAAGTGCATAA	114116

C  AC137079.9	35699	GTATATGATGAAGTTTAGCTCCAAATTACTGGATGCATGTTGATATGTTG	35650
			 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
  CT009653.2	114117	TTATATGATGAAGTTTAGCTCCAAATTATTGGATGCATGTTGATAAGTTG	114166

C  AC137079.9	35649	ATTACGATGTTTT-TCCATAAGAGTCCATGCATAGCATCTCATTGAGCTT	35601
			||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||| |||||||||||
  CT009653.2	114167	ATTACGATGTTTTGTTCATATGTGTCCATGCATAGCATATCATTGAGCTT	114216

C  AC137079.9	35600	AGTCCTCACCACGATTATTAGGAGCTTTGTCCTCCGCACGTTTTATAGGA	35551
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114217	AGTCCTCACCACGAATATTAGGAGCTTTGTCCTCCGCACGTTTTATAGGA	114266

C  AC137079.9	35550	GCTTTGTCCTCCGCACGTTTAAAGTATATTAATACTTATGATGACGATTG	35501
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114267	GCTTTGTCCTCCGCACGATTAAAGTATATTAATACTTATGATGACGATTG	114316

C  AC137079.9	35500	GTACCACATGCATATAAGGAGTCTAAGAGCATTGTCACATTGTCATGATT	35451
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114317	GTACCACATGCATATAAGGAGTCTAGGAGCATTGTCACATTGTCATGATT	114366

C  AC137079.9	35450	AAGATGCCTTGTTGTTGATGACTGAATACGTGATTACATGATAAGTGTTT	35401
			|||||||||||||| | |||| |||||| |||||||  ||||||||||||
  CT009653.2	114367	AAGATGCCTTGTTGATAATGAATGAATATGTGATTATGTGATAAGTGTTT	114416

C  AC137079.9	35400	ATTGATTATGTTATGTTGTTCATGAT-AATTGGATATATGATTACGTGAT	35352
			||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114417	ATTGATTATGTTACGTTGTTCATAATGAATTGGATATATGATTACGTGAT	114466

C  AC137079.9	35351	AACTGTTTAGCATTTATGCAAAGTTGATGAAGGAATGATTAGGATGTTAA	35302
			||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||
  CT009653.2	114467	AACTGTTTAGCATTTATGCAAAGTTAATAATGGAATGATTATGATGTTAA	114516

C  AC137079.9	35301	TTTATGATTCGCAATTACATTGATTAATGTTATTTTGTTATGAAATCTCA	35252
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
  CT009653.2	114517	TTTATGATTCGCAATTACATTGATTAATGTTATTTTATTATGAAATCTCA	114566

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC137079.9	35201	CGTGCTTAGTGTGCAGTTGCCGTTGTGAGTGGCCTTGCCTTCACTGTGTC	35152
			||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
  CT009653.2	114617	CGTGCTTAGTGTGCAGTTGCCGTCGTGAGTGGCCTTACCTTCACTGTGTC	114666

C  AC137079.9	35151	GTCTAGGTCGCTCTGATACGTAACGGGATGGGGTTTAATGTTAT-ACATG	35103
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||
  CT009653.2	114667	GTCTAGGTCGCTCTGATACGTAACGGGATGGGGTTTTATGCTATAACATG	114716

C  AC137079.9	35102	CTTCATTCTCTTACGTG-------ATTAATATGTTATTTTTATCATGATA	35060
			|||||||||||||||||       || ||||| ||| | || | ||  ||
  CT009653.2	114717	CTTCATTCTCTTACGTGAACTGCCATGAATAT-TTACTGTTTTGAT--TA	114763

C  AC137079.9	35059	TGGATTACGATATGAATTGTTTTGTTGGGGCCTAAGTGCCAAACTGATTT	35010
			    ||  || || | |||||      ||||||  ||||||||  | || 
  CT009653.2	114764	ACTCTTTTGAGAT-ACTTGTT------GGGCCTGCGTGCCAAAACGTTTC	114806

C  AC137079.9	35009	ATGATTTCCG---AACTAATATTCCGCTGC-TATG-TTAAGATATTATGC	34965
			|||| ||  |   ||   || |||||||||  ||| |||||||||  || 
  CT009653.2	114807	ATGAATTATGGTTAA--GATTTTCCGCTGCAAATGTTTAAGATAT--TG-	114851

C  AC137079.9	34964	GAAAGTTAAATTGTTATTTAACTGTTTTTGGATTACGTTTCTATGTGATA	34915
			    |||||||| |||||||||||   |||||||||| || |||||||||
  CT009653.2	114852	----GTTAAATTATTATTTAACTG---TTGGATTACG-TTATATGTGATA	114893

C  AC137079.9	34914	TTCCGTT-TATGGTTTTTACTCTGATAA-----ATGTTT---AAGAAA-T	34875
			| ||||| | || | |||||||||||||     ||||||   |||||| |
  CT009653.2	114894	TCCCGTTGTTTGATGTTTACTCTGATAAATGTTATGTTTTTAAAGAAATT	114943

C  AC137079.9	34874	TTGTATATTGGGAAAACGGGGTGTTACA	34847
			||  ||||||||||||||||||||||||
  CT009653.2	114944	TTAAATATTGGGAAAACGGGGTGTTACA	114971

Overview

Query
AC137079.9 - 122392 bps
Hit
CT009653.2 - 115799 bps
Total alignments
7
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2142 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
187.4127321423484736988-11128451149711
282.061002641204681207311453847991
382.42110283119867120149-1453848101
488.241462556703967293-158444586981
597.3913515311988112003311000121001641
687.4984151120580120730-11000131001641
792.2146570912002212073011005411012461
Short-link