<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956374.5	1	GATCCTTAACCCACTGAGCGAGGCCAGGGATCGAACCTGTAACCTCATGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	73809	GATCCTTAACCCACTGAGCGAGGCCAGGGATCGAACCTGTAACCTCATGG	73858

CR956374.5	51	TTCCTAGTTGGATTCGTTAACCACTGCGCCACAACCCGGGACTCCTGGTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	73859	TTCCTAGTTGGATTCGTTAACCACTGCGCCACAACCCGGGACTCCTGGTG	73908

CR956374.5	101	ACTATTTTCTGAGGCTCCAAAGGCAGGCATGGGAAACAATGCTTTCTGGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	73909	ACTATTTTCTGAGGCTCCAAAGGCAGGCATGGGAAACAATGCTTTCTGGC	73958

CR956374.5	151	ATGACAATATGGTGTCTGGGTTTAGTTTATAAAGGCATTATCTGTCAGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	73959	ATGACAATATGGTGTCTGGGTTTAGTTTATAAAGGCATTATCTGTCAGGA	74008

CR956374.5	201	GGATTAATTTGAATTTTTCAAGTCTTAGGAGAAAAAGTGTGTGGGTGTGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74009	GGATTAATTTGAATTTTTCAAGTCTTAGGAGAAAAAGTGTGTGGGTGTGT	74058

CR956374.5	251	CTGTGTACCAGCACACAAAAGCTGTGTCACAACTGTTTTGGCAACAAGTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74059	CTGTGTACCAGCACACAAAAGCTGTGTCACAACTGTTTTGGCAACAAGTC	74108

CR956374.5	301	ACAAACATTTGAATGGGAGCAGGAATTTATCATAAAGGATACTTTTAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74109	ACAAACATTTGAATGGGAGCAGGAATTTATCATAAAGGATACTTTTAAAC	74158

CR956374.5	351	CCAAAGCAGGAAATCCATTGGTCTTCAGAGCATCCAGAATGAGGGACTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74159	CCAAAGCAGGAAATCCATTGGTCTTCAGAGCATCCAGAATGAGGGACTCA	74208

CR956374.5	401	GAGACCATGCAAAGGCTCCTGTCATTATTTACTCAAGTCTTTCCGTCTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74209	GAGACCATGCAAAGGCTCCTGTCATTATTTACTCAAGTCTTTCCGTCTTC	74258

CR956374.5	451	CTGTGGGTACCTGCCTCTTTCCTCCCTTCTCCTTCCTCCATTCTTCTCCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74259	CTGTGGGTACCTGCCTCTTTCCTCCCTTCTCCTTCCTCCATTCTTCTCCT	74308

CR956374.5	501	CTCTCTCTCTCCCCCTTTTTCTGCCAAAATGAATTTCTATGCATCTTGGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74309	CTCTCTCTCTCCCCCTTTTTCTGCCAAAATGAATTTCTATGCATCTTGGG	74358

CR956374.5	551	TCCACAAGGTGAACCAGAGACTTCCCATTCCTTCCACTTACTCCCTGAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74359	TCCACAAGGTGAACCAGAGACTTCCCATTCCTTCCACTTACTCCCTGAAC	74408

CR956374.5	601	CCCCAAATACACACACTGAATTAAGCTTCTTCCTGCCACCTGTGCTGTGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74409	CCCCAAATACACACACTGAATTAAGCTTCTTCCTGCCACCTGTGCTGTGC	74458

CR956374.5	651	CCTGACCCTGAAAAGCATTTAACCTGACAGCTTCCTTCTCCATCATTATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74459	CCTGACCCTGAAAAGCATTTAACCTGACAGCTTCCTTCTCCATCATTATG	74508

CR956374.5	701	ACCCAGTTCAAACACTGACTCCTAAGAGAGGACCTCCCTGGCTGATATGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74509	ACCCAGTTCAAACACTGACTCCTAAGAGAGGACCTCCCTGGCTGATATGT	74558

CR956374.5	751	GCTGAGTACATACCGGAGGCAATCGTGGCTCCTGAAACCCCTGCATACTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74559	GCTGAGTACATACCGGAGGCAATCGTGGCTCCTGAAACCCCTGCATACTT	74608

CR956374.5	801	GACATCCGTCTCCCCTTTAATTGCTCATATCCTCTTCCACTGTTTATTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74609	GACATCCGTCTCCCCTTTAATTGCTCATATCCTCTTCCACTGTTTATTGA	74658

CR956374.5	851	CTTTACAGCATTTACCCAAATCGGAAAGTACTGTGTTTAGCTCTTAGTCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74659	CTTTACAGCATTTACCCAAATCGGAAAGTACTGTGTTTAGCTCTTAGTCT	74708

CR956374.5	901	ACCCATTTAACCTCTGTCTGATCGCACTGAAATGAGAGCTCCAGGCAGTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74709	ACCCATTTAACCTCTGTCTGATCGCACTGAAATGAGAGCTCCAGGCAGTG	74758

CR956374.5	951	GTATACCGGGGCGAGCTCACATGGTCTCATGAGAGCTTGAACCCCTTCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74759	GTATACCGGGGCGAGCTCACATGGTCTCATGAGAGCTTGAACCCCTTCTT	74808

CR956374.5	1001	CTAAAGCTCTCAGGCTTTATTCAAGGAAGCCAGTGAAGGAGTGGGTCAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74809	CTAAAGCTCTCAGGCTTTATTCAAGGAAGCCAGTGAAGGAGTGGGTCAGG	74858

CR956374.5	1051	CAAGGCCACTGTCAAATAATCACGAATTTTGGGAGCCACGTGTTAAACTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74859	CAAGGCCACTGTCAAATAATCACGAATTTTGGGAGCCACGTGTTAAACTC	74908

CR956374.5	1101	TTGGCAGGAATACTTATACCAGGATTGTAAATATTATACATCAGAACTTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74909	TTGGCAGGAATACTTATACCAGGATTGTAAATATTATACATCAGAACTTC	74958

CR956374.5	1151	ATCAATGTTCTCCAGTGAGTTGTCTCACCAACACCCCACTGGTTCCATGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	74959	ATCAATGTTCTCCAGTGAGTTGTCTCACCAACACCCCACTGGTTCCATGA	75008

CR956374.5	1201	AAACAGATACCACTTTCCTTCCACCCCGTTCACACCGAGGTACCTTCAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75009	AAACAGATACCACTTTCCTTCCACCCCGTTCACACCGAGGTACCTTCAAC	75058

CR956374.5	1251	ATGGAACATGTGTGGGAATCCACAGACGCATGACTCATTACTTTAGACAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75059	ATGGAACATGTGTGGGAATCCACAGACGCATGACTCATTACTTTAGACAA	75108

CR956374.5	1301	TTTCCTGTTTTTGTCCCAAATCCAAAATTCTTGGGAAAATGATTGCCCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75109	TTTCCTGTTTTTGTCCCAAATCCAAAATTCTTGGGAAAATGATTGCCCTG	75158

CR956374.5	1351	CCCAATCAGAACAAGGTACTCGAGCCTGAACAATTAACTGCGGTGAAGGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75159	CCCAATCAGAACAAGGTACTCGAGCCTGAACAATTAACTGCGGTGAAGGC	75208

CR956374.5	1401	AGCCGATTAACTAGGAGCTGCTCCATGCGCCTTAGCTGTGTTCATGGGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75209	AGCCGATTAACTAGGAGCTGCTCCATGCGCCTTAGCTGTGTTCATGGGGG	75258

CR956374.5	1451	CAGTGGTAAATCTCCAGAAAAGGCACTGGATAGACACACCAAACAAAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75259	CAGTGGTAAATCTCCAGAAAAGGCACTGGATAGACACACCAAACAAAAAA	75308

CR956374.5	1501	GGGAAAAGAAATGTTATTACAGGGTCTCTCCCACGGGCTAGGATCTTCTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75309	GGGAAAAGAAATGTTATTACAGGGTCTCTCCCACGGGCTAGGATCTTCTT	75358

CR956374.5	1551	GAGGCTGAGATGATGTCATGTGACTTTGCAGCCCAAGCTCCCCAGCACAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75359	GAGGCTGAGATGATGTCATGTGACTTTGCAGCCCAAGCTCCCCAGCACAC	75408

CR956374.5	1601	TTTAGTAAAGGATGAATAAGATTTACTCGGATTAAAATGCAATTGTCCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75409	TTTAGTAAAGGATGAATAAGATTTACTCGGATTAAAATGCAATTGTCCTT	75458

CR956374.5	1651	TCTCTTTATGGGGTTTTATACACGTATTCTCGGGACACAAATACATTCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75459	TCTCTTTATGGGGTTTTATACACGTATTCTCGGGACACAAATACATTCAG	75508

CR956374.5	1701	AAAGGTATGCAAAGCTTCTCCCCACTGGCCAGCAAAGCTCTTTCAAAAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75509	AAAGGTATGCAAAGCTTCTCCCCACTGGCCAGCAAAGCTCTTTCAAAAGA	75558

CR956374.5	1751	CTGGAGAAAGGAGGGGGTGGGGTTCCACTTGAACCCTTTTTTCCTTGAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75559	CTGGAGAAAGGAGGGGGTGGGGTTCCACTTGAACCCTTTTTTCCTTGAAT	75608

CR956374.5	1801	AAAGCCAGTGAAGGTGTGGGTCCAGGCAAGGCCACTGCTCTGTCACCTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75609	AAAGCCAGTGAAGGTGTGGGTCCAGGCAAGGCCACTGCTCTGTCACCTGA	75658

CR956374.5	1851	ACCATGAGAACACCTCAGGCCAAATCAGAAGAACATGCCAGGAAACGCCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75659	ACCATGAGAACACCTCAGGCCAAATCAGAAGAACATGCCAGGAAACGCCC	75708

CR956374.5	1901	CTCTGTGTTAACAAGCCACAGAGGGGATACGCCAATAAAAATAATGAACC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75709	CTCTGTGTTAACAAGCCACAGAGGGGATACGCCAATAAAAATAATGAACC	75758

CR956374.5	1951	AATACAATGTTTTTCTTTTATCTCGTTTTTGTTTTGTTATTAATTAATTA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009566.5	75759	AATACAATGTTTTTCTTTTATCTCGTTTTTGTTTTGTTATTAATTAATTA	75808

Overview

Query
CR956374.5 - 118034 bps
Hit
CT009566.5 - 75808 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001990200012000173809758081
287.081652713909739367-19970102401
389.391792646811168374-19977102401
484.0556513557603377387-114616159821
583.981172459726497508117445177001
690.351962793908239360-117446177251
786.141552676810868374-117446177121
886.613723943054543117464177021
986.031402787861678893-126689269601
1086.972173927681277203-138634390321
1185.632976547617476827-139073397331
1283.341202548247182724-147887481381
1390.471752533910839360147887481381
1484.941382606812268381147887481451
1580.241103345048050813150397507301
1683.861132449726597508-156821570741
1780.271253815065251032157805581741
1881.21072496306963317-173643738921
1984.9133248108893109140-173645738891
2082.871042185518055397-173650738651
Short-link