<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT868739.5	1	CTTCGCAATAGAGAATCAGCCACTCTTAACATTGCATATGAGAAAGATAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125328	CTTCGCAATAGAGAATCAGCCACTCTTAACATTGCATATGAGAAAGATAA	125377

CT868739.5	51	AAAAAGTATTCACAAACAGAATAGTACCAGACAGAAACTAAATAGTTCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125378	AAAAAGTATTCACAAACAGAATAGTACCAGACAGAAACTAAATAGTTCAT	125427

CT868739.5	101	TACTAACTAACAAAGGTTTTGACAAGATTCTTTAAATAAACAGTAAACTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125428	TACTAACTAACAAAGGTTTTGACAAGATTCTTTAAATAAACAGTAAACTC	125477

CT868739.5	151	CGGATGTTACAAACATCCAACCATAGAAGTCTCTCGTTGCGAGACTATCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125478	CGGATGTTACAAACATCCAACCATAGAAGTCTCTCGTTGCGAGACTATCC	125527

CT868739.5	201	AGCATAACTTAAGCCTTAAAGAACCTCAAAACGACATCCAACTCTACAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125528	AGCATAACTTAAGCCTTAAAGAACCTCAAAACGACATCCAACTCTACAAG	125577

CT868739.5	251	TTAAACACATAATAACTCATAGCCCCAACGAGAAACAAAAGATACCATAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125578	TTAAACACATAATAACTCATAGCCCCAACGAGAAACAAAAGATACCATAC	125627

CT868739.5	301	TGCAAGTTTTGGCAACAAGTCTCAACTAAACGCCACAGGTACCTTAAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125628	TGCAAGTTTTGGCAACAAGTCTCAACTAAACGCCACAGGTACCTTAAAAC	125677

CT868739.5	351	ATATATGTTTCTATGTATGTATATATATGTAAATATATATCACTGGGCAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125678	ATATATGTTTCTATGTATGTATATATATGTAAATATATATCACTGGGCAG	125727

CT868739.5	401	CATATTCATCCTAGAAACATGAAGGATGATTCAGTGCATGGGAGTACGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125728	CATATTCATCCTAGAAACATGAAGGATGATTCAGTGCATGGGAGTACGAA	125777

CT868739.5	451	CTGCACGAGCTCGGACTGGTGTCTTTGATGGACTTACCCTGCATACCAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125778	CTGCACGAGCTCGGACTGGTGTCTTTGATGGACTTACCCTGCATACCAAA	125827

CT868739.5	501	ACATAAGAACGAATGATTGAAGGAACATTAAGTTTATAGGGCAGATGAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125828	ACATAAGAACGAATGATTGAAGGAACATTAAGTTTATAGGGCAGATGAAA	125877

CT868739.5	551	TGAAAGGAAAATCTGTTGATCCAACCTTATGGGAAGTGAACCCAAAACCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125878	TGAAAGGAAAATCTGTTGATCCAACCTTATGGGAAGTGAACCCAAAACCA	125927

CT868739.5	601	CACCACTACAGCTCAGTGCAGCAATTGCACTCTCAGCCTGCAAGAATGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125928	CACCACTACAGCTCAGTGCAGCAATTGCACTCTCAGCCTGCAAGAATGAG	125977

CT868739.5	651	GCAAAAATAATAATTCAGAGCCAAAAAAAAAAACAGAAATGGAAAAACAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	125978	GCAAAAATAATAATTCAGAGCCAAAAAAAAAAACAGAAATGGAAAAACAA	126027

CT868739.5	701	ATAGTAGCCTATCGAGACAAATGTTAATATTACTCGCAATCACGAATATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126028	ATAGTAGCCTATCGAGACAAATGTTAATATTACTCGCAATCACGAATATA	126077

CT868739.5	751	TAAATATTAAAAGCAAAAGATTTGATCAATTTTTTAAGATACAAAGAACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126078	TAAATATTAAAAGCAAAAGATTTGATCAATTTTTTAAGATACAAAGAACT	126127

CT868739.5	801	TTGATCATTGAAAACGACCTTCCAAATTTCCAATCAGTATTATACTAAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126128	TTGATCATTGAAAACGACCTTCCAAATTTCCAATCAGTATTATACTAAGG	126177

CT868739.5	851	GAATAAAGATCAGGACCACAGTCACTCTACATAAATATCTTACATAAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126178	GAATAAAGATCAGGACCACAGTCACTCTACATAAATATCTTACATAAAAA	126227

CT868739.5	901	GAAGTTGAAACTAATGAAGCTAAGATGGCGCAGAAATGCATAAAATTGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126228	GAAGTTGAAACTAATGAAGCTAAGATGGCGCAGAAATGCATAAAATTGCA	126277

CT868739.5	951	AGGTAAAAGACACAACATCTTATTGTGTGGGAGTTTTACTGCATTCAACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126278	AGGTAAAAGACACAACATCTTATTGTGTGGGAGTTTTACTGCATTCAACA	126327

CT868739.5	1001	AAATAATCAGTGAAAATGGGAACAAACGAAAAAGAAGTGGGAGACGGAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126328	AAATAATCAGTGAAAATGGGAACAAACGAAAAAGAAGTGGGAGACGGAGG	126377

CT868739.5	1051	AAGAAAATGCAACCACATGGGCAAGCAACTGAAGTTTGGGTCAACAGCAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126378	AAGAAAATGCAACCACATGGGCAAGCAACTGAAGTTTGGGTCAACAGCAA	126427

CT868739.5	1101	AAGGTTGAGTACGACTCAACTGAAGTAAGCCTGGGTTACAAAATATATAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126428	AAGGTTGAGTACGACTCAACTGAAGTAAGCCTGGGTTACAAAATATATAG	126477

CT868739.5	1151	TATTTGGATGCAGGAGGGATAGGGGCACGTGATCTTATAGTGCAAGTTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126478	TATTTGGATGCAGGAGGGATAGGGGCACGTGATCTTATAGTGCAAGTTTT	126527

CT868739.5	1201	TACCCAAAGTGAATTCATGATCATATAAATTTCTGTTGAAATTACTAAAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126528	TACCCAAAGTGAATTCATGATCATATAAATTTCTGTTGAAATTACTAAAG	126577

CT868739.5	1251	GTCAAACAAGCGTAATAGCTCCATTAATCCAAAACTAATGAACCCCAAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126578	GTCAAACAAGCGTAATAGCTCCATTAATCCAAAACTAATGAACCCCAAGA	126627

CT868739.5	1301	TTTGGTAAAAATACATCTATATCTAGACTAGAAGACAAACTGACTTTGTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126628	TTTGGTAAAAATACATCTATATCTAGACTAGAAGACAAACTGACTTTGTC	126677

CT868739.5	1351	AAACCAAAAGTCACCATCACATATGCCATATGAAGAGTGGCTGATTATTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126678	AAACCAAAAGTCACCATCACATATGCCATATGAAGAGTGGCTGATTATTT	126727

CT868739.5	1401	CCCTTCAATAGTAGGGATTTGTTATTTCCAAGAGTGGGGCTACCTGAAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126728	CCCTTCAATAGTAGGGATTTGTTATTTCCAAGAGTGGGGCTACCTGAAGA	126777

CT868739.5	1451	ATTTAACATTATTATTGCCCAATAAATAGGGGCAAAACTAATGGATACAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126778	ATTTAACATTATTATTGCCCAATAAATAGGGGCAAAACTAATGGATACAC	126827

CT868739.5	1501	TTGATCTTGATCCTAGATTCAATTAACCCCGTTTACTTAAGACAAAGAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126828	TTGATCTTGATCCTAGATTCAATTAACCCCGTTTACTTAAGACAAAGAAA	126877

CT868739.5	1551	TTTACAGATTGACGGCCCATTATGGTCATAGATTGGTCCAGTTTTGCAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126878	TTTACAGATTGACGGCCCATTATGGTCATAGATTGGTCCAGTTTTGCAGA	126927

CT868739.5	1601	AAGGTTGAAATAATCGCACAAAGGAAACGCTAAGCATCATAAAATAACAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126928	AAGGTTGAAATAATCGCACAAAGGAAACGCTAAGCATCATAAAATAACAT	126977

CT868739.5	1651	TCGATACAAACATATACCAGAGGTAGAACCACCTGCCATTCTCCTATTAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	126978	TCGATACAAACATATACCAGAGGTAGAACCACCTGCCATTCTCCTATTAG	127027

CT868739.5	1701	GAGAGTGCGCATGAAAAGATATAGGAGATAGCATTGACTTGAGGCATCTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	127028	GAGAGTGCGCATGAAAAGATATAGGAGATAGCATTGACTTGAGGCATCTG	127077

CT868739.5	1751	AGTTAGTGAATACAACATAAAGGTCATTGTAACTCTCAACTGACAACGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	127078	AGTTAGTGAATACAACATAAAGGTCATTGTAACTCTCAACTGACAACGAT	127127

CT868739.5	1801	TAAATAGTTAACGGAGCATGTGAGGGGGGAGACAACGAATTATGGGTATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	127128	TAAATAGTTAACGGAGCATGTGAGGGGGGAGACAACGAATTATGGGTATG	127177

CT868739.5	1851	AGTAACGAATGTCGAAAGAAAATCAATTTGATCAGATTGTCTTCTACCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	127178	AGTAACGAATGTCGAAAGAAAATCAATTTGATCAGATTGTCTTCTACCTC	127227

CT868739.5	1901	CCCAACTTCCTATGCAAGAACATCATCACAAACTGAGAGCTTGACTTTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	127228	CCCAACTTCCTATGCAAGAACATCATCACAAACTGAGAGCTTGACTTTGA	127277

CT868739.5	1951	ACTCAGAATCGACCTAAAACACGGCTCCTATATGAAAATAGCACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009540.10	127278	ACTCAGAATCGACCTAAAACACGGCTCCTATATGAAAATAGCACAAGCTT	127327

Overview

Query
CT868739.5 - 54465 bps
Hit
CT009540.10 - 127327 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191820001200011253281273271
Short-link