<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU012050.16	1	GCCCCCAACAATGAATGAGTATGCATGGACTCAACAACTTACATCTTAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	119927	GCCCCCAACAATGAATGAGTATGCATGGACTCAACAACTTACATCTTAGA	119976

CU012050.16	51	AACATCGACCTCTTATATAAATCCAATAATTTGGAACAACATCTTTCATC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	119977	AACATCGACCTCTTATATAAATCCAATAATTTGGAACAACATCTTTCATC	120026

CU012050.16	101	TTAGACCGACTCATGCAGCTTAGTTAATAAACAAACAGCAACATAGGCAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120027	TTAGACCGACTCATGCAGCTTAGTTAATAAACAAACAGCAACATAGGCAG	120076

CU012050.16	151	TACATAAAACAGCTCATGATATAACAATATCAAATGCAAATCAACAACAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120077	TACATAAAACAGCTCATGATATAACAATATCAAATGCAAATCAACAACAT	120126

CU012050.16	201	CTCAAACATCATATACAATTCATGTAATGCATATACATTTATATCATGAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120127	CTCAAACATCATATACAATTCATGTAATGCATATACATTTATATCATGAT	120176

CU012050.16	251	GACAGTCCGTCATTCGCTATTTTTAGAGTCTTTTTATATGTAGTTTGATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120177	GACAGTCCGTCATTCGCTATTTTTAGAGTCTTTTTATATGTAGTTTGATC	120226

CU012050.16	301	ACAAATTGGAGTTCACAAGTCAACTTATGCAGCAAAAGAGTAGAAAACTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120227	ACAAATTGGAGTTCACAAGTCAACTTATGCAGCAAAAGAGTAGAAAACTG	120276

CU012050.16	351	AAGAAAATACAAAGAAGAGAATCGTGTCAAGATTTGGTAAAAACGTGACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120277	AAGAAAATACAAAGAAGAGAATCGTGTCAAGATTTGGTAAAAACGTGACA	120326

CU012050.16	401	CGATTTTAGAAGATCAAAATCAAGCTTCGACATTGAAGAAATCGTGTCAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120327	CGATTTTAGAAGATCAAAATCAAGCTTCGACATTGAAGAAATCGTGTCAC	120376

CU012050.16	451	GATGGCATAATCGTGGCACGATCTGAGGAAACCCTAATTCAGTGATTTGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120377	GATGGCATAATCGTGGCACGATCTGAGGAAACCCTAATTCAGTGATTTGC	120426

CU012050.16	501	GATTCAAGGAGAATCGTGTCACGATTTACTTAAATCGTGGCACGATTTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120427	GATTCAAGGAGAATCGTGTCACGATTTACTTAAATCGTGGCACGATTTTA	120476

CU012050.16	551	GGCGAAATTTTGTGCCTATTTAAGCTGAAGTCTATTCCAAAGACAAGGGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120477	GGCGAAATTTTGTGCCTATTTAAGCTGAAGTCTATTCCAAAGACAAGGGT	120526

CU012050.16	601	TACGATTTGGAGAGAGCAAAGTGCGATTTTGAGACCTAAAGACGGCTAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120527	TACGATTTGGAGAGAGCAAAGTGCGATTTTGAGACCTAAAGACGGCTAGG	120576

CU012050.16	651	AGGGCGATTTCTTCAACCTTCTATCGGTTCGTGTATGTTTTGATTCCACT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120577	AGGGCGATTTCTTCAACCTTCTATCGGTTCGTGTATGTTTTGATTCCACT	120626

CU012050.16	701	ATTGATTATGTTATTTGTAAACTCAATTATGAGTAGCTAAATCTCTTAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120627	ATTGATTATGTTATTTGTAAACTCAATTATGAGTAGCTAAATCTCTTAGA	120676

CU012050.16	751	GATTAGGTCTGAGATGATTCTTTGTAACCCTAATTGAACCATGTTGCTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120677	GATTAGGTCTGAGATGATTCTTTGTAACCCTAATTGAACCATGTTGCTGT	120726

CU012050.16	801	GAAACTCTATTTATTGTAAATGACAATCTAGTTTTTATTCAATTCAGTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120727	GAAACTCTATTTATTGTAAATGACAATCTAGTTTTTATTCAATTCAGTTG	120776

CU012050.16	851	TTCTTAATGCTTTTTATATCCTGATCAAATATAAACATGATTTAGTGAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120777	TTCTTAATGCTTTTTATATCCTGATCAAATATAAACATGATTTAGTGAGA	120826

CU012050.16	901	ATGAATGACTACTGACCATAGCTTTCTACTTAGACAGAATTGAATTGTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120827	ATGAATGACTACTGACCATAGCTTTCTACTTAGACAGAATTGAATTGTTC	120876

CU012050.16	951	TAATAAACAAGGTTAGTCTAGGAATGGATAATCGTTTGTTAGTGATATTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120877	TAATAAACAAGGTTAGTCTAGGAATGGATAATCGTTTGTTAGTGATATTA	120926

CU012050.16	1001	GGTTAACGTGCTTAAACCTTCAAAGATTATTAGACCACCTAAGGAATTAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120927	GGTTAACGTGCTTAAACCTTCAAAGATTATTAGACCACCTAAGGAATTAG	120976

CU012050.16	1051	GGGCTGTAGTTTGAGAAGAGGGTCCTAACTCAAGGGATTGATTAGGACTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	120977	GGGCTGTAGTTTGAGAAGAGGGTCCTAACTCAAGGGATTGATTAGGACTA	121026

CU012050.16	1101	TTTTGTTAACTATCATGGAACTAGAAAATCATTCATAAGAATAGGTGCAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121027	TTTTGTTAACTATCATGGAACTAGAAAATCATTCATAAGAATAGGTGCAG	121076

CU012050.16	1151	TATACCAATTAGGGGAACATAGATGATTCGAAAGACATGATCTCATCTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121077	TATACCAATTAGGGGAACATAGATGATTCGAAAGACATGATCTCATCTCT	121126

CU012050.16	1201	CTTCATATTTTCTAACCAAATCTATATTTTCTAACTCAATCTTTATTTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121127	CTTCATATTTTCTAACCAAATCTATATTTTCTAACTCAATCTTTATTTCC	121176

CU012050.16	1251	TGTTATTTAATTTTATGCAATCAAATCAAATCAAATCTAAACAAAATAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121177	TGTTATTTAATTTTATGCAATCAAATCAAATCAAATCTAAACAAAATAAT	121226

CU012050.16	1301	TTATACATCCTAAATATTTACTTTATTTCTAAATTGAGATTAACACAGTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121227	TTATACATCCTAAATATTTACTTTATTTCTAAATTGAGATTAACACAGTC	121276

CU012050.16	1351	CTCGTGGGAACGATATTTTTACTACTTTGATAGTATTTAGTACACTTGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121277	CTCGTGGGAACGATATTTTTACTACTTTGATAGTATTTAGTACACTTGCT	121326

CU012050.16	1401	AAAAAAATATATCATATCACATTATTAACAACATCAAATCATATAATTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121327	AAAAAAATATATCATATCACATTATTAACAACATCAAATCATATAATTCA	121376

CU012050.16	1451	GGCTTACTGAAACAACAACAGTAAGATAAGCAACTTAGTTTCTTACCCCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121377	GGCTTACTGAAACAACAACAGTAAGATAAGCAACTTAGTTTCTTACCCCC	121426

CU012050.16	1501	ATGATCAACTCACATCAACTCGTGCGACAAAGGTCACATTTATCCTAACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121427	ATGATCAACTCACATCAACTCGTGCGACAAAGGTCACATTTATCCTAACA	121476

CU012050.16	1551	AGGTATTCTGTCTCACAAGGGCTCGCGAGGCGAGAGCCTCTACTCGCTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121477	AGGTATTCTGTCTCACAAGGGCTCGCGAGGCGAGAGCCTCTACTCGCTAT	121526

CU012050.16	1601	GGCGAGTAAGCTACTCGCCTTGGCGAACAAGAAACTGAATGCTCTCGGGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121527	GGCGAGTAAGCTACTCGCCTTGGCGAACAAGAAACTGAATGCTCTCGGGA	121576

CU012050.16	1651	ATTTGACATTTTTCACCCAAAAATCCATTTTTAAACTTTCCCAGGTTCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121577	ATTTGACATTTTTCACCCAAAAATCCATTTTTAAACTTTCCCAGGTTCAA	121626

CU012050.16	1701	ACTCAATCTAAAAACTTGTCTAATCATTATTATACATGTTCAGGCACTCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121627	ACTCAATCTAAAAACTTGTCTAATCATTATTATACATGTTCAGGCACTCA	121676

CU012050.16	1751	AAATCATCTAAAGTTCGACTTAAGGAGTTAAATCACAAAATCACAAAATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121677	AAATCATCTAAAGTTCGACTTAAGGAGTTAAATCACAAAATCACAAAATC	121726

CU012050.16	1801	ATGTTTCCTCACTGGTCAAACTCGCTATGGCGAGTGATCTGCTCGCTACG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121727	ATGTTTCCTCACTGGTCAAACTCGCTATGGCGAGTGATCTGCTCGCTACG	121776

CU012050.16	1851	GCGAGCTGCAACATGCAACTCGCGAGGCGAGCGATGAAGTTCATCCCTCG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121777	GCGAGCTGCAACATGCAACTCGCGAGGCGAGCGATGAAGTTCATCCCTCG	121826

CU012050.16	1901	CGAGGGTGAGGATCATCACTCGGGAGGCGAGCGATGAATGTTGGCTCGGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121827	CGAGGGTGAGGATCATCACTCGGGAGGCGAGCGATGAATGTTGGCTCGGG	121876

CU012050.16	1951	CAGAATTGCAGTTTTCACGAAAATCCACCTAAAGGCATGGTTTTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009568.8	121877	CAGAATTGCAGTTTTCACGAAAATCCACCTAAAGGCATGGTTTTAAGCTT	121926

Overview

Query
CU012050.16 - 65992 bps
Hit
CT009568.8 - 121926 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193820001200011199271219261
287.9347483556313971331041371
392.312453914824148631-156651570401
479.8613104813248441156655569511
591.031942995228252580162226625261
687.8641234812648248178445785671
785.71601264850648631178814789391
890.48571054813248236-181233813371
Short-link