<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR956408.5	1	CCTCTTGGATTCACAGCCCAGGTGCTGAGGCGATGGGAAGTACGCTTCCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237238	CCTCTTGGATTCACAGCCCAGGTGCTGAGGCGATGGGAAGTACGCTTCCC	237287

CR956408.5	51	CCACACTCCAGTCTCCCTGTCCTGCAGGCCCCTGGGAGTGCGAACTGCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237288	CCACACTCCAGTCTCCCTGTCCTGCAGGCCCCTGGGAGTGCGAACTGCAT	237337

CR956408.5	101	CCATTCTGAGCCCATATCCCTTCAGACACTTCAATCTGTGCCAACTTGGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237338	CCATTCTGAGCCCATATCCCTTCAGACACTTCAATCTGTGCCAACTTGGG	237387

CR956408.5	151	AAAGCAGTTTGGAGTCATGAACCCGCTTAGCACTCACAAACGTCTGCAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237388	AAAGCAGTTTGGAGTCATGAACCCGCTTAGCACTCACAAACGTCTGCAAA	237437

CR956408.5	201	ATCTGATAACGCAATGCTTTTCCTCATGCCACATATGCAGGAAGCAAAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237438	ATCTGATAACGCAATGCTTTTCCTCATGCCACATATGCAGGAAGCAAAGA	237487

CR956408.5	251	TTGGGGTAGCTACTTGAAACCCACTGGGCTTTTCCATCTGAAATTCCAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237488	TTGGGGTAGCTACTTGAAACCCACTGGGCTTTTCCATCTGAAATTCCAGT	237537

CR956408.5	301	GCCCAGAGTCATGCCCAAGAGAGAGAGAAAACTACTCCCATTTGATGTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237538	GCCCAGAGTCATGCCCAAGAGAGAGAGAAAACTACTCCCATTTGATGTTA	237587

CR956408.5	351	CATCTTGCCTCACTTCCACCCCTTTCTTCATTCACGTGAGGTCCAAAATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237588	CATCTTGCCTCACTTCCACCCCTTTCTTCATTCACGTGAGGTCCAAAATA	237637

CR956408.5	401	ACAAATTCCCCAAAAGATATTTTGCCAAGGAAAAATAATCAAATGAGAGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237638	ACAAATTCCCCAAAAGATATTTTGCCAAGGAAAAATAATCAAATGAGAGC	237687

CR956408.5	451	AGCAACCCACTTATGAAAATTCTGATAGATTTTCACATTTAAGTAACTAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237688	AGCAACCCACTTATGAAAATTCTGATAGATTTTCACATTTAAGTAACTAC	237737

CR956408.5	501	TATGATAAGTACTGTTGACACGTGCATCACATCTAAGTGGAAAAATATCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237738	TATGATAAGTACTGTTGACACGTGCATCACATCTAAGTGGAAAAATATCT	237787

CR956408.5	551	GGAGCTTACCTGGGCTTCCCATAACAAATTTCATTCTTGATATTTGTCTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237788	GGAGCTTACCTGGGCTTCCCATAACAAATTTCATTCTTGATATTTGTCTA	237837

CR956408.5	601	TTGCAAAGGTAAGCAAACTTTTTCCAAGGGCTAGATAGTAGATAGTTTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237838	TTGCAAAGGTAAGCAAACTTTTTCCAAGGGCTAGATAGTAGATAGTTTAG	237887

CR956408.5	651	GCTTTGTGGACCATACAGTCAGGCTCTATTGCAACTATTCAGTTCTGACC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237888	GCTTTGTGGACCATACAGTCAGGCTCTATTGCAACTATTCAGTTCTGACC	237937

CR956408.5	701	TTGTAGCAGAAAGCAGCCATAGACAATATGCAAACAAATTTGCATGACTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237938	TTGTAGCAGAAAGCAGCCATAGACAATATGCAAACAAATTTGCATGACTG	237987

CR956408.5	751	TGTTTCAATAAAACTTGATTTACAAAAACAGACAGTGGCCAGATTTGTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	237988	TGTTTCAATAAAACTTGATTTACAAAAACAGACAGTGGCCAGATTTGTTT	238037

CR956408.5	801	GCTAATGCTTGGTCTTTAGACCCCTACTTATGGGTATGATTTCCTGAACC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238038	GCTAATGCTTGGTCTTTAGACCCCTACTTATGGGTATGATTTCCTGAACC	238087

CR956408.5	851	CTGGTCTATTAGGTCTACTTAGGACAGAGATAAAACTAGTGTTTTTGAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238088	CTGGTCTATTAGGTCTACTTAGGACAGAGATAAAACTAGTGTTTTTGAAT	238137

CR956408.5	901	GAATCTTCATAAAAATAACATAAAAAATGAATTTTAAAAATATACAGAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238138	GAATCTTCATAAAAATAACATAAAAAATGAATTTTAAAAATATACAGAAA	238187

CR956408.5	951	TGTTTAAACTCTTCACTTAAATGTTATTATATTTCATATAAATATACATC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238188	TGTTTAAACTCTTCACTTAAATGTTATTATATTTCATATAAATATACATC	238237

CR956408.5	1001	TATATCAAACTATAACAAATATTAAGTAAGCATTGATAGGAACCTGTAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238238	TATATCAAACTATAACAAATATTAAGTAAGCATTGATAGGAACCTGTAGT	238287

CR956408.5	1051	TCCTCATAAGAACATGGTCAAATCCTTGGGGATAAATCATATCCTGTACC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238288	TCCTCATAAGAACATGGTCAAATCCTTGGGGATAAATCATATCCTGTACC	238337

CR956408.5	1101	AGTTGAAGTACTGCTTAAGCTGCTATAACAAAGAGACCCCTAACCTTAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238338	AGTTGAAGTACTGCTTAAGCTGCTATAACAAAGAGACCCCTAACCTTAGA	238387

CR956408.5	1151	GGCTTTACAAGATAGAAGTATATTCTCTCTCTGTATACACTCAACACATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238388	GGCTTTACAAGATAGAAGTATATTCTCTCTCTGTATACACTCAACACATG	238437

CR956408.5	1201	GCCTTCATCTTTGGCATATCCATCCTTTCCACCTTCAGCCATTAAGGAAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238438	GCCTTCATCTTTGGCATATCCATCCTTTCCACCTTCAGCCATTAAGGAAG	238487

CR956408.5	1251	AACATAGGCTGAAAGTAGCACATACCACGTCTGTCCACTTCCTGTTGACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238488	AACATAGGCTGAAAGTAGCACATACCACGTCTGTCCACTTCCTGTTGACC	238537

CR956408.5	1301	AGAATTCTCTCAGTTGTCCACAACCGGCTAGGAAAGTTAGGTGATGTAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238538	AGAATTCTCTCAGTTGTCCACAACCGGCTAGGAAAGTTAGGTGATGTAAT	238587

CR956408.5	1351	CTCAAGCAATGCAACCAGGTGCTGCACTGAAATCGGGGCGTTTCATTGTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238588	CTCAAGCAATGCAACCAGGTGCTGCACTGAAATCGGGGCGTTTCATTGTC	238637

CR956408.5	1401	ATAAAGCAAGGGAGCATAGGAAGGAGCTCATACTGATAAACAACTGACAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238638	ATAAAGCAAGGGAGCATAGGAAGGAGCTCATACTGATAAACAACTGACAA	238687

CR956408.5	1451	TCTTTTGTATTGGCCATAATAGAAAAGAGCTCAGGTTGTGGAGCCAGACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238688	TCTTTTGTATTGGCCATAATAGAAAAGAGCTCAGGTTGTGGAGCCAGACT	238737

CR956408.5	1501	GATCTGATTTCAAATCCTGGCTCCACCCTTTACTGGCTTTGTATCATTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238738	GATCTGATTTCAAATCCTGGCTCCACCGTTTACTGGCTTTGTATCATTGA	238787

CR956408.5	1551	GAATTAAATAATCTCTTCAAGCCTTAGTTGTTTCGTCTGTAAAATGAGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238788	GAATTAAATAATCTCTTCAAGCCTTAGTTGTTTCGTCTGTAAAATGAGAA	238837

CR956408.5	1601	TAATAATATCCACTCTTGACTCCACTTTTTGTAAGTTCTGCCTATCTCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238838	TAATAATATCCACTCTTGACTCCACTTTTTGTAAGTTCTGCCTATCTCCC	238887

CR956408.5	1651	AATCATCCTCACTAGGGAGAGAAATCTGAACAGTTATGCAAATTGCTCCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238888	AATCATCCTCACTAGGGAGAGAAATCTGAACAGTTATGCAAATTGCTCCA	238937

CR956408.5	1701	CATCCGGACTCATCTGTGCAGCACCAAGGGAGGGAGTGTTCAACCTTGCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238938	CATCCGGACTCATCTGTGCAGCACCAAGGGAGGGAGTGTTCAACCTTGCC	238987

CR956408.5	1751	CACCCCTAGGGTCCATTCAGTGACACCCAAGGGAGAACAGACCATGCAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238988	CACCCCTAGGGTCCATTCAGTGACACCCAAGGGAGAACAGACCATGCAAC	239037

CR956408.5	1801	ATGGTTTTATGGCCAACATTAACTGGAATTAGAGTCAGTGGGGAAAGCAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	239038	ATGGTTTTATGGCCAACATTAACTGGAATTAGAGTCAGTGGGGAAAGCAA	239087

CR956408.5	1851	CAGTTCTAGTACAGAGACACTTACTTGAACACACAGCTTCCGAGTTGTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	239088	CAGTTCTAGTACAGAGACACTTACTTGAACACACAGCTTCCGAGTTGTCA	239137

CR956408.5	1901	CAAGTAAAGTTATTTTCTCCATGATGTCATCCCTTTTTCTCTTGCACAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	239138	CAAGTAAAGTTATTTTCTCCATGATGTCATCCCTTTTTCTCTTGCACAAG	239187

CR956408.5	1951	ATTTTACCAAACACCTGTGGACCTTTGTCCAATGAAGAAATAACTAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009551.8	239188	ATTTTACCAAACACCTGTGGACCTTTGTCCAATGAAGAAATAACTAGATC	239237

Compact alignment

skip 1500 bps 100% identity alignment

CR956408.5	1501	GATCTGATTTCAAATCCTGGCTCCACCCTTTACTGGCTTTGTATCATTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CT009551.8	238738	GATCTGATTTCAAATCCTGGCTCCACCGTTTACTGGCTTTGTATCATTGA	238787

skip 450 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956408.5 - 30411 bps
Hit
CT009551.8 - 239237 bps
Total alignments
16
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95196720001200012372382392371
287.0650842269822781138096381801
382.999419563256519-154065542581
486.8515025162696519-186074863241
583.74124247626965151998031000481
694.381211591131611474-11082841084431
796.21129157124301258611082861084431
883.33103221236602388011173541175751
989.3688141110251116511240581241981
1076.556198225632276011351441353431
1186.29981732371823890-11351681353421
128073185226072279111420261422101
1392.731191631244712609-11916101917741
1486.151412661101811283-12029022031681
1581.69922166269648412146812148931
1684.461302506264651312184602187101
Short-link