<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974445.7	1	GATCTGGTGTTGCTGTGAGCTTTGGCATAGGTTGCAGATGAGGCTCAGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	98905	GATCTGGTGTTGCTGTGAGCTTTGGCATAGGTTGCAGATGAGGCTCAGAT	98954

CR974445.7	51	CCCGCATTGCTATGGCTGTTGTGTTGGCCGGCAGCTGCAGCCCCAATTCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	98955	CCCGCATTGCTATGGCTGTTGTGTTGGCCGGCAGCTGCAGCCCCAATTCA	99004

CR974445.7	101	ACCCTTAGCCTGGAACTTCCTTATGCTGAGGGTGTGGCCCTAAAAAAAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99005	ACCCTTAGCCTGGAACTTCCTTATGCTGAGGGTGTGGCCCTAAAAAAAGA	99054

CR974445.7	151	AAAAGAAAAAAGAAAAGAGAGAGGGAAAAAAAGGAGAAAAGCCCAAGTGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99055	AAAAGAAAAAAGAAAAGAGAGAGGGAAAAAAAGGAGAAAAGCCCAAGTGC	99104

CR974445.7	201	TGAGGAAGGCCAATCTTTAAAAGTCATAAAGGAAAAAGAACCCACCAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99105	TGAGGAAGGCCAATCTTTAAAAGTCATAAAGGAAAAAGAACCCACCAAAA	99154

CR974445.7	251	GACACAGAATGAGCTTTTGGAGAAGTTGGAAGAAAATCAAGATAGGGTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99155	GACACAGAATGAGCTTTTGGAGAAGTTGGAAGAAAATCAAGATAGGGTGA	99204

CR974445.7	301	TTTCGCAGCTAGGAGACAGAGAGAAGAGAGTATTTCAAGAAGGAAAATTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99205	TTTCGCAGCTAGGAGACAGAGAGAAGAGAGTATTTCAAGAAGGAAAATTC	99254

CR974445.7	351	TGCCAGGAGGTCAGAAGGTACCCATTGGACTTGGCTGCATGGAGTTCTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99255	TGCCAGGAGGTCAGAAGGTACCCATTGGACTTGGCTGCATGGAGTTCTGG	99304

CR974445.7	401	AGAGAGCTTAGCAAAAGCATTCGCGGCAGACCAGTGGGAGGAGAAGCCCG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99305	AGAGAGCTTAGCAAAAGCATTCGCGGCAGACCAGTGGGAGGAGAAGCCCG	99354

CR974445.7	451	ATTGGGTGGGTGGATAAATAAATGAGAAGAGAGTCCAGCAGTGTGGACAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99355	ATTGGGTGGGTGGATAAATAAATGAGAAGAGAGTCCAGCAGTGTGGACAT	99404

CR974445.7	501	CTCACAGGGGTTGCCGGACAGTAGTGCATCTTAGTGCCACTGTGACACAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99405	CTCACAGGGGTTGCCGGACAGTAGTGCATCTTAGTGCCACTGTGACACAA	99454

CR974445.7	551	GTCCTGTGTGTCAGGGACACAGAAAGGAAATATTAGGGATGCAAAGTCTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99455	GTCCTGTGTGTCAGGGACACAGAAAGGAAATATTAGGGATGCAAAGTCTC	99504

CR974445.7	601	CAAGAGATTTGCTCAGTGCCAGGCACTATTGCAAACCACTGGATCATGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99505	CAAGAGATTTGCTCAGTGCCAGGCACTATTGCAAACCACTGGATCATGAG	99554

CR974445.7	651	CCATCTGCCAGACAATGTGAGTATCAACTGGGTGCTTACAGGTAAGAAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99555	CCATCTGCCAGACAATGTGAGTATCAACTGGGTGCTTACAGGTAAGAAAG	99604

CR974445.7	701	TGATAGTAATTATATAAATAAAAATGACCACTGTTGAGTGCTGACTCTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99605	TGATAGTAATTATATAAATAAAAATGACCACTGTTGAGTGCTGACTCTGT	99654

CR974445.7	751	GCCCTGTACCATACTAACCACCTATTTGCTATCTCTTACTGAATTCTCAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99655	GCCCTGTACCATACTAACCACCTATTTGCTATCTCTTACTGAATTCTCAA	99704

CR974445.7	801	AGCAGCACCCAGAGAGAGTTTTATTAACTCCTTGTTACAGAAGGGAGACG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99705	AGCAGCACCCAGAGAGAGTTTTATTAACTCCTTGTTACAGAAGGGAGACG	99754

CR974445.7	851	TGAGGCCTGCCAAGGTTGAATCCTGTGTCCAAGAACACACAGCTATGAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99755	TGAGGCCTGCCAAGGTTGAATCCTGTGTCCAAGAACACACAGCTATGAAG	99804

CR974445.7	901	GGGGCCGTGATTCTGATTGGTCTGGTTTCAAAGTCCAGGTCAACCCTTGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99805	GGGGCCGTGATTCTGATTGGTCTGGTTTCAAAGTCCAGGTCAACCCTTGG	99854

CR974445.7	951	GTTACACAGTCAGTCTTTTCTAGCTGCAGTTGCCCGGTGAGAACTTATTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99855	GTTACACAGTCAGTCTTTTCTAGCTGCAGTTGCCCGGTGAGAACTTATTG	99904

CR974445.7	1001	CCTCGTTAACTGGAAATCTGACTGAATTTCCAAACTTATTCCACTTACTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99905	CCTCGTTAACTGGAAATCTGACTGAATTTCCAAACTTATTCCACTTACTT	99954

CR974445.7	1051	AATTTGATAAGAAGCATCAAGACTCGAAAAACACTTACATAGAATGATTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	99955	AATTTGATAAGAAGCATCAAGACTCGAAAAACACTTACATAGAATGATTT	100004

CR974445.7	1101	TAATCTTAAACAAGTTAATATATCCAGAGTGAGTGCCAGGCACACGGAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100005	TAATCTTAAACAAGTTAATATATCCAGAGTGAGTGCCAGGCACACGGAGA	100054

CR974445.7	1151	GCGTTGTGTAGGCGTCACCTATCATTACTTCCGGAAGGGCTCTGGAGAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100055	GCGTTGTGTAGGCGTCACCTATCATTACTTCCGGAAGGGCTCTGGAGAGA	100104

CR974445.7	1201	AATCGGTCTGCCCTTCTCCAGGGCTAATCAGACGTTGTAAATATTCACAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100105	AATCGGTCTGCCCTTCTCCAGGGCTAATCAGACGTTGTAAATATTCACAC	100154

CR974445.7	1251	CGACTTTCCCCCCCAAGGGCAGCTAAATTTTTGCCTCTTCCAGAATAGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100155	CGACTTTCCCCCCCAAGGGCAGCTAAATTTTTGCCTCTTCCAGAATAGTT	100204

CR974445.7	1301	TTCAACTTCTACTGAGGGGAAAGGATGGTATTTCCTTGCTTTGTTCTTAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100205	TTCAACTTCTACTGAGGGGAAAGGATGGTATTTCCTTGCTTTGTTCTTAA	100254

CR974445.7	1351	ACTCCTTACAGGAAATGGTAGTTGTGGGCAAGGACGAAGGTACAGTGTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100255	ACTCCTTACAGGAAATGGTAGTTGTGGGCAAGGACGAAGGTACAGTGTGA	100304

CR974445.7	1401	AACCATTTAACAAATGCATCTGTTAACACTGTAGGAGAGACCTCTAGAGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100305	AACCATTTAACAAATGCATCTGTTAACACTGTAGGAGAGACCTCTAGAGT	100354

CR974445.7	1451	ATTATCACTTTTGCTGGTCTTGAGCAGCAAAGAGATGGGCCACCTGTCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100355	ATTATCACTTTTGCTGGTCTTGAGCAGCAAAGAGATGGGCCACCTGTCTA	100404

CR974445.7	1501	AATCCGCCCACGAAGAGTTTAGGATTGAATTTGACCCCTGTTTAATTGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100405	AATCCGCCCACGAAGAGTTTAGGATTGAATTTGACCCCTGTTTAATTGAG	100454

CR974445.7	1551	GTAGCCATGGAAATCAAGGGGTAAGGACACTTCTTGCATGCCTACCATGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100455	GTAGCCATGGAAATCAAGGGGTAAGGACACTTCTTGCATGCCTACCATGT	100504

CR974445.7	1601	GTTTGCCGGCCTTAGCTTATTTAATCCGTAGAGCCCCTTCTGCTATCATG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100505	GTTTGCCGGCCTTAGCTTATTTAATCCGTAGAGCCCCTTCTGCTATCATG	100554

CR974445.7	1651	CTTCTTTTGAAAACAGGAACTGGTTCCAGTGTGATTTGAGCGTTGTGTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100555	CTTCTTTTGAAAACAGGAACTGGTTCCAGTGTGATTTGAGCGTTGTGTGG	100604

CR974445.7	1701	ATTTTGCATTCATATATATTTGACTTCATCTGTGAGGAACCCTAGGTGAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100605	ATTTTGCATTCATATATATTTGACTTCATCTGTGAGGAACCCTAGGTGAA	100654

CR974445.7	1751	CACAGAAAACTGCACACCTCCAAATCAAGCTACCTAGAAGTATGCAAAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100655	CACAGAAAACTGCACACCTCCAAATCAAGCTACCTAGAAGTATGCAAAAG	100704

CR974445.7	1801	ATGAACACCTACCACCTACTAGCTAACCAGGTGTGTTACAAGCCACACCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100705	ATGAACACCTACCACCTACTAGCTAACCAGGTGTGTTACAAGCCACACCC	100754

CR974445.7	1851	ATCAATGTCTGGTGTTTCAACTTTCAGATTTCAGATAACCCACGTCCCAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100755	ATCAATGTCTGGTGTTTCAACTTTCAGATTTCAGATAACCCACGTCCCAC	100804

CR974445.7	1901	CGCTTCACAATAACTCACAGCTGCAACCCTTTCAGCACCCACTTCTATAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100805	CGCTTCACAATAACTCACAGCTGCAACCCTTTCAGCACCCACTTCTATAA	100854

CR974445.7	1951	ATCTTTTTCGAGGTAAAGTGCCATATTTATCACAGTATTTATGTATTTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009526.6	100855	ATCTTTTTCGAGGTAAAGTGCCATATTTATCACAGTATTTATGTATTTTT	100904

Overview

Query
CR974445.7 - 195516 bps
Hit
CT009526.6 - 100904 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019882000120001989051009041
287.311592614512745387-129224294831
387.06152255153891154145-129230294841
492.942082714512345393137313375811
586.591502626116261423-137316375761
692.83204267103665103931-137316375801
790.88191274153891154164137316375891
889.28148223153891154113150122503451
990.481612304512745356150123503531
1089.04138209188204188412150158503671
1189.28172261153891154151-152508527681
1285.14199405133346133750159841602371
1391.11196271103663103933-168278685471
1488.171682626116261423-168280685411
1590.81185261153891154151168280685401
1692.72022614513045390168284685431
1785.76143275153890154164182927831931
1885.161382634512745389182929831841
1993.46215276153889154164-193569938431
2092.42002644512745390-193578938401
2190.53185265103667103931193578938411
2288.461672606116461423193582938411
Short-link