<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573042.6	1	CATAGTAAGCGCTTAACAAATACCAACATTATTATTATTATTACTCCCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	147920	CATAGTAAGCGCTTAACAAATACCAACATTATTATTATTATTACTCCCAG	147969

CT573042.6	51	CTCCACCACTTATCAGTTATGTGACATTGGGCAAGTCACTTCAGTTCTCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	147970	CTCCACCACTTATCAGTTATGTGACATTGGGCAAGTCACTTCAGTTCTCT	148019

CT573042.6	101	GGGCCTCAGTTCCCTCATCTGTGAAATGGGGATTAAGTCTGTGAGCCCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148020	GGGCCTCAGTTCCCTCATCTGTGAAATGGGGATTAAGTCTGTGAGCCCCA	148069

CT573042.6	151	CGTGGGACAACCTGATTACCCTGTATCTCCCCCAGTACTTAGAACAGTGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148070	CGTGGGACAACCTGATTACCCTGTATCTCCCCCAGTACTTAGAACAGTGC	148119

CT573042.6	201	TTGGCACATAATAAGCGCTTAACAAATACCAACATTATTATTATTATTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148120	TTGGCACATAATAAGCGCTTAACAAATACCAACATTATTATTATTATTAT	148169

CT573042.6	251	TATACAAGATTATCAGGTTGACCCAAGTGGGGCTCACAGTCTTCACCCCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148170	TATACAAGATTATCAGGTTGACCCAAGTGGGGCTCACAGTCTTCACCCCC	148219

CT573042.6	301	ATTTTACAGATGAAGTATCTGAGAGACAGAGAAGTTAAGTGACTAGCCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148220	ATTTTACAGATGAAGTATCTGAGAGACAGAGAAGTTAAGTGACTAGCCTT	148269

CT573042.6	351	AAGTCACACAGCTGACAAGTAGAGGAGCTGGGATTAGAATCCATGACCTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148270	AAGTCACACAGCTGACAAGTAGAGGAGCTGGGATTAGAATCCATGACCTC	148319

CT573042.6	401	TGACTCCCAAACCCGTGCTCTTTCCACTAAACCAGTGTAGTCTAGTTGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148320	TGACTCCCAAACCCGTGCTCTTTCCACTAAACCAGTGTAGTCTAGTTGGT	148369

CT573042.6	451	TTGAAGAGGTGGGGGGTGTCCAGGCATGTGTAAAGGCATGAGCAAGGAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148370	TTGAAGAGGTGGGGGGTGTCCAGGCATGTGTAAAGGCATGAGCAAGGAGA	148419

CT573042.6	501	TGGAGGCAGGAGATTTATGAAATACGGTAAGAAGGTGCATTTGGTTAGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148420	TGGAGGCAGGAGATTTATGAAATACGGTAAGAAGGTGCATTTGGTTAGAA	148469

CT573042.6	551	GAAAGCTTGCAGGATGGGGTAAAGAGGAAGATGAGAGCTGATTAGAGGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148470	GAAAGCTTGCAGGATGGGGTAAAGAGGAAGATGAGAGCTGATTAGAGGGA	148519

CT573042.6	601	ATAAGATGGTGGAGTACCTTGAAGCCAATGATCAGAGGTTTCTGTTTAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148520	ATAAGATGGTGGAGTACCTTGAAGCCAATGATCAGAGGTTTCTGTTTAGT	148569

CT573042.6	651	CCAGAGGGAAACAGGTCACCACTGGAGGCTTCTGTGAAGTGGAGAGATGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148570	CCAGAGGGAAACAGGTCACCACTGGAGGCTTCTGTGAAGTGGAGAGATGG	148619

CT573042.6	701	GTTCTCATTCAGCCAACAATCCATCACTAAATTGTGTAGATTCCACCTTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148620	GTTCTCATTCAGCCAACAATCCATCACTAAATTGTGTAGATTCCACCTTC	148669

CT573042.6	751	ACAACATCATTAAAATCTGCCCTTTTCTCTCCATCCAAGCTGCTACTACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148670	ACAACATCATTAAAATCTGCCCTTTTCTCTCCATCCAAGCTGCTACTACA	148719

CT573042.6	801	TTAATGCAATCACTTATCTTCTTCTCCCTGGCTTATTACATCAGGCTTCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148720	TTAATGCAATCACTTATCTTCTTCTCCCTGGCTTATTACATCAGGCTTCT	148769

CT573042.6	851	TGTCAGTCTCCTGTCTGTCCCCACTCCAGTCCATACTGCACTCTGCTGCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148770	TGTCAGTCTCCTGTCTGTCCCCACTCCAGTCCATACTGCACTCTGCTGCC	148819

CT573042.6	901	CAGATCATTTTTCTACAAAAACAGTCAAGACATGTTTCCCCACTCCTCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148820	CAGATCATTTTTCTACAAAAACAGTCAAGACATGTTTCCCCACTCCTCAA	148869

CT573042.6	951	AAAACTCCAGTGCTTGTCCATCCACTTCCACATCAAACAAAAATTCCTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148870	AAAACTCCAGTGCTTGTCCATCCACTTCCACATCAAACAAAAATTCCTCA	148919

CT573042.6	1001	CCATTGGGTTTAAAGCACTCAATCACCTTGCCCCCTCCTACCTCACCTCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148920	CCATTGGGTTTAAAGCACTCAATCACCTTGCCCCCTCCTACCTCACCTCA	148969

CT573042.6	1051	CTATTCCTAGTACAACCCAGCCTTCACACTTTGCTCCTCGGATGCTAACC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	148970	CTATTCCTAGTACAACCCAGCCTTCACACTTTGCTCCTCGGATGCTAACC	149019

CT573042.6	1101	CTCTCACAGTACTTCGATTTTGTCTATCTTGCTGCCGACCCCTCACCCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149020	CTCTCACAGTACTTCGATTTTGTCTATCTTGCTGCCGACCCCTCACCCAC	149069

CT573042.6	1151	ATCTTCCCTCTGGCCTGCAATACCCTCCCTCCTCAAATCCAACAGACAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149070	ATCTTCCCTCTGGCCTGCAATACCCTCCCTCCTCAAATCCAACAGACAAT	149119

CT573042.6	1201	TACTCCATCGAGTCCACAGCCTTATTGAAGTCACATCTCCTTCAAGTGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149120	TACTCCATCGAGTCCACAGCCTTATTGAAGTCACATCTCCTTCAAGTGGC	149169

CT573042.6	1251	CTTCCCTGACTAAACCTCCCTTTCCTCTTCTCCTACTCCCTTCTGTGTCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149170	CTTCCCTGACTAAACCTCCCTTTCCTCTTCTCCTACTCCCTTCTGTGTCA	149219

CT573042.6	1301	CCCTAACTTGCTCCCTTTGTTCATTCTCCCTCCCACTTCCACAGTATTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149220	CCCTAACTTGCTCCCTTTGTTCATTCTCCCTCCCACTTCCACAGTATTTA	149269

CT573042.6	1351	TGTACATATCTGTAATTTATTTATATTAATGTATGTCTCCCCCTCTAATC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149270	TGTACATATCTGTAATTTATTTATATTAATGTATGTCTCCCCCTCTAATC	149319

CT573042.6	1401	TGTAGGCTTGTTGTGGTCAGGGAATGAGACAATTTATTGTTATATTTTTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149320	TGTAGGCTTGTTGTGGTCAGGGAATGAGACAATTTATTGTTATATTTTTC	149369

CT573042.6	1451	TCTCCCAAAAGCTTAGTACAGTTCGCTGCGAACAGTAAGTGCTCAATAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149370	TCTCCCAAAAGCTTAGTACAGTTCGCTGCGAACAGTAAGTGCTCAATAAA	149419

CT573042.6	1501	TAAACTTAAATGAATGAATGAATAAATGAATGATATTTTAGACAGCTCCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149420	TAAACTTAAATGAATGAATGAATAAATGAATGATATTTTAGACAGCTCCC	149469

CT573042.6	1551	TTTTGACATGCTGAAGACCACTCTCTGGCATCGAGTGGTAAATTTATGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149470	TTTTGACATGCTGAAGACCACTCTCTGGCATCGAGTGGTAAATTTATGCC	149519

CT573042.6	1601	ATTTGTGGTCCTGCCCCTTATAGGGCCACCTGACTCCTTGATGTTTGAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149520	ATTTGTGGTCCTGCCCCTTATAGGGCCACCTGACTCCTTGATGTTTGAAG	149569

CT573042.6	1651	AGTGGAAGCACGTAAGCAGATGATCTTTCCTTGAATGGAGGCTGTAGATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149570	AGTGGAAGCACGTAAGCAGATGATCTTTCCTTGAATGGAGGCTGTAGATT	149619

CT573042.6	1701	CCATCTGAAATGAGCGTAAAGGTTAGGACTCCAATCTGAAAACAAGAAAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149620	CCATCTGAAATGAGCGTAAAGGTTAGGACTCCAATCTGAAAACAAGAAAC	149669

CT573042.6	1751	ATGAGGGGGCTCCTGATCACGAAGGGTTTGAGCAGAGAGAACATGAAACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149670	ATGAGGGGGCTCCTGATCACGAAGGGTTTGAGCAGAGAGAACATGAAACT	149719

CT573042.6	1801	GTTGATCACCAAGTCCTACTGCACCAGGACAAGGGGCACCCAGGGAAGCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149720	GTTGATCACCAAGTCCTACTGCACCAGGACAAGGGGCACCCAGGGAAGCT	149769

CT573042.6	1851	GGAAGGTGGCAGGTTCAGAAGTGGTTGGTATCAATCAATCATATTTATTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149770	GGAAGGTGGCAGGTTCAGAAGTGGTTGGTATCAATCAATCATATTTATTG	149819

CT573042.6	1901	AACACTTATTGTGTGCTGAGCACTGTACTAAATGCTTGGGAGACTACATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149820	AACACTTATTGTGTGCTGAGCACTGTACTAAATGCTTGGGAGACTACATT	149869

CT573042.6	1951	ATGAAAATATAACAGAGTTGGTAGACACATTCCCTGGCCACAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009533.6	149870	ATGAAAATATAACAGAGTTGGTAGACACATTCCCTGGCCACAACAAGCTT	149919

Overview

Query
CT573042.6 - 125657 bps
Hit
CT009533.6 - 149919 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198520001200011479201499191
291.51192261113516113776122085223431
394.422092517435874608122086223361
491.73190256105806106061122090223431
590.191872659735397617122847231111
693.582142657502575289-122848231121
792.972022561644616701122848231031
896.25237267113518113784122848231141
997.732462646454864811-122851231141
1096.68243272113515113786-11104381107081
1196.22234266645466481111104381107021
1294.44224271750257529511104421107111
1390.491872649735497617-11104431107051
1490.84189263105804106066-11104431107041
15932022581644416701-11104511107071
1693.612152667502875293-11200121202771
1796.9824126511351511377911200131202771
1894.57216258164441670111200141202711
1998.462472596455364811-11200191202771
2094.762252677502675292-11476961479621
2197.3824626711351511378111476961479621
2294.19213258164441670111476971479541
2390.91192264973549761711476991479621
2497.322402616455164811-11477021479621
Short-link