<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR956370.6	178646	GATCACTCTTCTGAAACCTCATTGCCTGAGGTCCCAAAGGATAAATATCC	178597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	175900	GATCACTCTTCTGAAACCTCATTGCCTGAGGTCCCAAAGGATAAATATCC	175949

C  CR956370.6	178596	CCAGGAATTCAGCCTGCTTCAGTTGCAGACAAGTGAGTAGGTCATAAACA	178547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	175950	CCAGGAATTCAGCCTGCTTCAGTTGCAGACAAGTGAGTAGGTCATAAACA	175999

C  CR956370.6	178546	CTCCTCCACGTGCCCAGGGTCTTTTCAGAAGTCTGTCATGCCCTTGGGTG	178497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176000	CTCCTCCACGTGCCCAGGGTCTTTTCAGAAGTCTGTCATGCCCTTGGGTG	176049

C  CR956370.6	178496	CCCGCTGCTTAAGGCCCATTAGGTGTCAGGAATTCAACACACTTCATCTC	178447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176050	CCCGCTGCTTAAGGCCCATTAGGTGTCAGGAATTCAACACACTTCATCTC	176099

C  CR956370.6	178446	TCATTCTCACTTCAACTCTGCTGGGAGCCATGTGTTTTTTTCAAAAATAA	178397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176100	TCATTCTCACTTCAACTCTGCTGGGAGCCATGTGTTTTTTTCAAAAATAA	176149

C  CR956370.6	178396	AAACGCCTTTATATAAAAAACATAAAAGTACGTAGCAAAATATTAAAATA	178347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176150	AAACGCCTTTATATAAAAAACATAAAAGTACGTAGCAAAATATTAAAATA	176199

C  CR956370.6	178346	ATAATGAAATGTGTAGAGCAAAGAAATCTCCTTCCTCAATAGTCTCCAAG	178297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176200	ATAATGAAATGTGTAGAGCAAAGAAATCTCCTTCCTCAATAGTCTCCAAG	176249

C  CR956370.6	178296	AATCTCCCCATATCGTGAAGAGTTTGATATGCTTTCTTCCAGAATTTTTT	178247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176250	AATCTCCCCATATCGTGAAGAGTTTGATATGCTTTCTTCCAGAATTTTTT	176299

C  CR956370.6	178246	TTTTTGGGGGGGGGTCTTTTTTAAGGGCTCAACCGTGGCATATGGAGGTT	178197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176300	TTTTTGGGGGGGGGTCTTTTTTAAGGGCTCAACCGTGGCATATGGAGGTT	176349

C  CR956370.6	178196	CCCAGGCTAGGGGTAGAATCGGAGCTATTGCTGCCAGCCTACACCACAGC	178147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176350	CCCAGGCTAGGGGTAGAATCGGAGCTATTGCTGCCAGCCTACACCACAGC	176399

C  CR956370.6	178146	CACAGAAATGTGGGATCCGAGCCACATCTGTGACCTACACCACAGCTCAC	178097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176400	CACAGAAATGTGGGATCCGAGCCACATCTGTGACCTACACCACAGCTCAC	176449

C  CR956370.6	178096	AGCAATGCCAGATCCTTAACCCACTGAGCAAGGGCAGGGATCAAACCTGC	178047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176450	AGCAATGCCAGATCCTTAACCCACTGAGCAAGGGCAGGGATCAAACCTGC	176499

C  CR956370.6	178046	CTCCTCGTGGATGCTAGTCAGATGTGTTTCTACTGAGCCTCTTCCAGAAT	177997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176500	CTCCTCGTGGATGCTAGTCAGATGTGTTTCTACTGAGCCTCTTCCAGAAT	176549

C  CR956370.6	177996	TTTGAAATGTATGTGGGTATGTGTGTTTATATATGTGTATCTATTATGTT	177947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176550	TTTGAAATGTATGTGGGTATGTGTGTTTATATATGTGTATCTATTATGTT	176599

C  CR956370.6	177946	TATATATATGTATTTATGGATTGAAATATATCACCAAATTTTGGCTAGTA	177897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176600	TATATATATGTATTTATGGATTGAAATATATCACCAAATTTTGGCTAGTA	176649

C  CR956370.6	177896	GGAAGTAGTATACAAGTTATTTTAAACTCAAAGGAATAGCCTATGGACTG	177847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176650	GGAAGTAGTATACAAGTTATTTTAAACTCAAAGGAATAGCCTATGGACTG	176699

C  CR956370.6	177846	CTTTGCTTAAAAACTTTTTCTTATTAAAGTATTTTTCTCGAAGTAGAGTT	177797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176700	CTTTGCTTAAAAACTTTTTCTTATTAAAGTATTTTTCTCGAAGTAGAGTT	176749

C  CR956370.6	177796	GATTTACAATGTTGTATTAGTGCTAGTGTACAACAGAATGATTCAATTAT	177747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176750	GATTTACAATGTTGTATTAGTGCTAGTGTACAACAGAATGATTCAATTAT	176799

C  CR956370.6	177746	ACATATATACACATATTCTTTTTCATATTTTTCCCATGACGGTTTATCAC	177697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176800	ACATATATACACATATTCTTTTTCATATTTTTCCCATGACGGTTTATCAC	176849

C  CR956370.6	177696	AGGATATTGAATATAGTTCCCTGTTAAACAGTAGGACCTTGCTGTTCAGC	177647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176850	AGGATATTGAATATAGTTCCCTGTTAAACAGTAGGACCTTGCTGTTCAGC	176899

C  CR956370.6	177646	TATTTTATACACAGTGGTGTGTATGTGTTAATCCCAAACTCCTGATTTAC	177597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176900	TATTTTATACACAGTGGTGTGTATGTGTTAATCCCAAACTCCTGATTTAC	176949

C  CR956370.6	177596	CCTCCTCGCCCCCTTTCCCCTTTGGTCACCAGAAATTTGTTTTCTATGGC	177547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	176950	CCTCCTCGCCCCCTTTCCCCTTTGGTCACCAGAAATTTGTTTTCTATGGC	176999

C  CR956370.6	177546	TGTGAGTCTGTTTCTGCTTTGTAAATAAGTTCATTTGTGTTGTCTTTTAG	177497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177000	TGTGAGTCTGTTTCTGCTTTGTAAATAAGTTCATTTGTGTTGTCTTTTAG	177049

C  CR956370.6	177496	ATTGGTGTGATATATGGTATTTGTCTTTCTCTATCTGACTCACTTCACTT	177447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177050	ATTGGTGTGATATATGGTATTTGTCTTTCTCTATCTGACTCACTTCACTT	177099

C  CR956370.6	177446	AGTATGATAATCTCTAGGTCCATCCATGTTGCTGCAAATGACATTATTTC	177397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177100	AGTATGATAATCTCTAGGTCCATCCATGTTGCTGCAAATGACATTATTTC	177149

C  CR956370.6	177396	ATTCTTTTTTTAATGGCTGAGTAGAATTTCATTGTGTGTGTGTGTGTGTG	177347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177150	ATTCTTTTTTTAATGGCTGAGTAGAATTTCATTGTGTGTGTGTGTGTGTG	177199

C  CR956370.6	177346	TGTGTGTGTGTTTCATCTTCTTTATTCATCTGTCAATGGACATTTAGGTT	177297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177200	TGTGTGTGTGTTTCATCTTCTTTATTCATCTGTCAATGGACATTTAGGTT	177249

C  CR956370.6	177296	GCTTCCATGTCTTGGCCACTGTACATAGTGTTGCTGGAAACATTGGGGTG	177247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177250	GCTTCCATGTCTTGGCCACTGTACATAGTGTTGCTGGAAACATTGGGGTG	177299

C  CR956370.6	177246	CATGTATTTTTTTAAATTAGAGTTTTCCCTGATATATGCCCAGGAGTGGG	177197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177300	CATGTATTTTTTTAAATTAGAGTTTTCCCTGATATATGCCCAGGAGTGGG	177349

C  CR956370.6	177196	ATTGCTGTATCATATGACAACTCTATTTTTAGTTTTTTTTTTTTTGAGGA	177147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177350	ATTGCTGTATCATATGACAACTCTATTTTTAGTTTTTTTTTTTTTGAGGA	177399

C  CR956370.6	177146	ATCTCCATATTGTTTTGCATAGTGACTGCACCAATTTACATTCCCACCAA	177097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177400	ATCTCCATATTGTTTTGCATAGTGACTGCACCAATTTACATTCCCACCAA	177449

C  CR956370.6	177096	CAGTGTATTAGGGTTCCTTTTTCTCCATACTCTCTCTAGCATTTGTTAGT	177047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177450	CAGTGTATTAGGGTTCCTTTTTCTCCATACTCTCTCTAGCATTTGTTAGT	177499

C  CR956370.6	177046	GTAGACTTTTAAATGATGGCCATTCTGATCGGTGTGAGGTGATATCTCAT	176997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177500	GTAGACTTTTAAATGATGGCCATTCTGATCGGTGTGAGGTGATATCTCAT	177549

C  CR956370.6	176996	TTTAGTTTTGATTTGCATTTCTCTTATAATTAGCAAAGTTGAGCATCTTT	176947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177550	TTTAGTTTTGATTTGCATTTCTCTTATAATTAGCAAAGTTGAGCATCTTT	177599

C  CR956370.6	176946	TTACATGCCTGTTGGCCATCTGGATGTCTTCTTTGGAGAAATGTCTTTTA	176897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177600	TTACATGCCTGTTGGCCATCTGGATGTCTTCTTTGGAGAAATGTCTTTTA	177649

C  CR956370.6	176896	GATTGTCTGCCCATTTCTTTGATTGGGTTTTTTGTTTTTGATATTGAGCT	176847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177650	GATTGTCTGCCCATTTCTTTGATTGGGTTTTTTGTTTTTGATATTGAGCT	177699

C  CR956370.6	176846	GTATGAGTTGTTTGTATATTTTGAAAATTAAGCCCTTGTCAGTCACATCA	176797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177700	GTATGAGTTGTTTGTATATTTTGAAAATTAAGCCCTTGTCAGTCACATCA	177749

C  CR956370.6	176796	TTTGCAAATATTTTCTTCCAATCCATAGGTTGTTTTTTCATTTTGTTTAT	176747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177750	TTTGCAAATATTTTCTTCCAATCCATAGGTTGTTTTTTCATTTTGTTTAT	177799

C  CR956370.6	176746	GGTTTCCTTTGCTATGCAAAAGCTTATAACTTTGATTTGGTCCCATTTGC	176697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177800	GGTTTCCTTTGCTATGCAAAAGCTTATAACTTTGATTTGGTCCCATTTGC	177849

C  CR956370.6	176696	TTATTTTTCCTTTTATTTCTATTGCCTTGCAAGACTGACCTGAGAAAATA	176647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009542.22	177850	TTATTTTTCCTTTTATTTCTATTGCCTTGCAAGACTGACCTGAGAAAATA	177899

Overview

Query
CR956370.6 - 178646 bps
Hit
CT009542.22 - 177899 bps
Total alignments
36
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019312000176647178646-11759001778991
292.15220296150612150907-1225925511
390.272002878481085096-1226425511
491.612122861498141500991226725521
592.82002613577436034-1228825511
691.45207282149818150099-1906293421
792.3921027584810850841906393381
891.882122849542595708-114122144041
992.58218286149813150098-114122144041
1092.712242888481085097114122144091
1194.47209253142307142559114122143741
1293.02232298150608150905115772160721
1391.692122898480885096115774160621
1493.17219278149821150098-115776160531
1593.132032623577436035115776160371
1691.592162958480585099-143869441651
1792.76223293150611150903-143872441611
1892.63220285149814150098143876441601
1994.25212261150612150872-148256485161
2097.12216243149856150098148274485161
2191.972072748481085083-149531498041
2290.65199278142303142580-149531498081
2394.17224277149822150098149531498041
2492.422022643577236035-149543498061
2593.49207261150612150872-187954882141
2694.742032478480685052-187972882181
2796.3211243149856150098187972882141
2895.89206245158322158566187972882141
2993.1229290149814150103-11194691197581
3091.55206282848108509111194741197571
3191.2920928915061215090011194741197601
3292.221428214981815009911278201281011
3391.94203277149821150097-11326851329571
3491.29211287149814150100-11610541613401
3589.819930115061215091211610561613491
3681.772145038480885310-11667891672871
Short-link