<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009662.23	1	GAATTCTGTGGCACTCTGGCACTAGTCAGACCATACATACACCCATCAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	217683	GAATTCTGTGGCACTCTGGCACTAGTCAGACCATACATACACCCATCAAA	217732

CT009662.23	51	CATTCCAGGTAGGACCAGGTGTGGTAGCGGGAGGCAGAGGACAGCAGATC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	217733	CATTCCAGGTAGGACCAGGTGTGGTAGCGGGAGGCAGAGGACAGCAGATC	217782

CT009662.23	101	TCTTTTAGTTTTAGGCCATCCTGGGATACACAGAGCGTATCTCAATGCAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	217783	TCTTTTAGTTTTAGGCCATCCTGGGATACACAGAGCGTATCTCAATGCAA	217832

CT009662.23	151	CAAAGTAAAACAAACACACACAGACAATCAGCTCCAGGGTGACTTGCTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	217833	CAAAGTAAAACAAACACACACAGACAATCAGCTCCAGGGTGACTTGCTCT	217882

CT009662.23	201	ATTGGCCCAAATATAAGTTCTAAACCCAGCAGCTCCGAGAGAATCACAGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	217883	ATTGGCCCAAATATAAGTTCTAAACCCAGCAGCTCCGAGAGAATCACAGT	217932

CT009662.23	251	GGAATTGTGAATAGTTTTATGTGGCTCATACAGCTAGAAAGGACAGACAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	217933	GGAATTGTGAATAGTTTTATGTGGCTCATACAGCTAGAAAGGACAGACAG	217982

CT009662.23	301	GCCTTATCAAAACTGTAGAGAAGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	217983	GCCTTATCAAAACTGTAGAGAAGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAA	218032

CT009662.23	351	GAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCCGGAGTTCAAATCCCAGCAACCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218033	GAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCCGGAGTTCAAATCCCAGCAACCA	218082

CT009662.23	401	CATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACAAGATCTGACTCCCTCTTCTGGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218083	CATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACAAGATCTGACTCCCTCTTCTGGAG	218132

CT009662.23	451	TGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAGTCTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218133	TGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAGTCTA	218182

CT009662.23	501	AAAAAAAAAAAACTGTAGAGAAGGTATCGCAAATGTTTCTCAACTGGACA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218183	AAAAAAAAAAAACTGTAGAGAAGGTATCGCAAATGTTTCTCAACTGGACA	218232

CT009662.23	551	TTGATTTATGGGCCTTGTTTGGTTTTGGGTTTTGGTAATGGTACTGGTGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218233	TTGATTTATGGGCCTTGTTTGGTTTTGGGTTTTGGTAATGGTACTGGTGA	218282

CT009662.23	601	AGGCAGCAGGGCCTTCTGCATGCAAGGCAAGCAGCCTGCTACCGAGCTAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218283	AGGCAGCAGGGCCTTCTGCATGCAAGGCAAGCAGCCTGCTACCGAGCTAC	218332

CT009662.23	651	AACCACATCCTTTCTATTCTCCCTCACCCCGTCTCTATGTTCCCTTTTCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218333	AACCACATCCTTTCTATTCTCCCTCACCCCGTCTCTATGTTCCCTTTTCA	218382

CT009662.23	701	CACTTATTCAAACCTAGTTTGTGGCACTCCAGAAAATCCACACCTGAATC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218383	CACTTATTCAAACCTAGTTTGTGGCACTCCAGAAAATCCACACCTGAATC	218432

CT009662.23	751	TGTGTGGATGGGCCTGATCCAGCATAGAGATGATGACACTCACAGTTCCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218433	TGTGTGGATGGGCCTGATCCAGCATAGAGATGATGACACTCACAGTTCCT	218482

CT009662.23	801	AAAGTTGCTCAAAGATCTAAGAGCAGAAGTGGACTCCAGACTTAGGTGCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218483	AAAGTTGCTCAAAGATCTAAGAGCAGAAGTGGACTCCAGACTTAGGTGCA	218532

CT009662.23	851	CTGTGGGTTTTCTAGGATGAAGTGAGGTTCCTGTGTTCATGTCTGTGCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218533	CTGTGGGTTTTCTAGGATGAAGTGAGGTTCCTGTGTTCATGTCTGTGCAG	218582

CT009662.23	901	GTGCACACGCAGGTGTGTGCACACAGGTGCATAACCATGTATGTGTGGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218583	GTGCACACGCAGGTGTGTGCACACAGGTGCATAACCATGTATGTGTGGGG	218632

CT009662.23	951	CAAGAGCTCACGTAGCATTTCTCAGGCGCCAGCCACCTTTCTTCGTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218633	CAAGAGCTCACGTAGCATTTCTCAGGCGCCAGCCACCTTTCTTCGTTTTT	218682

CT009662.23	1001	CTCTTCCTTCAGTGGCCTGGATCTTGAGGATTTAGGCTAGGCGGGCTGGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218683	CTCTTCCTTCAGTGGCCTGGATCTTGAGGATTTAGGCTAGGCGGGCTGGG	218732

CT009662.23	1051	CACTAGCCCCAGGGTTCCCCGTCCCCCTCCTCAGTCCTGAGATCATTGCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218733	CACTAGCCCCAGGGTTCCCCGTCCCCCTCCTCAGTCCTGAGATCATTGCC	218782

CT009662.23	1101	GTGCGCCTTCCTTCACGCCCGGCTCTTTATATGCATCCTAGGAATCAAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218783	GTGCGCCTTCCTTCACGCCCGGCTCTTTATATGCATCCTAGGAATCAAGC	218832

CT009662.23	1151	CCGGGTCTTCATGCTTGCAGGGCAAGAGCTTTACCCACTGAGCCATCTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218833	CCGGGTCTTCATGCTTGCAGGGCAAGAGCTTTACCCACTGAGCCATCTCC	218882

CT009662.23	1201	TCAAGCCTCAACTGTGACTTAGTATGCTTTCCTGTGTTCTGATACTGCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218883	TCAAGCCTCAACTGTGACTTAGTATGCTTTCCTGTGTTCTGATACTGCTC	218932

CT009662.23	1251	AAGTAGAAAGACAATGCTTGCAACCAAACTATTCTGGAGCTGTTCTGAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218933	AAGTAGAAAGACAATGCTTGCAACCAAACTATTCTGGAGCTGTTCTGAGC	218982

CT009662.23	1301	GCTTTCATCCTGTCATCCTTGCTGCTTATGCCATGGTCACTCCAGCATCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	218983	GCTTTCATCCTGTCATCCTTGCTGCTTATGCCATGGTCACTCCAGCATCT	219032

CT009662.23	1351	TCCTAGCAGAGTTCTGTCCTCAACTTCTGCATTAGCACAGTTGGAAGCGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219033	TCCTAGCAGAGTTCTGTCCTCAACTTCTGCATTAGCACAGTTGGAAGCGC	219082

CT009662.23	1401	TCATCTCGCCTAGTCAGACAGCATGGGCAATACAGAAAAGTGCTGGATCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219083	TCATCTCGCCTAGTCAGACAGCATGGGCAATACAGAAAAGTGCTGGATCT	219132

CT009662.23	1451	CTTCTGTACACTGCTGGGAGACGCTCTCAGGTTTCCTAAATAGTTTGGTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219133	CTTCTGTACACTGCTGGGAGACGCTCTCAGGTTTCCTAAATAGTTTGGTC	219182

CT009662.23	1501	ACCAGGGAACTCACTCACCCACCAGGTTAAGGACTGGGGCAGCTAACATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219183	ACCAGGGAACTCACTCACCCACCAGGTTAAGGACTGGGGCAGCTAACATC	219232

CT009662.23	1551	ACTGTTCAAACTTACTGAAATCACTGGGCAGGCTGTGGTTCAGGTTCCTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219233	ACTGTTCAAACTTACTGAAATCACTGGGCAGGCTGTGGTTCAGGTTCCTA	219282

CT009662.23	1601	TAAAATTCTGTCCTGTGTGCTTTTTTCAGGCCTGTGCAAAGGCCAAAGTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219283	TAAAATTCTGTCCTGTGTGCTTTTTTCAGGCCTGTGCAAAGGCCAAAGTC	219332

CT009662.23	1651	GGAAAGTTTCACATGGCCCTGTGGGGGAAGGGGAAACAAGGGATGTGTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219333	GGAAAGTTTCACATGGCCCTGTGGGGGAAGGGGAAACAAGGGATGTGTGG	219382

CT009662.23	1701	ACTCCTGGACAGGCAGACATTGTTACCTTCCAGCACCCATTACACCTCCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219383	ACTCCTGGACAGGCAGACATTGTTACCTTCCAGCACCCATTACACCTCCG	219432

CT009662.23	1751	CCAACAGACTTCTCCTACCCAGCTTACTACAAGGAAAAACACACAGCAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219433	CCAACAGACTTCTCCTACCCAGCTTACTACAAGGAAAAACACACAGCAAC	219482

CT009662.23	1801	AAATTTAAACAGATTTCCAGCGAAGTGTGTGGCCCATGTCTTTAATCCCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219483	AAATTTAAACAGATTTCCAGCGAAGTGTGTGGCCCATGTCTTTAATCCCA	219532

CT009662.23	1851	GCACTTGGGAGGCAGAAGCAAGGAGATCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219533	GCACTTGGGAGGCAGAAGCAAGGAGATCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTC	219582

CT009662.23	1901	TACAGAGAGTTCCATTTCAGCCAGGGCTACCTAGAGAAACCAATTAAATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219583	TACAGAGAGTTCCATTTCAGCCAGGGCTACCTAGAGAAACCAATTAAATA	219632

CT009662.23	1951	TTGAAGCCAGACATGGTAGCCCATACCTTTAATTCTAGCACTGGAGACAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009579.20	219633	TTGAAGCCAGACATGGTAGCCCATACCTTTAATTCTAGCACTGGAGACAG	219682

Overview

Query
CT009662.23 - 231197 bps
Hit
CT009579.20 - 219682 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link