<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR940306.3	90977	AAGCTTCTTTTGTCTTCTCATAACCAACCATTCCAAAGAAGAAACAATGG	90928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80242	AAGCTTCTTTTGTCTTCTCATAACCAACCATTCCAAAGAAGAAACAATGG	80291

C  CR940306.3	90927	AAAAACATGTCTCCAATTTCCAAAGCAGTTTATAGTTGATCTCAGAAGCA	90878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80292	AAAAACATGTCTCCAATTTCCAAAGCAGTTTATAGTTGATCTCAGAAGCA	80341

C  CR940306.3	90877	AGCAACCATCAGTTTGAACTTGAAACTTAAGAGAGGGTATGTAACACTCT	90828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80342	AGCAACCATCAGTTTGAACTTGAAACTTAAGAGAGGGTATGTAACACTCT	80391

C  CR940306.3	90827	TTATTTTCAACCTGTTCTAAACTTCTGACTGTGTTCTTTCTTGGTTTCTA	90778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80392	TTATTTTCAACCTGTTCTAAACTTCTGACTGTGTTCTTTCTTGGTTTCTA	80441

C  CR940306.3	90777	GGTAACACTCTTTATAATCACTAGATTTTCATCATCTCATTCATGCTCTA	90728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80442	GGTAACACTCTTTATAATCACTAGATTTTCATCATCTCATTCATGCTCTA	80491

C  CR940306.3	90727	GTTTTGCACCCGCACCAAACTATATTTTGCTCTCTAAACCAACACATGTG	90678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80492	GTTTTGCACCCGCACCAAACTATATTTTGCTCTCTAAACCAACACATGTG	80541

C  CR940306.3	90677	AGATTTCCTTTCCACCTAGAATTTGCAATGAAGAAACTGAACATGTATGT	90628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80542	AGATTTCCTTTCCACCTAGAATTTGCAATGAAGAAACTGAACATGTATGT	80591

C  CR940306.3	90627	GCATGCAATATTCTTTTTTTTTAGTCTTAACCTTCTCGTTCTCAGAGGAA	90578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80592	GCATGCAATATTCTTTTTTTTTAGTCTTAACCTTCTCGTTCTCAGAGGAA	80641

C  CR940306.3	90577	CGAGTCCTGATAATCCCCAGTTTGATCGAAATTTAAGTTAAGCCTGACCA	90528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80642	CGAGTCCTGATAATCCCCAGTTTGATCGAAATTTAAGTTAAGCCTGACCA	80691

C  CR940306.3	90527	ATGGTTGTTACCGCCATGGTTTGAATTCGGCTACTCCGGGTTGATTAGAC	90478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80692	ATGGTTGTTACCGCCATGGTTTGAATTCGGCTACTCCGGGTTGATTAGAC	80741

C  CR940306.3	90477	CGTTATTGAAAATTATTAACTACTTAAGTCAAATCACTTGGCTATGAAGA	90428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80742	CGTTATTGAAAATTATTAACTACTTAAGTCAAATCACTTGGCTATGAAGA	80791

C  CR940306.3	90427	TACTATTATTTTTCCATTTTTATTGTTTTTCTGTTTCTTTGTACTGTCAT	90378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80792	TACTATTATTTTTCCATTTTTATTGTTTTTCTGTTTCTTTGTACTGTCAT	80841

C  CR940306.3	90377	GGTTGTTAGCTAACTCACTTTATCTACCATCAATCTCACAAGTTATTTAG	90328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80842	GGTTGTTAGCTAACTCACTTTATCTACCATCAATCTCACAAGTTATTTAG	80891

C  CR940306.3	90327	TTCTTGGAATTCAATAATTTAAGATATTTTTTTTCATTTATACTAGAGAT	90278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80892	TTCTTGGAATTCAATAATTTAAGATATTTTTTTTCATTTATACTAGAGAT	80941

C  CR940306.3	90277	TCATTTCAGATCAGAAGTTTTTACTATAATAATAGGGATTTGGTTTCCTG	90228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80942	TCATTTCAGATCAGAAGTTTTTACTATAATAATAGGGATTTGGTTTCCTG	80991

C  CR940306.3	90227	GATCATTGATGTATTAGGCCAAGATGAATGTGAAAACTCAACTATTGGTG	90178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	80992	GATCATTGATGTATTAGGCCAAGATGAATGTGAAAACTCAACTATTGGTG	81041

C  CR940306.3	90177	AACTTATAGTTTATGGCATCTTCCATGCTAATTTATTCAAGTTTTTCATA	90128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81042	AACTTATAGTTTATGGCATCTTCCATGCTAATTTATTCAAGTTTTTCATA	81091

C  CR940306.3	90127	TTATTATTACTGAAAAATGGGCCAATAGAAAGGTCAAGTTTCAGTCAAGA	90078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81092	TTATTATTACTGAAAAATGGGCCAATAGAAAGGTCAAGTTTCAGTCAAGA	81141

C  CR940306.3	90077	AAAATTCCTTACATAAAGATTTAAGTGGGACTTTCATATCTGAATTGGCC	90028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81142	AAAATTCCTTACATAAAGATTTAAGTGGGACTTTCATATCTGAATTGGCC	81191

C  CR940306.3	90027	AAACATATCTATTCAACCTTAAATTTCAATCATACATTTGCAATTATGTG	89978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81192	AAACATATCTATTCAACCTTAAATTTCAATCATACATTTGCAATTATGTG	81241

C  CR940306.3	89977	GCTATGTGGTCCATATTTTGGATTCTTGTTTTTTTAGATAAGTCAGAAAA	89928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81242	GCTATGTGGTCCATATTTTGGATTCTTGTTTTTTTAGATAAGTCAGAAAA	81291

C  CR940306.3	89927	AGCAGAATAGACTAAGGATAGTGGTATTCGAACAACATAAACATAGGTAT	89878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81292	AGCAGAATAGACTAAGGATAGTGGTATTCGAACAACATAAACATAGGTAT	81341

C  CR940306.3	89877	GAAACCTTGCTCACAAAAGTCAAGAATTTAATTAATTTCATATAGCACCA	89828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81342	GAAACCTTGCTCACAAAAGTCAAGAATTTAATTAATTTCATATAGCACCA	81391

C  CR940306.3	89827	ACTAACATCTTGTCTCTAAATCAAATACCAAGGGTAAATGGACTTTATTT	89778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81392	ACTAACATCTTGTCTCTAAATCAAATACCAAGGGTAAATGGACTTTATTT	81441

C  CR940306.3	89777	TCAGAAAAATAAACTAAATAAAATATTTGGCCATTTTCTTTCAGGTGTTA	89728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81442	TCAGAAAAATAAACTAAATAAAATATTTGGCCATTTTCTTTCAGGTGTTA	81491

C  CR940306.3	89727	AATGAATATTAAGAGAGGCTATATGATTTTATTTAATAGATCTATATTGC	89678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81492	AATGAATATTAAGAGAGGCTATATGATTTTATTTAATAGATCTATATTGC	81541

C  CR940306.3	89677	AAGATTCCATTTAAATCAAGAACAAAACTAGTACAAAGGATTTTGCAACA	89628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81542	AAGATTCCATTTAAATCAAGAACAAAACTAGTACAAAGGATTTTGCAACA	81591

C  CR940306.3	89627	AAAAGTTCAATTATCAAGCCCTTGAATCACAAGTTTACTTTAAAACCATA	89578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81592	AAAAGTTCAATTATCAAGCCCTTGAATCACAAGTTTACTTTAAAACCATA	81641

C  CR940306.3	89577	TTTGCTATTCTAAGAGTTTCTTCTCTTGTTTTCATACTTACTGACTATAA	89528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81642	TTTGCTATTCTAAGAGTTTCTTCTCTTGTTTTCATACTTACTGACTATAA	81691

C  CR940306.3	89527	ACTGATGGATTTTCATTGCAGAACCAAGCATCTTTTTCACTGCTGGACAT	89478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81692	ACTGATGGATTTTCATTGCAGAACCAAGCATCTTTTTCACTGCTGGACAT	81741

C  CR940306.3	89477	ATTTAGTGAATTAGCTTTAATTAATCATGAAACCAATTTTTGATCTTGAA	89428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81742	ATTTAGTGAATTAGCTTTAATTAATCATGAAACCAATTTTTGATCTTGAA	81791

C  CR940306.3	89427	GTAGAGGCCACAGAAGAATATGAATCTGATGTTAGTAGCCATGTTGCTTC	89378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81792	GTAGAGGCCACAGAAGAATATGAATCTGATGTTAGTAGCCATGTTGCTTC	81841

C  CR940306.3	89377	CACTATATCCACCCACCAAATTGAAACCTCTACAGGTTCCTATAGTAACA	89328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81842	CACTATATCCACCCACCAAATTGAAACCTCTACAGGTTCCTATAGTAACA	81891

C  CR940306.3	89327	GCCTTTCCAATTCAGATTCCATCTCACTGGACTTAACACTCAATTTCAAC	89278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81892	GCCTTTCCAATTCAGATTCCATCTCACTGGACTTAACACTCAATTTCAAC	81941

C  CR940306.3	89277	AACAATGACTTGGTTGTTCGAGATTCAACAGGAATCTCATTCTCAAGCAC	89228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81942	AACAATGACTTGGTTGTTCGAGATTCAACAGGAATCTCATTCTCAAGCAC	81991

C  CR940306.3	89227	CAGTGAGAGCAGCAATGAACTTACCATCCAAAGAGTTTTCTCTTGCAATT	89178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	81992	CAGTGAGAGCAGCAATGAACTTACCATCCAAAGAGTTTTCTCTTGCAATT	82041

C  CR940306.3	89177	ACTGTCGGCGCAAATTTTACAGCTCTCAGGCACTTGGTGGTCATCAAAAT	89128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	82042	ACTGTCGGCGCAAATTTTACAGCTCTCAGGCACTTGGTGGTCATCAAAAT	82091

C  CR940306.3	89127	GCACACAAGAGAGAAAGAACATTAGCAAAGCGAGCTATGCGAATTGGACT	89078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	82092	GCACACAAGAGAGAAAGAACATTAGCAAAGCGAGCTATGCGAATTGGACT	82141

C  CR940306.3	89077	ATTCACTGAGAGGTATGCATGTCTTGCATCTCTGCCTCTCAATGGTTCTT	89028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	82142	ATTCACTGAGAGGTATGCATGTCTTGCATCTCTGCCTCTCAATGGTTCTT	82191

C  CR940306.3	89027	TCAGGGCATTAGGTATAAAGACACACTCTTCACTACACCATGGTTTTTCG	88978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009535.6	82192	TCAGGGCATTAGGTATAAAGACACACTCTTCACTACACCATGGTTTTTCG	82241

Overview

Query
CR940306.3 - 90977 bps
Hit
CT009535.6 - 82241 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191620008897890977-180242822411
210031416902169061-140955409951
Short-link