<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009670.5	1	GGTCATAAAATTTGTGGCTCCCTTTTGCACAGAGAGAAGAGGCCTCTAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	199724	GGTCATAAAATTTGTGGCTCCCTTTTGCACAGAGAGAAGAGGCCTCTAAG	199773

CT009670.5	51	AAGATATTCAGTGGTCTTTTGCAAGGAATGATATTTTGTTCTCTGTTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	199774	AAGATATTCAGTGGTCTTTTGCAAGGAATGATATTTTGTTCTCTGTTTTT	199823

CT009670.5	101	TGCTGTTGTTATTCTTATCTTCGTTTTGCTTTATTTTTACCATGATTCGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	199824	TGCTGTTGTTATTCTTATCTTCGTTTTGCTTTATTTTTACCATGATTCGA	199873

CT009670.5	151	ACTGTATTTTGACAGCATCTTAGAGTGAGAGCATTGCCGTTAATGTTCTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	199874	ACTGTATTTTGACAGCATCTTAGAGTGAGAGCATTGCCGTTAATGTTCTC	199923

CT009670.5	201	TGCTGCCTGGATACCACCTCCCTTTTACCAGGGTCATCCTCGGAGGTGGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	199924	TGCTGCCTGGATACCACCTCCCTTTTACCAGGGTCATCCTCGGAGGTGGA	199973

CT009670.5	251	GTGAGGGGGTGAAGCAGAGTGGTGCAAGATCAGGAGGTTGCATTAAGCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	199974	GTGAGGGGGTGAAGCAGAGTGGTGCAAGATCAGGAGGTTGCATTAAGCCA	200023

CT009670.5	301	CATCAGGTTGACAGGCACAGAACCGCATTTCTAGAGCAGTCTCCAGTACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200024	CATCAGGTTGACAGGCACAGAACCGCATTTCTAGAGCAGTCTCCAGTACA	200073

CT009670.5	351	CCGAGCAGTTTGGCCATGCCTGAGGATCAGCTGGTCCACATCTCATGAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200074	CCGAGCAGTTTGGCCATGCCTGAGGATCAGCTGGTCCACATCTCATGAGA	200123

CT009670.5	401	GTCCATATCCCCATGATGTGCTGCATTTTAACAGGTCCTTTACTTACCTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200124	GTCCATATCCCCATGATGTGCTGCATTTTAACAGGTCCTTTACTTACCTA	200173

CT009670.5	451	TCATGGTACCATTTCTAAGTGTATTTAAATATTCCTTCATGTCCTACTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200174	TCATGGTACCATTTCTAAGTGTATTTAAATATTCCTTCATGTCCTACTAA	200223

CT009670.5	501	CAGTTTTTCTTACTATATCCTAGGAATATTTATGTCATTAGCAGGTTTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200224	CAGTTTTTCTTACTATATCCTAGGAATATTTATGTCATTAGCAGGTTTTA	200273

CT009670.5	551	TTTCATCTGTTCTCATCATAGTACCCAGTCTGCTACTTGCCCTTGGTTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200274	TTTCATCTGTTCTCATCATAGTACCCAGTCTGCTACTTGCCCTTGGTTTT	200323

CT009670.5	601	CTACCTACTGATAAGAATACCTTTGAGAGTTTGAATAATAGTATTGAAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200324	CTACCTACTGATAAGAATACCTTTGAGAGTTTGAATAATAGTATTGAAGT	200373

CT009670.5	651	ATGCACAATAGCAGTTGGTAGGTGTTATAGCTACATCTTTTCTTAACCAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200374	ATGCACAATAGCAGTTGGTAGGTGTTATAGCTACATCTTTTCTTAACCAC	200423

CT009670.5	701	TTGTTTCATCCTTTTTGTGCTTGAACTTTCCTCAGAAAACTTACAAAACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200424	TTGTTTCATCCTTTTTGTGCTTGAACTTTCCTCAGAAAACTTACAAAACA	200473

CT009670.5	751	TAGTCATCATGCAGAAAGAATCACTGTAAAAGCAGTTGAAGTTTAACAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200474	TAGTCATCATGCAGAAAGAATCACTGTAAAAGCAGTTGAAGTTTAACAGA	200523

CT009670.5	801	CTAGTACTTTTTTTTTTTTTCATGAACCCATATTTGTCAACTAAGCTTCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200524	CTAGTACTTTTTTTTTTTTTCATGAACCCATATTTGTCAACTAAGCTTCC	200573

CT009670.5	851	TTTTGCAACTTGTTCCACTCCTTGATGACAGCAGAGTTTTGTGTTTCCCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200574	TTTTGCAACTTGTTCCACTCCTTGATGACAGCAGAGTTTTGTGTTTCCCA	200623

CT009670.5	901	ACAGACTTTGTTCATTGAGCTGTTGCTTTTGAAAATAGGAAATAAATGGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200624	ACAGACTTTGTTCATTGAGCTGTTGCTTTTGAAAATAGGAAATAAATGGC	200673

CT009670.5	951	TTGAGGAGATGGAGGGAAGCTTTGGTTTGAAGTAGGAGTCTGGTCTGTCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200674	TTGAGGAGATGGAGGGAAGCTTTGGTTTGAAGTAGGAGTCTGGTCTGTCC	200723

CT009670.5	1001	CTAGCTCTCTGTGTGCAGTGCAGCTGGAGATGGGTGTGGTCCATCATCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200724	CTAGCTCTCTGTGTGCAGTGCAGCTGGAGATGGGTGTGGTCCATCATCTG	200773

CT009670.5	1051	AAATTTCCTATCTTCAGTTTGAGGAGGTGGTTACCATTCTAACCACTTAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200774	AAATTTCCTATCTTCAGTTTGAGGAGGTGGTTACCATTCTAACCACTTAA	200823

CT009670.5	1101	AAACTGCACAGTGCATGCTATTTTATTTTCAGGGCAAACCTTAGCTCTAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200824	AAACTGCACAGTGCATGCTATTTTATTTTCAGGGCAAACCTTAGCTCTAA	200873

CT009670.5	1151	TGATTTCCCTTGTACTTGCCTTCAAATTAATAAAACGTCATTCTTTGGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200874	TGATTTCCCTTGTACTTGCCTTCAAATTAATAAAACGTCATTCTTTGGTA	200923

CT009670.5	1201	ATGTTTACATGCCAGGTCCATTAAGAAAGAAGAAAAGATACAACTGAAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200924	ATGTTTACATGCCAGGTCCATTAAGAAAGAAGAAAAGATACAACTGAAAT	200973

CT009670.5	1251	TAAAGGATTAAATTGGCATCAAACCTTTAGTTTTGTAAATGCCTTTGACG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	200974	TAAAGGATTAAATTGGCATCAAACCTTTAGTTTTGTAAATGCCTTTGACG	201023

CT009670.5	1301	TTTGATTTTTGTAGGTTGATCATAAGGAAGTGATAAGTATGTTAGGTTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201024	TTTGATTTTTGTAGGTTGATCATAAGGAAGTGATAAGTATGTTAGGTTAT	201073

CT009670.5	1351	TTGTGGTTTGAGCTAATTTTAGTCTCCTGTTCACAGCTTGCTTTATATTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201074	TTGTGGTTTGAGCTAATTTTAGTCTCCTGTTCACAGCTTGCTTTATATTC	201123

CT009670.5	1401	TTTGACATTAAAACATACTTTCTAGAAAGACAAACTTTGAATGTAGGACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201124	TTTGACATTAAAACATACTTTCTAGAAAGACAAACTTTGAATGTAGGACT	201173

CT009670.5	1451	CAGTCTATATTCTACCCTTGGCTACTTTTCAAAAAAATATTTTCTTGGCG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201174	CAGTCTATATTCTACCCTTGGCTACTTTTCAAAAAAATATTTTCTTGGCG	201223

CT009670.5	1501	CTTTGGTAGTTGGACAGTTTGAAGCATAGTAACATTCTTTTAAAATCATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201224	CTTTGGTAGTTGGACAGTTTGAAGCATAGTAACATTCTTTTAAAATCATT	201273

CT009670.5	1551	GATTCCTTTGCTTAATGATGTCTCTACTTTGCCAGCAAGTAAATTAGATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201274	GATTCCTTTGCTTAATGATGTCTCTACTTTGCCAGCAAGTAAATTAGATT	201323

CT009670.5	1601	TTATCGTAGTTGAGGCTTGGAACTCTTGCTCCAGGCCGGGGGCTGAACGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201324	TTATCGTAGTTGAGGCTTGGAACTCTTGCTCCAGGCCGGGGGCTGAACGA	201373

CT009670.5	1651	CACTGTTGATACTAGAGAGTTTTTAAGAGTCTGACCCTGAGATGTACTGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201374	CACTGTTGATACTAGAGAGTTTTTAAGAGTCTGACCCTGAGATGTACTGA	201423

CT009670.5	1701	AGCGAGGTTTTGATTTTGACGGTATAGAAAACCTTCCCCACCCTGTCCCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201424	AGCGAGGTTTTGATTTTGACGGTATAGAAAACCTTCCCCACCCTGTCCCC	201473

CT009670.5	1751	TTAGTTGATAGAGCCTTTTGCTTTTCAAGACTGGGTCTTTGTCTGTTTCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201474	TTAGTTGATAGAGCCTTTTGCTTTTCAAGACTGGGTCTTTGTCTGTTTCC	201523

CT009670.5	1801	ATTACTGATTAGTTTCACACAGAGTAGTTTTATTTCAAAGCTTCAGTCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201524	ATTACTGATTAGTTTCACACAGAGTAGTTTTATTTCAAAGCTTCAGTCCT	201573

CT009670.5	1851	TGAGCTGCCCTGCTACCTACCCTTAACCAGCCACCCTGGACATGAATCCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201574	TGAGCTGCCCTGCTACCTACCCTTAACCAGCCACCCTGGACATGAATCCA	201623

CT009670.5	1901	CTCAGGGACTTGTGTGAGGTGATGGAAGAAGAGGATAGGGTTTGGGTTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201624	CTCAGGGACTTGTGTGAGGTGATGGAAGAAGAGGATAGGGTTTGGGTTGT	201673

CT009670.5	1951	GAGTCTGCCTTTGACTTTGTGGGACCTTGAGGAAGTTAATGTGCAGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009569.17	201674	GAGTCTGCCTTTGACTTTGTGGGACCTTGAGGAAGTTAATGTGCAGGATC	201723

Overview

Query
CT009670.5 - 27990 bps
Hit
CT009569.17 - 201723 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195620001200011997242017231
286.62821412227022410-1461347541
384.261102181339313610-114440146551
488.71791252134321467-120482206051
591.021742441339313636130809310531
688.121582552353323787-130810310701
787.211552572134721603130810310671
882.06882162227122486130810310321
986.941452441338713630147387476311
1085.661432602352923788-147393476571
1179.26431301821118340-160252603861
12831142411342313663-174337745771
1384.771051982359023787174409746051
1490.391762552353423788-197990982491
1591.361762431339413636197991982331
1689.881772572134721603197991982471
1785.4890173223262249811092021093801
1882.311102425461570211124821127241
1978.4930921725717348-11271121272041
2082.11471171712317239-11272101273321
2186.731432582353023787-11284811287361
2284.83136264133941365711284811287371
Short-link