<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
CR974445.7 1 GATCTGGTGTTGCTGTGAGCTTTGGCATAGGTTGCAGATGAGGCTCAGAT 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 98905 GATCTGGTGTTGCTGTGAGCTTTGGCATAGGTTGCAGATGAGGCTCAGAT 98954 CR974445.7 51 CCCGCATTGCTATGGCTGTTGTGTTGGCCGGCAGCTGCAGCCCCAATTCA 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 98955 CCCGCATTGCTATGGCTGTTGTGTTGGCCGGCAGCTGCAGCCCCAATTCA 99004 CR974445.7 101 ACCCTTAGCCTGGAACTTCCTTATGCTGAGGGTGTGGCCCTAAAAAAAGA 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99005 ACCCTTAGCCTGGAACTTCCTTATGCTGAGGGTGTGGCCCTAAAAAAAGA 99054 CR974445.7 151 AAAAGAAAAAAGAAAAGAGAGAGGGAAAAAAAGGAGAAAAGCCCAAGTGC 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99055 AAAAGAAAAAAGAAAAGAGAGAGGGAAAAAAAGGAGAAAAGCCCAAGTGC 99104 CR974445.7 201 TGAGGAAGGCCAATCTTTAAAAGTCATAAAGGAAAAAGAACCCACCAAAA 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99105 TGAGGAAGGCCAATCTTTAAAAGTCATAAAGGAAAAAGAACCCACCAAAA 99154 CR974445.7 251 GACACAGAATGAGCTTTTGGAGAAGTTGGAAGAAAATCAAGATAGGGTGA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99155 GACACAGAATGAGCTTTTGGAGAAGTTGGAAGAAAATCAAGATAGGGTGA 99204 CR974445.7 301 TTTCGCAGCTAGGAGACAGAGAGAAGAGAGTATTTCAAGAAGGAAAATTC 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99205 TTTCGCAGCTAGGAGACAGAGAGAAGAGAGTATTTCAAGAAGGAAAATTC 99254 CR974445.7 351 TGCCAGGAGGTCAGAAGGTACCCATTGGACTTGGCTGCATGGAGTTCTGG 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99255 TGCCAGGAGGTCAGAAGGTACCCATTGGACTTGGCTGCATGGAGTTCTGG 99304 CR974445.7 401 AGAGAGCTTAGCAAAAGCATTCGCGGCAGACCAGTGGGAGGAGAAGCCCG 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99305 AGAGAGCTTAGCAAAAGCATTCGCGGCAGACCAGTGGGAGGAGAAGCCCG 99354 CR974445.7 451 ATTGGGTGGGTGGATAAATAAATGAGAAGAGAGTCCAGCAGTGTGGACAT 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99355 ATTGGGTGGGTGGATAAATAAATGAGAAGAGAGTCCAGCAGTGTGGACAT 99404 CR974445.7 501 CTCACAGGGGTTGCCGGACAGTAGTGCATCTTAGTGCCACTGTGACACAA 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99405 CTCACAGGGGTTGCCGGACAGTAGTGCATCTTAGTGCCACTGTGACACAA 99454 CR974445.7 551 GTCCTGTGTGTCAGGGACACAGAAAGGAAATATTAGGGATGCAAAGTCTC 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99455 GTCCTGTGTGTCAGGGACACAGAAAGGAAATATTAGGGATGCAAAGTCTC 99504 CR974445.7 601 CAAGAGATTTGCTCAGTGCCAGGCACTATTGCAAACCACTGGATCATGAG 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99505 CAAGAGATTTGCTCAGTGCCAGGCACTATTGCAAACCACTGGATCATGAG 99554 CR974445.7 651 CCATCTGCCAGACAATGTGAGTATCAACTGGGTGCTTACAGGTAAGAAAG 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99555 CCATCTGCCAGACAATGTGAGTATCAACTGGGTGCTTACAGGTAAGAAAG 99604 CR974445.7 701 TGATAGTAATTATATAAATAAAAATGACCACTGTTGAGTGCTGACTCTGT 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99605 TGATAGTAATTATATAAATAAAAATGACCACTGTTGAGTGCTGACTCTGT 99654 CR974445.7 751 GCCCTGTACCATACTAACCACCTATTTGCTATCTCTTACTGAATTCTCAA 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99655 GCCCTGTACCATACTAACCACCTATTTGCTATCTCTTACTGAATTCTCAA 99704 CR974445.7 801 AGCAGCACCCAGAGAGAGTTTTATTAACTCCTTGTTACAGAAGGGAGACG 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99705 AGCAGCACCCAGAGAGAGTTTTATTAACTCCTTGTTACAGAAGGGAGACG 99754 CR974445.7 851 TGAGGCCTGCCAAGGTTGAATCCTGTGTCCAAGAACACACAGCTATGAAG 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99755 TGAGGCCTGCCAAGGTTGAATCCTGTGTCCAAGAACACACAGCTATGAAG 99804 CR974445.7 901 GGGGCCGTGATTCTGATTGGTCTGGTTTCAAAGTCCAGGTCAACCCTTGG 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99805 GGGGCCGTGATTCTGATTGGTCTGGTTTCAAAGTCCAGGTCAACCCTTGG 99854 CR974445.7 951 GTTACACAGTCAGTCTTTTCTAGCTGCAGTTGCCCGGTGAGAACTTATTG 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99855 GTTACACAGTCAGTCTTTTCTAGCTGCAGTTGCCCGGTGAGAACTTATTG 99904 CR974445.7 1001 CCTCGTTAACTGGAAATCTGACTGAATTTCCAAACTTATTCCACTTACTT 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99905 CCTCGTTAACTGGAAATCTGACTGAATTTCCAAACTTATTCCACTTACTT 99954 CR974445.7 1051 AATTTGATAAGAAGCATCAAGACTCGAAAAACACTTACATAGAATGATTT 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 99955 AATTTGATAAGAAGCATCAAGACTCGAAAAACACTTACATAGAATGATTT 100004 CR974445.7 1101 TAATCTTAAACAAGTTAATATATCCAGAGTGAGTGCCAGGCACACGGAGA 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100005 TAATCTTAAACAAGTTAATATATCCAGAGTGAGTGCCAGGCACACGGAGA 100054 CR974445.7 1151 GCGTTGTGTAGGCGTCACCTATCATTACTTCCGGAAGGGCTCTGGAGAGA 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100055 GCGTTGTGTAGGCGTCACCTATCATTACTTCCGGAAGGGCTCTGGAGAGA 100104 CR974445.7 1201 AATCGGTCTGCCCTTCTCCAGGGCTAATCAGACGTTGTAAATATTCACAC 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100105 AATCGGTCTGCCCTTCTCCAGGGCTAATCAGACGTTGTAAATATTCACAC 100154 CR974445.7 1251 CGACTTTCCCCCCCAAGGGCAGCTAAATTTTTGCCTCTTCCAGAATAGTT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100155 CGACTTTCCCCCCCAAGGGCAGCTAAATTTTTGCCTCTTCCAGAATAGTT 100204 CR974445.7 1301 TTCAACTTCTACTGAGGGGAAAGGATGGTATTTCCTTGCTTTGTTCTTAA 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100205 TTCAACTTCTACTGAGGGGAAAGGATGGTATTTCCTTGCTTTGTTCTTAA 100254 CR974445.7 1351 ACTCCTTACAGGAAATGGTAGTTGTGGGCAAGGACGAAGGTACAGTGTGA 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100255 ACTCCTTACAGGAAATGGTAGTTGTGGGCAAGGACGAAGGTACAGTGTGA 100304 CR974445.7 1401 AACCATTTAACAAATGCATCTGTTAACACTGTAGGAGAGACCTCTAGAGT 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100305 AACCATTTAACAAATGCATCTGTTAACACTGTAGGAGAGACCTCTAGAGT 100354 CR974445.7 1451 ATTATCACTTTTGCTGGTCTTGAGCAGCAAAGAGATGGGCCACCTGTCTA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100355 ATTATCACTTTTGCTGGTCTTGAGCAGCAAAGAGATGGGCCACCTGTCTA 100404 CR974445.7 1501 AATCCGCCCACGAAGAGTTTAGGATTGAATTTGACCCCTGTTTAATTGAG 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100405 AATCCGCCCACGAAGAGTTTAGGATTGAATTTGACCCCTGTTTAATTGAG 100454 CR974445.7 1551 GTAGCCATGGAAATCAAGGGGTAAGGACACTTCTTGCATGCCTACCATGT 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100455 GTAGCCATGGAAATCAAGGGGTAAGGACACTTCTTGCATGCCTACCATGT 100504 CR974445.7 1601 GTTTGCCGGCCTTAGCTTATTTAATCCGTAGAGCCCCTTCTGCTATCATG 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100505 GTTTGCCGGCCTTAGCTTATTTAATCCGTAGAGCCCCTTCTGCTATCATG 100554 CR974445.7 1651 CTTCTTTTGAAAACAGGAACTGGTTCCAGTGTGATTTGAGCGTTGTGTGG 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100555 CTTCTTTTGAAAACAGGAACTGGTTCCAGTGTGATTTGAGCGTTGTGTGG 100604 CR974445.7 1701 ATTTTGCATTCATATATATTTGACTTCATCTGTGAGGAACCCTAGGTGAA 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100605 ATTTTGCATTCATATATATTTGACTTCATCTGTGAGGAACCCTAGGTGAA 100654 CR974445.7 1751 CACAGAAAACTGCACACCTCCAAATCAAGCTACCTAGAAGTATGCAAAAG 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100655 CACAGAAAACTGCACACCTCCAAATCAAGCTACCTAGAAGTATGCAAAAG 100704 CR974445.7 1801 ATGAACACCTACCACCTACTAGCTAACCAGGTGTGTTACAAGCCACACCC 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100705 ATGAACACCTACCACCTACTAGCTAACCAGGTGTGTTACAAGCCACACCC 100754 CR974445.7 1851 ATCAATGTCTGGTGTTTCAACTTTCAGATTTCAGATAACCCACGTCCCAC 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100755 ATCAATGTCTGGTGTTTCAACTTTCAGATTTCAGATAACCCACGTCCCAC 100804 CR974445.7 1901 CGCTTCACAATAACTCACAGCTGCAACCCTTTCAGCACCCACTTCTATAA 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100805 CGCTTCACAATAACTCACAGCTGCAACCCTTTCAGCACCCACTTCTATAA 100854 CR974445.7 1951 ATCTTTTTCGAGGTAAAGTGCCATATTTATCACAGTATTTATGTATTTTT 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT009526.6 100855 ATCTTTTTCGAGGTAAAGTGCCATATTTATCACAGTATTTATGTATTTTT 100904
Overview
- Query
- CR974445.7 - 195516 bps
- Hit
- CT009526.6 - 100904 bps
- Total alignments
- 22
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1988 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 98905 | 100904 | 1 |
| 2 | 87.31 | 159 | 261 | 45127 | 45387 | -1 | 29224 | 29483 | 1 |
| 3 | 87.06 | 152 | 255 | 153891 | 154145 | -1 | 29230 | 29484 | 1 |
| 4 | 92.94 | 208 | 271 | 45123 | 45393 | 1 | 37313 | 37581 | 1 |
| 5 | 86.59 | 150 | 262 | 61162 | 61423 | -1 | 37316 | 37576 | 1 |
| 6 | 92.83 | 204 | 267 | 103665 | 103931 | -1 | 37316 | 37580 | 1 |
| 7 | 90.88 | 191 | 274 | 153891 | 154164 | 1 | 37316 | 37589 | 1 |
| 8 | 89.28 | 148 | 223 | 153891 | 154113 | 1 | 50122 | 50345 | 1 |
| 9 | 90.48 | 161 | 230 | 45127 | 45356 | 1 | 50123 | 50353 | 1 |
| 10 | 89.04 | 138 | 209 | 188204 | 188412 | 1 | 50158 | 50367 | 1 |
| 11 | 89.28 | 172 | 261 | 153891 | 154151 | -1 | 52508 | 52768 | 1 |
| 12 | 85.14 | 199 | 405 | 133346 | 133750 | 1 | 59841 | 60237 | 1 |
| 13 | 91.11 | 196 | 271 | 103663 | 103933 | -1 | 68278 | 68547 | 1 |
| 14 | 88.17 | 168 | 262 | 61162 | 61423 | -1 | 68280 | 68541 | 1 |
| 15 | 90.81 | 185 | 261 | 153891 | 154151 | 1 | 68280 | 68540 | 1 |
| 16 | 92.7 | 202 | 261 | 45130 | 45390 | 1 | 68284 | 68543 | 1 |
| 17 | 85.76 | 143 | 275 | 153890 | 154164 | 1 | 82927 | 83193 | 1 |
| 18 | 85.16 | 138 | 263 | 45127 | 45389 | 1 | 82929 | 83184 | 1 |
| 19 | 93.46 | 215 | 276 | 153889 | 154164 | -1 | 93569 | 93843 | 1 |
| 20 | 92.4 | 200 | 264 | 45127 | 45390 | -1 | 93578 | 93840 | 1 |
| 21 | 90.53 | 185 | 265 | 103667 | 103931 | 1 | 93578 | 93841 | 1 |
| 22 | 88.46 | 167 | 260 | 61164 | 61423 | 1 | 93582 | 93841 | 1 |
